Leistungen
Report on dissemination strategies and activities of the network Monitoring and recording of individual dissemination activities
First progress reportFirst progress report on secondments and scientific and financial aspects of the project
Description of the overall planning for the Project development, as discussed and agreed during the Kick-Off meeting.
Veröffentlichungen
Autoren:
Giulia Bernardini, Paweł Gawrychowski, Nadia Pisanti, Solon P. Pissis, Giovanna Rosone
Veröffentlicht in:
SIAM Journal on Computing, Ausgabe 51/3, 2022, Seite(n) 549-576, ISSN 0097-5397
Herausgeber:
Society for Industrial and Applied Mathematics
DOI:
10.1137/20m1368033
Autoren:
Sarwan Ali, Simone Ciccolella, Lorenzo Lucarella, Gianluca Della Vedova, Murray Patterson
Veröffentlicht in:
Journal of Computational Biology, Ausgabe 28/11, 2021, Seite(n) 1142-1155, ISSN 1066-5277
Herausgeber:
Mary Ann Liebert Inc.
DOI:
10.1089/cmb.2021.0271
Autoren:
Diana Rusňáková, Tatiana Sedláčková, Peter Radvák, Miroslav Böhmer, Pavol Mišenko, Jaroslav Budiš, Silvia Bokorová, Nikola Lipková, Michaela Forgáčová-Jakúbková, Tomáš Sládeček, Jozef Sitarčík, Werner Krampl, Michaela Gažiová, Anna Kaliňáková, Edita Staroňová, Elena Tichá, Terézia Vrábľová, Lucia Ševčíková, Barbora Kotvasová, Lucia Maďarová, Soňa Feiková
Veröffentlicht in:
Viruses, Ausgabe 14/11, 2022, ISSN 1999-4915
Herausgeber:
Multidisciplinary Digital Publishing Institute (MDPI)
DOI:
10.3390/v14112432
Autoren:
Massimiliano Rossi, Marco Oliva, Paola Bonizzoni, Ben Langmead, Travis Gagie, Christina Boucher
Veröffentlicht in:
Journal of Computational Biology, Ausgabe 29/2, 2022, Seite(n) 188-194, ISSN 1066-5277
Herausgeber:
Mary Ann Liebert Inc.
DOI:
10.1089/cmb.2021.0445
Autoren:
Michaela Gažiová, Tomáš Sládeček, Ondrej Pös, M. Števko, Werner Krampl, Zuzana Pös, Rastislav Hekel, M. Hlavačka, Marcel Kucharík, Jan Radvánszky, Jaroslav Budiš, Tomáš Szemes
Veröffentlicht in:
Scientific Reports, Ausgabe 12, 2022, ISSN 2045-2322
Herausgeber:
Nature Publishing Group
DOI:
10.1038/s41598-021-04505-z
Autoren:
Simone Ciccolella; Luca Denti; Paola Bonizzoni; Gianluca Della Vedova; Yuri Pirola; Marco Previtali
Veröffentlicht in:
BMC Bioinformatics, Ausgabe 22, 2021, Seite(n) 625, ISSN 1471-2105
Herausgeber:
BioMed Central
DOI:
10.1186/s12859-022-04668-0
Autoren:
Askar Gafurov, Andrej Baláž, Fabian Amman, Kristína Boršová, Viktória Čabanová, Boris Klempa, Andreas Bergthaler, Tomáš Vinař, Broňa Brejová
Veröffentlicht in:
BMC Bioinformatics, Ausgabe 23, 2022, ISSN 1471-2105
Herausgeber:
BioMed Central
DOI:
10.1186/s12859-022-05100-3
Autoren:
Hayam Alamro, Mai Alzamel, Costas S. Iliopoulos, Solon P. Pissis, Steven Watts
Veröffentlicht in:
BMC Bioinformatics, Ausgabe 22, 2021, Seite(n) 51, ISSN 1471-2105
Herausgeber:
BioMed Central
DOI:
10.1186/s12859-021-03983-2
Autoren:
Luo, Xiao; Kang, Xiangbin; Schönhuth, Alexander
Veröffentlicht in:
Genome Biology, 2022, ISSN 1474-760X
Herausgeber:
BioMed Central Ltd.
