Automated computational design of site-targeted repertoires of camelid antibodies

Projektinformationen

AutoCAb

ID Finanzhilfevereinbarung: 815379

DOI 10.3030/815379

Projekt abgeschlossen

EK-Unterschriftsdatum 10 Dezember 2018

Startdatum 1 Januar 2019

Enddatum 31 Dezember 2023

Finanziert unter

• EXCELLENT SCIENCE - European Research Council (ERC)

Gesamtkosten € 2 337 500,00

EU-Beitrag € 2 337 500,00

Koordiniert durch

WEIZMANN INSTITUTE OF SCIENCE
Israel

Veröffentlichungen

Peer reviewed articles (21)

What Have We Learned from Design of Function in Large Proteins?

Autoren: Olga Khersonsky; Sarel Fleishman
Veröffentlicht in: Biodesign Research, Ausgabe 1, 2022, ISSN 0036-8075
Herausgeber: American Association for the Advancement of Science
DOI: 10.34133/2022/9787581

Computationally designed dual-color MRI reporters for noninvasive imaging of transgene expression

Autoren: Hyla Allouche-Arnon, Olga Khersonsky, Nishanth D. Tirukoti, Yoav Peleg, Orly Dym, Shira Albeck, Alexander Brandis, Tevie Mehlman, Liat Avram, Talia Harris, Nirbhay N. Yadav, Sarel J. Fleishman & Amnon Bar-Shir
Veröffentlicht in: Nature Biotechnology, 2022, ISSN 1087-0156
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41587-021-01162-5

Stable and Functionally Diverse Versatile Peroxidases Designed Directly from Sequences.

Autoren: Shiran Barber-Zucker; Vladimir Mindel; Eva Garcia-Ruiz; Jonathan J. Weinstein; Miguel Alcalde; Sarel J. Fleishman
Veröffentlicht in: Journal of the American Chemical Society, Ausgabe 1, 2022, ISSN 0002-7863
Herausgeber: American Chemical Society
DOI: 10.1021/jacs.1c12433

Reliable energy-based antibody humanization and stabilization

Autoren: Ariel Tennenhouse; Lev Khmelnitsky; Razi Khalaila; Noa Yeshaya; Ashish Noronha; Moshit Lindzen; Emily Makowski; Ira Zaretsky; Yael Fridmann Sirkis; Yael Galon-Wolfenson; Peter M. Tessier; Jakub Abramson; Yosef Yarden; Deborah Fass; Sarel J. Fleishman
Veröffentlicht in: Nature Biomedical Engineering, Ausgabe 1, 2023, ISSN 2157-846X
Herausgeber: Springer Nature
DOI: 10.1038/s41551-023-01079-1

Assessing and enhancing foldability in designed proteins

Autoren: Dina Listov; Rosalie Lipsh-Sokolik; Stéphane Rosset; Che Yang; Bruno E Correia; Sarel J Fleishman
Veröffentlicht in: Protein Science, Ausgabe 1, 2022, ISSN 1469-896X
Herausgeber: Wiley-Blackwell
DOI: 10.1101/2021.11.09.467863

De novo-designed transmembrane domains tune engineered receptor functions

Autoren: Ashleigh S Davey; Nicholas J Chandler; Assaf Elazar; Jonathan Y Weinstein; Julie V Nguyen; Raphael Trenker; Ryan S Cross; Misty R Jenkins; Melissa J Call; Matthew E Call; Sarel J Fleishman
Veröffentlicht in: Crossref, Ausgabe 1, 2022, ISSN 2050-084X
Herausgeber: eLife Sciences Publications
DOI: 10.7554/elife.75660

