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Description of the overall planning for the Project development, as discussed and agreed during the Kick-Off meeting.
Publications
Auteurs:
Giulia Bernardini, Paweł Gawrychowski, Nadia Pisanti, Solon P. Pissis, Giovanna Rosone
Publié dans:
SIAM Journal on Computing, Numéro 51/3, 2022, Page(s) 549-576, ISSN 0097-5397
Éditeur:
Society for Industrial and Applied Mathematics
DOI:
10.1137/20m1368033
Auteurs:
Sarwan Ali, Simone Ciccolella, Lorenzo Lucarella, Gianluca Della Vedova, Murray Patterson
Publié dans:
Journal of Computational Biology, Numéro 28/11, 2021, Page(s) 1142-1155, ISSN 1066-5277
Éditeur:
Mary Ann Liebert Inc.
DOI:
10.1089/cmb.2021.0271
Auteurs:
Diana Rusňáková, Tatiana Sedláčková, Peter Radvák, Miroslav Böhmer, Pavol Mišenko, Jaroslav Budiš, Silvia Bokorová, Nikola Lipková, Michaela Forgáčová-Jakúbková, Tomáš Sládeček, Jozef Sitarčík, Werner Krampl, Michaela Gažiová, Anna Kaliňáková, Edita Staroňová, Elena Tichá, Terézia Vrábľová, Lucia Ševčíková, Barbora Kotvasová, Lucia Maďarová, Soňa Feiková
Publié dans:
Viruses, Numéro 14/11, 2022, ISSN 1999-4915
Éditeur:
Multidisciplinary Digital Publishing Institute (MDPI)
DOI:
10.3390/v14112432
Auteurs:
Massimiliano Rossi, Marco Oliva, Paola Bonizzoni, Ben Langmead, Travis Gagie, Christina Boucher
Publié dans:
Journal of Computational Biology, Numéro 29/2, 2022, Page(s) 188-194, ISSN 1066-5277
Éditeur:
Mary Ann Liebert Inc.
DOI:
10.1089/cmb.2021.0445
Auteurs:
Michaela Gažiová, Tomáš Sládeček, Ondrej Pös, M. Števko, Werner Krampl, Zuzana Pös, Rastislav Hekel, M. Hlavačka, Marcel Kucharík, Jan Radvánszky, Jaroslav Budiš, Tomáš Szemes
Publié dans:
Scientific Reports, Numéro 12, 2022, ISSN 2045-2322
Éditeur:
Nature Publishing Group
DOI:
10.1038/s41598-021-04505-z
Auteurs:
Simone Ciccolella; Luca Denti; Paola Bonizzoni; Gianluca Della Vedova; Yuri Pirola; Marco Previtali
Publié dans:
BMC Bioinformatics, Numéro 22, 2021, Page(s) 625, ISSN 1471-2105
Éditeur:
BioMed Central
DOI:
10.1186/s12859-022-04668-0
Auteurs:
Askar Gafurov, Andrej Baláž, Fabian Amman, Kristína Boršová, Viktória Čabanová, Boris Klempa, Andreas Bergthaler, Tomáš Vinař, Broňa Brejová
Publié dans:
BMC Bioinformatics, Numéro 23, 2022, ISSN 1471-2105
Éditeur:
BioMed Central
DOI:
10.1186/s12859-022-05100-3
Auteurs:
Hayam Alamro, Mai Alzamel, Costas S. Iliopoulos, Solon P. Pissis, Steven Watts
Publié dans:
BMC Bioinformatics, Numéro 22, 2021, Page(s) 51, ISSN 1471-2105
Éditeur:
BioMed Central
DOI:
10.1186/s12859-021-03983-2
Auteurs:
Téo Lemane, Nolan Lezzoche, Julien Lecubin, Eric Pelletier, Magali Lescot, Rayan Chikhi, Pierre Peterlongo
Publié dans:
Nature Computational Science, Numéro 4, 2024, Page(s) 104–109, ISSN 2662-8457
Éditeur:
Nature Publishing Group
DOI:
10.1038/s43588-024-00596-6
Auteurs:
Luo, Xiao; Kang, Xiangbin; Schönhuth, Alexander
Publié dans:
Genome Biology, 2022, ISSN 1474-760X
Éditeur:
BioMed Central Ltd.