DOI:
10.1186/s13059-021-02587-6
Autoren:
Paola Bonizzoni, Matteo Costantini, Clelia De Felice, Alessia Petescia, Yuri Pirola, Marco Previtali, Raffaella Rizzi, Jens Stoye, Rocco Zaccagnino, Rosalba Zizza
Veröffentlicht in:
Information Sciences, Ausgabe 607, 2022, Seite(n) 458-476, ISSN 0020-0255
Herausgeber:
Elsevier BV
DOI:
10.1016/j.ins.2022.06.005
Autoren:
Luca Denti, Yuri Pirola, Marco Previtali, Tamara Ceccato, Gianluca Della Vedova, Raffaella Rizzi, Paola Bonizzoni
Veröffentlicht in:
Bioinformatics, Ausgabe 37/4, 2020, Seite(n) 464-472, ISSN 1367-4803
Herausgeber:
Oxford University Press
DOI:
10.1093/bioinformatics/btaa779
Autoren:
Davide Cozzi, Massimiliano Rossi, Simone Rubinacci, Travis Gagie, Dominik Köppl, Christina Boucher, Paola Bonizzoni
Veröffentlicht in:
Bioinformatics, 2023, ISSN 1367-4803
Herausgeber:
Oxford University Press
DOI:
10.1093/bioinformatics/btad552
Autoren:
Peter Perešíni, Vladimír Boža, Broňa Brejová, Tomáš Vinař
Veröffentlicht in:
Bioinformatics, Ausgabe 37/24, 2021, Seite(n) 4661-4667, ISSN 1367-4803
Herausgeber:
Oxford University Press
DOI:
10.1093/bioinformatics/btab528
Autoren:
Brona Brejova; Kristína Boršová; Viktória Hodorová; Viktória Čabanová; Askar Gafurov; Dominika Fricova; Martina Neboháčová; Tomas Vinar; Boris Klempa; Jozef Nosek
Veröffentlicht in:
PLoS ONE, Ausgabe 16, 2021, Seite(n) e0259277, ISSN 1932-6203
Herausgeber:
Public Library of Science
DOI:
10.1371/journal.pone.0259277
Autoren:
Simone Ciccolella, Giulia Bernardini, Luca Denti, Paola Bonizzoni, Marco Previtali, Gianluca Della Vedova
Veröffentlicht in:
Bioinformatics, Ausgabe 37/2, 2020, Seite(n) 178-184, ISSN 1367-4803
Herausgeber:
Oxford University Press
DOI:
10.1093/bioinformatics/btaa676
Autoren:
Natalia Forgacova, Juraj Gazdarica, Jaroslav Budiš, Jan Radvanszky, Tomáš Szemes
Veröffentlicht in:
Oncology Letters, Ausgabe 22/5, 2021, ISSN 1792-1074
Herausgeber:
Spandidos Publications
DOI:
10.3892/ol.2021.13040
Autoren:
Ondrej Pös, Jan Radvanszky, Gergely Buglyó, Zuzana Pös, Diana Rusnakova, Bálint Nagy, Tomas Szemes
Veröffentlicht in:
Biomedical Journal, Ausgabe 44/5, 2021, Seite(n) 548-559, ISSN 2319-4170
Herausgeber:
Medknow Publications and Media Pvt. Ltd
DOI:
10.1016/j.bj.2021.02.003
Autoren:
Luc Blassel, Paul Medvedev, Rayan Chikhi
Veröffentlicht in:
iScience, Ausgabe 25/11, 2022, ISSN 2589-0042
Herausgeber:
Cell Press
DOI:
10.1016/j.isci.2022.105305
Autoren:
Haodi Zhong, Grigorios Loukides, Solon P. Pissis
Veröffentlicht in:
Data & Knowledge Engineering, Ausgabe 138, 2022, Seite(n) 101981, ISSN 0169-023X
Herausgeber:
Elsevier BV
DOI:
10.1016/j.datak.2022.101981
Autoren:
Jasmijn A. Baaijens, Paola Bonizzoni, Christina Boucher, Gianluca Della Vedova, Yuri Pirola, Raffaella Rizzi, Jouni Sirén
