Pan-genome Graph Algorithms and Data Integration

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Leistungen

Communication and dissemination report

Report on dissemination strategies and activities of the network Monitoring and recording of individual dissemination activities

First progress report

First progress report on secondments and scientific and financial aspects of the project

Kick-off meeting report

Description of the overall planning for the Project development, as discussed and agreed during the Kick-Off meeting.

Veröffentlichungen

Elastic-Degenerate String Matching via Fast Matrix Multiplication

Autoren: Giulia Bernardini, Paweł Gawrychowski, Nadia Pisanti, Solon P. Pissis, Giovanna Rosone
Veröffentlicht in: SIAM Journal on Computing, Ausgabe 51/3, 2022, Seite(n) 549-576, ISSN 0097-5397
Herausgeber: Society for Industrial and Applied Mathematics
DOI: 10.1137/20m1368033

Simpler and Faster Development of Tumor Phylogeny Pipelines

Autoren: Sarwan Ali, Simone Ciccolella, Lorenzo Lucarella, Gianluca Della Vedova, Murray Patterson
Veröffentlicht in: Journal of Computational Biology, Ausgabe 28/11, 2021, Seite(n) 1142-1155, ISSN 1066-5277
Herausgeber: Mary Ann Liebert Inc.
DOI: 10.1089/cmb.2021.0271

Systematic Genomic Surveillance of SARS-CoV-2 Virus on Illumina Sequencing Platforms in the Slovak Republic-One Year Experience

Autoren: Diana Rusňáková, Tatiana Sedláčková, Peter Radvák, Miroslav Böhmer, Pavol Mišenko, Jaroslav Budiš, Silvia Bokorová, Nikola Lipková, Michaela Forgáčová-Jakúbková, Tomáš Sládeček, Jozef Sitarčík, Werner Krampl, Michaela Gažiová, Anna Kaliňáková, Edita Staroňová, Elena Tichá, Terézia Vrábľová, Lucia Ševčíková, Barbora Kotvasová, Lucia Maďarová, Soňa Feiková
Veröffentlicht in: Viruses, Ausgabe 14/11, 2022, ISSN 1999-4915
Herausgeber: Multidisciplinary Digital Publishing Institute (MDPI)
DOI: 10.3390/v14112432

Finding Maximal Exact Matches Using the r-Index

Autoren: Massimiliano Rossi, Marco Oliva, Paola Bonizzoni, Ben Langmead, Travis Gagie, Christina Boucher
Veröffentlicht in: Journal of Computational Biology, Ausgabe 29/2, 2022, Seite(n) 188-194, ISSN 1066-5277
Herausgeber: Mary Ann Liebert Inc.
DOI: 10.1089/cmb.2021.0445

RecGraph: recombination-aware alignment of sequences to variation graphs

Autoren: Jorge Avila Cartes, Paola Bonizzoni, Simone Ciccolella, Gianluca Della Vedova, Luca Denti, Xavier Didelot, Davide Cesare Monti, Yuri Pirola
Veröffentlicht in: Bioinformatics, Ausgabe 40(5), 2024, Seite(n) btae292, ISSN 1367-4803
Herausgeber: Oxford University Press
DOI: 10.1093/bioinformatics/btae292

Automated prediction of the clinical impact of structural copy number variations

Autoren: Michaela Gažiová, Tomáš Sládeček, Ondrej Pös, M. Števko, Werner Krampl, Zuzana Pös, Rastislav Hekel, M. Hlavačka, Marcel Kucharík, Jan Radvánszky, Jaroslav Budiš, Tomáš Szemes
Veröffentlicht in: Scientific Reports, Ausgabe 12, 2022, ISSN 2045-2322
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41598-021-04505-z

Comparing methods for constructing and representing human pangenome graphs

Autoren: Francesco Andreace, Pierre Lechat, Yoann Dufresne, Rayan Chikhi
Veröffentlicht in: Genome Biology, 2023, ISSN 1474-760X
Herausgeber: BioMed Central Ltd
DOI: 10.1186/s13059-023-03098-2

Elastic-degenerate string comparison

Autoren: Estéban Gabory, Moses Njagi Mwaniki, Nadia Pisanti, Solon P. Pissis, Jakub Radoszewski, Michelle Sweering, Wiktor Zuba
Veröffentlicht in: Information and Computation, Ausgabe 304, 2025, Seite(n) 105296, ISSN 0890-5401
Herausgeber: Academic Press
DOI: 10.1016/j.ic.2025.105296

PangeBlocks: customized construction of pangenome graphs via maximal blocks

Autoren: Jorge Avila Cartes, Paola Bonizzoni, Simone Ciccolella, Gianluca Della Vedova, Luca Denti
Veröffentlicht in: BMC Bioinformatics, Ausgabe 25, 2024, ISSN 1471-2105
Herausgeber: BioMed Central
DOI: 10.1186/s12859-024-05958-5

MALVIRUS: an integrated application for viral variant analysis

Autoren: Simone Ciccolella; Luca Denti; Paola Bonizzoni; Gianluca Della Vedova; Yuri Pirola; Marco Previtali
Veröffentlicht in: BMC Bioinformatics, Ausgabe 22, 2021, Seite(n) 625, ISSN 1471-2105
Herausgeber: BioMed Central
DOI: 10.1186/s12859-022-04668-0

On recognizing graphs representing persistent perfect phylogenies

Autoren: Paola Bonizzoni, Gianluca Della Vedova, Mauricio Soto Gomez, Gabriella Trucco
Veröffentlicht in: Natural Computing, 2025, ISSN 1567-7818
Herausgeber: Kluwer Academic Publishers
DOI: 10.1007/s11047-025-10039-4

High-quality metagenome assembly from long accurate reads with metaMDBG

Autoren: Gaëtan Benoit, Sébastien Raguideau, Robert James, Adam M. Phillippy, Rayan Chikhi, Christopher Quince
Veröffentlicht in: Nature Biotechnology, 2024, ISSN 1087-0156
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41587-023-01983-6

Combination of expert guidelines-based and machine learning-based approaches leads to superior accuracy of automated prediction of clinical effect of copy number variations

