DECISION ON OPTIMAL COMBINATORIAL THERAPIES IN IMIDS USING SYSTEMS APPROACHES

Informations projet

DocTIS

N° de convention de subvention: 848028

DOI

10.3030/848028

Date de signature de la CE 6 Decembre 2019

Date de début 1 Janvier 2020

Date de fin 30 Juin 2026

Financé au titre de

• SOCIETAL CHALLENGES - Health, demographic change and well-being

Coût total

€ 6 260 050,00

Contribution de l’UE

€ 6 260 050,00

Coordonné par

FUNDACIO HOSPITAL UNIVERSITARI VALL D'HEBRON - INSTITUT DE RECERCA
Spain

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Les liens vers les livrables et les publications des projets du 7e PC, ainsi que les liens vers certains types de résultats spécifiques tels que les jeux de données et les logiciels, sont récupérés dynamiquement sur OpenAIRE .

Livrables

Other (1)

Communication plan

This document will describe in detail the project communication strategy in all of its components: objectives, audiences, actions and tools.

Websites, patent fillings, videos etc. (1)

Creation of the project website

Website set up and launch

Publications

Thesis and dissertations (2)

Towards a large-scale human inflammation atlas at single-cell resolution

Auteurs: Laura Jiménez Gracia
Publié dans: 2024
Éditeur: University of Barcelona

Construction and utilization of digital twins for personalized therapeutic predictions

Auteurs: Samuel Schäfer
Publié dans: Linköping University Medical Dissertations, 2024
Éditeur: Linköping University Electronic Press
DOI: 10.3384/9789180757089

Peer reviewed articles (23)

A dynamic single cell-based framework for digital twins to prioritize disease genes and drug targets

Auteurs: Xinxiu Li; Eun Jung Lee; Sandra Lilja; Joseph Loscalzo; Samuel Schäfer; Martin Smelik; Maria Regina Strobl; Oleg Sysoev; Hui Wang; Huan Zhang; Yelin Zhao; Danuta R. Gawel; Barbara Bohle; Mikael Benson
Publié dans: Genome Medicine, Numéro 1, 2022, ISSN 1756-994X
Éditeur: BioMed Central
DOI: 10.1186/s13073-022-01048-4

Biological disease-modifying antirheumatic drugs may mitigate the risk of psoriatic arthritis in patients with chronic plaque psoriasis

Auteurs: Paolo Gisondi, Francesco Bellinato, Giovanni Targher, Luca Idolazzi, Giampiero Girolomoni
Publié dans: Annals of the Rheumatic Diseases, Numéro 81, 2025, Page(s) 68-73, ISSN 0003-4967
Éditeur: BMJ Publishing Group
DOI: 10.1136/annrheumdis-2021-219961

A Transcriptional Map of Human Tonsil Architecture: Beyond the Sum of (Single Cell) Parts

Auteurs: Helena L. Crowell, Laura Llaó‐Cid, Gerard Frigola, Samuel Gunz, Irene Ruano, Patricia Lorden, Max Ruiz, Marta Kulis, José Ignacio Martin‐Subero, Holger Heyn, Elias Campo, Anna Pascual‐Reguant
Publié dans: European Journal of Immunology, Numéro 56, 2026, ISSN 0014-2980
Éditeur: John Wiley & Sons Ltd.
DOI: 10.1002/eji.70121

STAMP: Single-cell transcriptomics analysis and multimodal profiling through imaging

Auteurs: Emanuele Pitino, Anna Pascual-Reguant, Felipe Segato-Dezem, Kellie Wise, Irepan Salvador-Martinez, Helena Lucia Crowell, Maycon Marção, Max Ruiz, Elise Courtois, William F. Flynn, Santhosh Sivajothi, Emily Soja, Ginevra Caratù, German Atzin Mora-Roldan, B. Kate Dredge, Yutian Liu, Hannah Chasteen, Monika Mohenska, Juan C. Nieto, Raymond K.H. Yip, Ruvimbo D. Mishi, José M. Polo, Mohmed Abdalftt
Publié dans: Cell, Numéro 188, 2026, Page(s) 5100-5117.e26, ISSN 0092-8674
Éditeur: Cell Press
DOI: 10.1016/j.cell.2025.05.027

Managing the Patient with Psoriasis and Metabolic Comorbidities

Auteurs: Francesco Bellinato, Martina Maurelli, Davide Geat, Giampiero Girolomoni, Paolo Gisondi
Publié dans: American Journal of Clinical Dermatology, Numéro 25, 2024, Page(s) 527-540, ISSN 1175-0561
Éditeur: Adis International Ltd.
DOI: 10.1007/s40257-024-00857-0