Veröffentlicht in:
Natural Computing, Ausgabe 21, 2022, Seite(n) 81-108, ISSN 1567-7818
Herausgeber:
Kluwer Academic Publishers
DOI:
10.1007/s11047-022-09882-6
Autoren:
Grigorios Loukidis, Solon Pissis, Michelle Sweering
Veröffentlicht in:
IEEE Transactions on Knowledge and Data Engineering, 2023, Seite(n) 1-18, ISSN 1041-4347
Herausgeber:
Institute of Electrical and Electronics Engineers
DOI:
10.1109/tkde.2022.3231780
Autoren:
Golnaz Badkobeh, Panagiotis Charalampopoulos, Dmitry Kosolobov, Solon P. Pissis
Veröffentlicht in:
Theoretical Computer Science, Ausgabe 922, 2020, Seite(n) 271-282, ISSN 0304-3975
Herausgeber:
Elsevier BV
DOI:
10.1016/j.tcs.2022.04.029
Autoren:
Grigorios Loukides, Solon P. Pissis
Veröffentlicht in:
Information Processing Letters, Ausgabe 178, 2022, Seite(n) 106275, ISSN 0020-0190
Herausgeber:
Elsevier BV
DOI:
10.1016/j.ipl.2022.106275
Autoren:
Lorraine A. K. Ayad, Rayan Chikhi, Solon P. Pissis
Veröffentlicht in:
Bioinformatics Advances, Ausgabe 3, 2023, ISSN 2635-0041
Herausgeber:
Oxford University Press (OUP)
DOI:
10.1093/bioadv/vbad108
Autoren:
Luca Denti, Parsoa Khorsand, Paola Bonizzoni, Fereydoun Hormozdiari, Rayan Chikhi
Veröffentlicht in:
Nature Methods, Ausgabe 20, 2022, Seite(n) 550-558, ISSN 1548-7091
Herausgeber:
Nature Publishing Group
DOI:
10.1038/s41592-022-01674-1
Autoren:
Vladimír Boža, Peter Perešíni, Broňa Brejová, Tomáš Vinař
Veröffentlicht in:
Bioinformatics, Ausgabe 36/14, 2020, Seite(n) 4191–4192, ISSN 1367-4811
Herausgeber:
Oxford University Press
DOI:
10.1093/bioinformatics/btaa297
Autoren:
Jorge Avila Cartes, Santosh Anand, Simone Ciccolella, Paola Bonizzoni, Gianluca Della Vedova
Veröffentlicht in:
Gigascience, Ausgabe 12, 2022, ISSN 2047-217X
Herausgeber:
Oxford University Press
DOI:
10.1093/gigascience/giac119
Autoren:
Xiao Luo; Xiao Luo; Xiongbin Kang; Xiongbin Kang; Alexander Schönhuth; Alexander Schönhuth
Veröffentlicht in:
Genome Biology, Ausgabe 22, 2021, Seite(n) 299, ISSN 1474-760X
Herausgeber:
BioMed Central
DOI:
10.1186/s13059-021-02512-x
Autoren:
Xiao Luo, Xiongbin Kang, Alexander Schönhuth
Veröffentlicht in:
Frontiers in Genetics, Ausgabe 13, 2022, ISSN 1664-8021
Herausgeber:
Frontiers Media
DOI:
10.3389/fgene.2022.868280
Autoren:
Tizian Schulz, Roland Wittler, Jens Stoye
Veröffentlicht in:
IScience, Ausgabe 25/6, 2022, ISSN 2589-0042
Herausgeber:
Cell Press
DOI:
10.1016/j.isci.2022.104413
Autoren:
Xiongbin Kang, Xiao Luo, Alexander Schönhuth
Veröffentlicht in:
Nucleic Acids Research, Ausgabe 50/17, 2022, Seite(n) e101, ISSN 0305-1048
Herausgeber:
Oxford University Press
DOI:
10.1093/nar/gkac543
Autoren:
Panagiotis Charalampopoulos; Costas S. Iliopoulos; Tomasz Kociumaka; Solon P. Pissis; Jakub Radoszewski; Juliusz Straszyński
