Descripción del proyecto
Diseño de nuevas dianas bacterianas para combatir la resistencia global a los antibióticos
Los estudios sobre las características regulatorias de orden superior del ADN revelaron al menos dos tipos de potenciadores: los potenciadores de plomo, en los que la presencia de variantes genéticas modula la actividad de dominios enteros de cromatina, y los potenciadores dependientes, en los que las variantes inducen cambios menores, que afectan a la accesibilidad del ADN pero no a su transcripción. En la actualidad, sigue sin estar claro qué características de la secuencia son necesarias para establecer jerarquías de potenciadores y en qué circunstancias las variaciones genéticas dan lugar a interacciones alteradas entre potenciadores y promotores y a una expresión genética diferencial. El objetivo del proyecto DisMoBoH, financiado con fondos europeos, es investigar los mecanismos moleculares que vinculan las variaciones del ADN con la unión del factor de transcripción, la topología de la cromatina y la respuesta de la expresión génica, y aportar datos sobre la jerarquía de los potenciadores y la vinculación del factor de transcripción específico de la secuencia.
Objetivo
Numerous DNA variants have already been identified that modulate inter-individual molecular traits – most prominently gene expression. However, since finding mechanistic interpretations relating genotype to phenotype has proven challenging, the focus has shifted to higher-order regulatory features, i.e. chromatin accessibility, transcription factor (TF) binding and 3D chromatin interactions. This revealed at least two enhancer types: “lead” enhancers in which the presence of genetic variants modulates the activity of entire chromatin domains, and “dependent” ones in which variants induce subtle changes, affecting DNA accessibility, but not transcription. Although cell type-specific TFs are likely important, it remains unclear which sequence features are required to establish such enhancer hierarchies, and under which circumstances genetic variation results in altered enhancer-promoter contacts and differential gene expression. Here, we propose to investigate the molecular mechanisms that link DNA variation to TF binding, chromatin topology, and gene expression response. We will leverage data on enhancer hierarchy and sequence-specific TF binding to identify the sequence signatures that define “lead” enhancers. The results will guide the design of a synthetic locus that serves as an in vivo platform to systematically vary the building blocks of local transcriptional units: i) DNA sequence – including variations in TF binding site affinity and syntax, ii) molecular interactions between TFs, and iii) chromatin conformation. To validate our findings, we will perform optical reconstruction of chromatin architecture for a select number of DNA variants. By simultaneously perturbing co-dependent features, this proposal will provide novel mechanistic insights into the formation of local transcriptional hubs.
Ámbito científico (EuroSciVoc)
CORDIS clasifica los proyectos con EuroSciVoc, una taxonomía plurilingüe de ámbitos científicos, mediante un proceso semiautomático basado en técnicas de procesamiento del lenguaje natural.
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Palabras clave
Programa(s)
Régimen de financiación
MSCA-IF - Marie Skłodowska-Curie Individual Fellowships (IF)Coordinador
1015 Lausanne
Suiza