Descripción del proyecto
Metodología para determinar con rapidez la respuesta a un fármaco
Está claro que la capacidad de predecir la respuesta a un tratamiento farmacológico mejoraría su eficacia y reduciría los tratamientos innecesarios y los efectos secundarios conexos. Para abordar esta cuestión, el equipo del proyecto financiado con fondos europeos SLAM-Dx ha desarrollado un método muy sensible (SLAMseq) para medir el ARN existente y el recién sintetizado en las células. La idea es utilizar este método para determinar el efecto del tratamiento farmacológico asociado a los cambios en la expresión génica provocados por un tratamiento específico. La velocidad, la eficacia y la precisión de SLAMseq la convierten en una herramienta ideal para orientar los protocolos de tratamiento antineoplásico a medida en la clínica. Además, SLAMseq puede emplearse para el cribado de alto rendimiento durante el proceso de desarrollo de fármacos.
Objetivo
One of the greatest challenges today is to select the right drug for the right patient at the right time. A lack of diagnostic tools for predicting therapy response currently hampers patient-tailored treatment decisions in the clinic with severe implications for economy and – most importantly – patient survival.
Profiling transcriptional responses to drug treatment is a key method for probing the activity of targeted therapeutics and guiding their use in the clinic. A major limitation of established gene expression profiling techniques (such as microarrays and RNA-seq) is their limited time resolution precluding the distinction of direct from secondary transcriptional responses to drug therapy. This hampers their utility for deciphering drug action and guiding patient-tailored treatment decisions.
To overcome this problem, as part of an ERC-StG project (Systematic in-vivo analysis of chromatin-associated targets in leukemia, 336860) I have co-developed thiol(SH)-linked alkylation for the metabolic sequencing of RNA (SLAMseq) as a rapid, robust and highly scalable method for the unbiased quantification of changes in mRNA production upon cell perturbations. Its unique features (low input cell numbers, short treatment-to-sample time, 1-day protocol library preparation in 96-well format) may qualify SLAMseq as the first method to probe the function, efficacy and selectivity of candidate therapeutics in primary (tumor) cells with unprecedented precision and on a large scale.
In this ERC-PoC project, I propose to establish technical and commercial proof-of-concept for SLAMseq’s application in preclinical and clinical drug development and optimization, and for patient-tailored treatment selection. Upon the successful proof-of-concept for SLAMseq’s application as diagnostic tool, SLAM-Dx has the potential to revolutionize translational research and personalised medicine in a variety of disease areas.
Ámbito científico (EuroSciVoc)
CORDIS clasifica los proyectos con EuroSciVoc, una taxonomía plurilingüe de ámbitos científicos, mediante un proceso semiautomático basado en técnicas de procesamiento del lenguaje natural.
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Programa(s)
Régimen de financiación
ERC-POC-LS - ERC Proof of Concept Lump Sum PilotInstitución de acogida
1030 Wien
Austria