Pan-genome Graph Algorithms and Data Integration

CORDIS fournit des liens vers les livrables publics et les publications des projets HORIZON.

Les liens vers les livrables et les publications des projets du 7e PC, ainsi que les liens vers certains types de résultats spécifiques tels que les jeux de données et les logiciels, sont récupérés dynamiquement sur OpenAIRE .

Livrables

Communication and dissemination report

Report on dissemination strategies and activities of the network Monitoring and recording of individual dissemination activities

First progress report

First progress report on secondments and scientific and financial aspects of the project

Kick-off meeting report

Description of the overall planning for the Project development, as discussed and agreed during the Kick-Off meeting.

Publications

Elastic-Degenerate String Matching via Fast Matrix Multiplication

Auteurs: Giulia Bernardini, Paweł Gawrychowski, Nadia Pisanti, Solon P. Pissis, Giovanna Rosone
Publié dans: SIAM Journal on Computing, Numéro 51/3, 2022, Page(s) 549-576, ISSN 0097-5397
Éditeur: Society for Industrial and Applied Mathematics
DOI: 10.1137/20m1368033

Simpler and Faster Development of Tumor Phylogeny Pipelines

Auteurs: Sarwan Ali, Simone Ciccolella, Lorenzo Lucarella, Gianluca Della Vedova, Murray Patterson
Publié dans: Journal of Computational Biology, Numéro 28/11, 2021, Page(s) 1142-1155, ISSN 1066-5277
Éditeur: Mary Ann Liebert Inc.
DOI: 10.1089/cmb.2021.0271

Systematic Genomic Surveillance of SARS-CoV-2 Virus on Illumina Sequencing Platforms in the Slovak Republic-One Year Experience

Auteurs: Diana Rusňáková, Tatiana Sedláčková, Peter Radvák, Miroslav Böhmer, Pavol Mišenko, Jaroslav Budiš, Silvia Bokorová, Nikola Lipková, Michaela Forgáčová-Jakúbková, Tomáš Sládeček, Jozef Sitarčík, Werner Krampl, Michaela Gažiová, Anna Kaliňáková, Edita Staroňová, Elena Tichá, Terézia Vrábľová, Lucia Ševčíková, Barbora Kotvasová, Lucia Maďarová, Soňa Feiková
Publié dans: Viruses, Numéro 14/11, 2022, ISSN 1999-4915
Éditeur: Multidisciplinary Digital Publishing Institute (MDPI)
DOI: 10.3390/v14112432

Finding Maximal Exact Matches Using the r-Index

Auteurs: Massimiliano Rossi, Marco Oliva, Paola Bonizzoni, Ben Langmead, Travis Gagie, Christina Boucher
Publié dans: Journal of Computational Biology, Numéro 29/2, 2022, Page(s) 188-194, ISSN 1066-5277
Éditeur: Mary Ann Liebert Inc.
DOI: 10.1089/cmb.2021.0445

RecGraph: recombination-aware alignment of sequences to variation graphs

Auteurs: Jorge Avila Cartes, Paola Bonizzoni, Simone Ciccolella, Gianluca Della Vedova, Luca Denti, Xavier Didelot, Davide Cesare Monti, Yuri Pirola
Publié dans: Bioinformatics, Numéro 40(5), 2024, Page(s) btae292, ISSN 1367-4803
Éditeur: Oxford University Press
DOI: 10.1093/bioinformatics/btae292

Automated prediction of the clinical impact of structural copy number variations

Auteurs: Michaela Gažiová, Tomáš Sládeček, Ondrej Pös, M. Števko, Werner Krampl, Zuzana Pös, Rastislav Hekel, M. Hlavačka, Marcel Kucharík, Jan Radvánszky, Jaroslav Budiš, Tomáš Szemes
Publié dans: Scientific Reports, Numéro 12, 2022, ISSN 2045-2322
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41598-021-04505-z

Comparing methods for constructing and representing human pangenome graphs

Auteurs: Francesco Andreace, Pierre Lechat, Yoann Dufresne, Rayan Chikhi
Publié dans: Genome Biology, 2023, ISSN 1474-760X
Éditeur: BioMed Central Ltd
DOI: 10.1186/s13059-023-03098-2

MALVIRUS: an integrated application for viral variant analysis

Auteurs: Simone Ciccolella; Luca Denti; Paola Bonizzoni; Gianluca Della Vedova; Yuri Pirola; Marco Previtali
Publié dans: BMC Bioinformatics, Numéro 22, 2021, Page(s) 625, ISSN 1471-2105
Éditeur: BioMed Central
DOI: 10.1186/s12859-022-04668-0

High-quality metagenome assembly from long accurate reads with metaMDBG

Auteurs: Gaëtan Benoit, Sébastien Raguideau, Robert James, Adam M. Phillippy, Rayan Chikhi, Christopher Quince
Publié dans: Nature Biotechnology, 2024, ISSN 1087-0156
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41587-023-01983-6

Combination of expert guidelines-based and machine learning-based approaches leads to superior accuracy of automated prediction of clinical effect of copy number variations

