Descrizione del progetto
Codificare o non codificare, questo è il dilemma evolutivo
L’espressione di un gene (la produzione della proteina corrispondente) richiede la trascrizione e la traduzione. Durante la trascrizione, l’informazione nel DNA viene trasferita a una molecola di RNA messaggero (mRNA). Durante la traduzione, la sequenza di mRNA viene usata per assemblare gli aminoacidi che formano la proteina. In alcuni geni, non tutta la sequenza di DNA codifica la proteina. Questi introni vengono rimossi nello splicing dopo la trascrizione, lasciando solo gli esoni nella molecola di RNA matura per produrre la proteina. Lo splicing è fondamentale per l’evoluzione della sequenza ma il meccanismo di fondo non è chiaro. EvolSpliceKinetics sta conducendo il primo studio dell’intero genoma sulla definizione di esone e introne. Il sequenziamento d’avanguardia in un organismo modello in combinazione con l’apprendimento automatico e la genetica della popolazione dovrebbe fornire informazioni senza precedenti sul ruolo evolutivo della cinetica del processo di splicing.
Obiettivo
The need to preserve correct splicing is a major source of constraint on sequence evolution. This includes selection on the splice sites as well as on regulatory elements in exons and introns. Are all exons and introns constrained similarly by splicing related pressures? This is a crucial problem not only for understanding genome evolution but also for predicting where disease-causing mutations occur.
Any variation in the prevalence of splicing information most likely reflects mechanistic variation in how the splicing process unfolds at different introns. Notably, it is often assumed that the relative importance of intronic and exonic splicing information depends on whether the splicing machinery recognizes introns or exons as the initial unit. However, this common model has never been tested directly because it is currently not possible to investigate splicing mechanism at this level of detail genome-wide. Existing studies on the distribution of splicing information are therefore based on proxies of unclear mechanistic significance, such as intron size.
My host lab has developed a nascent RNA sequencing technique that allows unprecedented insight into splicing dynamics transcriptome-wide. They have recently applied this method to Drosophila melanogaster, a species thought to use a diversity of splicing strategies. I propose to use this data, combined with a machine learning approach, to conduct the first genome-wide study into exon and intron definition based on direct kinetic evidence. I will then use population genetics methods to determine how the prevalence and strength of selection on different types of splicing information covaries with splicing dynamics.
Campo scientifico (EuroSciVoc)
CORDIS classifica i progetti con EuroSciVoc, una tassonomia multilingue dei campi scientifici, attraverso un processo semi-automatico basato su tecniche NLP. Cfr.: Il Vocabolario Scientifico Europeo.
CORDIS classifica i progetti con EuroSciVoc, una tassonomia multilingue dei campi scientifici, attraverso un processo semi-automatico basato su tecniche NLP. Cfr.: Il Vocabolario Scientifico Europeo.
- scienze naturali scienze biologiche genetica RNA trascrittomi
- scienze naturali scienze biologiche genetica mutazione
- scienze naturali informatica e scienze dell'informazione intelligenza artificiale apprendimento automatico
- scienze naturali scienze biologiche genetica genomi
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Programma(i)
Programmi di finanziamento pluriennali che definiscono le priorità dell’UE in materia di ricerca e innovazione.
Programmi di finanziamento pluriennali che definiscono le priorità dell’UE in materia di ricerca e innovazione.
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H2020-EU.1.3. - EXCELLENT SCIENCE - Marie Skłodowska-Curie Actions
PROGRAMMA PRINCIPALE
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H2020-EU.1.3.2. - Nurturing excellence by means of cross-border and cross-sector mobility
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Argomento(i)
Gli inviti a presentare proposte sono suddivisi per argomenti. Un argomento definisce un’area o un tema specifico per il quale i candidati possono presentare proposte. La descrizione di un argomento comprende il suo ambito specifico e l’impatto previsto del progetto finanziato.
Gli inviti a presentare proposte sono suddivisi per argomenti. Un argomento definisce un’area o un tema specifico per il quale i candidati possono presentare proposte. La descrizione di un argomento comprende il suo ambito specifico e l’impatto previsto del progetto finanziato.
Meccanismo di finanziamento
Meccanismo di finanziamento (o «Tipo di azione») all’interno di un programma con caratteristiche comuni. Specifica: l’ambito di ciò che viene finanziato; il tasso di rimborso; i criteri di valutazione specifici per qualificarsi per il finanziamento; l’uso di forme semplificate di costi come gli importi forfettari.
Meccanismo di finanziamento (o «Tipo di azione») all’interno di un programma con caratteristiche comuni. Specifica: l’ambito di ciò che viene finanziato; il tasso di rimborso; i criteri di valutazione specifici per qualificarsi per il finanziamento; l’uso di forme semplificate di costi come gli importi forfettari.
MSCA-IF - Marie Skłodowska-Curie Individual Fellowships (IF)
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Invito a presentare proposte
Procedura per invitare i candidati a presentare proposte di progetti, con l’obiettivo di ricevere finanziamenti dall’UE.
Procedura per invitare i candidati a presentare proposte di progetti, con l’obiettivo di ricevere finanziamenti dall’UE.
(si apre in una nuova finestra) H2020-MSCA-IF-2018
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Contributo finanziario netto dell’UE. La somma di denaro che il partecipante riceve, decurtata dal contributo dell’UE alla terza parte collegata. Tiene conto della distribuzione del contributo finanziario dell’UE tra i beneficiari diretti del progetto e altri tipi di partecipanti, come i partecipanti terzi.
1649 028 Lisboa
Portogallo
I costi totali sostenuti dall’organizzazione per partecipare al progetto, compresi i costi diretti e indiretti. Questo importo è un sottoinsieme del bilancio complessivo del progetto.