Mechanistic and therapeutic advances in immune-mediated gastrointestinal disorders

Auteurs: Nahir Garabatos, Edgar Angelats, Pere Santamaria
Publié dans: Journal of Allergy and Clinical Immunology, Numéro 156, 2025, Page(s) 1133-1159, ISSN 0091-6749
Éditeur: Mosby Inc.
DOI: 10.1016/j.jaci.2025.07.024

Targeting of the CD80/86 proinflammatory axis as a therapeutic strategy to prevent severe COVID-19.

Auteurs: Antonio Julià; Irene Bonafonte-Pardàs; Antonio Gomez; María López-Lasanta; Mireia López-Corbeto; Sergio H Martínez-Mateu; Jordi Lladós; Iván Rodríguez-Núñez; Richard M. Myers; S. Marsal
Publié dans: Scientific Reports, Vol 11, Iss 1, Pp 1-14 (2021), Numéro 1, 2021, ISSN 2045-2322
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41598-021-90797-0

Characteristics of Patients Experiencing a Flare of Generalized Pustular Psoriasis: A Multicenter Observational Study

Auteurs: Francesco Bellinato, Paolo Gisondi, Angelo Marzano, Stefano Piaserico, Clara De Simone, Giovanni Damiani, Giuseppe Argenziano, Marina Venturini, Paolo Dapavo, Antonio Costanzo, Matteo Megna, Francesca Prignano, Martina Burlando, Francesca Satolli, Andrea Carugno, Elena Pezzolo, Marco Romanelli, Aldo Cuccia, Giampiero Girolomoni
Publié dans: Vaccines, Numéro 11, 2023, Page(s) 740, ISSN 2076-393X
Éditeur: Multidisciplinary Digital Publishing Institute (MDPI)
DOI: 10.3390/vaccines11040740

The transition from mild to moderate‐to‐severe chronic plaque psoriasis

Auteurs: Francesco Bellinato, Paolo Gisondi, Guido Mioso, Elena Mason, Danny Straiotto, Stefano Piaserico, Giampiero Girolomoni
Publié dans: Journal of the European Academy of Dermatology and Venereology, Numéro 37, 2024, ISSN 0926-9959
Éditeur: Elsevier BV
DOI: 10.1111/jdv.19208

POS0995 SINGLE CELL RNA-SEQ CHARACTERIZATION OF CIRCULATING IMMUNE CELLS IN SJOGREN’S SYNDROME: COMPARISON TO SLE AND RHEUMATOID ARHTRITIS

Auteurs: J.L. Andréu Sánchez, A. Gómez-Gómez, Y. Guillen Montalban, P. Vela Casasempere, M.P. Álvarez Hernandez, I. Braña Abascal, M. Fernandez Castro, M.A. López Lasanta, J.M. Pego Reigosa, C. Marras Fernandez Cid, M.J. Garcia-Villanueva, F. Blanco, P. Carreira, C. Perez-Garcia, Í. Rúa-Figueroa, H.F. Avalos Bogado, N. Boix-Martí, E. Kirkegaard-biosca, I. Alvarez Saez, N. Palau Balaña, R. Tortos
Publié dans: Annals of the Rheumatic Diseases, Numéro 83, 2025, Page(s) 861, ISSN 0003-4967
Éditeur: BMJ Publishing Group
DOI: 10.1136/annrheumdis-2024-eular.4758

Digital Twins for Predictive, Preventive Personalized, and Participatory Treatment of Immune-Mediated Diseases

Auteurs: Mikael Benson
Publié dans: ATVB, Numéro 1, 2023, ISSN 0888-7543
Éditeur: Academic Press
DOI: 10.1161/atvbaha.122.318331

Macrophage and neutrophil heterogeneity at single-cell spatial resolution in human inflammatory bowel disease

Auteurs: Alba Garrido-Trigo, Ana M. Corraliza, Marisol Veny, Isabella Dotti, Elisa Melón-Ardanaz, Aina Rill, Helena L. Crowell, Ángel Corbí, Victoria Gudiño, Miriam Esteller, Iris Álvarez-Teubel, Daniel Aguilar, M. Carme Masamunt, Emily Killingbeck, Youngmi Kim, Michael Leon, Sudha Visvanathan, Domenica Marchese, Ginevra Caratù, Albert Martin-Cardona, Maria Esteve, Ingrid Ordás, Julian Panés, Elena
Publié dans: Nature Communications, Numéro 14, 2024, ISSN 2041-1723
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-023-40156-6