Autoren: Tomáš Sládeček, Michaela Gažiová, Marcel Kucharík, Andrea Zaťková, Zuzana Pös, Ondrej Pös, Werner Krampl, Erika Tomková, Michaela Hýblová, Gabriel Minárik, Ján Radvánszky, Jaroslav Budiš, Tomáš Szemes
Veröffentlicht in: Scientific Reports, 2023, ISSN 2045-2322
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41598-023-37352-1

VirPool: Model-Based Estimation of SARS-CoV-2 Variant Proportions in Wastewater Samples

Autoren: Askar Gafurov, Andrej Baláž, Fabian Amman, Kristína Boršová, Viktória Čabanová, Boris Klempa, Andreas Bergthaler, Tomáš Vinař, Broňa Brejová
Veröffentlicht in: BMC Bioinformatics, Ausgabe 23, 2022, ISSN 1471-2105
Herausgeber: BioMed Central
DOI: 10.1186/s12859-022-05100-3

IUPACpal: efficient identification of inverted repeats in IUPAC-encoded DNA sequences

Autoren: Hayam Alamro, Mai Alzamel, Costas S. Iliopoulos, Solon P. Pissis, Steven Watts
Veröffentlicht in: BMC Bioinformatics, Ausgabe 22, 2021, Seite(n) 51, ISSN 1471-2105
Herausgeber: BioMed Central
DOI: 10.1186/s12859-021-03983-2

Indexing and real-time user-friendly queries in terabyte-sized complex genomic datasets with kmindex and ORA

Autoren: Téo Lemane, Nolan Lezzoche, Julien Lecubin, Eric Pelletier, Magali Lescot, Rayan Chikhi, Pierre Peterlongo
Veröffentlicht in: Nature Computational Science, Ausgabe 4, 2024, Seite(n) 104–109, ISSN 2662-8457
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s43588-024-00596-6

Strainline: Full-length de novo viral haplotype reconstruction from noisy long reads

Autoren: Luo, Xiao; Kang, Xiangbin; Schönhuth, Alexander
Veröffentlicht in: Genome Biology, 2022, ISSN 1474-760X
Herausgeber: BioMed Central Ltd.
DOI: 10.1186/s13059-021-02587-6

Pangenome comparison via ED strings

Autoren: Esteban Gabory, Moses Njagi Mwaniki, Nadia Pisanti, Solon P. Pissis, Jakub Radoszewski, Michelle Sweering, Wiktor Zuba
Veröffentlicht in: Frontiers in Bioinformatics, Ausgabe 4, 2024, ISSN 2673-7647
Herausgeber: Frontiers Media SA
DOI: 10.3389/fbinf.2024.1397036

Numeric Lyndon-based feature embedding of sequencing reads for machine learning approaches

Autoren: Paola Bonizzoni, Matteo Costantini, Clelia De Felice, Alessia Petescia, Yuri Pirola, Marco Previtali, Raffaella Rizzi, Jens Stoye, Rocco Zaccagnino, Rosalba Zizza
Veröffentlicht in: Information Sciences, Ausgabe 607, 2022, Seite(n) 458-476, ISSN 0020-0255
Herausgeber: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.ins.2022.06.005

Shark: fishing relevant reads in an RNA-Seq sample

Autoren: Luca Denti, Yuri Pirola, Marco Previtali, Tamara Ceccato, Gianluca Della Vedova, Raffaella Rizzi, Paola Bonizzoni
Veröffentlicht in: Bioinformatics, Ausgabe 37/4, 2020, Seite(n) 464-472, ISSN 1367-4803
Herausgeber: Oxford University Press
DOI: 10.1093/bioinformatics/btaa779

μ-PBWT: a lightweight r-indexing of the PBWT for storing and querying UK Biobank data

Autoren: Davide Cozzi, Massimiliano Rossi, Simone Rubinacci, Travis Gagie, Dominik Köppl, Christina Boucher, Paola Bonizzoni
Veröffentlicht in: Bioinformatics, 2023, ISSN 1367-4803
Herausgeber: Oxford University Press
DOI: 10.1093/bioinformatics/btad552

Nanopore base calling on the edge

Autoren: Peter Perešíni, Vladimír Boža, Broňa Brejová, Tomáš Vinař
Veröffentlicht in: Bioinformatics, Ausgabe 37/24, 2021, Seite(n) 4661-4667, ISSN 1367-4803
Herausgeber: Oxford University Press
DOI: 10.1093/bioinformatics/btab528

Nanopore sequencing of SARS-CoV-2: Comparison of short and long PCR-tiling amplicon protocols.

Autoren: Brona Brejova; Kristína Boršová; Viktória Hodorová; Viktória Čabanová; Askar Gafurov; Dominika Fricova; Martina Neboháčová; Tomas Vinar; Boris Klempa; Jozef Nosek
Veröffentlicht in: PLoS ONE, Ausgabe 16, 2021, Seite(n) e0259277, ISSN 1932-6203
Herausgeber: Public Library of Science
DOI: 10.1371/journal.pone.0259277

Triplet-based similarity score for fully multi-labeled trees with poly-occurring labels

Autoren: Simone Ciccolella, Giulia Bernardini, Luca Denti, Paola Bonizzoni, Marco Previtali, Gianluca Della Vedova
Veröffentlicht in: Bioinformatics, Ausgabe 37/2, 2020, Seite(n) 178-184, ISSN 1367-4803
Herausgeber: Oxford University Press
DOI: 10.1093/bioinformatics/btaa676

Computing linkage disequilibrium aware genome embeddings using autoencoders

Autoren: Gizem Taş, Timo Westerdijk, Eric Postma, Project MinE ALS GWAS Consortium , Jan H Veldink, Alexander Schönhuth, Marleen Balvert
Veröffentlicht in: Bioinformatics, 2024, ISSN 1367-4803
Herausgeber: Oxford University Press
DOI: 10.1093/bioinformatics/btae326

PlasBin-flow: a flow-based MILP algorithm for plasmid contigs binning

Autoren: Aniket Mane, Mahsa Faizrahnemoon, Tomáš Vinař, Broňa Brejová, Cedric Chauve
Veröffentlicht in: Bioinformatics, 2023, ISSN 1367-4803
Herausgeber: Oxford University Press
DOI: 10.1093/bioinformatics/btad250