Auteurs: Tomáš Sládeček, Michaela Gažiová, Marcel Kucharík, Andrea Zaťková, Zuzana Pös, Ondrej Pös, Werner Krampl, Erika Tomková, Michaela Hýblová, Gabriel Minárik, Ján Radvánszky, Jaroslav Budiš, Tomáš Szemes
Publié dans: Scientific Reports, 2023, ISSN 2045-2322
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41598-023-37352-1

VirPool: Model-Based Estimation of SARS-CoV-2 Variant Proportions in Wastewater Samples

Auteurs: Askar Gafurov, Andrej Baláž, Fabian Amman, Kristína Boršová, Viktória Čabanová, Boris Klempa, Andreas Bergthaler, Tomáš Vinař, Broňa Brejová
Publié dans: BMC Bioinformatics, Numéro 23, 2022, ISSN 1471-2105
Éditeur: BioMed Central
DOI: 10.1186/s12859-022-05100-3

IUPACpal: efficient identification of inverted repeats in IUPAC-encoded DNA sequences

Auteurs: Hayam Alamro, Mai Alzamel, Costas S. Iliopoulos, Solon P. Pissis, Steven Watts
Publié dans: BMC Bioinformatics, Numéro 22, 2021, Page(s) 51, ISSN 1471-2105
Éditeur: BioMed Central
DOI: 10.1186/s12859-021-03983-2

Indexing and real-time user-friendly queries in terabyte-sized complex genomic datasets with kmindex and ORA

Auteurs: Téo Lemane, Nolan Lezzoche, Julien Lecubin, Eric Pelletier, Magali Lescot, Rayan Chikhi, Pierre Peterlongo
Publié dans: Nature Computational Science, Numéro 4, 2024, Page(s) 104–109, ISSN 2662-8457
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s43588-024-00596-6

Strainline: Full-length de novo viral haplotype reconstruction from noisy long reads

Auteurs: Luo, Xiao; Kang, Xiangbin; Schönhuth, Alexander
Publié dans: Genome Biology, 2022, ISSN 1474-760X
Éditeur: BioMed Central Ltd.
DOI: 10.1186/s13059-021-02587-6

Pangenome comparison via ED strings

Auteurs: Esteban Gabory, Moses Njagi Mwaniki, Nadia Pisanti, Solon P. Pissis, Jakub Radoszewski, Michelle Sweering, Wiktor Zuba
Publié dans: Frontiers in Bioinformatics, Numéro 4, 2024, ISSN 2673-7647
Éditeur: Frontiers Media SA
DOI: 10.3389/fbinf.2024.1397036

Numeric Lyndon-based feature embedding of sequencing reads for machine learning approaches

Auteurs: Paola Bonizzoni, Matteo Costantini, Clelia De Felice, Alessia Petescia, Yuri Pirola, Marco Previtali, Raffaella Rizzi, Jens Stoye, Rocco Zaccagnino, Rosalba Zizza
Publié dans: Information Sciences, Numéro 607, 2022, Page(s) 458-476, ISSN 0020-0255
Éditeur: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.ins.2022.06.005

Shark: fishing relevant reads in an RNA-Seq sample

Auteurs: Luca Denti, Yuri Pirola, Marco Previtali, Tamara Ceccato, Gianluca Della Vedova, Raffaella Rizzi, Paola Bonizzoni
Publié dans: Bioinformatics, Numéro 37/4, 2020, Page(s) 464-472, ISSN 1367-4803
Éditeur: Oxford University Press
DOI: 10.1093/bioinformatics/btaa779

μ-PBWT: a lightweight r-indexing of the PBWT for storing and querying UK Biobank data

Auteurs: Davide Cozzi, Massimiliano Rossi, Simone Rubinacci, Travis Gagie, Dominik Köppl, Christina Boucher, Paola Bonizzoni
Publié dans: Bioinformatics, 2023, ISSN 1367-4803
Éditeur: Oxford University Press
DOI: 10.1093/bioinformatics/btad552

Nanopore base calling on the edge

Auteurs: Peter Perešíni, Vladimír Boža, Broňa Brejová, Tomáš Vinař
Publié dans: Bioinformatics, Numéro 37/24, 2021, Page(s) 4661-4667, ISSN 1367-4803
Éditeur: Oxford University Press
DOI: 10.1093/bioinformatics/btab528

Nanopore sequencing of SARS-CoV-2: Comparison of short and long PCR-tiling amplicon protocols.

