Biophysics in gene regulation - A genome wide approach

Información del proyecto

BIGGER

Identificador del acuerdo de subvención: 885360

DOI

10.3030/885360

Proyecto cerrado

Fecha de la firma de la CE 29 Abril 2020

Fecha de inicio 1 Enero 2021

Fecha de finalización 31 Diciembre 2025

Financiado con arreglo a

• EXCELLENT SCIENCE - European Research Council (ERC)

Coste total

€ 2 441 410,00

Aportación de la UE

€ 2 411 410,00

Coordinado por

UPPSALA UNIVERSITET
Sweden

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Resultado final

Open Research Data Pilot (1)

Data Management Plan

Publicaciones

Peer reviewed articles (5)

Real-time single-molecule 3D tracking in E. coli based on cross-entropy minimization

Autores: Elias Amselem, Bo Broadwater, Tora Hävermark, Magnus Johansson & Johan Elf
Publicado en: Nature Communications, 2023, ISSN 2041-1723
Editor: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-023-36879-1

Pooled optical screening in bacteria using chromosomally expressed barcodes

Autores: Ruben R. G. Soares, Daniela A. García-Soriano, Jimmy Larsson, David Fange, Dvir Schirman, Marco Grillo, Anna Knöppel, Beer Chakra Sen, Fabian Svahn, Spartak Zikrin, Michael Ratz, Mats Nilsson, Johan Elf
Publicado en: Communications Biology, Edición 8, 2025, ISSN 2399-3642
Editor: Springer Science and Business Media LLC
DOI: 10.1038/s42003-025-08268-5

Regulatory elements coordinating initiation of chromosome replication to the Escherichia coli cell cycle

Autores: Anna Knöppel, Oscar Broström, Konrad Gras, Johan Elf, David Fange
Publicado en: PNAS, 2023, ISSN 1091-6490
Editor: National Academy of Science
DOI: 10.1073/pnas.2213795120

Three-dimensional localization and tracking of chromosomal loci throughout the Escherichia coli cell cycle

Autores: Praneeth Karempudi, Konrad Gras, Elias Amselem, Spartak Zikrin, Dvir Schirman, Johan Elf
Publicado en: Communications Biology, Edición 7, 2024, ISSN 2399-3642
Editor: Springer Science and Business Media LLC
DOI: 10.1038/s42003-024-07155-9

The Escherichia coli chromosome moves to the replisome

Autores: Konrad Gras, David Fange, Johan Elf
Publicado en: Nature Communications, Edición 15, 2024, ISSN 2041-1723
Editor: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-024-50047-z

Other (3)

A dynamic 3D polymer model of the <i>Escherichia coli</i> chromosome driven by data from optical pooled screening

Autores: Dvir Schirman, Konrad Gras, Vinodh Kandavalli, Jimmy Larsson, David Fange, Johan Elf
Publicado en: 2026
Editor: openRxiv
DOI: 10.1101/2024.10.30.621082

Three-dimensional localization of fluorescent proteins in living Escherichia coli

Autores: Praneeth Karempudi, Konrad Gras, Elias Amselem, Spartak Zikrin, Johan Elf
Publicado en: bioRxiv, Edición Posted October 21, 2023., 2023
Editor: Cold Spring Harbor Laboratory
DOI: 10.1101/2023.10.20.563292

The spatial organization of replication is determined by cell size independently of chromosome copy number

Autores: Anna Knöppel, Oscar Broström, Konrad Gras, David Fange, and Johan Elf
Publicado en: 2021
Editor: BioRxiv
DOI: 10.1101/2021.10.11.463968

Thesis and dissertations (3)

Coordination of replication initiation and cell growth in Escherichia coli

Autores: Oscar Broström
Publicado en: 2025, ISSN 1651-6214
Editor: Acta Universitatis Upsaliensis,

The Dynamic Structure of the Escherichia coli Chromosome

Autores: Konrad Gras
Publicado en: 2024, ISBN 978-91-513-2286-5
Editor: Acta Universitatis Upsaliensis

Microfluidics and AI for single-cell microbiology

Autores: Praneeth Karempudi
Publicado en: 2023, ISBN 978-91-513-1932-2
Editor: Acta Universitatis Upsaliensis