FixNCut: Single-cell genomics through reversible tissue fixation and dissociation

Auteurs: Jiménez-Gracia, Laura; Heyn, Holger
Publié dans: Genome Biology, Numéro 5, 2023, ISSN 2692-8205
Éditeur: Cold Spring Harbor Laboratory
DOI: 10.5281/zenodo.7837624

Gender perspective in the management of psoriasis

Auteurs: Martina MAURELLI, Paolo GISONDI, Giampiero GIROLOMONI
Publié dans: Italian Journal of Dermatology and Venereology, Numéro 160, 2025, ISSN 2784-8671
Éditeur: Edizioni Minerva Medica
DOI: 10.23736/s2784-8671.25.08147-2

scDrugPrio: a framework for the analysis of single-cell transcriptomics to address multiple problems in precision medicine in immune-mediated inflammatory diseases. Genome Med 16, 42 (2024).

Auteurs: Samuel Schäfer, Martin Smelik, Oleg Sysoev, Yelin Zhao, Desiré Eklund, Sandra Lilja, Mika Gustafsson, Holger Heyn, Antonio Julia, István A. Kovács, Joseph Loscalzo, Sara Marsal, Huan Zhang, Xinxiu Li, Danuta Gawel, Hui Wang and Mikael Benson
Publié dans: Genome Medicine, 2024, ISSN 0888-7543
Éditeur: Academic Press
DOI: 10.1186/s13073-024-01314-7

Interpretable inflammation landscape of circulating immune cells

Auteurs: Laura Jiménez-Gracia, Davide Maspero, Sergio Aguilar-Fernández, Francesco Craighero, Maria Boulougouri, Max Ruiz, Domenica Marchese, Ginevra Caratù, Jose Liñares-Blanco, Miren Berasategi, Ricardo O. Ramirez Flores, Angela Sanzo-Machuca, Ana M. Corraliza, Hoang A. Tran, Rachelly Normand, Jacquelyn Nestor, Yourae Hong, Tessa Kole, Petra van der Velde, Frederique Alleblas, Flaminia Pedretti, Adri
Publié dans: Nature Medicine, Numéro 32, 2026, Page(s) 633-644, ISSN 1078-8956
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41591-025-04126-3

Sex Differences in Epidemiology, Mechanisms, and Management of Atopic Dermatitis

Auteurs: Martina Maurelli, Paolo Gisondi, Micol Del Giglio, Giampiero Girolomoni
Publié dans: Dermatologic Therapy, Numéro 2025, 2026, ISSN 1396-0296
Éditeur: Blackwell Publishing Inc.
DOI: 10.1155/dth/6670747

Sampling time-dependent artifacts in single-cell genomics studies

Auteurs: Ramon Massoni-Badosa, Giovanni Iacono, Catia Moutinho, Marta Kulis, Núria Palau, Domenica Marchese, Javier Rodríguez-Ubreva, Esteban Ballestar, Gustavo Rodriguez-Esteban, Sara Marsal, Marta Aymerich, Dolors Colomer, Elias Campo, Antonio Julià, José Ignacio Martín-Subero, Holger Heyn
Publié dans: Genome Biology, Numéro 21/1, 2020, ISSN 1474-760X
Éditeur: Genome Biology
DOI: 10.1186/s13059-020-02032-0

Allelic Variants of HLA-C Upstream Region, PSORS1C3, MICA, TNFA and Genes Involved in Epidermal Homeostasis and Barrier Function Influence the Clinical Response to Anti-IL-12/IL-23 Treatment of Patients with Psoriasis

Auteurs: Martina Morelli, Marco Galluzzo, Claudia Scarponi, Stefania Madonna, Giovanni Luca Scaglione, Giampiero Girolomoni, Marina Talamonti, Luca Bianchi, Cristina Albanesi
Publié dans: Vaccines, Numéro 10, 2024, Page(s) 1977, ISSN 2076-393X
Éditeur: Multidisciplinary Digital Publishing Institute (MDPI)
DOI: 10.3390/vaccines10111977