DOI:
10.1186/s13059-021-02587-6
Auteurs:
Paola Bonizzoni, Matteo Costantini, Clelia De Felice, Alessia Petescia, Yuri Pirola, Marco Previtali, Raffaella Rizzi, Jens Stoye, Rocco Zaccagnino, Rosalba Zizza
Publié dans:
Information Sciences, Numéro 607, 2022, Page(s) 458-476, ISSN 0020-0255
Éditeur:
Elsevier BV
DOI:
10.1016/j.ins.2022.06.005
Auteurs:
Luca Denti, Yuri Pirola, Marco Previtali, Tamara Ceccato, Gianluca Della Vedova, Raffaella Rizzi, Paola Bonizzoni
Publié dans:
Bioinformatics, Numéro 37/4, 2020, Page(s) 464-472, ISSN 1367-4803
Éditeur:
Oxford University Press
DOI:
10.1093/bioinformatics/btaa779
Auteurs:
Davide Cozzi, Massimiliano Rossi, Simone Rubinacci, Travis Gagie, Dominik Köppl, Christina Boucher, Paola Bonizzoni
Publié dans:
Bioinformatics, 2023, ISSN 1367-4803
Éditeur:
Oxford University Press
DOI:
10.1093/bioinformatics/btad552
Auteurs:
Peter Perešíni, Vladimír Boža, Broňa Brejová, Tomáš Vinař
Publié dans:
Bioinformatics, Numéro 37/24, 2021, Page(s) 4661-4667, ISSN 1367-4803
Éditeur:
Oxford University Press
DOI:
10.1093/bioinformatics/btab528
Auteurs:
Brona Brejova; Kristína Boršová; Viktória Hodorová; Viktória Čabanová; Askar Gafurov; Dominika Fricova; Martina Neboháčová; Tomas Vinar; Boris Klempa; Jozef Nosek
Publié dans:
PLoS ONE, Numéro 16, 2021, Page(s) e0259277, ISSN 1932-6203
Éditeur:
Public Library of Science
DOI:
10.1371/journal.pone.0259277
Auteurs:
Simone Ciccolella, Giulia Bernardini, Luca Denti, Paola Bonizzoni, Marco Previtali, Gianluca Della Vedova
Publié dans:
Bioinformatics, Numéro 37/2, 2020, Page(s) 178-184, ISSN 1367-4803
Éditeur:
Oxford University Press
DOI:
10.1093/bioinformatics/btaa676
Auteurs:
Natalia Forgacova, Juraj Gazdarica, Jaroslav Budiš, Jan Radvanszky, Tomáš Szemes
Publié dans:
Oncology Letters, Numéro 22/5, 2021, ISSN 1792-1074
Éditeur:
Spandidos Publications
DOI:
10.3892/ol.2021.13040
Auteurs:
Ondrej Pös, Jan Radvanszky, Gergely Buglyó, Zuzana Pös, Diana Rusnakova, Bálint Nagy, Tomas Szemes
Publié dans:
Biomedical Journal, Numéro 44/5, 2021, Page(s) 548-559, ISSN 2319-4170
Éditeur:
Medknow Publications and Media Pvt. Ltd
DOI:
10.1016/j.bj.2021.02.003
Auteurs:
Luc Blassel, Paul Medvedev, Rayan Chikhi
Publié dans:
iScience, Numéro 25/11, 2022, ISSN 2589-0042
Éditeur:
Cell Press
DOI:
10.1016/j.isci.2022.105305
Auteurs:
Haodi Zhong, Grigorios Loukides, Solon P. Pissis
Publié dans:
Data & Knowledge Engineering, Numéro 138, 2022, Page(s) 101981, ISSN 0169-023X
Éditeur:
Elsevier BV
DOI:
10.1016/j.datak.2022.101981
Auteurs:
Jasmijn A. Baaijens, Paola Bonizzoni, Christina Boucher, Gianluca Della Vedova, Yuri Pirola, Raffaella Rizzi, Jouni Sirén