Repurposing non-invasive prenatal testing data: Population study of single nucleotide variants associated with colorectal cancer and Lynch syndrome

Autoren: Natalia Forgacova, Juraj Gazdarica, Jaroslav Budiš, Jan Radvanszky, Tomáš Szemes
Veröffentlicht in: Oncology Letters, Ausgabe 22/5, 2021, ISSN 1792-1074
Herausgeber: Spandidos Publications
DOI: 10.3892/ol.2021.13040

DNA copy number variation: Main characteristics, evolutionary significance, and pathological aspects

Autoren: Ondrej Pös, Jan Radvanszky, Gergely Buglyó, Zuzana Pös, Diana Rusnakova, Bálint Nagy, Tomas Szemes
Veröffentlicht in: Biomedical Journal, Ausgabe 44/5, 2021, Seite(n) 548-559, ISSN 2319-4170
Herausgeber: Medknow Publications and Media Pvt. Ltd
DOI: 10.1016/j.bj.2021.02.003

Understanding genetic variability: exploring large-scale copy number variants through non-invasive prenatal testing in European populations

Autoren: Zuzana Holesova, Ondrej Pös, Juraj Gazdarica, Marcel Kucharik, Jaroslav Budis, Michaela Hyblova, Gabriel Minarik, Tomas Szemes
Veröffentlicht in: BMC Genomics, 2024, ISSN 1471-2164
Herausgeber: BioMed Central
DOI: 10.1186/s12864-024-10267-5

aKmerBroom: Ancient oral DNA decontamination using Bloom filters on k-mer sets

Autoren: Camila Duitama González, Samarth Rangavittal, Riccardo Vicedomini, Rayan Chikhi, Hugues Richard
Veröffentlicht in: iScience, 2023, ISSN 2589-0042
Herausgeber: Cell Press Elsevier Inc.
DOI: 10.1016/j.isci.2023.108057

Efficient mapping of accurate long reads in minimizer space with mapquik

Autoren: Barış Ekim, Kristoffer Sahlin, Paul Medvedev, Bonnie Berger, Rayan Chikhi
Veröffentlicht in: Genome Research, 2023, ISSN 1088-9051
Herausgeber: Cold Spring Harbor Laboratory Press
DOI: 10.1101/gr.277679.123

WarpSTR: Determining tandem repeat lengths using raw nanopore signals

Autoren: Jozef Sitarčík; Tomáš Vinař; Broňa Brejová; Werner Krampl; Jaroslav Budiš; Ján Radvánszky; Mária Lucká
Veröffentlicht in: Bioinformatics, 2023, ISSN 1367-4803
Herausgeber: Oxford University Press

Insights into non-informative results from non-invasive prenatal screening through gestational age, maternal BMI, and age analyses

Autoren: Juraj Gazdarica, Natalia Forgacova, Tomas Sladecek, Marcel Kucharik, Jaroslav Budis, Michaela Hyblova, Martina Sekelska, Andrej Gnip, Gabriel Minarik, Tomas Szemes
Veröffentlicht in: PLoS One, 2024, ISSN 1932-6203
Herausgeber: Public Library of Science
DOI: 10.1371/journal.pone.0280858

Hybrid-hybrid correction of errors in long reads with HERO

Autoren: Xiongbin Kang, Jialu Xu, Xiao Luo, Alexander Schönhuth
Veröffentlicht in: Genome Biology, 2023, ISSN 1474-760X
Herausgeber: BioMed Central Ltd
DOI: 10.1186/s13059-023-03112-7

Mapping-friendly sequence reductions: Going beyond homopolymer compression

Autoren: Luc Blassel, Paul Medvedev, Rayan Chikhi
Veröffentlicht in: iScience, Ausgabe 25/11, 2022, ISSN 2589-0042
Herausgeber: Cell Press
DOI: 10.1016/j.isci.2022.105305

Clustering sequence graphs

Autoren: Haodi Zhong, Grigorios Loukides, Solon P. Pissis
Veröffentlicht in: Data & Knowledge Engineering, Ausgabe 138, 2022, Seite(n) 101981, ISSN 0169-023X
Herausgeber: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.datak.2022.101981

Computational graph pangenomics: a tutorial on data structures and their applications

Autoren: Jasmijn A. Baaijens, Paola Bonizzoni, Christina Boucher, Gianluca Della Vedova, Yuri Pirola, Raffaella Rizzi, Jouni Sirén
Veröffentlicht in: Natural Computing, Ausgabe 21, 2022, Seite(n) 81-108, ISSN 1567-7818
Herausgeber: Kluwer Academic Publishers
DOI: 10.1007/s11047-022-09882-6

Bidirectional String Anchors for Improved Text Indexing and Top-K Similarity Search

Autoren: Grigorios Loukidis, Solon Pissis, Michelle Sweering
Veröffentlicht in: IEEE Transactions on Knowledge and Data Engineering, 2023, Seite(n) 1-18, ISSN 1041-4347
Herausgeber: Institute of Electrical and Electronics Engineers
DOI: 10.1109/tkde.2022.3231780

Internal shortest absent word queries in constant time and linear space

Autoren: Golnaz Badkobeh, Panagiotis Charalampopoulos, Dmitry Kosolobov, Solon P. Pissis
Veröffentlicht in: Theoretical Computer Science, Ausgabe 922, 2020, Seite(n) 271-282, ISSN 0304-3975
Herausgeber: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.tcs.2022.04.029

All-pairs suffix/prefix in optimal time using Aho-Corasick space

Autoren: Grigorios Loukides, Solon P. Pissis
Veröffentlicht in: Information Processing Letters, Ausgabe 178, 2022, Seite(n) 106275, ISSN 0020-0190
Herausgeber: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.ipl.2022.106275

$$\textsc {McDag}$$: indexing maximal common subsequences for k strings

Autoren: Giovanni Buzzega, Alessio Conte, Roberto Grossi, Giulia Punzi
Veröffentlicht in: Algorithms for Molecular Biology, Ausgabe 20, 2025, ISSN 1748-7188
Herausgeber: BioMed Central
DOI: 10.1186/s13015-025-00271-z