Auteurs: Brona Brejova; Kristína Boršová; Viktória Hodorová; Viktória Čabanová; Askar Gafurov; Dominika Fricova; Martina Neboháčová; Tomas Vinar; Boris Klempa; Jozef Nosek
Publié dans: PLoS ONE, Numéro 16, 2021, Page(s) e0259277, ISSN 1932-6203
Éditeur: Public Library of Science
DOI: 10.1371/journal.pone.0259277

Triplet-based similarity score for fully multi-labeled trees with poly-occurring labels

Auteurs: Simone Ciccolella, Giulia Bernardini, Luca Denti, Paola Bonizzoni, Marco Previtali, Gianluca Della Vedova
Publié dans: Bioinformatics, Numéro 37/2, 2020, Page(s) 178-184, ISSN 1367-4803
Éditeur: Oxford University Press
DOI: 10.1093/bioinformatics/btaa676

Computing linkage disequilibrium aware genome embeddings using autoencoders

Auteurs: Gizem Taş, Timo Westerdijk, Eric Postma, Project MinE ALS GWAS Consortium , Jan H Veldink, Alexander Schönhuth, Marleen Balvert
Publié dans: Bioinformatics, 2024, ISSN 1367-4803
Éditeur: Oxford University Press
DOI: 10.1093/bioinformatics/btae326

PlasBin-flow: a flow-based MILP algorithm for plasmid contigs binning

Auteurs: Aniket Mane, Mahsa Faizrahnemoon, Tomáš Vinař, Broňa Brejová, Cedric Chauve
Publié dans: Bioinformatics, 2023, ISSN 1367-4803
Éditeur: Oxford University Press
DOI: 10.1093/bioinformatics/btad250

Repurposing non-invasive prenatal testing data: Population study of single nucleotide variants associated with colorectal cancer and Lynch syndrome

Auteurs: Natalia Forgacova, Juraj Gazdarica, Jaroslav Budiš, Jan Radvanszky, Tomáš Szemes
Publié dans: Oncology Letters, Numéro 22/5, 2021, ISSN 1792-1074
Éditeur: Spandidos Publications
DOI: 10.3892/ol.2021.13040

DNA copy number variation: Main characteristics, evolutionary significance, and pathological aspects

Auteurs: Ondrej Pös, Jan Radvanszky, Gergely Buglyó, Zuzana Pös, Diana Rusnakova, Bálint Nagy, Tomas Szemes
Publié dans: Biomedical Journal, Numéro 44/5, 2021, Page(s) 548-559, ISSN 2319-4170
Éditeur: Medknow Publications and Media Pvt. Ltd
DOI: 10.1016/j.bj.2021.02.003

Understanding genetic variability: exploring large-scale copy number variants through non-invasive prenatal testing in European populations

Auteurs: Zuzana Holesova, Ondrej Pös, Juraj Gazdarica, Marcel Kucharik, Jaroslav Budis, Michaela Hyblova, Gabriel Minarik, Tomas Szemes
Publié dans: BMC Genomics, 2024, ISSN 1471-2164
Éditeur: BioMed Central
DOI: 10.1186/s12864-024-10267-5

aKmerBroom: Ancient oral DNA decontamination using Bloom filters on k-mer sets

Auteurs: Camila Duitama González, Samarth Rangavittal, Riccardo Vicedomini, Rayan Chikhi, Hugues Richard
Publié dans: iScience, 2023, ISSN 2589-0042
Éditeur: Cell Press Elsevier Inc.
DOI: 10.1016/j.isci.2023.108057

Efficient mapping of accurate long reads in minimizer space with mapquik

Auteurs: Barış Ekim, Kristoffer Sahlin, Paul Medvedev, Bonnie Berger, Rayan Chikhi
Publié dans: Genome Research, 2023, ISSN 1088-9051
Éditeur: Cold Spring Harbor Laboratory Press
DOI: 10.1101/gr.277679.123

WarpSTR: Determining tandem repeat lengths using raw nanopore signals

Auteurs: Jozef Sitarčík; Tomáš Vinař; Broňa Brejová; Werner Krampl; Jaroslav Budiš; Ján Radvánszky; Mária Lucká
Publié dans: Bioinformatics, 2023, ISSN 1367-4803
Éditeur: Oxford University Press

Insights into non-informative results from non-invasive prenatal screening through gestational age, maternal BMI, and age analyses

Auteurs: Juraj Gazdarica, Natalia Forgacova, Tomas Sladecek, Marcel Kucharik, Jaroslav Budis, Michaela Hyblova, Martina Sekelska, Andrej Gnip, Gabriel Minarik, Tomas Szemes
Publié dans: PLoS One, 2024, ISSN 1932-6203
Éditeur: Public Library of Science
DOI: 10.1371/journal.pone.0280858

Hybrid-hybrid correction of errors in long reads with HERO

Auteurs: Xiongbin Kang, Jialu Xu, Xiao Luo, Alexander Schönhuth
Publié dans: Genome Biology, 2023, ISSN 1474-760X
Éditeur: BioMed Central Ltd
DOI: 10.1186/s13059-023-03112-7

Mapping-friendly sequence reductions: Going beyond homopolymer compression

Auteurs: Luc Blassel, Paul Medvedev, Rayan Chikhi
Publié dans: iScience, Numéro 25/11, 2022, ISSN 2589-0042
Éditeur: Cell Press
DOI: 10.1016/j.isci.2022.105305

Clustering sequence graphs

Auteurs: Haodi Zhong, Grigorios Loukides, Solon P. Pissis
Publié dans: Data & Knowledge Engineering, Numéro 138, 2022, Page(s) 101981, ISSN 0169-023X
Éditeur: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.datak.2022.101981