Publié dans:
Natural Computing, Numéro 21, 2022, Page(s) 81-108, ISSN 1567-7818
Éditeur:
Kluwer Academic Publishers
DOI:
10.1007/s11047-022-09882-6
Auteurs:
Grigorios Loukidis, Solon Pissis, Michelle Sweering
Publié dans:
IEEE Transactions on Knowledge and Data Engineering, 2023, Page(s) 1-18, ISSN 1041-4347
Éditeur:
Institute of Electrical and Electronics Engineers
DOI:
10.1109/tkde.2022.3231780
Auteurs:
Golnaz Badkobeh, Panagiotis Charalampopoulos, Dmitry Kosolobov, Solon P. Pissis
Publié dans:
Theoretical Computer Science, Numéro 922, 2020, Page(s) 271-282, ISSN 0304-3975
Éditeur:
Elsevier BV
DOI:
10.1016/j.tcs.2022.04.029
Auteurs:
Grigorios Loukides, Solon P. Pissis
Publié dans:
Information Processing Letters, Numéro 178, 2022, Page(s) 106275, ISSN 0020-0190
Éditeur:
Elsevier BV
DOI:
10.1016/j.ipl.2022.106275
Auteurs:
Lorraine A. K. Ayad, Rayan Chikhi, Solon P. Pissis
Publié dans:
Bioinformatics Advances, Numéro 3, 2023, ISSN 2635-0041
Éditeur:
Oxford University Press (OUP)
DOI:
10.1093/bioadv/vbad108
Auteurs:
Luca Denti, Parsoa Khorsand, Paola Bonizzoni, Fereydoun Hormozdiari, Rayan Chikhi
Publié dans:
Nature Methods, Numéro 20, 2022, Page(s) 550-558, ISSN 1548-7091
Éditeur:
Nature Publishing Group
DOI:
10.1038/s41592-022-01674-1
Auteurs:
Vladimír Boža, Peter Perešíni, Broňa Brejová, Tomáš Vinař
Publié dans:
Bioinformatics, Numéro 36/14, 2020, Page(s) 4191–4192, ISSN 1367-4811
Éditeur:
Oxford University Press
DOI:
10.1093/bioinformatics/btaa297
Auteurs:
Jorge Avila Cartes, Santosh Anand, Simone Ciccolella, Paola Bonizzoni, Gianluca Della Vedova
Publié dans:
Gigascience, Numéro 12, 2022, ISSN 2047-217X
Éditeur:
Oxford University Press
DOI:
10.1093/gigascience/giac119
Auteurs:
Xiao Luo; Xiao Luo; Xiongbin Kang; Xiongbin Kang; Alexander Schönhuth; Alexander Schönhuth
Publié dans:
Genome Biology, Numéro 22, 2021, Page(s) 299, ISSN 1474-760X
Éditeur:
BioMed Central
DOI:
10.1186/s13059-021-02512-x
Auteurs:
Xiao Luo, Xiongbin Kang, Alexander Schönhuth
Publié dans:
Frontiers in Genetics, Numéro 13, 2022, ISSN 1664-8021
Éditeur:
Frontiers Media
DOI:
10.3389/fgene.2022.868280
Auteurs:
Tizian Schulz, Roland Wittler, Jens Stoye
Publié dans:
IScience, Numéro 25/6, 2022, ISSN 2589-0042
Éditeur:
Cell Press
DOI:
10.1016/j.isci.2022.104413
Auteurs:
Xiongbin Kang, Xiao Luo, Alexander Schönhuth
Publié dans:
Nucleic Acids Research, Numéro 50/17, 2022, Page(s) e101, ISSN 0305-1048
Éditeur:
Oxford University Press
DOI:
10.1093/nar/gkac543
Auteurs:
Panagiotis Charalampopoulos; Costas S. Iliopoulos; Tomasz Kociumaka; Solon P. Pissis; Jakub Radoszewski; Juliusz Straszyński
Publié dans:
Algorithmica, Numéro 84, 2022, Page(s) 1418-1440, ISSN 0178-4617
Éditeur:
Springer Verlag
DOI:
10.1007/s00453-022-00934-y
Auteurs:
Tizian Schulz; Roland Wittler; Sven Rahmann; Faraz Hach; Faraz Hach; Jens Stoye
Publié dans:
Bioinformatics, Numéro 37, 2021, Page(s) 2266–2274, ISSN 1367-4803
Éditeur:
Oxford University Press
DOI:
10.1101/2020.09.03.280958
Auteurs:
Xiao Luo, Xiongbin Kang, Alexander Schönhuth
Publié dans:
Nature Communications, Numéro 13, 2022, ISSN 2041-1723
Éditeur:
Nature Publishing Group
DOI:
10.1038/s41467-022-34381-8
Auteurs:
Vladimír Boža, Peter Perešíni, Broňa Brejová, Tomáš Vinař
Publié dans:
IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics, Numéro 19/6, 2022, Page(s) 3416-3424, ISSN 1545-5963
Éditeur:
IEEE Computer Society
DOI:
10.1109/tcbb.2021.3128366
Auteurs:
Paola Bonizzoni, Gianluca Della Vedova, Yuri Pirola, Marco Previtali, Raffaella Rizzi
Publié dans:
Theoretical Computer Science, Numéro 862, 2021, Page(s) 42-58, ISSN 0304-3975
Éditeur:
Elsevier BV
DOI:
10.1016/j.tcs.2020.11.041
Auteurs:
Victoria R. Carr, Solon P. Pissis, Peter Mullany, Saeed Shoaie, David Gomez-Cabrero, David L. Moyes
Publié dans:
Microbial Genomics, Numéro 9/3, 2023, ISSN 2057-5858
Éditeur:
Microbiology Society
DOI:
10.1099/mgen.0.000917
Auteurs:
Simone Ciccolella; Gianluca Della Vedova; Vladimir Filipović; Mauricio Soto Gomez
Publié dans:
Algorithms, 2023, ISSN 1999-4893
Éditeur:
MDPI Open Access Publishing
DOI:
10.3390/a16070333
Auteurs:
Lorraine A. K. Ayad, Grigorios Loukides, Solon P. Pissis
Publié dans:
Proceedings of the VLDB Endowment, Numéro 16(9), 2023, Page(s) 2117-2131, ISSN 2150-8097
Éditeur:
Association for Computing Machinery (ACM)
DOI:
10.14778/3598581.3598586
Auteurs:
Parsoa Khorsand; Luca Denti; Paola Bonizzoni; Rayan Chikhi; Fereydoun Hormozdiari; Fereydoun Hormozdiari
Publié dans:
Bioinformatics Advances, Numéro 1, 2021, ISSN 2635-0041
Éditeur:
Oxford University Press (OUP)
DOI:
10.1093/bioadv/vbab005
Auteurs:
Askar Gafurov, Broňa Brejová, Paul Medvedev
Publié dans:
Bioinformatics, Numéro 38, 2022, Page(s) i203–i211, ISSN 1367-4811
Éditeur:
Oxford University Press
DOI:
10.1093/bioinformatics/btac255
Auteurs:
Barış Ekim, Bonnie Berger, Rayan Chikhi
Publié dans:
Cell Systems, Numéro 12/10, 2021, Page(s) 958--968, ISSN 2405-4720
Éditeur:
Elsevier
DOI:
10.1016/j.cels.2021.08.009
Auteurs:
Jakub Styk, Zuzana Pös, Ondrej Pös, Jan Radvanszky, Evelina Hrckova Turnova, Gergely Buglyó, Daniela Klimova, Jaroslav Budis, Vanda Repiska, Bálint Nagy, Tomas Szemes
Publié dans:
The EPMA Journal, 2023, ISSN 1878-5085
Éditeur:
Springer Science and Business Media LLC