ESKEMAP: exact sketch-based read mapping

Autoren: Tizian Schulz, Paul Medvedev
Veröffentlicht in: Algorithms for Molecular Biology, 2024, ISSN 1748-7188
Herausgeber: BioMed Central
DOI: 10.1186/s13015-024-00261-7

Seedability: optimizing alignment parameters for sensitive sequence comparison

Autoren: Lorraine A. K. Ayad, Rayan Chikhi, Solon P. Pissis
Veröffentlicht in: Bioinformatics Advances, Ausgabe 3, 2023, ISSN 2635-0041
Herausgeber: Oxford University Press (OUP)
DOI: 10.1093/bioadv/vbad108

Elastic-Degenerate String Matching with 1 Error or Mismatch

Autoren: Giulia Bernardini, Esteban Gabory, Solon P. Pissis, Leen Stougie, Michelle Sweering, Wiktor Zuba
Veröffentlicht in: Theory of Computing Systems, Ausgabe 68, 2024, Seite(n) 1442-1467, ISSN 1432-4350
Herausgeber: Springer Verlag
DOI: 10.1007/s00224-024-10194-8

SVDSS: structural variation discovery in hard-to-call genomic regions using sample-specific strings from accurate long reads

Autoren: Luca Denti, Parsoa Khorsand, Paola Bonizzoni, Fereydoun Hormozdiari, Rayan Chikhi
Veröffentlicht in: Nature Methods, Ausgabe 20, 2022, Seite(n) 550-558, ISSN 1548-7091
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41592-022-01674-1

DeepNano-blitz: a fast base caller for MinION nanopore sequencers

Autoren: Vladimír Boža, Peter Perešíni, Broňa Brejová, Tomáš Vinař
Veröffentlicht in: Bioinformatics, Ausgabe 36/14, 2020, Seite(n) 4191–4192, ISSN 1367-4811
Herausgeber: Oxford University Press
DOI: 10.1093/bioinformatics/btaa297

Accurate and fast clade assignment via deep learning and frequency chaos game representation

Autoren: Jorge Avila Cartes, Santosh Anand, Simone Ciccolella, Paola Bonizzoni, Gianluca Della Vedova
Veröffentlicht in: Gigascience, Ausgabe 12, 2022, ISSN 2047-217X
Herausgeber: Oxford University Press
DOI: 10.1093/gigascience/giac119

phasebook: haplotype-aware de novo assembly of diploid genomes from long reads

Autoren: Xiao Luo; Xiao Luo; Xiongbin Kang; Xiongbin Kang; Alexander Schönhuth; Alexander Schönhuth
Veröffentlicht in: Genome Biology, Ausgabe 22, 2021, Seite(n) 299, ISSN 1474-760X
Herausgeber: BioMed Central
DOI: 10.1186/s13059-021-02512-x

Enhancing Long-Read-Based Strain-Aware Metagenome Assembly

Autoren: Xiao Luo, Xiongbin Kang, Alexander Schönhuth
Veröffentlicht in: Frontiers in Genetics, Ausgabe 13, 2022, ISSN 1664-8021
Herausgeber: Frontiers Media
DOI: 10.3389/fgene.2022.868280

Sequence-based pangenomic core detection

Autoren: Tizian Schulz, Roland Wittler, Jens Stoye
Veröffentlicht in: IScience, Ausgabe 25/6, 2022, ISSN 2589-0042
Herausgeber: Cell Press
DOI: 10.1016/j.isci.2022.104413

StrainXpress: strain aware metagenome assembly from short reads

Autoren: Xiongbin Kang, Xiao Luo, Alexander Schönhuth
Veröffentlicht in: Nucleic Acids Research, Ausgabe 50/17, 2022, Seite(n) e101, ISSN 0305-1048
Herausgeber: Oxford University Press
DOI: 10.1093/nar/gkac543

Efficient Computation of Sequence Mappability

Autoren: Panagiotis Charalampopoulos; Costas S. Iliopoulos; Tomasz Kociumaka; Solon P. Pissis; Jakub Radoszewski; Juliusz Straszyński
Veröffentlicht in: Algorithmica, Ausgabe 84, 2022, Seite(n) 1418-1440, ISSN 0178-4617
Herausgeber: Springer Verlag
DOI: 10.1007/s00453-022-00934-y

Detecting High Scoring Local Alignments in Pangenome Graphs

Autoren: Tizian Schulz; Roland Wittler; Sven Rahmann; Faraz Hach; Faraz Hach; Jens Stoye
Veröffentlicht in: Bioinformatics, Ausgabe 37, 2021, Seite(n) 2266–2274, ISSN 1367-4803
Herausgeber: Oxford University Press
DOI: 10.1101/2020.09.03.280958

VeChat: correcting errors in long reads using variation graphs

Autoren: Xiao Luo, Xiongbin Kang, Alexander Schönhuth
Veröffentlicht in: Nature Communications, Ausgabe 13, 2022, ISSN 2041-1723
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-022-34381-8

Dynamic Pooling Improves Nanopore Base Calling Accuracy

Autoren: Vladimír Boža, Peter Perešíni, Broňa Brejová, Tomáš Vinař
Veröffentlicht in: IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics, Ausgabe 19/6, 2022, Seite(n) 3416-3424, ISSN 1545-5963
Herausgeber: IEEE Computer Society
DOI: 10.1109/tcbb.2021.3128366

Computing the multi-string BWT and LCP array in external memory

Autoren: Paola Bonizzoni, Gianluca Della Vedova, Yuri Pirola, Marco Previtali, Raffaella Rizzi
Veröffentlicht in: Theoretical Computer Science, Ausgabe 862, 2021, Seite(n) 42-58, ISSN 0304-3975
Herausgeber: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.tcs.2020.11.041

plASgraph2: using graph neural networks to detect plasmid contigs from an assembly graph

Autoren: Janik Sielemann, Katharina Sielemann, Broňa Brejová, Tomáš Vinař, Cedric Chauve
Veröffentlicht in: Frontiers in Microbiology, 2023, ISSN 1664-302X
Herausgeber: Frontiers Media
DOI: 10.3389/fmicb.2023.1267695

