Descrizione del progetto
Regolazione dello stress torsionale del DNA a livello di lamina nucleare
La trascrizione o replicazione del DNA crea uno stress torsionale nella doppia elica. L’enzima che rimuove questo stress è la DNA topoisomerasi I (Top1), uno dei bersagli della chemioterapia antitumorale. La perdita di attività di Top1 provoca l’accumulo di stress torsionale in geni trascrizionalmente attivi e può portare alla formazione di strutture ibride DNA/RNA non canoniche, denominate loop R. Recentemente, il team del progetto ha dimostrato che l’esaurimento di Top1 porta alla stabilizzazione del loop R, in particolare nei geni ancorati alla lamina nucleare. Questa osservazione suggerisce fortemente che l’attaccamento del DNA alla lamina nucleare potrebbe impedire la dissipazione dello stress torsionale. Il progetto TorsionAtLamina, finanziato dall’UE, indaga la relazione tra stress torsionale, Top1, loop R e attaccamento alla lamina nucleare, impiegando tecniche di genomica sviluppate nel laboratorio ospitante.
Obiettivo
When DNA is transcribed or replicated, torsional stress accumulates on the double helix. This tension must be dissipated by spreading it along the DNA fiber, or it must be removed altogether. One of the main factors responsible for the removal of such stress is DNA Topoisomerase I (Top1), an important target of cancer chemotherapy. When Top1 activity is lost, torsional stress accumulates on transcriptionally active genes and can lead to the formation of non-canonical DNA/RNA hybrid structures called R loops. These structures are emerging as important regulators of genome function and stability. By genome-wide mapping of R loops in human cells, I recently found that depletion of Top1 leads to a marked R loop stabilization, specifically on genes that are anchored to the nuclear lamina. This strongly suggests that attachment of DNA to the nuclear lamina may prevent dissipation of torsional stress, but how this works is still largely unclear. I propose to investigate the causal relationships between torsonal stress, Top1, R-loops and nuclear lamina attachment, taking advantage of a suite of unique genomics techniques developed in the host lab. Specifically, I will: 1) Develop two novel reporter assays to probe the effects of chromatin context (in particular lamina associated chromatin) and Top1 on torsional stress and R loop formation, at thousands of locations in the human genome. 2) Investigate if and how Top1 regulates DNA/nuclear lamina contacts by by means of a novel version of the powerful genome-wide DamID mapping method with much-improved time resolution. My expertise in Top1, R-loops and DNA topology combined with the unique genomics methodologies in the host lab, as well as their expertise in lamina-associated DNA, will lead to a unique synergy that should result in new insights into the relationship between nuclear organization, torsional stress and R loop formation. Moreover, it will yield new methods that will boost scientific progress in this field.
Campo scientifico (EuroSciVoc)
CORDIS classifica i progetti con EuroSciVoc, una tassonomia multilingue dei campi scientifici, attraverso un processo semi-automatico basato su tecniche NLP. Cfr.: Il Vocabolario Scientifico Europeo.
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- ingegneria e tecnologia ingegneria dei materiali fibre
- scienze naturali scienze biologiche genetica DNA
- scienze naturali matematica matematica pura topologia
- scienze naturali scienze biologiche genetica RNA
- scienze naturali scienze biologiche genetica genomi
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Programma(i)
Programmi di finanziamento pluriennali che definiscono le priorità dell’UE in materia di ricerca e innovazione.
Programmi di finanziamento pluriennali che definiscono le priorità dell’UE in materia di ricerca e innovazione.
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H2020-EU.1.3. - EXCELLENT SCIENCE - Marie Skłodowska-Curie Actions
PROGRAMMA PRINCIPALE
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H2020-EU.1.3.2. - Nurturing excellence by means of cross-border and cross-sector mobility
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Argomento(i)
Gli inviti a presentare proposte sono suddivisi per argomenti. Un argomento definisce un’area o un tema specifico per il quale i candidati possono presentare proposte. La descrizione di un argomento comprende il suo ambito specifico e l’impatto previsto del progetto finanziato.
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Meccanismo di finanziamento
Meccanismo di finanziamento (o «Tipo di azione») all’interno di un programma con caratteristiche comuni. Specifica: l’ambito di ciò che viene finanziato; il tasso di rimborso; i criteri di valutazione specifici per qualificarsi per il finanziamento; l’uso di forme semplificate di costi come gli importi forfettari.
Meccanismo di finanziamento (o «Tipo di azione») all’interno di un programma con caratteristiche comuni. Specifica: l’ambito di ciò che viene finanziato; il tasso di rimborso; i criteri di valutazione specifici per qualificarsi per il finanziamento; l’uso di forme semplificate di costi come gli importi forfettari.
MSCA-IF - Marie Skłodowska-Curie Individual Fellowships (IF)
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Invito a presentare proposte
Procedura per invitare i candidati a presentare proposte di progetti, con l’obiettivo di ricevere finanziamenti dall’UE.
Procedura per invitare i candidati a presentare proposte di progetti, con l’obiettivo di ricevere finanziamenti dall’UE.
(si apre in una nuova finestra) H2020-MSCA-IF-2018
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Contributo finanziario netto dell’UE. La somma di denaro che il partecipante riceve, decurtata dal contributo dell’UE alla terza parte collegata. Tiene conto della distribuzione del contributo finanziario dell’UE tra i beneficiari diretti del progetto e altri tipi di partecipanti, come i partecipanti terzi.
1066 CX AMSTERDAM
Paesi Bassi
I costi totali sostenuti dall’organizzazione per partecipare al progetto, compresi i costi diretti e indiretti. Questo importo è un sottoinsieme del bilancio complessivo del progetto.