DOI:
10.1007/s13167-023-00312-w
Auteurs:
Broňa Brejová; Kristína Boršová; Kristína Boršová; Viktória Hodorová; Viktória Čabanová; Lenka Reizigová; Evan D. Paul; Pavol Čekan; Boris Klempa; Jozef Nosek; Tomáš Vinař
Publié dans:
Virus Genes, Numéro 57, 2021, Page(s) 556–560, ISSN 1572-994X
Éditeur:
Springer Science and Business Media LLC
DOI:
10.1007/s11262-021-01866-5
Auteurs:
Giulia Bernardini, Esteban Gabory, Solon P. Pissis, Leen Stougie, Michelle Sweering, Wiktor Zuba
Publié dans:
Latin American Symposium on Theoretical Informatics (LATIN 2022), Numéro 13568, 2022, Page(s) 20-37, ISBN 978-3-031-20623-8
Éditeur:
Springer
DOI:
10.1007/978-3-031-20624-5_2
Auteurs:
Paola Bonizzoni, Alessia Petescia, Yuri Pirola, Raffaella Rizzi, Rocco Zaccagnino, Rosalba Zizza
Publié dans:
International Work-Conference on Bioinformatics and Biomedical Engineering (IWBBIO 2022), 2022, ISBN 978-3-031-07801-9
Éditeur:
Springer
DOI:
10.1007/978-3-031-07802-6_37
Auteurs:
Giulia Bernardini, Alessio Conte, Esteban Gabory, Roberto Grossi, Grigorios Loukides, Solon P. Pissis, Giulia Punzi, Michelle Sweering
Publié dans:
Combinatorial Pattern Matching (CPM 2022), Numéro 223, 2022, Page(s) 16:1--16:17, ISBN 978-3-95977-234-1
Éditeur:
Schloss Dagstuhl -- Leibniz-Zentrum für Informatik
DOI:
10.4230/lipics.cpm.2022.16
Auteurs:
Paola Bonizzoni, Clelia De Felice, Yuri Pirola, Raffaella Rizzi, Rocco Zaccagnino, Rosalba Zizza
Publié dans:
Developments in Language Theory (DLT 2022), Numéro 13257, 2022, Page(s) 3-12, ISBN 978-3-031-05578-2
Éditeur:
Springer International Publishing
DOI:
10.1007/978-3-031-05578-2_1
Auteurs:
Paola Bonizzoni, Clelia De Felice, Alessia Petescia, Yuri Pirola, Raffaella Rizzi, Jens Stoye, Rocco Zaccagnino, Rosalba Zizza
Publié dans:
Algorithms for Computational Biology (AlCoB 2021), 2021, Page(s) 16-28, ISBN 978-3-030-74432-8
Éditeur:
Springer
DOI:
10.1007/978-3-030-74432-8_2
Auteurs:
Panagiotis Charalampopoulos, Tomasz Kociumaka, Jakub Radoszewski, Solon P. Pissis, Wojciech Rytter, Tomasz Waleń, Wiktor Zuba
Publié dans:
European Symposium on Algorithms (ESA 2022), Numéro 244, 2022, Page(s) 35:1--35:19, ISBN 978-3-95977-247-1
Éditeur:
Schloss Dagstuhl -- Leibniz-Zentrum für Informatik
DOI:
10.4230/lipics.esa.2022.35
Auteurs:
Panagiotis Charalampopoulos, Solon P. Pissis, Jakub Radoszewski, Tomasz Waleń, Wiktor Zuba
Publié dans:
Combinatorial Pattern Matching (CPM 2020), Numéro 161, 2020, Page(s) 10:1--10:12, ISBN 978-3-95977-149-8
Éditeur:
Schloss Dagstuhl -- Leibniz-Zentrum für Informatik
DOI:
10.4230/lipics.cpm.2020.10
Auteurs:
Giulia Bernardini, Grigorios Loukides, Solon P. Pissis, Michelle Sweering, Huiping Chen, Nadia Pisanti, Leen Stougie
Publié dans:
Combinatorial Pattern Matching (CPM 2020), Numéro 161, 2020, Page(s) 7:1--7:14, ISBN 978-3-95977-149-8
Éditeur:
Schloss Dagstuhl -- Leibniz-Zentrum für Informatik
DOI:
10.4230/lipics.cpm.2020.7
Auteurs:
Esteban Gabory, Moses Njagi Mwaniki, Nadia Pisanti, Solon P. Pissis, Jakub Radoszewski, Michelle Sweering, Wiktor Zuba
Publié dans:
Combinatorial Pattern Matching (CPM 2023), Numéro 259, 2023, Page(s) 11:1-11:20, ISBN 978-3-95977-276-1
Éditeur:
Schloss Dagstuhl - Leibniz-Zentrum für Informatik
DOI:
10.4230/lipics.cpm.2023.11
Auteurs:
Panagiotis Charalampopoulos, Tomasz Kociumaka, Solon P. Pissis, Jakub Radoszewski
Publié dans:
European Symposium on Algorithms (ESA 2021), Numéro 204, 2021, Page(s) 30:1--30:17, ISBN 978-3-95977-204-4
Éditeur:
Schloss Dagstuhl -- Leibniz-Zentrum für Informatik
DOI:
10.4230/lipics.esa.2021.30
Auteurs:
Alessio Conte, Roberto Grossi, Grigorios Loukidis, Nadia Pisanti, Solon P. Pissis, Giulia Punzi
Publié dans:
Fundamentals of Computation Theory (FCT 2021), Numéro 12867, 2021, Page(s) 162--175, ISBN 978-3-030-86593-1
Éditeur:
Springer International Publishing
DOI:
10.1007/978-3-030-86593-1_11
Auteurs:
Grigorios Loukides, Solon P. Pissis, Sharma V. Thankachan, Wiktor Zuba
Publié dans:
Combinatorial Pattern Matching (CPM 2023), Numéro 259, 2023, Page(s) 21:1-21:20, ISBN 978-3-95977-276-1
Éditeur:
Schloss Dagstuhl - Leibniz-Zentrum für Informatik
DOI:
10.4230/lipics.cpm.2023.21
Auteurs:
Giulia Bernardini, Huiping Chen, Grigorios Loukides, Solon P. Pissis, Leen Stougie, Michelle Sweering
Publié dans:
Combinatorial Pattern Matching (CPM 2022), Numéro 223, 2022, Page(s) 12:1--12:18, ISBN 978-3-95977-234-1
Éditeur:
Schloss Dagstuhl -- Leibniz-Zentrum für Informatik
DOI:
10.4230/lipics.cpm.2022.12
Auteurs:
Askar Gafurov, Tomáš Vinař, Broňa Brejová
Publié dans:
Conference on Computability in Europe (CiE 2021), 2021, Page(s) 227-236, ISBN 978-3-030-80049-9
Éditeur:
Springer
DOI:
10.1007/978-3-030-80049-9_21
Auteurs:
Grigorios Loukides, Solon P. Pissis
Publié dans:
European Symposium on Algorithms (ESA 2021), Numéro 204, 2021, Page(s) 64:1--64:21, ISBN 978-3-95977-204-4
Éditeur:
Schloss Dagstuhl -- Leibniz-Zentrum für Informatik
DOI:
10.4230/lipics.esa.2021.64
Auteurs:
Panagiotis Charalampopoulos, Solon P. Pissis, Jakub Radoszewski
Publié dans:
Combinatorial Pattern Matching (CPM 2022), Numéro 223, 2022, Page(s) 20:1--20:9, ISBN 978-3-95977-234-1
Éditeur:
Schloss Dagstuhl -- Leibniz-Zentrum für Informatik
DOI:
10.4230/lipics.cpm.2022.20
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