Computational graph pangenomics: a tutorial on data structures and their applications

Auteurs: Jasmijn A. Baaijens, Paola Bonizzoni, Christina Boucher, Gianluca Della Vedova, Yuri Pirola, Raffaella Rizzi, Jouni Sirén
Publié dans: Natural Computing, Numéro 21, 2022, Page(s) 81-108, ISSN 1567-7818
Éditeur: Kluwer Academic Publishers
DOI: 10.1007/s11047-022-09882-6

Bidirectional String Anchors for Improved Text Indexing and Top-K Similarity Search

Auteurs: Grigorios Loukidis, Solon Pissis, Michelle Sweering
Publié dans: IEEE Transactions on Knowledge and Data Engineering, 2023, Page(s) 1-18, ISSN 1041-4347
Éditeur: Institute of Electrical and Electronics Engineers
DOI: 10.1109/tkde.2022.3231780

Internal shortest absent word queries in constant time and linear space

Auteurs: Golnaz Badkobeh, Panagiotis Charalampopoulos, Dmitry Kosolobov, Solon P. Pissis
Publié dans: Theoretical Computer Science, Numéro 922, 2020, Page(s) 271-282, ISSN 0304-3975
Éditeur: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.tcs.2022.04.029

All-pairs suffix/prefix in optimal time using Aho-Corasick space

Auteurs: Grigorios Loukides, Solon P. Pissis
Publié dans: Information Processing Letters, Numéro 178, 2022, Page(s) 106275, ISSN 0020-0190
Éditeur: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.ipl.2022.106275

ESKEMAP: exact sketch-based read mapping

Auteurs: Tizian Schulz, Paul Medvedev
Publié dans: Algorithms for Molecular Biology, 2024, ISSN 1748-7188
Éditeur: BioMed Central
DOI: 10.1186/s13015-024-00261-7

Seedability: optimizing alignment parameters for sensitive sequence comparison

Auteurs: Lorraine A. K. Ayad, Rayan Chikhi, Solon P. Pissis
Publié dans: Bioinformatics Advances, Numéro 3, 2023, ISSN 2635-0041
Éditeur: Oxford University Press (OUP)
DOI: 10.1093/bioadv/vbad108

Elastic-Degenerate String Matching with 1 Error or Mismatch

Auteurs: Giulia Bernardini, Esteban Gabory, Solon P. Pissis, Leen Stougie, Michelle Sweering, Wiktor Zuba
Publié dans: Theory of Computing Systems, Numéro 68, 2024, Page(s) 1442-1467, ISSN 1432-4350
Éditeur: Springer Verlag
DOI: 10.1007/s00224-024-10194-8

SVDSS: structural variation discovery in hard-to-call genomic regions using sample-specific strings from accurate long reads

Auteurs: Luca Denti, Parsoa Khorsand, Paola Bonizzoni, Fereydoun Hormozdiari, Rayan Chikhi
Publié dans: Nature Methods, Numéro 20, 2022, Page(s) 550-558, ISSN 1548-7091
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41592-022-01674-1

DeepNano-blitz: a fast base caller for MinION nanopore sequencers

Auteurs: Vladimír Boža, Peter Perešíni, Broňa Brejová, Tomáš Vinař
Publié dans: Bioinformatics, Numéro 36/14, 2020, Page(s) 4191–4192, ISSN 1367-4811
Éditeur: Oxford University Press
DOI: 10.1093/bioinformatics/btaa297

Accurate and fast clade assignment via deep learning and frequency chaos game representation

Auteurs: Jorge Avila Cartes, Santosh Anand, Simone Ciccolella, Paola Bonizzoni, Gianluca Della Vedova
Publié dans: Gigascience, Numéro 12, 2022, ISSN 2047-217X
Éditeur: Oxford University Press
DOI: 10.1093/gigascience/giac119

phasebook: haplotype-aware de novo assembly of diploid genomes from long reads

Auteurs: Xiao Luo; Xiao Luo; Xiongbin Kang; Xiongbin Kang; Alexander Schönhuth; Alexander Schönhuth
Publié dans: Genome Biology, Numéro 22, 2021, Page(s) 299, ISSN 1474-760X
Éditeur: BioMed Central
DOI: 10.1186/s13059-021-02512-x

Enhancing Long-Read-Based Strain-Aware Metagenome Assembly

Auteurs: Xiao Luo, Xiongbin Kang, Alexander Schönhuth
Publié dans: Frontiers in Genetics, Numéro 13, 2022, ISSN 1664-8021
Éditeur: Frontiers Media
DOI: 10.3389/fgene.2022.868280

Sequence-based pangenomic core detection

Auteurs: Tizian Schulz, Roland Wittler, Jens Stoye
Publié dans: IScience, Numéro 25/6, 2022, ISSN 2589-0042
Éditeur: Cell Press
DOI: 10.1016/j.isci.2022.104413

