Projektbeschreibung
Innovative Analyseplattform zur Detektion neu transkribierter zellulärer RNA
Das EU-finanzierte Projekt T-GRAND-SLAM führt eine neuartige Analyseplattform für neu entwickelte Methoden der RNA-Sequenzierung (RNA-seq) und der Einzelzell-RNA-Sequenzierung (scRNA-seq) ein, welche die direkte Detektion neu transkribierter zellulärer RNA innerhalb des Pools der gesamten zellulären RNA in einem vorgegebenen Zeitfenster ermöglicht. Vor Kurzem entwickelten Forschende einen Rechenalgorithmus, um den relativen Beitrag neu transkribierter RNA mithilfe der RNA-seq-Methode zuverlässig definieren zu können. Der Algorithmus errechnet direkt den Beitrag neu transkribierter RNA und ermöglicht eine präzise Abschätzung der für jedes Gen erzielten Anteile, wodurch sich eine neue Gelegenheit zur Ermittlung von Störungen bei der RNA-Synthese auftut. Das laufende Projekt bereitet die Plattform für die Markteinführung bei prospektiver Kundschaft vor und entwickelt eine Geschäftsstrategie.
Ziel
I propose to introduce novel analysis tools via a platform for three recently developed RNA sequencing (RNA-seq) mI propose to introduce novel analysis tools via a platform for three recently developed RNA sequencing (RNA-seq) methods (SLAM-seq, TimeLapse-seq and TUC-seq). All three methods enable the direct detection of new RNA transcribed by cells in a defined window of time within the pool of total cellular RNA. This is achieved by the introduction and subsequent detection of base-mismatches in newly transcribed RNA using RNA-seq. The ability to differentiate “new” from “old” RNA greatly increases the temporal resolution of RNA-seq experiments.
In the frame of my ERC CoG grant “HERPES”, we developed a computational approach (an algorithm) termed GRAND-SLAM (Globally Refined Analysis of Newly transcribed RNA and Decay rates using SLAM-seq; patent application filed) to reliably define the relative contributions of “new” and “old” RNA. GRAND-SLAM not only directly computes the contribution of “new” and “old” RNA but also provides credible intervals that allow to judge the precision of the obtained ratios for each gene. GRAND-SLAM thereby provides novel means to identify perturbations in RNA synthesis and decay. Furthermore, GRAND-SLAM directly reduces experiment costs by eliminating the need for control samples to determine sequencing error rates.
In conclusion, SLAM-seq will become the new standard for gene expression profiling worldwide and GRAND-SLAM the computational tool to analyze the respective data. Within this PoC-project, we will present the GRAND-SLAM analysis platform and prepare its introduction on the market with prospective customers in three areas: next-generation-sequencing companies, pharmaceutical industry, and research institutes. We will validate the analysis platform, improve its usability via direct testing with pilot customers, and develop our envisaged business strategy according to the feedback we will gain in the course of the project.
Wissenschaftliches Gebiet (EuroSciVoc)
CORDIS klassifiziert Projekte mit EuroSciVoc, einer mehrsprachigen Taxonomie der Wissenschaftsbereiche, durch einen halbautomatischen Prozess, der auf Verfahren der Verarbeitung natürlicher Sprache beruht. Siehe: https://op.europa.eu/en/web/eu-vocabularies/euroscivoc.
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