Palidis: fast discovery of novel insertion sequences

Autoren: Victoria R. Carr, Solon P. Pissis, Peter Mullany, Saeed Shoaie, David Gomez-Cabrero, David L. Moyes
Veröffentlicht in: Microbial Genomics, Ausgabe 9/3, 2023, ISSN 2057-5858
Herausgeber: Microbiology Society
DOI: 10.1099/mgen.0.000917

Three Metaheuristic Approaches for Tumor Phylogeny Inference: An Experimental Comparison

Autoren: Simone Ciccolella; Gianluca Della Vedova; Vladimir Filipović; Mauricio Soto Gomez
Veröffentlicht in: Algorithms, 2023, ISSN 1999-4893
Herausgeber: MDPI Open Access Publishing
DOI: 10.3390/a16070333

Text Indexing for Long Patterns: Anchors are All you Need

Autoren: Lorraine A. K. Ayad, Grigorios Loukides, Solon P. Pissis
Veröffentlicht in: Proceedings of the VLDB Endowment, Ausgabe 16(9), 2023, Seite(n) 2117-2131, ISSN 2150-8097
Herausgeber: Association for Computing Machinery (ACM)
DOI: 10.14778/3598581.3598586

Comparative genome analysis using sample-specific string detection in accurate long reads

Autoren: Parsoa Khorsand; Luca Denti; Paola Bonizzoni; Rayan Chikhi; Fereydoun Hormozdiari; Fereydoun Hormozdiari
Veröffentlicht in: Bioinformatics Advances, Ausgabe 1, 2021, ISSN 2635-0041
Herausgeber: Oxford University Press (OUP)
DOI: 10.1093/bioadv/vbab005

Markov chains improve the significance computation of overlapping genome annotations

Autoren: Askar Gafurov, Broňa Brejová, Paul Medvedev
Veröffentlicht in: Bioinformatics, Ausgabe 38, 2022, Seite(n) i203–i211, ISSN 1367-4811
Herausgeber: Oxford University Press
DOI: 10.1093/bioinformatics/btac255

Minimizer-space de Bruijn graphs: Whole-genome assembly of long reads in minutes on a personal computer

Autoren: Barış Ekim, Bonnie Berger, Rayan Chikhi
Veröffentlicht in: Cell Systems, Ausgabe 12/10, 2021, Seite(n) 958--968, ISSN 2405-4720
Herausgeber: Elsevier
DOI: 10.1016/j.cels.2021.08.009

Predicting the prevalence of complex genetic diseases from individual genotype profiles using capsule networks

Autoren: Xiao Luo, Xiongbin Kang, Alexander Schönhuth
Veröffentlicht in: Nature Machine Intelligence, 2023, ISSN 2522-5839
Herausgeber: Springer
DOI: 10.1038/s42256-022-00604-2

Microsatellite instability assessment is instrumental for Predictive, Preventive and Personalised Medicine: status quo and outlook

Autoren: Jakub Styk, Zuzana Pös, Ondrej Pös, Jan Radvanszky, Evelina Hrckova Turnova, Gergely Buglyó, Daniela Klimova, Jaroslav Budis, Vanda Repiska, Bálint Nagy, Tomas Szemes
Veröffentlicht in: The EPMA Journal, 2023, ISSN 1878-5085
Herausgeber: Springer Science and Business Media LLC
DOI: 10.1007/s13167-023-00312-w

A SARS-CoV-2 mutant from B.1.258 lineage with ∆H69/∆V70 deletion in the Spike protein circulating in Central Europe in the fall 2020.

Autoren: Broňa Brejová; Kristína Boršová; Kristína Boršová; Viktória Hodorová; Viktória Čabanová; Lenka Reizigová; Evan D. Paul; Pavol Čekan; Boris Klempa; Jozef Nosek; Tomáš Vinař
Veröffentlicht in: Virus Genes, Ausgabe 57, 2021, Seite(n) 556–560, ISSN 1572-994X
Herausgeber: Springer Science and Business Media LLC
DOI: 10.1007/s11262-021-01866-5

Minimizing the Minimizers via Alphabet Reordering

Autoren: Hilde Verbeek, Lorraine A.K. Ayad, Grigorios Loukides, Solon P. Pissis
Veröffentlicht in: Combinatorial Pattern Matching (CPM 2024), 2024
Herausgeber: Schloss Dagstuhl -- Leibniz-Zentrum für Informatik
DOI: 10.4230/lipics.cpm.2024.28

Elastic-Degenerate String Matching with 1 Error

Autoren: Giulia Bernardini, Esteban Gabory, Solon P. Pissis, Leen Stougie, Michelle Sweering, Wiktor Zuba
Veröffentlicht in: Latin American Symposium on Theoretical Informatics (LATIN 2022), Ausgabe 13568, 2022, Seite(n) 20-37, ISBN 978-3-031-20623-8
Herausgeber: Springer
DOI: 10.1007/978-3-031-20624-5_2

Enhancing Generalized Compressed Suffix Trees, with Applications

Autoren: Sankardeep Chakraborty, Kunihiko Sadakane, Wiktor Zuba
Veröffentlicht in: International Symposium on Algorithms and Computation (ISAAC 2024), 2024, ISBN 978-3-95977-354-6
Herausgeber: Schloss Dagstuhl -- Leibniz-Zentrum für Informatik
DOI: 10.4230/lipics.isaac.2024.18

Utility-Oriented String Mining

Autoren: Giulia Bernardini, Huiping Chen, Alessio Conte, Roberto Grossi, Veronica Guerrini, Grigorios Loukides, Nadia Pisanti, Solon P. Pissis
Veröffentlicht in: SIAM International Conference on Data Mining (SDM 2024), 2024, ISBN 978-1-61197-803-2
Herausgeber: Society for Industrial and Applied Mathematics
DOI: 10.1137/1.9781611978032.22

KFinger: Capturing Overlaps Between Long Reads by Using Lyndon Fingerprints

Autoren: Paola Bonizzoni, Alessia Petescia, Yuri Pirola, Raffaella Rizzi, Rocco Zaccagnino, Rosalba Zizza
Veröffentlicht in: International Work-Conference on Bioinformatics and Biomedical Engineering (IWBBIO 2022), 2022, ISBN 978-3-031-07801-9
Herausgeber: Springer
DOI: 10.1007/978-3-031-07802-6_37