Veröffentlicht in:
Algorithmica, Ausgabe 84, 2022, Seite(n) 1418-1440, ISSN 0178-4617
Herausgeber:
Springer Verlag
DOI:
10.1007/s00453-022-00934-y
Autoren:
Tizian Schulz; Roland Wittler; Sven Rahmann; Faraz Hach; Faraz Hach; Jens Stoye
Veröffentlicht in:
Bioinformatics, Ausgabe 37, 2021, Seite(n) 2266–2274, ISSN 1367-4803
Herausgeber:
Oxford University Press
DOI:
10.1101/2020.09.03.280958
Autoren:
Xiao Luo, Xiongbin Kang, Alexander Schönhuth
Veröffentlicht in:
Nature Communications, Ausgabe 13, 2022, ISSN 2041-1723
Herausgeber:
Nature Publishing Group
DOI:
10.1038/s41467-022-34381-8
Autoren:
Vladimír Boža, Peter Perešíni, Broňa Brejová, Tomáš Vinař
Veröffentlicht in:
IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics, Ausgabe 19/6, 2022, Seite(n) 3416-3424, ISSN 1545-5963
Herausgeber:
IEEE Computer Society
DOI:
10.1109/tcbb.2021.3128366
Autoren:
Paola Bonizzoni, Gianluca Della Vedova, Yuri Pirola, Marco Previtali, Raffaella Rizzi
Veröffentlicht in:
Theoretical Computer Science, Ausgabe 862, 2021, Seite(n) 42-58, ISSN 0304-3975
Herausgeber:
Elsevier BV
DOI:
10.1016/j.tcs.2020.11.041
Autoren:
Victoria R. Carr, Solon P. Pissis, Peter Mullany, Saeed Shoaie, David Gomez-Cabrero, David L. Moyes
Veröffentlicht in:
Microbial Genomics, Ausgabe 9/3, 2023, ISSN 2057-5858
Herausgeber:
Microbiology Society
DOI:
10.1099/mgen.0.000917
Autoren:
Simone Ciccolella; Gianluca Della Vedova; Vladimir Filipović; Mauricio Soto Gomez
Veröffentlicht in:
Algorithms, 2023, ISSN 1999-4893
Herausgeber:
MDPI Open Access Publishing
DOI:
10.3390/a16070333
Autoren:
Lorraine A. K. Ayad, Grigorios Loukides, Solon P. Pissis
Veröffentlicht in:
Proceedings of the VLDB Endowment, Ausgabe 16(9), 2023, Seite(n) 2117-2131, ISSN 2150-8097
Herausgeber:
Association for Computing Machinery (ACM)
DOI:
10.14778/3598581.3598586
Autoren:
Parsoa Khorsand; Luca Denti; Paola Bonizzoni; Rayan Chikhi; Fereydoun Hormozdiari; Fereydoun Hormozdiari
Veröffentlicht in:
Bioinformatics Advances, Ausgabe 1, 2021, ISSN 2635-0041
Herausgeber:
Oxford University Press (OUP)
DOI:
10.1093/bioadv/vbab005
Autoren:
Askar Gafurov, Broňa Brejová, Paul Medvedev
Veröffentlicht in:
Bioinformatics, Ausgabe 38, 2022, Seite(n) i203–i211, ISSN 1367-4811
Herausgeber:
Oxford University Press
DOI:
10.1093/bioinformatics/btac255
Autoren:
Barış Ekim, Bonnie Berger, Rayan Chikhi
Veröffentlicht in:
Cell Systems, Ausgabe 12/10, 2021, Seite(n) 958--968, ISSN 2405-4720
Herausgeber:
Elsevier
DOI:
10.1016/j.cels.2021.08.009
Autoren:
Jakub Styk, Zuzana Pös, Ondrej Pös, Jan Radvanszky, Evelina Hrckova Turnova, Gergely Buglyó, Daniela Klimova, Jaroslav Budis, Vanda Repiska, Bálint Nagy, Tomas Szemes
Veröffentlicht in:
The EPMA Journal, 2023, ISSN 1878-5085
Herausgeber:
Springer Science and Business Media LLC
DOI:
10.1007/s13167-023-00312-w
Autoren:
Broňa Brejová; Kristína Boršová; Kristína Boršová; Viktória Hodorová; Viktória Čabanová; Lenka Reizigová; Evan D. Paul; Pavol Čekan; Boris Klempa; Jozef Nosek; Tomáš Vinař
Veröffentlicht in:
Virus Genes, Ausgabe 57, 2021, Seite(n) 556–560, ISSN 1572-994X
Herausgeber:
Springer Science and Business Media LLC
DOI:
10.1007/s11262-021-01866-5
Autoren:
Giulia Bernardini, Esteban Gabory, Solon P. Pissis, Leen Stougie, Michelle Sweering, Wiktor Zuba
Veröffentlicht in:
Latin American Symposium on Theoretical Informatics (LATIN 2022), Ausgabe 13568, 2022, Seite(n) 20-37, ISBN 978-3-031-20623-8
Herausgeber:
Springer
DOI:
10.1007/978-3-031-20624-5_2
Autoren:
Paola Bonizzoni, Alessia Petescia, Yuri Pirola, Raffaella Rizzi, Rocco Zaccagnino, Rosalba Zizza
Veröffentlicht in:
International Work-Conference on Bioinformatics and Biomedical Engineering (IWBBIO 2022), 2022, ISBN 978-3-031-07801-9
Herausgeber:
Springer
DOI:
10.1007/978-3-031-07802-6_37
Autoren:
Giulia Bernardini, Alessio Conte, Esteban Gabory, Roberto Grossi, Grigorios Loukides, Solon P. Pissis, Giulia Punzi, Michelle Sweering
Veröffentlicht in:
Combinatorial Pattern Matching (CPM 2022), Ausgabe 223, 2022, Seite(n) 16:1--16:17, ISBN 978-3-95977-234-1
Herausgeber:
Schloss Dagstuhl -- Leibniz-Zentrum für Informatik
DOI:
10.4230/lipics.cpm.2022.16
Autoren:
Paola Bonizzoni, Clelia De Felice, Yuri Pirola, Raffaella Rizzi, Rocco Zaccagnino, Rosalba Zizza
Veröffentlicht in:
Developments in Language Theory (DLT 2022), Ausgabe 13257, 2022, Seite(n) 3-12, ISBN 978-3-031-05578-2
Herausgeber:
Springer International Publishing
DOI:
10.1007/978-3-031-05578-2_1
Autoren:
Paola Bonizzoni, Clelia De Felice, Alessia Petescia, Yuri Pirola, Raffaella Rizzi, Jens Stoye, Rocco Zaccagnino, Rosalba Zizza
Veröffentlicht in:
Algorithms for Computational Biology (AlCoB 2021), 2021, Seite(n) 16-28, ISBN 978-3-030-74432-8
Herausgeber:
Springer
DOI:
10.1007/978-3-030-74432-8_2
Autoren:
Panagiotis Charalampopoulos, Tomasz Kociumaka, Jakub Radoszewski, Solon P. Pissis, Wojciech Rytter, Tomasz Waleń, Wiktor Zuba
Veröffentlicht in:
European Symposium on Algorithms (ESA 2022), Ausgabe 244, 2022, Seite(n) 35:1--35:19, ISBN 978-3-95977-247-1
Herausgeber:
Schloss Dagstuhl -- Leibniz-Zentrum für Informatik
DOI:
10.4230/lipics.esa.2022.35
Autoren:
Panagiotis Charalampopoulos, Solon P. Pissis, Jakub Radoszewski, Tomasz Waleń, Wiktor Zuba
Veröffentlicht in:
Combinatorial Pattern Matching (CPM 2020), Ausgabe 161, 2020, Seite(n) 10:1--10:12, ISBN 978-3-95977-149-8
Herausgeber:
Schloss Dagstuhl -- Leibniz-Zentrum für Informatik
DOI:
10.4230/lipics.cpm.2020.10
Autoren:
