Short linear interaction motifs as specificity determinants in the ubiquitin system – discovery, mechanisms and therapeutic opportunities

Informations projet

UBIMOTIF

N° de convention de subvention: 860517

DOI

10.3030/860517

Projet clôturé

Date de signature de la CE 9 Août 2019

Date de début 1 Decembre 2019

Date de fin 31 Mai 2024

Financé au titre de

• EXCELLENT SCIENCE - Marie Skłodowska-Curie Actions

Coût total

€ 4 143 173,11

Contribution de l’UE

€ 4 143 173,11

Coordonné par

KOBENHAVNS UNIVERSITET
Denmark

CORDIS fournit des liens vers les livrables publics et les publications des projets HORIZON.

Les liens vers les livrables et les publications des projets du 7e PC, ainsi que les liens vers certains types de résultats spécifiques tels que les jeux de données et les logiciels, sont récupérés dynamiquement sur OpenAIRE .

Livrables

Documents, reports (6)

UBIMOTIF newsletter 3
UBIMOTIF newsletter 2
UBIMOTIF newsletter 4
UBIMOTIF newsletter 1
Open access publications from ESR projects
Joint publication form JC work

Joint publication form JC work3UCPHPDEPU48

Websites, patent fillings, videos etc. (1)

Website, LinkedIn, twitter, facebook accounts for network

Other (3)

Advertisement of positions
Presentation of results at meetings

Presentation of results at meetings3UCPHPDEPU42

Online open access SLiM resources

Publications

Peer reviewed articles (14)

On the Effects of Disordered Tails, Supertertiary Structure and Quinary Interactions on the Folding and Function of Protein Domains

Auteurs: Francesca Malagrinò, Valeria Pennacchietti, Daniele Santorelli, Livia Pagano, Caterina Nardella, Awa Diop, Angelo Toto, Stefano Gianni
Publié dans: Biomolecules, 2022, ISSN 2218-273X
Éditeur: MDPI
DOI: 10.3390/biom12020209

Folding and Binding Mechanisms of the SH2 Domain from Crkl

Auteurs: Caterina Nardella, Angelo Toto, Daniele Santorelli, Livia Pagano, Awa Diop, Valeria Pennacchietti, Paola Pietrangeli, Lucia Marcocci, Francesca Malagrinò, Stefano Gianni
Publié dans: Biomolecules, 2022, ISSN 2218-273X
Éditeur: MDPI
DOI: 10.3390/biom12081014

The human GID complex engages two independent modules for substrate recruitment

Auteurs: Mohamed, Weaam I.; Park, Sophia L.; Rabl, Julius; id_orcid0000-0001-6375-852X; Leitner, Alexander; Boehringer, Daniel; Peter, Matthias; peter, matthias
Publié dans: EMBO Reports, 22 (11), Numéro 1, 2021, ISSN 1469-221X
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.3929/ethz-b-000511960

Unveiling induced folding of intrinsically disordered proteins – Protein engineering, frustration and emerging themes

Auteurs: Francesca Malagrinò, Awa Diop, Livia Pagano, Caterina Nardella, Angelo Toto, Stefano Gianni
Publié dans: Current Opinion in Structural Biology, 2022, ISSN 1879-033X
Éditeur: Elsevier
DOI: 10.1016/j.sbi.2021.11.004

Who Binds Better? Let Alphafold2 Decide!

Auteurs: Julia K. Varga, Ora Schueler-Furman
Publié dans: Angewandte Chemie, 2023, ISSN 1521-3773
Éditeur: Wiley-VCH GmbH
DOI: 10.1002/anie.202303526

Exploring the effect of tethered domains on the folding of Grb2 protein

Auteurs: Livia Pagano, Valeria Pennacchietti, Awa Diop, Daniele Santorelli, Paola Pietrangeli, Lucia Marcocci, Caterina Nardella, Francesca Malagrino, Angelo Toto, Stefano Gianni
Publié dans: Archives of Biochemistry and Biophysics, 2022, ISSN 0003-9861
Éditeur: Academic Press
DOI: 10.1016/j.abb.2022.109444

xProtCAS: A Toolkit for Extracting Conserved Accessible Surfaces from Protein Structures

