Description du projet
Une plateforme d’analyse innovante pour la détection de l’ARN cellulaire récemment transcrit
Le projet T-GRAND-SLAM, financé par l’UE lance une nouvelle plateforme d’analyse pour les méthodes de séquençage de l’ARN (RNA-seq) et de séquençage de l’ARN unicellulaire (scRNA-seq) récemment développées, afin de détecter directement l’ARN récemment transcrit au sein d’un pool d’ARN cellulaire total dans un créneau défini. Auparavant, les chercheurs développaient un algorithme informatique pour définir avec fiabilité les contributions relatives de l’ARN récemment transcrit en recourant au RNA-seq. L’algorithme calcule directement la contribution du nouvel ARN et permet d’estimer précisément les ratios obtenus pour chaque gène, créant ainsi une nouvelle opportunité d’identifier les perturbations dans la synthèse de l’ARN. Le projet actuel préparera la plateforme à sa commercialisation avec des clients potentiels et développera une stratégie commerciale.
Objectif
I propose to introduce novel analysis tools via a platform for three recently developed RNA sequencing (RNA-seq) mI propose to introduce novel analysis tools via a platform for three recently developed RNA sequencing (RNA-seq) methods (SLAM-seq, TimeLapse-seq and TUC-seq). All three methods enable the direct detection of new RNA transcribed by cells in a defined window of time within the pool of total cellular RNA. This is achieved by the introduction and subsequent detection of base-mismatches in newly transcribed RNA using RNA-seq. The ability to differentiate “new” from “old” RNA greatly increases the temporal resolution of RNA-seq experiments.
In the frame of my ERC CoG grant “HERPES”, we developed a computational approach (an algorithm) termed GRAND-SLAM (Globally Refined Analysis of Newly transcribed RNA and Decay rates using SLAM-seq; patent application filed) to reliably define the relative contributions of “new” and “old” RNA. GRAND-SLAM not only directly computes the contribution of “new” and “old” RNA but also provides credible intervals that allow to judge the precision of the obtained ratios for each gene. GRAND-SLAM thereby provides novel means to identify perturbations in RNA synthesis and decay. Furthermore, GRAND-SLAM directly reduces experiment costs by eliminating the need for control samples to determine sequencing error rates.
In conclusion, SLAM-seq will become the new standard for gene expression profiling worldwide and GRAND-SLAM the computational tool to analyze the respective data. Within this PoC-project, we will present the GRAND-SLAM analysis platform and prepare its introduction on the market with prospective customers in three areas: next-generation-sequencing companies, pharmaceutical industry, and research institutes. We will validate the analysis platform, improve its usability via direct testing with pilot customers, and develop our envisaged business strategy according to the feedback we will gain in the course of the project.
Champ scientifique (EuroSciVoc)
CORDIS classe les projets avec EuroSciVoc, une taxonomie multilingue des domaines scientifiques, grâce à un processus semi-automatique basé sur des techniques TLN. Voir: Le vocabulaire scientifique européen.
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Programme(s)
Programmes de financement pluriannuels qui définissent les priorités de l’UE en matière de recherche et d’innovation.
Programmes de financement pluriannuels qui définissent les priorités de l’UE en matière de recherche et d’innovation.
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H2020-EU.1.1. - EXCELLENT SCIENCE - European Research Council (ERC)
PROGRAMME PRINCIPAL
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Thème(s)
Les appels à propositions sont divisés en thèmes. Un thème définit un sujet ou un domaine spécifique dans le cadre duquel les candidats peuvent soumettre des propositions. La description d’un thème comprend sa portée spécifique et l’impact attendu du projet financé.
Les appels à propositions sont divisés en thèmes. Un thème définit un sujet ou un domaine spécifique dans le cadre duquel les candidats peuvent soumettre des propositions. La description d’un thème comprend sa portée spécifique et l’impact attendu du projet financé.
Régime de financement
Régime de financement (ou «type d’action») à l’intérieur d’un programme présentant des caractéristiques communes. Le régime de financement précise le champ d’application de ce qui est financé, le taux de remboursement, les critères d’évaluation spécifiques pour bénéficier du financement et les formes simplifiées de couverture des coûts, telles que les montants forfaitaires.
Régime de financement (ou «type d’action») à l’intérieur d’un programme présentant des caractéristiques communes. Le régime de financement précise le champ d’application de ce qui est financé, le taux de remboursement, les critères d’évaluation spécifiques pour bénéficier du financement et les formes simplifiées de couverture des coûts, telles que les montants forfaitaires.
ERC-POC - Proof of Concept Grant
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Appel à propositions
Procédure par laquelle les candidats sont invités à soumettre des propositions de projet en vue de bénéficier d’un financement de l’UE.
Procédure par laquelle les candidats sont invités à soumettre des propositions de projet en vue de bénéficier d’un financement de l’UE.
(s’ouvre dans une nouvelle fenêtre) ERC-2018-PoC
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La contribution financière nette de l’UE est la somme d’argent que le participant reçoit, déduite de la contribution de l’UE versée à son tiers lié. Elle prend en compte la répartition de la contribution financière de l’UE entre les bénéficiaires directs du projet et d’autres types de participants, tels que les participants tiers.
97070 Wuerzburg
Allemagne
Les coûts totaux encourus par l’organisation concernée pour participer au projet, y compris les coûts directs et indirects. Ce montant est un sous-ensemble du budget global du projet.