StrainXpress: strain aware metagenome assembly from short reads

Auteurs: Xiongbin Kang, Xiao Luo, Alexander Schönhuth
Publié dans: Nucleic Acids Research, Numéro 50/17, 2022, Page(s) e101, ISSN 0305-1048
Éditeur: Oxford University Press
DOI: 10.1093/nar/gkac543

Efficient Computation of Sequence Mappability

Auteurs: Panagiotis Charalampopoulos; Costas S. Iliopoulos; Tomasz Kociumaka; Solon P. Pissis; Jakub Radoszewski; Juliusz Straszyński
Publié dans: Algorithmica, Numéro 84, 2022, Page(s) 1418-1440, ISSN 0178-4617
Éditeur: Springer Verlag
DOI: 10.1007/s00453-022-00934-y

Detecting High Scoring Local Alignments in Pangenome Graphs

Auteurs: Tizian Schulz; Roland Wittler; Sven Rahmann; Faraz Hach; Faraz Hach; Jens Stoye
Publié dans: Bioinformatics, Numéro 37, 2021, Page(s) 2266–2274, ISSN 1367-4803
Éditeur: Oxford University Press
DOI: 10.1101/2020.09.03.280958

VeChat: correcting errors in long reads using variation graphs

Auteurs: Xiao Luo, Xiongbin Kang, Alexander Schönhuth
Publié dans: Nature Communications, Numéro 13, 2022, ISSN 2041-1723
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-022-34381-8

Dynamic Pooling Improves Nanopore Base Calling Accuracy

Auteurs: Vladimír Boža, Peter Perešíni, Broňa Brejová, Tomáš Vinař
Publié dans: IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics, Numéro 19/6, 2022, Page(s) 3416-3424, ISSN 1545-5963
Éditeur: IEEE Computer Society
DOI: 10.1109/tcbb.2021.3128366

Computing the multi-string BWT and LCP array in external memory

Auteurs: Paola Bonizzoni, Gianluca Della Vedova, Yuri Pirola, Marco Previtali, Raffaella Rizzi
Publié dans: Theoretical Computer Science, Numéro 862, 2021, Page(s) 42-58, ISSN 0304-3975
Éditeur: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.tcs.2020.11.041

plASgraph2: using graph neural networks to detect plasmid contigs from an assembly graph

Auteurs: Janik Sielemann, Katharina Sielemann, Broňa Brejová, Tomáš Vinař, Cedric Chauve
Publié dans: Frontiers in Microbiology, 2023, ISSN 1664-302X
Éditeur: Frontiers Media
DOI: 10.3389/fmicb.2023.1267695

Palidis: fast discovery of novel insertion sequences

Auteurs: Victoria R. Carr, Solon P. Pissis, Peter Mullany, Saeed Shoaie, David Gomez-Cabrero, David L. Moyes
Publié dans: Microbial Genomics, Numéro 9/3, 2023, ISSN 2057-5858
Éditeur: Microbiology Society
DOI: 10.1099/mgen.0.000917

Three Metaheuristic Approaches for Tumor Phylogeny Inference: An Experimental Comparison

Auteurs: Simone Ciccolella; Gianluca Della Vedova; Vladimir Filipović; Mauricio Soto Gomez
Publié dans: Algorithms, 2023, ISSN 1999-4893
Éditeur: MDPI Open Access Publishing
DOI: 10.3390/a16070333

Text Indexing for Long Patterns: Anchors are All you Need

Auteurs: Lorraine A. K. Ayad, Grigorios Loukides, Solon P. Pissis
Publié dans: Proceedings of the VLDB Endowment, Numéro 16(9), 2023, Page(s) 2117-2131, ISSN 2150-8097
Éditeur: Association for Computing Machinery (ACM)
DOI: 10.14778/3598581.3598586

Comparative genome analysis using sample-specific string detection in accurate long reads

Auteurs: Parsoa Khorsand; Luca Denti; Paola Bonizzoni; Rayan Chikhi; Fereydoun Hormozdiari; Fereydoun Hormozdiari
Publié dans: Bioinformatics Advances, Numéro 1, 2021, ISSN 2635-0041
Éditeur: Oxford University Press (OUP)
DOI: 10.1093/bioadv/vbab005

Markov chains improve the significance computation of overlapping genome annotations

Auteurs: Askar Gafurov, Broňa Brejová, Paul Medvedev
Publié dans: Bioinformatics, Numéro 38, 2022, Page(s) i203–i211, ISSN 1367-4811
Éditeur: Oxford University Press
DOI: 10.1093/bioinformatics/btac255

Minimizer-space de Bruijn graphs: Whole-genome assembly of long reads in minutes on a personal computer

Auteurs: Barış Ekim, Bonnie Berger, Rayan Chikhi
Publié dans: Cell Systems, Numéro 12/10, 2021, Page(s) 958--968, ISSN 2405-4720
Éditeur: Elsevier
DOI: 10.1016/j.cels.2021.08.009

Predicting the prevalence of complex genetic diseases from individual genotype profiles using capsule networks

Auteurs: Xiao Luo, Xiongbin Kang, Alexander Schönhuth
Publié dans: Nature Machine Intelligence, 2023, ISSN 2522-5839
Éditeur: Springer
DOI: 10.1038/s42256-022-00604-2

