Opis projektu
Innowacyjna platforma analityczna służąca do wykrywania nowo transkrybowanego RNA komórkowego
Twórcy finansowanego ze środków UE projektu T-GRAND-SLAM wdrażają nowatorską platformę analityczną na potrzeby stosowania odkrytego niedawno sekwencjonowania RNA oraz sekwencjonowania RNA pojedynczej komórki. Umożliwi to bezpośrednie wykrywanie nowo transkrybowanego RNA w puli całkowitego RNA komórkowego w określonym przedziale czasowym. Wcześniej badacze opracowali algorytm obliczeniowy pozwalający w sposób rzetelny zdefiniować względną ilość nowo transkrybowanego RNA z wykorzystaniem sekwencjonowania RNA. Algorytm ten oblicza bezpośrednio ilość nowego RNA i pozwala na precyzyjne oszacowanie uzyskanych współczynników dla każdego genu, stanowiąc nowatorską metodę rozpoznawania zakłóceń w syntezie RNA. W ramach realizowanego obecnie projektu badacze przygotują platformę do wprowadzenia na rynek, znajdując potencjalnych klientów i opracowując strategię biznesową.
Cel
I propose to introduce novel analysis tools via a platform for three recently developed RNA sequencing (RNA-seq) mI propose to introduce novel analysis tools via a platform for three recently developed RNA sequencing (RNA-seq) methods (SLAM-seq, TimeLapse-seq and TUC-seq). All three methods enable the direct detection of new RNA transcribed by cells in a defined window of time within the pool of total cellular RNA. This is achieved by the introduction and subsequent detection of base-mismatches in newly transcribed RNA using RNA-seq. The ability to differentiate “new” from “old” RNA greatly increases the temporal resolution of RNA-seq experiments.
In the frame of my ERC CoG grant “HERPES”, we developed a computational approach (an algorithm) termed GRAND-SLAM (Globally Refined Analysis of Newly transcribed RNA and Decay rates using SLAM-seq; patent application filed) to reliably define the relative contributions of “new” and “old” RNA. GRAND-SLAM not only directly computes the contribution of “new” and “old” RNA but also provides credible intervals that allow to judge the precision of the obtained ratios for each gene. GRAND-SLAM thereby provides novel means to identify perturbations in RNA synthesis and decay. Furthermore, GRAND-SLAM directly reduces experiment costs by eliminating the need for control samples to determine sequencing error rates.
In conclusion, SLAM-seq will become the new standard for gene expression profiling worldwide and GRAND-SLAM the computational tool to analyze the respective data. Within this PoC-project, we will present the GRAND-SLAM analysis platform and prepare its introduction on the market with prospective customers in three areas: next-generation-sequencing companies, pharmaceutical industry, and research institutes. We will validate the analysis platform, improve its usability via direct testing with pilot customers, and develop our envisaged business strategy according to the feedback we will gain in the course of the project.
Dziedzina nauki
Program(-y)
System finansowania
ERC-POC - Proof of Concept GrantInstytucja przyjmująca
97070 Wuerzburg
Niemcy