Phasing Data from Genotype Queries via the μ-PBWT

Autoren: Davide Cozzi, Paola Bonizzoni, Christina Boucher, Ben Langmead, Yuri Pirola
Veröffentlicht in: The Expanding World of Compressed Data: A Festschrift for Giovanni Manzini's 60th Birthday, 2025, ISBN 978-3-95977-390-4
Herausgeber: Schloss Dagstuhl – Leibniz-Zentrum für Informatik
DOI: 10.4230/oasics.manzini.10

Solving the Minimal Positional Substring Cover Problem in Sublinear Space

Autoren: Paola Bonizzoni, Christina Boucher, Davide Cozzi, Travis Gagie, Yuri Pirola
Veröffentlicht in: Combinatorial Pattern Matching (CPM 2024), 2024, ISBN 978-3-95977-326-3
Herausgeber: Schloss Dagstuhl -- Leibniz-Zentrum für Informatik
DOI: 10.4230/lipics.cpm.2024.12

Faster Approximate Elastic-Degenerate String Matching - Part A

Autoren: Solon P. Pissis, Jakub Radoszewski, Wiktor Zuba
Veröffentlicht in: Combinatorial Pattern Matching (CPM 2025), 2025, ISBN 978-3-95977-369-0
Herausgeber: Schloss Dagstuhl -- Leibniz-Zentrum für Informatik
DOI: 10.4230/lipics.cpm.2025.28

On Strings Having the Same Length-k Substrings

Autoren: Giulia Bernardini, Alessio Conte, Esteban Gabory, Roberto Grossi, Grigorios Loukides, Solon P. Pissis, Giulia Punzi, Michelle Sweering
Veröffentlicht in: Combinatorial Pattern Matching (CPM 2022), Ausgabe 223, 2022, Seite(n) 16:1--16:17, ISBN 978-3-95977-234-1
Herausgeber: Schloss Dagstuhl -- Leibniz-Zentrum für Informatik
DOI: 10.4230/lipics.cpm.2022.16

Substring Complexity in Sublinear Space

Autoren: Giulia Bernardini, Gabriele Fici, Paweł Gawrychowski, and Solon P. Pissis
Veröffentlicht in: International Symposium on Algorithms and Computation (ISAAC 2023), 2023
Herausgeber: Schloss Dagstuhl -- Leibniz-Zentrum für Informatik
DOI: 10.4230/lipics.isaac.2023.12

Can Formal Languages Help Pangenomics to Represent and Analyze Multiple Genomes?

Autoren: Paola Bonizzoni, Clelia De Felice, Yuri Pirola, Raffaella Rizzi, Rocco Zaccagnino, Rosalba Zizza
Veröffentlicht in: Developments in Language Theory (DLT 2022), Ausgabe 13257, 2022, Seite(n) 3-12, ISBN 978-3-031-05578-2
Herausgeber: Springer International Publishing
DOI: 10.1007/978-3-031-05578-2_1

A Unifying Taxonomy of Pattern Matching in Degenerate Strings and Founder Graphs

Autoren: Rocco Ascone, Giulia Bernardini, Alessio Conte, Massimo Equi, Esteban Gabory, Roberto Grossi, Nadia Pisanti
Veröffentlicht in: Algorithms in Bioinformatics (WABI 2024), 2024, ISBN 978-3-95977-340-9
Herausgeber: Schloss Dagstuhl -- Leibniz-Zentrum für Informatik
DOI: 10.4230/lipics.wabi.2024.14

U-Index: A Universal Indexing Framework for Matching Long Patterns

Autoren: Lorraine A. K. Ayad, Gabriele Fici, Ragnar Groot Koerkamp, Grigorios Loukides, Rob Patro, Giulio Ermanno Pibiri, Solon P. Pissis
Veröffentlicht in: Symposium on Experimental Algorithms, 2025, ISBN 978-3-95977-375-1
Herausgeber: Schloss Dagstuhl -- Leibniz-Zentrum für Informatik
DOI: 10.4230/lipics.sea.2025.4

Space-Efficient Indexes for Uncertain Strings

Autoren: Esteban Gabory, Chang Liu, Grigorios Loukides, Solon P. Pissis, Wiktor Zuba
Veröffentlicht in: 2024 IEEE 40th International Conference on Data Engineering (ICDE), 2024, ISBN 979-8-3503-1715-2
Herausgeber: IEEE
DOI: 10.1109/icde60146.2024.00367

The Rational Construction of a Wheeler DFA

Autoren: Giovanni Manzini, Alberto Policriti, Nicola Prezza, Brian Riccardi
Veröffentlicht in: Combinatorial Pattern Matching (CPM 2024), 2024, ISBN 978-3-95977-326-3
Herausgeber: Schloss Dagstuhl -- Leibniz-Zentrum für Informatik
DOI: 10.4230/lipics.cpm.2024.23

Can We Replace Reads by Numeric Signatures? Lyndon Fingerprints as Representations of Sequencing Reads for Machine Learning

Autoren: Paola Bonizzoni, Clelia De Felice, Alessia Petescia, Yuri Pirola, Raffaella Rizzi, Jens Stoye, Rocco Zaccagnino, Rosalba Zizza
Veröffentlicht in: Algorithms for Computational Biology (AlCoB 2021), 2021, Seite(n) 16-28, ISBN 978-3-030-74432-8
Herausgeber: Springer
DOI: 10.1007/978-3-030-74432-8_2

Pangenome Graph Indexing via the Multidollar-BWT

Autoren: Davide Cozzi, Brian Riccardi, Luca Denti, Simone Ciccolella, Kunihiko Sadakane, Paola Bonizzoni
Veröffentlicht in: Symposium on Experimental Algorithms (SEA 2025), 2025, ISBN 978-3-95977-375-1
Herausgeber: Schloss Dagstuhl -- Leibniz-Zentrum für Informatik
DOI: 10.4230/lipics.sea.2025.13

Faster Approximate Elastic-Degenerate String Matching - Part B

Autoren: Paweł Gawrychowski, Adam Górkiewicz, Pola Marciniak, Solon P. Pissis, Karol Pokorski
Veröffentlicht in: Combinatorial Pattern Matching (CPM 2025), 2025, ISBN 978-3-95977-369-0
Herausgeber: Schloss Dagstuhl -- Leibniz-Zentrum für Informatik
DOI: 10.4230/lipics.cpm.2025.29

