Real-time analysis of ribosomal frameshifting and its impact on immunity and disease

Informazioni relative al progetto

T-FRAME

ID dell’accordo di sovvenzione: 948636

DOI 10.3030/948636

Data della firma CE 25 Novembre 2020

Data di avvio 1 Febbraio 2021

Data di completamento 31 Luglio 2027

Finanziato da

• EXCELLENT SCIENCE - European Research Council (ERC)

Costo totale € 1 499 852,00

Contributo UE € 1 499 852,00

Coordinato da

HELMHOLTZ-ZENTRUM FUR INFEKTIONSFORSCHUNG GMBH
Germany

Pubblicazioni

Peer reviewed articles (9)

Structural and molecular basis for Cardiovirus 2A protein as a viral gene expression switch

Autori: Hill, C. H.; Pekarek, L.; Napthine, S.; Kibe, A.; Firth, A. E.; Graham, S. C.; Caliskan, N.; Brierley, I.
Pubblicato in: Nature Communications, Numero 20411723, 2021, ISSN 2041-1723
Editore: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-021-27400-7

POTATO: Automated pipeline for batch analysis of optical tweezers data

Autori: Stefan Buck; Lukas Pekarek; Neva Caliskan
Pubblicato in: Biophysical Journal, Numero 00063495, 2022, ISSN 0006-3495
Editore: Biophysical Society
DOI: 10.1016/j.bpj.2022.06.030

Thinking Outside the Frame: Impacting Genomes Capacity by Programmed Ribosomal Frameshifting

Autori: Riegger, R. J.; Caliskan, N.
Pubblicato in: Frontiers in Molecular Biosciences, Numero 2296889X, 2022, ISSN 2296-889X
Editore: Frontiers Media S.A.
DOI: 10.3389/fmolb.2022.84226

The short isoform of the host antiviral protein ZAP acts as an inhibitor of SARS-CoV-2 programmed ribosomal frameshifting

Autori: Zimmer, M. M.; Kibe, A.; Rand, U.; Pekarek, L.; Ye, L.; Buck, S.; Smyth, R. P.; Cicin-Sain, L.; Caliskan N.
Pubblicato in: Nature Communications, Numero 20411723, 2021, ISSN 2041-1723
Editore: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-021-27431-0

Insights from structural studies of the cardiovirus 2A protein

Autori: Caliskan, N.; Hill, C. H.
Pubblicato in: Bioscience Reports, Numero 01448463, 2022, ISSN 0144-8463
Editore: Kluwer Academic Publishers
DOI: 10.1042/bsr20210406

Investigating molecular mechanisms of 2A-stimulated ribosomal pausing and frameshifting in Theilovirus

Autori: Chris H. Hill; Georgia M. Cook; Sawsan Napthine; Anuja Kibe; Katherine A. Brown; Neva Caliskan; Andrew E. Firth; Stephen C. Graham; Ian Brierley
Pubblicato in: Nucleic Acid Research, Numero 03051048, 2021, ISSN 0305-1048
Editore: Oxford University Press
DOI: 10.1101/2020.08.11.245068

Cis-mediated interactions of the SARS-CoV-2 frameshift RNA alter its conformations and affect function

Autori: Lukas Pekarek, Matthias M Zimmer, Anne-Sophie Gribling-Burrer, Stefan Buck, Redmond Smyth, Neva Caliskan
Pubblicato in: Nucleic Acids Research, 2023, Pagina/e 728-743, ISSN 0305-1048
Editore: Oxford University Press
DOI: 10.1093/nar/gkac1184

Optical Tweezers to Study RNA-Protein Interactions in Translation Regulation

Autori: Pekarek, L.; Buck, S.; Caliskan, N.
Pubblicato in: Journal of Visualized Experiments, Numero 1940087X, 2022, ISSN 1940-087X
Editore: MYJoVE Corporation
DOI: 10.3791/62589

POTATO: Automated pipeline for batch analysis of optical tweezers data

Autori: Stefan Buck, Lukas Pekarek, Neva Caliskan
Pubblicato in: Biophysical Journal, 2022, ISSN 0006-3495
Editore: Biophysical Society
DOI: 10.1016/j.bpj.2022.06.030