Genome-wide surveys and functional analysis of pancreatic cancer metastasis drivers

Información del proyecto

PACA-MET

Identificador del acuerdo de subvención: 819642

DOI

10.3030/819642

Proyecto cerrado

Fecha de la firma de la CE 19 Febrero 2019

Fecha de inicio 1 Noviembre 2019

Fecha de finalización 31 Octubre 2025

Financiado con arreglo a

• EXCELLENT SCIENCE - European Research Council (ERC)

Coste total

€ 1 995 875,00

Aportación de la UE

€ 1 995 875,00

Coordinado por

KLINIKUM DER TECHNISCHEN UNIVERSITÄT MÜNCHEN (TUM KLINIKUM)
Germany

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Publicaciones

Peer reviewed articles (18)

Evolutionary routes and KRAS dosage define pancreatic cancer phenotypes

Autores: Sebastian Mueller, Thomas Engleitner, Roman Maresch, Magdalena Zukowska, Sebastian Lange, Thorsten Kaltenbacher, Björn Konukiewitz, Rupert Öllinger, Maximilian Zwiebel, Alex Strong, Hsi-Yu Yen, Ruby Banerjee, Sandra Louzada, Beiyuan Fu, Barbara Seidler, Juliana Götzfried, Kathleen Schuck, Zonera Hassan, Andreas Arbeiter, Nina Schönhuber, Sabine Klein, Christian Veltkamp, Mathias Friedrich, Len
Publicado en: Nature, Edición 554, 2022, Página(s) 62-68, ISSN 0028-0836
Editor: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/nature25459

Tutorial: design and execution of CRISPR in vivo screens.

Autores: Braun CJ, Adames AC, Saur D, Rad R
Publicado en: Nature Protocols, 2022, ISSN 1754-2189
Editor: Nature Publishing Group

Selective multi-kinase inhibition sensitizes mesenchymal pancreatic cancer to immune checkpoint blockade by remodeling the tumor microenvironment

Autores: Chiara Falcomatà, Stefanie Bärthel, Sebastian A. Widholz, Christian Schneeweis, Juan José Montero, Albulena Toska, Jonas Mir, Thorsten Kaltenbacher, Jeannine Heetmeyer, Jonathan J. Swietlik, Jing-Yuan Cheng, Bianca Teodorescu, Oliver Reichert, Constantin Schmitt, Kathrin Grabichler, Andrea Coluccio, Fabio Boniolo, Christian Veltkamp, Magdalena Zukowska, Angelica Arenas Vargas, Woo Hyun Paik, Mo
Publicado en: Nature Cancer, Edición 3, 2022, Página(s) 318-336, ISSN 2662-1347
Editor: Springer Science and Business Media LLC
DOI: 10.1038/s43018-021-00326-1

In vivo functional screening for systems-level integrative cancer genomics

Autores: Julia Weber, Christian J. Braun, Dieter Saur, Roland Rad
Publicado en: Nature Reviews Cancer, Edición 20, 2023, Página(s) 573-593, ISSN 1474-175X
Editor: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41568-020-0275-9

Single-cell profiling to explore pancreatic cancer heterogeneity, plasticity and response to therapy

Autores: Stefanie Bärthel, Chiara Falcomatà, Roland Rad, Fabian J. Theis, Dieter Saur
Publicado en: Nature Cancer, Edición 4, 2023, Página(s) 454-467, ISSN 2662-1347
Editor: Springer Science and Business Media LLC
DOI: 10.1038/s43018-023-00526-x

CRISPR somatic genome engineering and cancer modeling in the mouse pancreas and liver

Autores: Kaltenbacher T, Löprich J, Maresch R, Weber J, Müller S, Oellinger R, Groß N, Griger J, de Andrade Krätzig N, Avramopoulos P, Ramanujam D, Brummer S, Widholz SA, Bärthel S, Falcomatà C, Pfaus A, Alnatsha A, Mayerle J, Schmidt-Supprian M, Reichert M, Schneider G, Ehmer U, Braun CJ, Saur D, Engelhardt S, Rad R
Publicado en: Nature protocols, 2022, ISSN 1754-2189
Editor: Nature Publishing Group

Engineering CRISPR mouse models of cancer

Autores: Julia Weber, Roland Rad
Publicado en: Current Opinion in Genetics & Development, Edición 54, 2019, Página(s) 88-96, ISSN 0959-437X
Editor: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.gde.2019.04.001

Genetic Screens Identify a Context-Specific PI3K/p27Kip1 Node Driving Extrahepatic Biliary Cancer

Autores: Chiara Falcomatà, Stefanie Bärthel, Angelika Ulrich, Sandra Diersch, Christian Veltkamp, Lena Rad, Fabio Boniolo, Myriam Solar, Katja Steiger, Barbara Seidler, Magdalena Zukowska, Joanna Madej, Mingsong Wang, Rupert Öllinger, Roman Maresch, Maxim Barenboim, Stefan Eser, Markus Tschurtschenthaler, Arianeb Mehrabi, Stephanie Roessler, Benjamin Goeppert, Alexander Kind, Angelika Schnieke, Maria S.
Publicado en: Cancer Discovery, Edición 11, 2023, Página(s) 3158-3177, ISSN 2159-8274
Editor: American Association for Cancer Research Inc.
DOI: 10.1158/2159-8290.cd-21-0209

In vivo functional screening for systems-level integrative cancer genomics.