McDag: Indexing Maximal Common Subsequences in Practice

Autoren: Giovanni Buzzega; Alessio Conte; Roberto Grossi; Giulia Punzi
Veröffentlicht in: Algorithms in Bioinformatics (WABI 2024), 2024, ISBN 978-3-95977-340-9
Herausgeber: Schloss Dagstuhl -- Leibniz-Zentrum für Informatik
DOI: 10.4230/lipics.wabi.2024.21

Pattern Masking for Dictionary Matching

Autoren: Panagiotis Charalampopoulos and Huiping Chen and Peter Christen and Grigorios Loukides and Nadia Pisanti and Solon P. Pissis and Jakub Radoszewski
Veröffentlicht in: International Symposium on Algorithms and Computation (ISAAC 2021), 2021, ISBN 978-3-95977-214-3
Herausgeber: Schloss Dagstuhl -- Leibniz-Zentrum für Informatik
DOI: 10.4230/lipics.isaac.2021.65

Approximate Circular Pattern Matching

Autoren: Panagiotis Charalampopoulos, Tomasz Kociumaka, Jakub Radoszewski, Solon P. Pissis, Wojciech Rytter, Tomasz Waleń, Wiktor Zuba
Veröffentlicht in: European Symposium on Algorithms (ESA 2022), Ausgabe 244, 2022, Seite(n) 35:1--35:19, ISBN 978-3-95977-247-1
Herausgeber: Schloss Dagstuhl -- Leibniz-Zentrum für Informatik
DOI: 10.4230/lipics.esa.2022.35

On the Construction of Elastic Degenerate Strings

Autoren: Nicola Rizzo, Veli Mäkinen, Nadia Pisanti
Veröffentlicht in: From Strings to Graphs, and Back Again: A Festschrift for Roberto Grossi's 60th Birthday, 2025, ISBN 978-3-95977-391-1
Herausgeber: Schloss Dagstuhl – Leibniz-Zentrum für Informatik
DOI: 10.4230/oasics.grossi.2

Unary Words Have the Smallest Levenshtein k-Neighbourhoods

Autoren: Panagiotis Charalampopoulos, Solon P. Pissis, Jakub Radoszewski, Tomasz Waleń, Wiktor Zuba
Veröffentlicht in: Combinatorial Pattern Matching (CPM 2020), Ausgabe 161, 2020, Seite(n) 10:1--10:12, ISBN 978-3-95977-149-8
Herausgeber: Schloss Dagstuhl -- Leibniz-Zentrum für Informatik
DOI: 10.4230/lipics.cpm.2020.10

BWT for String Collections

Autoren: Davide Cenzato, Zsuzsanna Lipták, Nadia Pisanti, Giovanna Rosone, Marinella Sciortino
Veröffentlicht in: The Expanding World of Compressed Data: A Festschrift for Giovanni Manzini's 60th Birthday, 2025, ISBN 978-3-95977-390-4
Herausgeber: Schloss Dagstuhl – Leibniz-Zentrum für Informatik
DOI: 10.4230/oasics.manzini.3

Indexing Strings with Utilities

Autoren: Giulia Bernardini, Huiping Chen, Alessio Conte, Roberto Grossi, Veronica Guerrini, Grigorios Loukides, Nadia Pisanti, Solon P. Pissis
Veröffentlicht in: 2025 IEEE 41st International Conference on Data Engineering (ICDE), 2025, Seite(n) 2782-2795
Herausgeber: IEEE
DOI: 10.1109/icde65448.2025.00209

String Sanitization Under Edit Distance

Autoren: Giulia Bernardini, Grigorios Loukides, Solon P. Pissis, Michelle Sweering, Huiping Chen, Nadia Pisanti, Leen Stougie
Veröffentlicht in: Combinatorial Pattern Matching (CPM 2020), Ausgabe 161, 2020, Seite(n) 7:1--7:14, ISBN 978-3-95977-149-8
Herausgeber: Schloss Dagstuhl -- Leibniz-Zentrum für Informatik
DOI: 10.4230/lipics.cpm.2020.7

Gapped String Indexing in Subquadratic Space and Sublinear Query Time

Autoren: Philip Bille, Inge Li Gørtz, Moshe Lewenstein, Solon P. Pissis, Eva Rotenberg, Teresa Anna Steiner
Veröffentlicht in: Symposium on Theoretical Aspects of Computer Science (STACS 2024), 2024, ISBN 978-3-95977-311-9
Herausgeber: Schloss Dagstuhl -- Leibniz-Zentrum für Informatik
DOI: 10.4230/lipics.stacs.2024.16

Approximate Circular Pattern Matching Under Edit Distance

Autoren: Panagiotis Charalampopoulos, Solon P. Pissis, Jakub Radoszewski, Wojciech Rytter, Tomasz Waleń, Wiktor Zuba
Veröffentlicht in: Symposium on Theoretical Aspects of Computer Science (STACS 2024), 2024, ISBN 978-3-95977-311-9
Herausgeber: Schloss Dagstuhl -- Leibniz-Zentrum für Informatik
DOI: 10.4230/lipics.stacs.2024.24

Exact Sketch-Based Read Mapping

Autoren: Tizian Schulz, Paul Medvedev
Veröffentlicht in: Algorithms in Bioinformatics (WABI 2023), 2023, ISBN 978-3-95977-294-5
Herausgeber: Schloss Dagstuhl -- Leibniz-Zentrum für Informatik
DOI: 10.4230/lipics.wabi.2023.14

Subsequence-Based Indices for Genome Sequence Analysis

Autoren: Giovanni Buzzega, Alessio Conte, Veronica Guerrini, Giulia Punzi, Giovanna Rosone, Lorenzo Tattini
Veröffentlicht in: From Strings to Graphs, and Back Again: A Festschrift for Roberto Grossi's 60th Birthday, 2025, ISBN 978-3-95977-391-1
Herausgeber: Schloss Dagstuhl – Leibniz-Zentrum für Informatik
DOI: 10.4230/oasics.grossi.20

