European Commission logo
español español
CORDIS - Resultados de investigaciones de la UE
CORDIS

HPC/Exascale Centre of Excellence in Personalised Medicine - PerMedCoE

Descripción del proyecto

Computación de alto rendimiento para tratar la enfermedad a nivel individual

La medicina personalizada, que combina información clínica y ómica, se basa en la adaptación del tratamiento de los pacientes para individualizarlo al mismo nivel que la enfermedad. Sin embargo, queda mucho camino por recorrer antes de que este tipo de medicina se convierta en algo realmente generalizado. Por ejemplo, el «software» de simulación disponible en la actualidad resulta insuficiente para abordar problemas médicos como la evolución tumoral o los tratamientos de pacientes específicos. El proyecto financiado con fondos europeos PerMedCoE ofrecerá un punto de entrada eficiente y sostenible a la nueva computación de alto rendimiento (HPC, por sus siglas en inglés) y los sistemas de computación a exaescala europeos, con el objetivo de traducir los análisis ómicos en modelos aplicables. El objetivo principal del proyecto es optimizar cuatro aplicaciones para simulaciones a nivel celular. También permitirá acceder a «software» adaptado y optimizado para HPC/exaescala para integrar PerMed en el nuevo ecosistema europeo de HPC/exaescala.

Objetivo

Personalised Medicine (PerMed) opens unexplored frontiers to treat diseases at the individual level combining clinical and omics information. However, the performances of the current simulation software are still insufficient to tackle medical problems such as tumour evolution or patient-specific treatments. The challenge is to develop a sustainable roadmap to scale-up the essential software for the cell-level simulation to the new European HPC/Exascale systems. Simulation of cellular mechanistic models are essential for the translation of omic data to medical relevant actions and these should be accessible to the end-users in the appropriate environment of the PerMed-specific big confidential data.

The goal of the HPC/Exascale Centre of Excellence in Personalised Medicine (PerMedCoE) is to provide an efficient and sustainable entry point to the HPC/Exascale-upgraded methodology to translate omics analyses into actionable models of cellular functions of medical relevance. It will accomplish so by 1) optimising four core applications for cell-level simulations to the new pre-exascale platforms; 2) integrating PerMed into the new European HPC/Exascale ecosystem, by offering access to HPC/Exascale-adapted and optimised software; 3) running a comprehensive set of PerMed use cases; & 4) building the basis for the sustainability of the PerMedCoE by coordinating PerMed and HPC communities, and reaching out to industrial and academic end-users, with use cases, training, expertise, and best practices.

The PerMedCoE cell-level simulations will fill the gap between the molecular- and organ-level simulations from the CompBioMed and BioExcel CoEs with which this proposal is aligned at different levels. It will connect methods’ developers with HPC, HTC and HPDA experts (at POP and HiDALGO CoEs). Finally, the PerMedCoE will work with biomedical consortia (i.e. ELIXIR, LifeTime initiative) and pre-exascale infrastructures (BSC and CSC), including a substantial co-design effort.

Convocatoria de propuestas

H2020-INFRAEDI-2018-2020

Consulte otros proyectos de esta convocatoria

Convocatoria de subcontratación

H2020-INFRAEDI-2019-1

Régimen de financiación

RIA - Research and Innovation action

Coordinador

BARCELONA SUPERCOMPUTING CENTER CENTRO NACIONAL DE SUPERCOMPUTACION
Aportación neta de la UEn
€ 1 146 273,84
Dirección
CALLE JORDI GIRONA 31
08034 Barcelona
España

Ver en el mapa

Región
Este Cataluña Barcelona
Tipo de actividad
Research Organisations
Enlaces
Coste total
€ 1 188 773,84

Participantes (13)