Microsatellite instability assessment is instrumental for Predictive, Preventive and Personalised Medicine: status quo and outlook

Auteurs: Jakub Styk, Zuzana Pös, Ondrej Pös, Jan Radvanszky, Evelina Hrckova Turnova, Gergely Buglyó, Daniela Klimova, Jaroslav Budis, Vanda Repiska, Bálint Nagy, Tomas Szemes
Publié dans: The EPMA Journal, 2023, ISSN 1878-5085
Éditeur: Springer Science and Business Media LLC
DOI: 10.1007/s13167-023-00312-w

A SARS-CoV-2 mutant from B.1.258 lineage with ∆H69/∆V70 deletion in the Spike protein circulating in Central Europe in the fall 2020.

Auteurs: Broňa Brejová; Kristína Boršová; Kristína Boršová; Viktória Hodorová; Viktória Čabanová; Lenka Reizigová; Evan D. Paul; Pavol Čekan; Boris Klempa; Jozef Nosek; Tomáš Vinař
Publié dans: Virus Genes, Numéro 57, 2021, Page(s) 556–560, ISSN 1572-994X
Éditeur: Springer Science and Business Media LLC
DOI: 10.1007/s11262-021-01866-5

Minimizing the Minimizers via Alphabet Reordering

Auteurs: Hilde Verbeek, Lorraine A.K. Ayad, Grigorios Loukides, Solon P. Pissis
Publié dans: Combinatorial Pattern Matching (CPM 2024), 2024
Éditeur: Schloss Dagstuhl -- Leibniz-Zentrum für Informatik
DOI: 10.4230/lipics.cpm.2024.28

Elastic-Degenerate String Matching with 1 Error

Auteurs: Giulia Bernardini, Esteban Gabory, Solon P. Pissis, Leen Stougie, Michelle Sweering, Wiktor Zuba
Publié dans: Latin American Symposium on Theoretical Informatics (LATIN 2022), Numéro 13568, 2022, Page(s) 20-37, ISBN 978-3-031-20623-8
Éditeur: Springer
DOI: 10.1007/978-3-031-20624-5_2

Utility-Oriented String Mining

Auteurs: Giulia Bernardini, Huiping Chen, Alessio Conte, Roberto Grossi, Veronica Guerrini, Grigorios Loukides, Nadia Pisanti, Solon P. Pissis
Publié dans: SIAM International Conference on Data Mining (SDM 2024), 2024, ISBN 978-1-61197-803-2
Éditeur: Society for Industrial and Applied Mathematics
DOI: 10.1137/1.9781611978032.22

KFinger: Capturing Overlaps Between Long Reads by Using Lyndon Fingerprints

Auteurs: Paola Bonizzoni, Alessia Petescia, Yuri Pirola, Raffaella Rizzi, Rocco Zaccagnino, Rosalba Zizza
Publié dans: International Work-Conference on Bioinformatics and Biomedical Engineering (IWBBIO 2022), 2022, ISBN 978-3-031-07801-9
Éditeur: Springer
DOI: 10.1007/978-3-031-07802-6_37

Solving the Minimal Positional Substring Cover Problem in Sublinear Space

Auteurs: Paola Bonizzoni, Christina Boucher, Davide Cozzi, Travis Gagie, Yuri Pirola
Publié dans: Combinatorial Pattern Matching (CPM 2024), 2024, ISBN 978-3-95977-326-3
Éditeur: Schloss Dagstuhl -- Leibniz-Zentrum für Informatik
DOI: 10.4230/lipics.cpm.2024.12

On Strings Having the Same Length-k Substrings

Auteurs: Giulia Bernardini, Alessio Conte, Esteban Gabory, Roberto Grossi, Grigorios Loukides, Solon P. Pissis, Giulia Punzi, Michelle Sweering
Publié dans: Combinatorial Pattern Matching (CPM 2022), Numéro 223, 2022, Page(s) 16:1--16:17, ISBN 978-3-95977-234-1
Éditeur: Schloss Dagstuhl -- Leibniz-Zentrum für Informatik
DOI: 10.4230/lipics.cpm.2022.16

Substring Complexity in Sublinear Space

Auteurs: Giulia Bernardini, Gabriele Fici, Paweł Gawrychowski, and Solon P. Pissis
Publié dans: International Symposium on Algorithms and Computation (ISAAC 2023), 2023
Éditeur: Schloss Dagstuhl -- Leibniz-Zentrum für Informatik
DOI: 10.4230/lipics.isaac.2023.12

Can Formal Languages Help Pangenomics to Represent and Analyze Multiple Genomes?