Biomolecular Recognition of the Glycan Neoantigen CA19-9 by Distinct Antibodies

Autoren: Aliza Borenstein-Katz, Shira Warszawski, Ron Amon, Maayan Eilon, Hadas Cohen-Dvashi, Shani Leviatan Ben-Arye, Nova Tasnima, Hai Yu, Xi Chen, Vered Padler-Karavani, Sarel Jacob Fleishman, Ron Diskin
Veröffentlicht in: Journal of Molecular Biology, Ausgabe 433/15, 2021, Seite(n) 167099, ISSN 0022-2836
Herausgeber: Academic Press
DOI: 10.1016/j.jmb.2021.167099

Stabilization of the SARS-CoV-2 Receptor Binding Domain by Protein Core Redesign and Deep Mutational Scanning

Autoren: Alison C. Leonard; Jonathan Jacob Weinstein; Paul J. Steiner; Annette H Erbse; Sarel J. Fleishman; Timothy A. Whitehead
Veröffentlicht in: Protein Engineering Design and Selection, Ausgabe 1, 2022, ISSN 1741-0126
Herausgeber: Oxford University Press
DOI: 10.1101/2021.11.22.469552

Combinatorial assembly and design of enzymes

Autoren: Lipsh-Sokolik, R., Khersonsky O, Schröder, S. P., de Boer, C., Hoch S, Davies, G. J.; Overkleeft, H. S., Fleishman, S. J.
Veröffentlicht in: Science magazine, 2023, ISSN 0036-8075
Herausgeber: American Association for the Advancement of Science
DOI: 10.1126/science.ade9434

Computationally designed hyperactive Cas9 enzymes

Autoren: Vos, P. D.; Rossetti, G.; Mantegna, J. L.; Siira, S. J.; Gandadireja, A. P.; Bruce, M.; Raven, S. A.; Khersonsky O; Fleishman, S. J.; Filipovska, A.; Rackham, O
Veröffentlicht in: Nature Communications, 2022, ISSN 2041-1723
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-022-30598-9

A Rationally and Computationally Designed Fluorescent Biosensor for d-Serine

Autoren: Vanessa Vongsouthi, Jason H. Whitfield, Petr Unichenko, Joshua A. Mitchell, Björn Breithausen, Olga Khersonsky, Leon Kremers, Harald Janovjak, Hiromu Monai, Hajime Hirase, Sarel J. Fleishman, Christian Henneberger, and Colin J. Jackson
Veröffentlicht in: ACS Sensors, 2021, ISSN 2379-3694
Herausgeber: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acssensors.1c01803

Community-Wide Experimental Evaluation of the PROSS Stability-Design Method

Autoren: Yoav Peleg, Renaud Vincentelli, Brett M. Collins, Kai-En Chen, Emma K. Livingstone, Saroja Weeratunga, Natalya Leneva, Qian Guo, Kim Remans, Kathryn Perez, Gro E.K Bjerga, Øivind Larsen, Ondřej Vaněk, Ondřej Skořepa, Sophie Jacquemin, Arnaud Poterszman, Svend Kjær, Evangelos Christodoulou, Shira Albeck, Orly Dym, Elena Ainbinder, Tamar Unger, Anja Schuetz, Susann Matthes, Michael Bader, Ario
Veröffentlicht in: Journal of Molecular Biology, Ausgabe 433/13, 2021, Seite(n) 166964, ISSN 0022-2836
Herausgeber: Academic Press
DOI: 10.1016/j.jmb.2021.166964

PROSS 2: a new server for the design of stable and highly expressed protein variants

Autoren: Jonathan Jacob Weinstein, Adi Goldenzweig, ShlomoYakir Hoch, Sarel Jacob Fleishman
Veröffentlicht in: Bioinformatics, Ausgabe 37/1, 2020, Seite(n) 123-125, ISSN 1367-4803
Herausgeber: Oxford University Press
DOI: 10.1093/bioinformatics/btaa1071

Designed active-site library reveals thousands of functional GFP variants

Autoren: Weinstein JY, Martí-Gómez, C.; Lipsh-Sokolik, R.; Hoch SY, Liebermann, D.; Nevo, R.; Weissman, H.; Petrovich-Kopitman, E.; Margulies, D.; Ivankov, D.; McCandlish, D. M.; Fleishman, S. J.
Veröffentlicht in: Nature Communications, 2023, ISSN 2041-1723
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-023-38099-z