Auteurs: Hazem M. Kotb, Norman E. Davey
Publié dans: Biomolecules, 2023, ISSN 2218-273X
Éditeur: MDPI
DOI: 10.3390/biom13060906

Matching protein surface structural patches for high-resolution blind peptide docking

Auteurs: Alisa Khramushin, Ziv Ben-Aharon, Tomer Tsaban, Julia K. Varga, Orly Avraham, Ora Schueler-Furman
Publié dans: PNAS, 2022, ISSN 1091-6490
Éditeur: National Academy of Sciences
DOI: 10.1073/pnas.2121153119

Structure-Based Prediction of KDAC6 Substrates Validated by Enzymatic Assay Reveals Determinants of Promiscuity and Detects New Potential Substrates

Auteurs: Julia Varga; Kelsey Diffley; Katherine R. Welker Leng; Carol A. Fierke; Ora Schueler-Furman
Publié dans: Scientific Reports, 2022, ISSN 2045-2322
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41598-022-05681-2

SH2 Domains: Folding, Binding and Therapeutical Approaches

Auteurs: Awa Diop, Daniele Santorelli, Francesca Malagrinò, Caterina Nardella, Valeria Pennacchietti, Livia Pagano, Lucia Marcocci, Paola Pietrangeli, Stefano Gianni, Angelo Toto
Publié dans: International Journal of Molecular Sciences, 2022, ISSN 1422-0067
Éditeur: Multidisciplinary Digital Publishing Institute (MDPI)
DOI: 10.3390/ijms232415944

Harnessing protein folding neural networks for peptide–protein docking

Auteurs: Tsaban, Tomer; Varga, Julia K.; Avraham, Orly; Ben-Aharon, Ziv; Khramushin, Alisa; Schueler-Furman, Ora
Publié dans: Nature Communications, Numéro 1, 2022, ISSN 2041-1723
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-021-27838-9

Biophysical Characterization of the Binding Mechanism between the MATH Domain of SPOP and Its Physiological Partners

Auteurs: Awa Diop, Paola Pietrangeli, Caterina Nardella, Valeria Pennacchietti, Livia Pagano, Angelo Toto, Mariana Di Felice, Sara Di Matteo, Lucia Marcocci, Francesca Malagrinò, Stefano Gianni
Publié dans: International Journal of Molecular Sciences, 2023, ISSN 1422-0067
Éditeur: Multidisciplinary Digital Publishing Institute (MDPI)
DOI: 10.3390/ijms241210138

Characterization of early and late transition states of the folding pathway of a SH2 domain

Auteurs: Angelo Toto; Francesca Malagrinò; Caterina Nardella; Valeria Pennacchietti; Livia Pagano; Daniele Santorelli; Awa Diop; Stefano Gianni
Publié dans: Protein Science, 2022, ISSN 1469-896X
Éditeur: Wiley
DOI: 10.1002/pro.4332

Profiling ubiquitin signalling with UBIMAX reveals DNA damage- and SCFβ-Trcp1-dependent ubiquitylation of the actin-organizing protein Dbn1

Auteurs: Camilla S. Colding-Christensen, Ellen S. Kakulidis, Javier Arroyo-Gomez, Ivo A. Hendriks, Connor Arkinson, Zita Fábián, Agnieszka Gambus, Niels Mailand, Julien P. Duxin & Michael L. Nielsen
Publié dans: Nature Communications, 2023, ISSN 2041-1723
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-023-43873-0

Book chapters (1)

A Mass Spectrometry-Based Strategy for Mapping Modification Sites for the Ubiquitin-Like Modifier NEDD8

Auteurs: Oliveira, C.A.B., Isaakova, E., Beli, P., Xirodimas, D.P.
Publié dans: The Ubiquitin Code. Methods in Molecular Biology, vol 2602., 2022, ISBN 978-1-0716-2859-1
Éditeur: Humana
DOI: 10.1007/978-1-0716-2859-1_10