Auteurs: Paola Bonizzoni, Clelia De Felice, Yuri Pirola, Raffaella Rizzi, Rocco Zaccagnino, Rosalba Zizza
Publié dans: Developments in Language Theory (DLT 2022), Numéro 13257, 2022, Page(s) 3-12, ISBN 978-3-031-05578-2
Éditeur: Springer International Publishing
DOI: 10.1007/978-3-031-05578-2_1

Space-Efficient Indexes for Uncertain Strings

Auteurs: Esteban Gabory, Chang Liu, Grigorios Loukides, Solon P. Pissis, Wiktor Zuba
Publié dans: 2024 IEEE 40th International Conference on Data Engineering (ICDE), 2024, ISBN 979-8-3503-1715-2
Éditeur: IEEE
DOI: 10.1109/icde60146.2024.00367

The Rational Construction of a Wheeler DFA

Auteurs: Giovanni Manzini, Alberto Policriti, Nicola Prezza, Brian Riccardi
Publié dans: Combinatorial Pattern Matching (CPM 2024), 2024, ISBN 978-3-95977-326-3
Éditeur: Schloss Dagstuhl -- Leibniz-Zentrum für Informatik
DOI: 10.4230/lipics.cpm.2024.23

Can We Replace Reads by Numeric Signatures? Lyndon Fingerprints as Representations of Sequencing Reads for Machine Learning

Auteurs: Paola Bonizzoni, Clelia De Felice, Alessia Petescia, Yuri Pirola, Raffaella Rizzi, Jens Stoye, Rocco Zaccagnino, Rosalba Zizza
Publié dans: Algorithms for Computational Biology (AlCoB 2021), 2021, Page(s) 16-28, ISBN 978-3-030-74432-8
Éditeur: Springer
DOI: 10.1007/978-3-030-74432-8_2

Approximate Circular Pattern Matching

Auteurs: Panagiotis Charalampopoulos, Tomasz Kociumaka, Jakub Radoszewski, Solon P. Pissis, Wojciech Rytter, Tomasz Waleń, Wiktor Zuba
Publié dans: European Symposium on Algorithms (ESA 2022), Numéro 244, 2022, Page(s) 35:1--35:19, ISBN 978-3-95977-247-1
Éditeur: Schloss Dagstuhl -- Leibniz-Zentrum für Informatik
DOI: 10.4230/lipics.esa.2022.35

Unary Words Have the Smallest Levenshtein k-Neighbourhoods

Auteurs: Panagiotis Charalampopoulos, Solon P. Pissis, Jakub Radoszewski, Tomasz Waleń, Wiktor Zuba
Publié dans: Combinatorial Pattern Matching (CPM 2020), Numéro 161, 2020, Page(s) 10:1--10:12, ISBN 978-3-95977-149-8
Éditeur: Schloss Dagstuhl -- Leibniz-Zentrum für Informatik
DOI: 10.4230/lipics.cpm.2020.10

String Sanitization Under Edit Distance

Auteurs: Giulia Bernardini, Grigorios Loukides, Solon P. Pissis, Michelle Sweering, Huiping Chen, Nadia Pisanti, Leen Stougie
Publié dans: Combinatorial Pattern Matching (CPM 2020), Numéro 161, 2020, Page(s) 7:1--7:14, ISBN 978-3-95977-149-8
Éditeur: Schloss Dagstuhl -- Leibniz-Zentrum für Informatik
DOI: 10.4230/lipics.cpm.2020.7

Gapped String Indexing in Subquadratic Space and Sublinear Query Time

Auteurs: Philip Bille, Inge Li Gørtz, Moshe Lewenstein, Solon P. Pissis, Eva Rotenberg, Teresa Anna Steiner
Publié dans: Symposium on Theoretical Aspects of Computer Science (STACS 2024), 2024, ISBN 978-3-95977-311-9
Éditeur: Schloss Dagstuhl -- Leibniz-Zentrum für Informatik
DOI: 10.4230/lipics.stacs.2024.16

Approximate Circular Pattern Matching Under Edit Distance

Auteurs: Panagiotis Charalampopoulos, Solon P. Pissis, Jakub Radoszewski, Wojciech Rytter, Tomasz Waleń, Wiktor Zuba
Publié dans: Symposium on Theoretical Aspects of Computer Science (STACS 2024), 2024, ISBN 978-3-95977-311-9
Éditeur: Schloss Dagstuhl -- Leibniz-Zentrum für Informatik
DOI: 10.4230/lipics.stacs.2024.24

Exact Sketch-Based Read Mapping

Auteurs: Tizian Schulz, Paul Medvedev
Publié dans: Algorithms in Bioinformatics (WABI 2023), 2023, ISBN 978-3-95977-294-5
Éditeur: Schloss Dagstuhl -- Leibniz-Zentrum für Informatik
DOI: 10.4230/lipics.wabi.2023.14

Comparing Elastic-Degenerate Strings: Algorithms, Lower Bounds, and Applications

Auteurs: Esteban Gabory, Moses Njagi Mwaniki, Nadia Pisanti, Solon P. Pissis, Jakub Radoszewski, Michelle Sweering, Wiktor Zuba
Publié dans: Combinatorial Pattern Matching (CPM 2023), Numéro 259, 2023, Page(s) 11:1-11:20, ISBN 978-3-95977-276-1
Éditeur: Schloss Dagstuhl - Leibniz-Zentrum für Informatik
DOI: 10.4230/lipics.cpm.2023.11