OP0260 DoCTIS: A SINGLE CELL RNA-Seq ATLAS OF DRUG RESPONSE TO TARGETED THERAPIES

Auteurs: A. Julià, Y. Guillén, J.A. Patiño Galindo, S.H. Martínez-Mateu, P. Vela Casasempere, A. Fernández Nebro, C. Marras, S. Castañeda, J. Calvo Alén, J. Tornero Molina, J.D.D. Cañete Crespillo, E. Domènech, J.P. Gisbert, J.M. Carrascosa, E. Fonseca, L. Bujanda Fernández de Pierola, V. García Sánchez, B. Siegmund, G. Girolomoni, H. Heyn, L. Jimenez, P. Santamaría, E. Angelats, R. Myers, E.
Publié dans: Annals of the Rheumatic Diseases, Numéro 84, 2025, Page(s) 214, ISSN 0003-4967
Éditeur: BMJ Publishing Group
DOI: 10.1016/j.ard.2025.05.270

<i>HLA-Cw6</i> and other HLA-C alleles, as well as <i>MICB-DT, DDX58,</i> and <i>TYK2</i> genetic variants associate with optimal response to anti-IL-17A treatment in patients with psoriasis

Auteurs: Martina Morelli, Marco Galluzzo, Stefania Madonna, Claudia Scarponi, Giovanni Luca Scaglione, Tiziana Galluccio, Marco Andreani, Sabatino Pallotta, Giampiero Girolomoni, Luca Bianchi, Marina Talamonti, Cristina Albanesi
Publié dans: Expert Opinion on Biological Therapy, Numéro 21, 2021, Page(s) 259-270, ISSN 1471-2598
Éditeur: Ashley Publications Ltd.
DOI: 10.1080/14712598.2021.1862082

ABS0280 UNVEILING SYNERGISTIC DRUG COMBINATIONS FOR IMMUNE-MEDIATED INFLAMMATORY DISEASES: INSIGHTS FROM THE DoCTIS CONSORTIUM USING SYSTEMS BIOLOGY APPROACHES

Auteurs: A. Julià, E. Choy, M.A. López Lasanta, P. Vela Casasempere, A. Fernández Nebro, S. Castañeda, C. Marras, J. Calvo Alén, J. Tornero Molina, J.D.D. Cañete Crespillo, E. Domènech, J.P. Gisbert, J.M. Carrascosa, E. Fonseca, L. Bujanda Fernández de Pierola, V. García Sánchez, B. Siegmund, G. Girolomoni, H. Heyn, L. Jimenez, P. Santamaría, E. Angelats, R. Myers, Y. Guillén, S.H. Martínez-Ma
Publié dans: Annals of the Rheumatic Diseases, Numéro 84, 2025, Page(s) 1509-1510, ISSN 0003-4967
Éditeur: BMJ Publishing Group
DOI: 10.1016/j.ard.2025.06.869

An interactive atlas of genomic, proteomic, and metabolomic biomarkers promotes the potential of proteins to predict complex diseases

Auteurs: Martin Smelik , Yelin Zhao , Xinxiu Li , Joseph Loscalzo , Oleg Sysoev , Firoj Mahmud , Dina Mansour Aly , Mikael Benson
Publié dans: Scientific Reports, 2024, ISSN 2045-2322
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41598-024-63399-9

Conference proceedings (2)

Exploring Query-to-reference Mapping Challenges for Automated Single-Cell Atlas-based Diagnostics

Auteurs: Craighero, Francesco - Maspero, Davide - Jiménez-Gracia, Laura - Aguilar-Fernández, Sergio - Boulougouri, Maria - Nieto, Juan - Heyn, Holger
Publié dans: 2025
Éditeur: Learning Meaningful Representations of Life (LMRL) Workshop at ICLR 2025

DoCTIS: a single cell RNA-seq atlas of drug response to targeted therapies in immune-mediated inflammatory diseases

Auteurs: B Siegmund, A Julia, Y Guillén, E Domenech Morral, J Gisbert, P Vela Casasempere, A Fernandez Nebro, C Marras, S Castaneda, J Calvo Alen, J Tornero Molino, J Canete Crespillo, J M Carrascosa, E Fonseca, L Bujunda Fernandez de Pierola, V García, G Girolomoni, H Heyn, P SantaMaria, S H Martinez Mateu, R Myers, J A Patino Galindo, E Choy, S Marsal
Publié dans: Zeitschrift für Gastroenterologie, 79. Jahrestagung der DGVS mit Sektion Endoskopie Jahrestagung der Deutschen Gesellschaft für Allgemein- und Viszeralchirurgie mit den Arbeitsgemeinschaften der DGAV und Jahrestagung der CACP, Numéro 63, 2025
Éditeur: Georg Thieme Verlag KG
DOI: 10.1055/s-0045-1810718