Comparing Elastic-Degenerate Strings: Algorithms, Lower Bounds, and Applications

Autoren: Esteban Gabory, Moses Njagi Mwaniki, Nadia Pisanti, Solon P. Pissis, Jakub Radoszewski, Michelle Sweering, Wiktor Zuba
Veröffentlicht in: Combinatorial Pattern Matching (CPM 2023), Ausgabe 259, 2023, Seite(n) 11:1-11:20, ISBN 978-3-95977-276-1
Herausgeber: Schloss Dagstuhl - Leibniz-Zentrum für Informatik
DOI: 10.4230/lipics.cpm.2023.11

On String and Graph Sanitization

Autoren: Giulia Bernardini, Huiping Chen, Grigorios Loukides, Solon P. Pissis
Veröffentlicht in: From Strings to Graphs, and Back Again: A Festschrift for Roberto Grossi's 60th Birthday, 2025, ISBN 978-3-95977-391-1
Herausgeber: Schloss Dagstuhl – Leibniz-Zentrum für Informatik
DOI: 10.4230/oasics.grossi.9

Faster Algorithms for Longest Common Substring

Autoren: Panagiotis Charalampopoulos, Tomasz Kociumaka, Solon P. Pissis, Jakub Radoszewski
Veröffentlicht in: European Symposium on Algorithms (ESA 2021), Ausgabe 204, 2021, Seite(n) 30:1--30:17, ISBN 978-3-95977-204-4
Herausgeber: Schloss Dagstuhl -- Leibniz-Zentrum für Informatik
DOI: 10.4230/lipics.esa.2021.30

Beyond the BEST Theorem: Fast Assessment of Eulerian Trails

Autoren: Alessio Conte, Roberto Grossi, Grigorios Loukidis, Nadia Pisanti, Solon P. Pissis, Giulia Punzi
Veröffentlicht in: Fundamentals of Computation Theory (FCT 2021), Ausgabe 12867, 2021, Seite(n) 162--175, ISBN 978-3-030-86593-1
Herausgeber: Springer International Publishing
DOI: 10.1007/978-3-030-86593-1_11

Suffix-Prefix Queries on a Dictionary

Autoren: Grigorios Loukides, Solon P. Pissis, Sharma V. Thankachan, Wiktor Zuba
Veröffentlicht in: Combinatorial Pattern Matching (CPM 2023), Ausgabe 259, 2023, Seite(n) 21:1-21:20, ISBN 978-3-95977-276-1
Herausgeber: Schloss Dagstuhl - Leibniz-Zentrum für Informatik
DOI: 10.4230/lipics.cpm.2023.21

Size-Constrained Weighted Ancestors with Applications

Autoren: Philip Bille, Yakov Nekrich, Solon P. Pissis
Veröffentlicht in: Scandinavian Symposium and Workshops on Algorithm Theory (SWAT 2024), 2024, ISBN 978-3-95977-318-8
Herausgeber: Schloss Dagstuhl -- Leibniz-Zentrum für Informatik
DOI: 10.4230/lipics.swat.2024.14

Making de Bruijn Graphs Eulerian

Autoren: Giulia Bernardini, Huiping Chen, Grigorios Loukides, Solon P. Pissis, Leen Stougie, Michelle Sweering
Veröffentlicht in: Combinatorial Pattern Matching (CPM 2022), Ausgabe 223, 2022, Seite(n) 12:1--12:18, ISBN 978-3-95977-234-1
Herausgeber: Schloss Dagstuhl -- Leibniz-Zentrum für Informatik
DOI: 10.4230/lipics.cpm.2022.12

Probabilistic Models of k-mer Frequencies (Extended Abstract)

Autoren: Askar Gafurov, Tomáš Vinař, Broňa Brejová
Veröffentlicht in: Conference on Computability in Europe (CiE 2021), 2021, Seite(n) 227-236, ISBN 978-3-030-80049-9
Herausgeber: Springer
DOI: 10.1007/978-3-030-80049-9_21

Sparse Suffix and LCP Array: Simple, Direct, Small, and Fast

Autoren: Lorraine A.K. Ayad, Grigorios Loukides, Solon P. Pissis, Hilde Verbeek
Veröffentlicht in: Latin American Symposium on Theoretical Informatics (LATIN 2024), 2024, ISBN 978-3-031-55597-8
Herausgeber: Springer
DOI: 10.1007/978-3-031-55598-5_11

Bidirectional String Anchors: A New String Sampling Mechanism

Autoren: Grigorios Loukides, Solon P. Pissis
Veröffentlicht in: European Symposium on Algorithms (ESA 2021), Ausgabe 204, 2021, Seite(n) 64:1--64:21, ISBN 978-3-95977-204-4
Herausgeber: Schloss Dagstuhl -- Leibniz-Zentrum für Informatik
DOI: 10.4230/lipics.esa.2021.64

Efficient Analysis of Annotation Colocalization Accounting for Genomic Contexts

Autoren: Askar Gafurov, Tomáš Vinař, Paul Medvedev, Broňa Brejová
Veröffentlicht in: Research in Computational Molecular Biology (RECOMB 2024), 2024, ISBN 978-1-0716-3989-4
Herausgeber: Springer
DOI: 10.1007/978-1-0716-3989-4_3

Connecting de Bruijn Graphs

Autoren: Giulia Bernardini, Huiping Chen, Inge Li Gørtz, Christoffer Krogh, Grigorios Loukides, Solon P. Pissis, Leen Stougie, Michelle Sweering
Veröffentlicht in: Combinatorial Pattern Matching (CPM 2024), 2024
Herausgeber: Schloss Dagstuhl -- Leibniz-Zentrum für Informatik
DOI: 10.4230/lipics.cpm.2024.6

Longest Palindromic Substring in Sublinear Time

Autoren: Panagiotis Charalampopoulos, Solon P. Pissis, Jakub Radoszewski
Veröffentlicht in: Combinatorial Pattern Matching (CPM 2022), Ausgabe 223, 2022, Seite(n) 20:1--20:9, ISBN 978-3-95977-234-1
Herausgeber: Schloss Dagstuhl -- Leibniz-Zentrum für Informatik
DOI: 10.4230/lipics.cpm.2022.20

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