Faster Algorithms for Longest Common Substring

Auteurs: Panagiotis Charalampopoulos, Tomasz Kociumaka, Solon P. Pissis, Jakub Radoszewski
Publié dans: European Symposium on Algorithms (ESA 2021), Numéro 204, 2021, Page(s) 30:1--30:17, ISBN 978-3-95977-204-4
Éditeur: Schloss Dagstuhl -- Leibniz-Zentrum für Informatik
DOI: 10.4230/lipics.esa.2021.30

Beyond the BEST Theorem: Fast Assessment of Eulerian Trails

Auteurs: Alessio Conte, Roberto Grossi, Grigorios Loukidis, Nadia Pisanti, Solon P. Pissis, Giulia Punzi
Publié dans: Fundamentals of Computation Theory (FCT 2021), Numéro 12867, 2021, Page(s) 162--175, ISBN 978-3-030-86593-1
Éditeur: Springer International Publishing
DOI: 10.1007/978-3-030-86593-1_11

Suffix-Prefix Queries on a Dictionary

Auteurs: Grigorios Loukides, Solon P. Pissis, Sharma V. Thankachan, Wiktor Zuba
Publié dans: Combinatorial Pattern Matching (CPM 2023), Numéro 259, 2023, Page(s) 21:1-21:20, ISBN 978-3-95977-276-1
Éditeur: Schloss Dagstuhl - Leibniz-Zentrum für Informatik
DOI: 10.4230/lipics.cpm.2023.21

Size-Constrained Weighted Ancestors with Applications

Auteurs: Philip Bille, Yakov Nekrich, Solon P. Pissis
Publié dans: Scandinavian Symposium and Workshops on Algorithm Theory (SWAT 2024), 2024, ISBN 978-3-95977-318-8
Éditeur: Schloss Dagstuhl -- Leibniz-Zentrum für Informatik
DOI: 10.4230/lipics.swat.2024.14

Making de Bruijn Graphs Eulerian

Auteurs: Giulia Bernardini, Huiping Chen, Grigorios Loukides, Solon P. Pissis, Leen Stougie, Michelle Sweering
Publié dans: Combinatorial Pattern Matching (CPM 2022), Numéro 223, 2022, Page(s) 12:1--12:18, ISBN 978-3-95977-234-1
Éditeur: Schloss Dagstuhl -- Leibniz-Zentrum für Informatik
DOI: 10.4230/lipics.cpm.2022.12

Probabilistic Models of k-mer Frequencies (Extended Abstract)

Auteurs: Askar Gafurov, Tomáš Vinař, Broňa Brejová
Publié dans: Conference on Computability in Europe (CiE 2021), 2021, Page(s) 227-236, ISBN 978-3-030-80049-9
Éditeur: Springer
DOI: 10.1007/978-3-030-80049-9_21

Sparse Suffix and LCP Array: Simple, Direct, Small, and Fast

Auteurs: Lorraine A.K. Ayad, Grigorios Loukides, Solon P. Pissis, Hilde Verbeek
Publié dans: Latin American Symposium on Theoretical Informatics (LATIN 2024), 2024, ISBN 978-3-031-55597-8
Éditeur: Springer
DOI: 10.1007/978-3-031-55598-5_11

Bidirectional String Anchors: A New String Sampling Mechanism

Auteurs: Grigorios Loukides, Solon P. Pissis
Publié dans: European Symposium on Algorithms (ESA 2021), Numéro 204, 2021, Page(s) 64:1--64:21, ISBN 978-3-95977-204-4
Éditeur: Schloss Dagstuhl -- Leibniz-Zentrum für Informatik
DOI: 10.4230/lipics.esa.2021.64

Efficient Analysis of Annotation Colocalization Accounting for Genomic Contexts

Auteurs: Askar Gafurov, Tomáš Vinař, Paul Medvedev, Broňa Brejová
Publié dans: Research in Computational Molecular Biology (RECOMB 2024), 2024, ISBN 978-1-0716-3989-4
Éditeur: Springer
DOI: 10.1007/978-1-0716-3989-4_3

Connecting de Bruijn Graphs

Auteurs: Giulia Bernardini, Huiping Chen, Inge Li Gørtz, Christoffer Krogh, Grigorios Loukides, Solon P. Pissis, Leen Stougie, Michelle Sweering
Publié dans: Combinatorial Pattern Matching (CPM 2024), 2024
Éditeur: Schloss Dagstuhl -- Leibniz-Zentrum für Informatik
DOI: 10.4230/lipics.cpm.2024.6

Longest Palindromic Substring in Sublinear Time

Auteurs: Panagiotis Charalampopoulos, Solon P. Pissis, Jakub Radoszewski
Publié dans: Combinatorial Pattern Matching (CPM 2022), Numéro 223, 2022, Page(s) 20:1--20:9, ISBN 978-3-95977-234-1
Éditeur: Schloss Dagstuhl -- Leibniz-Zentrum für Informatik
DOI: 10.4230/lipics.cpm.2022.20

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