Autores: Weber J, Braun CJ, Saur D, Rad R
Publicado en: Nature Reviews Cancer, 2020, ISSN 1474-175X
Editor: Nature Publishing Group

Linkage of genetic drivers and strain-specific germline variants confound mouse cancer genome analyses

Autores: Sebastian Mueller, Sebastian Lange, Katharina A. N. Collins, Stefan Krebs, Helmut Blum, Günter Schneider, Lena Rad, Dieter Saur, Roland Rad
Publicado en: Nature Communications, Edición 11, 2022, ISSN 2041-1723
Editor: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-020-18095-3

Tutorial: design and execution of CRISPR in vivo screens

Autores: Christian J. Braun, Andrés Carbonell Adames, Dieter Saur, Roland Rad
Publicado en: Nature Protocols, Edición 17, 2023, Página(s) 1903-1925, ISSN 1754-2189
Editor: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41596-022-00700-y

In vivo interrogation of regulatory genomes reveals extensive quasi-insufficiency in cancer evolution

Autores: Anja Fischer, Robert Lersch, Niklas de Andrade Krätzig, Alexander Strong, Mathias J. Friedrich, Julia Weber, Thomas Engleitner, Rupert Öllinger, Hsi-Yu Yen, Ursula Kohlhofer, Irene Gonzalez-Menendez, David Sailer, Liz Kogan, Mari Lahnalampi, Saara Laukkanen, Thorsten Kaltenbacher, Christine Klement, Majdaddin Rezaei, Tim Ammon, Juan J. Montero, Günter Schneider, Julia Mayerle, Mathias Heikenwä
Publicado en: Cell Genomics, Edición 3, 2025, Página(s) 100276, ISSN 2666-979X
Editor: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.xgen.2023.100276

Analysis pipelines for cancer genome sequencing in mice

Autores: Sebastian Lange, Thomas Engleitner, Sebastian Mueller, Roman Maresch, Maximilian Zwiebel, Laura González-Silva, Günter Schneider, Ruby Banerjee, Fengtang Yang, George S. Vassiliou, Mathias J. Friedrich, Dieter Saur, Ignacio Varela, Roland Rad
Publicado en: Nature Protocols, Edición 15/2, 2020, Página(s) 266-315, ISSN 1754-2189
Editor: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41596-019-0234-7

Genome-scale pan-cancer interrogation of lncRNA dependencies using CasRx

Autores: Juan J. Montero, Riccardo Trozzo, Maya Sugden, Rupert Öllinger, Alexander Belka, Ekaterina Zhigalova, Paul Waetzig, Thomas Engleitner, Marc Schmidt-Supprian, Dieter Saur, Roland Rad
Publicado en: Nature Methods, Edición 21, 2024, Página(s) 584-596, ISSN 1548-7091
Editor: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41592-024-02190-0

A disease model resource reveals core principles of tissue-specific cancer evolution

Autores: Mueller S, de Andrade Krätzig N, Tschurtschentaler M, Silva MG, Thordsen C, Simon P, Saab F, Zukowska M, Trozzo R, Öllinger R, Griger J, Groß N, Kaltenbacher T, Groll T, Zaurito A, Bärthel S, Falcomatà S, Strong A, Najajreh M, Papargyriou A, Maresch R, Collins K, Sailer D, Schneeweis C, Burger C, Klement C, Reichert M, Moser M, Neumann J, Vassiliou G, Cadiñanos J, Varela I, Marr C, Chesler L
Publicado en: Nature, 2026, ISSN 0028-0836
Editor: Nature Publishing Group

Modeling plasticity and dysplasia of pancreatic ductal organoids derived from human pluripotent stem cells

Autores: Markus Breunig, Jessica Merkle, Martin Wagner, Michael K. Melzer, Thomas F.E. Barth, Thomas Engleitner, Johannes Krumm, Sandra Wiedenmann, Christian M. Cohrs, Lukas Perkhofer, Gaurav Jain, Jana Krüger, Patrick C. Hermann, Maximilian Schmid, Tamara Madácsy, Árpád Varga, Joscha Griger, Ninel Azoitei, Martin Müller, Oliver Wessely, Pamela G. Robey, Sandra Heller, Zahra Dantes, Maximilian Reicher
Publicado en: Cell Stem Cell, Edición 28, 2025, Página(s) 1105-1124.e19, ISSN 1934-5909
Editor: Cell Press
DOI: 10.1016/j.stem.2021.03.005

Context-Specific Determinants of the Immunosuppressive Tumor Microenvironment in Pancreatic Cancer

Autores: Chiara Falcomatà, Stefanie Bärthel, Günter Schneider, Roland Rad, Marc Schmidt-Supprian, Dieter Saur
Publicado en: Cancer Discovery, Edición 13, 2025, Página(s) 278-297, ISSN 2159-8274
Editor: American Association for Cancer Research Inc.
DOI: 10.1158/2159-8290.cd-22-0876

CRISPR somatic genome engineering and cancer modeling in the mouse pancreas and liver

Autores: Thorsten Kaltenbacher, Jessica Löprich, Roman Maresch, Julia Weber, Sebastian Müller, Rupert Oellinger, Nina Groß, Joscha Griger, Niklas de Andrade Krätzig, Petros Avramopoulos, Deepak Ramanujam, Sabine Brummer, Sebastian A. Widholz, Stefanie Bärthel, Chiara Falcomatà, Anja Pfaus, Ahmed Alnatsha, Julia Mayerle, Marc Schmidt-Supprian, Maximilian Reichert, Günter Schneider, Ursula Ehmer, Chri
Publicado en: Nature Protocols, Edición 17, 2022, Página(s) 1142-1188, ISSN 1754-2189
Editor: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41596-021-00677-0