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Cellular cartography of the intestine in health and inflammation

Description du projet

Séquençage in situ pour cartographier les interactions cellulaires dans la muqueuse intestinale

Dans des conditions physiologiques, l’épithélium intestinal constitue une barrière physique dynamique servant de première ligne de défense immunitaire. Une monocouche de cellules épithéliales intestinales spécialisées endommagée induit une perturbation de l’homéostasie immunitaire intestinale et conduit à des maladies inflammatoires de l’intestin (MII), comme la colite ulcéreuse et la maladie de Crohn. Compte tenu de l’augmentation de l’incidence des MII dans les sociétés modernes, les scientifiques du projet GUTMAPS, financé par l’UE, étudieront les tissus intestinaux dans une résolution sans précédent. Pour ce faire, ils effectueront un séquençage in situ pour profiler les cellules individuelles, cartographier les interactions cellule-cellule et aider à créer une meilleure compréhension de cet organe en matière de santé et de maladie.

Objectif

The intestinal epithelium is the first line of defence of the mucosal immune system because it acts as a dynamic physical barrier segregating the luminal content from the underlying mucosal tissue. This barrier is mainly formed by a monolayer of specialised intestinal epithelial cells (IECs) that are crucial in maintaining intestinal homeostasis. Damage to this epithelial layer can increase intestinal permeability and lead to abnormalities in interactions between IECs, stromal cells and immune cells in the underlying lamina propria thereby disturbing the intestinal immune homeostasis, all of which are a hallmark of several intestinal disorders including inflammatory bowel diseases (IBD). Ulcerative colitis (UC) and Crohn’s disease (CD) are the two major forms of IBD, affecting an estimated 4 million people in the United States and Europe and have a rising incidence in the developing world. Recent single cell RNA seq (scRNAseq) studies of the intestine have allowed us to understand this organ in unprecedented detail, however, such studies still require the dissociation of tissue and loss of spatial resolution. With this project, I would like to take advantage of recent advances in in-situ sequencing to study intestinal tissue in toto and by combining this with the available scRNA-seq data, generate spatial maps of the intestine (GUTMAPS). The results obtained here will allow us to look at tissue composition and cell-cell interactions with unprecedented resolution in normal and diseased mucosa.

Coordinateur

ERASMUS UNIVERSITAIR MEDISCH CENTRUM ROTTERDAM
Contribution nette de l'UE
€ 187 572,48
Adresse
DR MOLEWATERPLEIN 40
3015 GD Rotterdam
Pays-Bas

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Région
West-Nederland Zuid-Holland Groot-Rijnmond
Type d’activité
Higher or Secondary Education Establishments
Liens
Coût total
€ 187 572,48