Short linear interaction motifs as specificity determinants in the ubiquitin system – discovery, mechanisms and therapeutic opportunities

Projektinformationen

UBIMOTIF

ID Finanzhilfevereinbarung: 860517

DOI

10.3030/860517

Projekt abgeschlossen

EK-Unterschriftsdatum 9 August 2019

Startdatum 1 Dezember 2019

Enddatum 31 Mai 2024

Finanziert unter

• EXCELLENT SCIENCE - Marie Skłodowska-Curie Actions

Gesamtkosten

€ 4 143 173,11

EU-Beitrag

€ 4 143 173,11

Koordiniert durch

KOBENHAVNS UNIVERSITET
Denmark

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Leistungen

Documents, reports (6)

UBIMOTIF newsletter 3
UBIMOTIF newsletter 2
UBIMOTIF newsletter 4
UBIMOTIF newsletter 1
Open access publications from ESR projects
Joint publication form JC work

Joint publication form JC work3UCPHPDEPU48

Websites, patent fillings, videos etc. (1)

Website, LinkedIn, twitter, facebook accounts for network

Other (3)

Advertisement of positions
Presentation of results at meetings

Presentation of results at meetings3UCPHPDEPU42

Online open access SLiM resources

Veröffentlichungen

Peer reviewed articles (14)

On the Effects of Disordered Tails, Supertertiary Structure and Quinary Interactions on the Folding and Function of Protein Domains

Autoren: Francesca Malagrinò, Valeria Pennacchietti, Daniele Santorelli, Livia Pagano, Caterina Nardella, Awa Diop, Angelo Toto, Stefano Gianni
Veröffentlicht in: Biomolecules, 2022, ISSN 2218-273X
Herausgeber: MDPI
DOI: 10.3390/biom12020209

Folding and Binding Mechanisms of the SH2 Domain from Crkl

Autoren: Caterina Nardella, Angelo Toto, Daniele Santorelli, Livia Pagano, Awa Diop, Valeria Pennacchietti, Paola Pietrangeli, Lucia Marcocci, Francesca Malagrinò, Stefano Gianni
Veröffentlicht in: Biomolecules, 2022, ISSN 2218-273X
Herausgeber: MDPI
DOI: 10.3390/biom12081014

The human GID complex engages two independent modules for substrate recruitment

Autoren: Mohamed, Weaam I.; Park, Sophia L.; Rabl, Julius; id_orcid0000-0001-6375-852X; Leitner, Alexander; Boehringer, Daniel; Peter, Matthias; peter, matthias
Veröffentlicht in: EMBO Reports, 22 (11), Ausgabe 1, 2021, ISSN 1469-221X
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.3929/ethz-b-000511960

Unveiling induced folding of intrinsically disordered proteins – Protein engineering, frustration and emerging themes

Autoren: Francesca Malagrinò, Awa Diop, Livia Pagano, Caterina Nardella, Angelo Toto, Stefano Gianni
Veröffentlicht in: Current Opinion in Structural Biology, 2022, ISSN 1879-033X
Herausgeber: Elsevier
DOI: 10.1016/j.sbi.2021.11.004

Who Binds Better? Let Alphafold2 Decide!

Autoren: Julia K. Varga, Ora Schueler-Furman
Veröffentlicht in: Angewandte Chemie, 2023, ISSN 1521-3773
Herausgeber: Wiley-VCH GmbH
DOI: 10.1002/anie.202303526

Exploring the effect of tethered domains on the folding of Grb2 protein

Autoren: Livia Pagano, Valeria Pennacchietti, Awa Diop, Daniele Santorelli, Paola Pietrangeli, Lucia Marcocci, Caterina Nardella, Francesca Malagrino, Angelo Toto, Stefano Gianni
Veröffentlicht in: Archives of Biochemistry and Biophysics, 2022, ISSN 0003-9861
Herausgeber: Academic Press
DOI: 10.1016/j.abb.2022.109444

xProtCAS: A Toolkit for Extracting Conserved Accessible Surfaces from Protein Structures