Giulia Bernardini, Grigorios Loukides, Solon P. Pissis, Michelle Sweering, Huiping Chen, Nadia Pisanti, Leen Stougie
Veröffentlicht in:
Combinatorial Pattern Matching (CPM 2020), Ausgabe 161, 2020, Seite(n) 7:1--7:14, ISBN 978-3-95977-149-8
Herausgeber:
Schloss Dagstuhl -- Leibniz-Zentrum für Informatik
DOI:
10.4230/lipics.cpm.2020.7
Autoren:
Esteban Gabory, Moses Njagi Mwaniki, Nadia Pisanti, Solon P. Pissis, Jakub Radoszewski, Michelle Sweering, Wiktor Zuba
Veröffentlicht in:
Combinatorial Pattern Matching (CPM 2023), Ausgabe 259, 2023, Seite(n) 11:1-11:20, ISBN 978-3-95977-276-1
Herausgeber:
Schloss Dagstuhl - Leibniz-Zentrum für Informatik
DOI:
10.4230/lipics.cpm.2023.11
Autoren:
Panagiotis Charalampopoulos, Tomasz Kociumaka, Solon P. Pissis, Jakub Radoszewski
Veröffentlicht in:
European Symposium on Algorithms (ESA 2021), Ausgabe 204, 2021, Seite(n) 30:1--30:17, ISBN 978-3-95977-204-4
Herausgeber:
Schloss Dagstuhl -- Leibniz-Zentrum für Informatik
DOI:
10.4230/lipics.esa.2021.30
Autoren:
Alessio Conte, Roberto Grossi, Grigorios Loukidis, Nadia Pisanti, Solon P. Pissis, Giulia Punzi
Veröffentlicht in:
Fundamentals of Computation Theory (FCT 2021), Ausgabe 12867, 2021, Seite(n) 162--175, ISBN 978-3-030-86593-1
Herausgeber:
Springer International Publishing
DOI:
10.1007/978-3-030-86593-1_11
Autoren:
Grigorios Loukides, Solon P. Pissis, Sharma V. Thankachan, Wiktor Zuba
Veröffentlicht in:
Combinatorial Pattern Matching (CPM 2023), Ausgabe 259, 2023, Seite(n) 21:1-21:20, ISBN 978-3-95977-276-1
Herausgeber:
Schloss Dagstuhl - Leibniz-Zentrum für Informatik
DOI:
10.4230/lipics.cpm.2023.21
Autoren:
Giulia Bernardini, Huiping Chen, Grigorios Loukides, Solon P. Pissis, Leen Stougie, Michelle Sweering
Veröffentlicht in:
Combinatorial Pattern Matching (CPM 2022), Ausgabe 223, 2022, Seite(n) 12:1--12:18, ISBN 978-3-95977-234-1
Herausgeber:
Schloss Dagstuhl -- Leibniz-Zentrum für Informatik
DOI:
10.4230/lipics.cpm.2022.12
Autoren:
Askar Gafurov, Tomáš Vinař, Broňa Brejová
Veröffentlicht in:
Conference on Computability in Europe (CiE 2021), 2021, Seite(n) 227-236, ISBN 978-3-030-80049-9
Herausgeber:
Springer
DOI:
10.1007/978-3-030-80049-9_21
Autoren:
Grigorios Loukides, Solon P. Pissis
Veröffentlicht in:
European Symposium on Algorithms (ESA 2021), Ausgabe 204, 2021, Seite(n) 64:1--64:21, ISBN 978-3-95977-204-4
Herausgeber:
Schloss Dagstuhl -- Leibniz-Zentrum für Informatik
DOI:
10.4230/lipics.esa.2021.64
Autoren:
Panagiotis Charalampopoulos, Solon P. Pissis, Jakub Radoszewski
Veröffentlicht in:
Combinatorial Pattern Matching (CPM 2022), Ausgabe 223, 2022, Seite(n) 20:1--20:9, ISBN 978-3-95977-234-1
Herausgeber:
Schloss Dagstuhl -- Leibniz-Zentrum für Informatik
DOI:
10.4230/lipics.cpm.2022.20
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