Opis projektu
Innowacyjna platforma analityczna służąca do wykrywania nowo transkrybowanego RNA komórkowego
Twórcy finansowanego ze środków UE projektu T-GRAND-SLAM wdrażają nowatorską platformę analityczną na potrzeby stosowania odkrytego niedawno sekwencjonowania RNA oraz sekwencjonowania RNA pojedynczej komórki. Umożliwi to bezpośrednie wykrywanie nowo transkrybowanego RNA w puli całkowitego RNA komórkowego w określonym przedziale czasowym. Wcześniej badacze opracowali algorytm obliczeniowy pozwalający w sposób rzetelny zdefiniować względną ilość nowo transkrybowanego RNA z wykorzystaniem sekwencjonowania RNA. Algorytm ten oblicza bezpośrednio ilość nowego RNA i pozwala na precyzyjne oszacowanie uzyskanych współczynników dla każdego genu, stanowiąc nowatorską metodę rozpoznawania zakłóceń w syntezie RNA. W ramach realizowanego obecnie projektu badacze przygotują platformę do wprowadzenia na rynek, znajdując potencjalnych klientów i opracowując strategię biznesową.
Cel
I propose to introduce novel analysis tools via a platform for three recently developed RNA sequencing (RNA-seq) mI propose to introduce novel analysis tools via a platform for three recently developed RNA sequencing (RNA-seq) methods (SLAM-seq, TimeLapse-seq and TUC-seq). All three methods enable the direct detection of new RNA transcribed by cells in a defined window of time within the pool of total cellular RNA. This is achieved by the introduction and subsequent detection of base-mismatches in newly transcribed RNA using RNA-seq. The ability to differentiate “new” from “old” RNA greatly increases the temporal resolution of RNA-seq experiments.
In the frame of my ERC CoG grant “HERPES”, we developed a computational approach (an algorithm) termed GRAND-SLAM (Globally Refined Analysis of Newly transcribed RNA and Decay rates using SLAM-seq; patent application filed) to reliably define the relative contributions of “new” and “old” RNA. GRAND-SLAM not only directly computes the contribution of “new” and “old” RNA but also provides credible intervals that allow to judge the precision of the obtained ratios for each gene. GRAND-SLAM thereby provides novel means to identify perturbations in RNA synthesis and decay. Furthermore, GRAND-SLAM directly reduces experiment costs by eliminating the need for control samples to determine sequencing error rates.
In conclusion, SLAM-seq will become the new standard for gene expression profiling worldwide and GRAND-SLAM the computational tool to analyze the respective data. Within this PoC-project, we will present the GRAND-SLAM analysis platform and prepare its introduction on the market with prospective customers in three areas: next-generation-sequencing companies, pharmaceutical industry, and research institutes. We will validate the analysis platform, improve its usability via direct testing with pilot customers, and develop our envisaged business strategy according to the feedback we will gain in the course of the project.
Dziedzina nauki (EuroSciVoc)
Klasyfikacja projektów w serwisie CORDIS opiera się na wielojęzycznej taksonomii EuroSciVoc, obejmującej wszystkie dziedziny nauki, w oparciu o półautomatyczny proces bazujący na technikach przetwarzania języka naturalnego. Więcej informacji: Europejski Słownik Naukowy.
Klasyfikacja projektów w serwisie CORDIS opiera się na wielojęzycznej taksonomii EuroSciVoc, obejmującej wszystkie dziedziny nauki, w oparciu o półautomatyczny proces bazujący na technikach przetwarzania języka naturalnego. Więcej informacji: Europejski Słownik Naukowy.
Aby użyć tej funkcji, musisz się zalogować lub zarejestrować
Przepraszamy… podczas wykonywania operacji wystąpił nieoczekiwany błąd.
Wymagane uwierzytelnienie. Powodem może być wygaśnięcie sesji.
Dziękujemy za przesłanie opinii. Wkrótce otrzymasz wiadomość e-mail z potwierdzeniem zgłoszenia. W przypadku wybrania opcji otrzymywania powiadomień o statusie zgłoszenia, skontaktujemy się również gdy status ulegnie zmianie.
Program(-y)
Wieloletnie programy finansowania, które określają priorytety Unii Europejskiej w obszarach badań naukowych i innowacji.
Wieloletnie programy finansowania, które określają priorytety Unii Europejskiej w obszarach badań naukowych i innowacji.
-
H2020-EU.1.1. - EXCELLENT SCIENCE - European Research Council (ERC)
GŁÓWNY PROGRAM
Wyświetl wszystkie projekty finansowane w ramach tego programu
Temat(-y)
Zaproszenia do składania wniosków dzielą się na tematy. Każdy temat określa wybrany obszar lub wybrane zagadnienie, których powinny dotyczyć wnioski składane przez wnioskodawców. Opis tematu obejmuje jego szczegółowy zakres i oczekiwane oddziaływanie finansowanego projektu.
Zaproszenia do składania wniosków dzielą się na tematy. Każdy temat określa wybrany obszar lub wybrane zagadnienie, których powinny dotyczyć wnioski składane przez wnioskodawców. Opis tematu obejmuje jego szczegółowy zakres i oczekiwane oddziaływanie finansowanego projektu.
System finansowania
Program finansowania (lub „rodzaj działania”) realizowany w ramach programu o wspólnych cechach. Określa zakres finansowania, stawkę zwrotu kosztów, szczegółowe kryteria oceny kwalifikowalności kosztów w celu ich finansowania oraz stosowanie uproszczonych form rozliczania kosztów, takich jak rozliczanie ryczałtowe.
Program finansowania (lub „rodzaj działania”) realizowany w ramach programu o wspólnych cechach. Określa zakres finansowania, stawkę zwrotu kosztów, szczegółowe kryteria oceny kwalifikowalności kosztów w celu ich finansowania oraz stosowanie uproszczonych form rozliczania kosztów, takich jak rozliczanie ryczałtowe.
ERC-POC - Proof of Concept Grant
Wyświetl wszystkie projekty finansowane w ramach tego programu finansowania
Zaproszenie do składania wniosków
Procedura zapraszania wnioskodawców do składania wniosków projektowych w celu uzyskania finansowania ze środków Unii Europejskiej.
Procedura zapraszania wnioskodawców do składania wniosków projektowych w celu uzyskania finansowania ze środków Unii Europejskiej.
(odnośnik otworzy się w nowym oknie) ERC-2018-PoC
Wyświetl wszystkie projekty finansowane w ramach tego zaproszeniaInstytucja przyjmująca
Kwota netto dofinansowania ze środków Unii Europejskiej. Suma środków otrzymanych przez uczestnika, pomniejszona o kwotę unijnego dofinansowania przekazanego powiązanym podmiotom zewnętrznym. Uwzględnia podział unijnego dofinansowania pomiędzy bezpośrednich beneficjentów projektu i pozostałych uczestników, w tym podmioty zewnętrzne.
97070 Wuerzburg
Niemcy
Ogół kosztów poniesionych przez organizację w związku z uczestnictwem w projekcie. Obejmuje koszty bezpośrednie i pośrednie. Kwota stanowi część całkowitego budżetu projektu.