Autoren: Hazem M. Kotb, Norman E. Davey
Veröffentlicht in: Biomolecules, 2023, ISSN 2218-273X
Herausgeber: MDPI
DOI: 10.3390/biom13060906

Matching protein surface structural patches for high-resolution blind peptide docking

Autoren: Alisa Khramushin, Ziv Ben-Aharon, Tomer Tsaban, Julia K. Varga, Orly Avraham, Ora Schueler-Furman
Veröffentlicht in: PNAS, 2022, ISSN 1091-6490
Herausgeber: National Academy of Sciences
DOI: 10.1073/pnas.2121153119

Structure-Based Prediction of KDAC6 Substrates Validated by Enzymatic Assay Reveals Determinants of Promiscuity and Detects New Potential Substrates

Autoren: Julia Varga; Kelsey Diffley; Katherine R. Welker Leng; Carol A. Fierke; Ora Schueler-Furman
Veröffentlicht in: Scientific Reports, 2022, ISSN 2045-2322
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41598-022-05681-2

SH2 Domains: Folding, Binding and Therapeutical Approaches

Autoren: Awa Diop, Daniele Santorelli, Francesca Malagrinò, Caterina Nardella, Valeria Pennacchietti, Livia Pagano, Lucia Marcocci, Paola Pietrangeli, Stefano Gianni, Angelo Toto
Veröffentlicht in: International Journal of Molecular Sciences, 2022, ISSN 1422-0067
Herausgeber: Multidisciplinary Digital Publishing Institute (MDPI)
DOI: 10.3390/ijms232415944

Harnessing protein folding neural networks for peptide–protein docking

Autoren: Tsaban, Tomer; Varga, Julia K.; Avraham, Orly; Ben-Aharon, Ziv; Khramushin, Alisa; Schueler-Furman, Ora
Veröffentlicht in: Nature Communications, Ausgabe 1, 2022, ISSN 2041-1723
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-021-27838-9

Biophysical Characterization of the Binding Mechanism between the MATH Domain of SPOP and Its Physiological Partners

Autoren: Awa Diop, Paola Pietrangeli, Caterina Nardella, Valeria Pennacchietti, Livia Pagano, Angelo Toto, Mariana Di Felice, Sara Di Matteo, Lucia Marcocci, Francesca Malagrinò, Stefano Gianni
Veröffentlicht in: International Journal of Molecular Sciences, 2023, ISSN 1422-0067
Herausgeber: Multidisciplinary Digital Publishing Institute (MDPI)
DOI: 10.3390/ijms241210138

Characterization of early and late transition states of the folding pathway of a SH2 domain

Autoren: Angelo Toto; Francesca Malagrinò; Caterina Nardella; Valeria Pennacchietti; Livia Pagano; Daniele Santorelli; Awa Diop; Stefano Gianni
Veröffentlicht in: Protein Science, 2022, ISSN 1469-896X
Herausgeber: Wiley
DOI: 10.1002/pro.4332

Profiling ubiquitin signalling with UBIMAX reveals DNA damage- and SCFβ-Trcp1-dependent ubiquitylation of the actin-organizing protein Dbn1

Autoren: Camilla S. Colding-Christensen, Ellen S. Kakulidis, Javier Arroyo-Gomez, Ivo A. Hendriks, Connor Arkinson, Zita Fábián, Agnieszka Gambus, Niels Mailand, Julien P. Duxin & Michael L. Nielsen
Veröffentlicht in: Nature Communications, 2023, ISSN 2041-1723
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-023-43873-0

Book chapters (1)

A Mass Spectrometry-Based Strategy for Mapping Modification Sites for the Ubiquitin-Like Modifier NEDD8

Autoren: Oliveira, C.A.B., Isaakova, E., Beli, P., Xirodimas, D.P.
Veröffentlicht in: The Ubiquitin Code. Methods in Molecular Biology, vol 2602., 2022, ISBN 978-1-0716-2859-1
Herausgeber: Humana
DOI: 10.1007/978-1-0716-2859-1_10