Practically useful protein-design methods combining phylogenetic and atomistic calculations

Autoren: Jonathan Weinstein, Olga Khersonsky, Sarel J Fleishman
Veröffentlicht in: Current Opinion in Structural Biology, Ausgabe 63, 2020, Seite(n) 58-64, ISSN 0959-440X
Herausgeber: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.sbi.2020.04.003

Design of a basigin‐mimicking inhibitor targeting the malaria invasion protein RH5

Autoren: Shira Warszawski, Elya Dekel, Ivan Campeotto, Jennifer M. Marshall, Katherine E. Wright, Oliver Lyth, Orli Knop, Neta Regev‐Rudzki, Matthew K. Higgins, Simon J. Draper, Jake Baum, Sarel J. Fleishman
Veröffentlicht in: Proteins: Structure, Function, and Bioinformatics, Ausgabe 88/1, 2019, Seite(n) 187-195, ISSN 0887-3585
Herausgeber: Wiley-Liss Inc
DOI: 10.1002/prot.25786

Stable mammalian serum albumins designed for bacterial expression

Autoren: Khersonsky O, Goldsmith M, Zaretsky, I.; Hamer-Rogotner, S.; Dym, O.; Unger T, Yona, M.; Fridmann-Sirkis, Y.; Fleishman, S. J.
Veröffentlicht in: Journal of Molecular Biology, 2023, ISSN 0022-2836
Herausgeber: Academic Press
DOI: 10.1016/j.jmb.2023.168191

The AbDesign computational pipeline for modular backbone assembly and design of binders and enzymes

Autoren: Rosalie Lipsh‐Sokolik, Dina Listov, Sarel J. Fleishman
Veröffentlicht in: Protein Science, Ausgabe 30/1, 2021, Seite(n) 151-159, ISSN 0961-8368
Herausgeber: Cold Spring Harbor Laboratory Press
DOI: 10.1002/pro.3970

Extending the New Generation of Structure Predictors to Account for Dynamics and Allostery

Autoren: Sarel J. Fleishman, Amnon Horovitz
Veröffentlicht in: Journal of Molecular Biology, 2021, Seite(n) 167007, ISSN 0022-2836
Herausgeber: Academic Press
DOI: 10.1016/j.jmb.2021.167007

Computationally designed pyocyanin demethylase acts synergistically with tobramycin to kill recalcitrant Pseudomonas aeruginosa biofilms

Autoren: Chelsey M. VanDrisse, Rosalie Lipsh-Sokolik, Olga Khersonsky, Sarel J. Fleishman, Dianne K. Newman
Veröffentlicht in: Proceedings of the National Academy of Sciences, Ausgabe 118/12, 2021, Seite(n) e2022012118, ISSN 0027-8424
Herausgeber: National Academy of Sciences
DOI: 10.1073/pnas.2022012118

Designed high-redox potential laccases exhibit high functional diversity

Autoren: Shiran Barber-Zucker; Ivan Mateljak; Moshe Goldsmith; Meital Kupervaser; Miguel Alcalde; Sarel J. Fleishman
Veröffentlicht in: ACS Catalysis, Ausgabe 1, 2022, ISSN 2155-5435
Herausgeber: American Chemical Society
DOI: 10.1101/2022.06.22.497129

Non-peer reviewed articles (1)

GGAssembler: precise and economical design and synthesis of combinatorial mutation libraries

Autoren: Shlomo Yakir Hoch, Ravit Netzer, Jonathan Yaacov Weinstein, Lucas Krauss, Karen Hakeny, Sarel Jacob Fleishman
Veröffentlicht in: bioRxiv, 2023, ISSN 2692-8205
Herausgeber: Cold Spring Harbour
DOI: 10.1101/2023.05.18.541394