Description du projet
Coder ou ne pas coder, telle est la question de l’évolution
L’expression d’un gène (la fabrication de sa protéine correspondante) nécessite les processus de transcription et de traduction. Pendant la transcription, les informations de l’ADN sont transférées à une molécule d’ARN messager (ARNm). Lors de la traduction, la séquence d’ARNm sert à assembler des acides aminés qui forment la protéine. Dans certains gènes, toutes les séquences d’ADN ne portent pas le code d’une protéine. Ces introns sont épissés après la transcription, ne laissant que les exons de la molécule d’ARN mature pour fabriquer la protéine. L’épissage est essentiel pour séquencer l’évolution, mais les mécanismes sous-jacents restent incertains. EvolSpliceKinetics mène la première étude à l’échelle du génome sur la définition des introns et des exons. Un séquençage pionnier dans un organisme modèle combiné à l’apprentissage automatique et à la génétique démographique devrait fournir des informations sans précédent sur le rôle évolutif de la cinétique de l’épissage.
Objectif
The need to preserve correct splicing is a major source of constraint on sequence evolution. This includes selection on the splice sites as well as on regulatory elements in exons and introns. Are all exons and introns constrained similarly by splicing related pressures? This is a crucial problem not only for understanding genome evolution but also for predicting where disease-causing mutations occur.
Any variation in the prevalence of splicing information most likely reflects mechanistic variation in how the splicing process unfolds at different introns. Notably, it is often assumed that the relative importance of intronic and exonic splicing information depends on whether the splicing machinery recognizes introns or exons as the initial unit. However, this common model has never been tested directly because it is currently not possible to investigate splicing mechanism at this level of detail genome-wide. Existing studies on the distribution of splicing information are therefore based on proxies of unclear mechanistic significance, such as intron size.
My host lab has developed a nascent RNA sequencing technique that allows unprecedented insight into splicing dynamics transcriptome-wide. They have recently applied this method to Drosophila melanogaster, a species thought to use a diversity of splicing strategies. I propose to use this data, combined with a machine learning approach, to conduct the first genome-wide study into exon and intron definition based on direct kinetic evidence. I will then use population genetics methods to determine how the prevalence and strength of selection on different types of splicing information covaries with splicing dynamics.
Champ scientifique (EuroSciVoc)
CORDIS classe les projets avec EuroSciVoc, une taxonomie multilingue des domaines scientifiques, grâce à un processus semi-automatique basé sur des techniques TLN. Voir: Le vocabulaire scientifique européen.
CORDIS classe les projets avec EuroSciVoc, une taxonomie multilingue des domaines scientifiques, grâce à un processus semi-automatique basé sur des techniques TLN. Voir: Le vocabulaire scientifique européen.
- sciences naturelles sciences biologiques génétique ARN transcriptomes
- sciences naturelles sciences biologiques génétique mutation
- sciences naturelles informatique et science de l'information intelligence artificielle apprentissage automatique
- sciences naturelles sciences biologiques génétique génome
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Programme(s)
Programmes de financement pluriannuels qui définissent les priorités de l’UE en matière de recherche et d’innovation.
Programmes de financement pluriannuels qui définissent les priorités de l’UE en matière de recherche et d’innovation.
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H2020-EU.1.3. - EXCELLENT SCIENCE - Marie Skłodowska-Curie Actions
PROGRAMME PRINCIPAL
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H2020-EU.1.3.2. - Nurturing excellence by means of cross-border and cross-sector mobility
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Thème(s)
Les appels à propositions sont divisés en thèmes. Un thème définit un sujet ou un domaine spécifique dans le cadre duquel les candidats peuvent soumettre des propositions. La description d’un thème comprend sa portée spécifique et l’impact attendu du projet financé.
Les appels à propositions sont divisés en thèmes. Un thème définit un sujet ou un domaine spécifique dans le cadre duquel les candidats peuvent soumettre des propositions. La description d’un thème comprend sa portée spécifique et l’impact attendu du projet financé.
Régime de financement
Régime de financement (ou «type d’action») à l’intérieur d’un programme présentant des caractéristiques communes. Le régime de financement précise le champ d’application de ce qui est financé, le taux de remboursement, les critères d’évaluation spécifiques pour bénéficier du financement et les formes simplifiées de couverture des coûts, telles que les montants forfaitaires.
Régime de financement (ou «type d’action») à l’intérieur d’un programme présentant des caractéristiques communes. Le régime de financement précise le champ d’application de ce qui est financé, le taux de remboursement, les critères d’évaluation spécifiques pour bénéficier du financement et les formes simplifiées de couverture des coûts, telles que les montants forfaitaires.
MSCA-IF - Marie Skłodowska-Curie Individual Fellowships (IF)
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Appel à propositions
Procédure par laquelle les candidats sont invités à soumettre des propositions de projet en vue de bénéficier d’un financement de l’UE.
Procédure par laquelle les candidats sont invités à soumettre des propositions de projet en vue de bénéficier d’un financement de l’UE.
(s’ouvre dans une nouvelle fenêtre) H2020-MSCA-IF-2018
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La contribution financière nette de l’UE est la somme d’argent que le participant reçoit, déduite de la contribution de l’UE versée à son tiers lié. Elle prend en compte la répartition de la contribution financière de l’UE entre les bénéficiaires directs du projet et d’autres types de participants, tels que les participants tiers.
1649 028 Lisboa
Portugal
Les coûts totaux encourus par l’organisation concernée pour participer au projet, y compris les coûts directs et indirects. Ce montant est un sous-ensemble du budget global du projet.