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HPC/Exascale Centre of Excellence in Personalised Medicine - PerMedCoE

Projektbeschreibung

Hochleistungsrechnen zur individuellen Behandlung von Krankheiten

Im Mittelpunkt der personalisierten Medizin steht der Ansatz, die Behandlung ebenso individuell zu gestalten wie die Erkrankung selbst. Zu diesem Zweck werden Daten aus der klinischen Praxis und über Omik-Informationen kombiniert. Doch bis der personalisierten Medizin wirklich ein Durchbruch gelingt, ist noch viel zu tun. Die derzeit verfügbare Simulationssoftware ist beispielsweise unzureichend, um medizinische Probleme wie die Tumorentwicklung oder patientenspezifische Behandlungen anzugehen. Das EU-finanzierte Projekt PerMedCoE wird einen effizienten und nachhaltigen Einstieg in das neue Europäische Hochleistungsrechnen und Exa-Hochleistungsrechnen bieten, um Omik-Analysen in umsetzbare Modelle umzuwandeln. Übergeordnetes Ziel des Projekts ist die Optimierung von vier Anwendungen für Simulationen auf Zellebene. Außerdem wird es auch Zugang zu Software bieten, die für Hochleistungsrechnen und Exa-Hochleistungsrechnen angepasst und optimiert ist, um PerMed in das neue europäische Ökosystem des Hochleistungsrechnens/Exa-Hochleistungsrechnens einzubinden.

Ziel

Personalised Medicine (PerMed) opens unexplored frontiers to treat diseases at the individual level combining clinical and omics information. However, the performances of the current simulation software are still insufficient to tackle medical problems such as tumour evolution or patient-specific treatments. The challenge is to develop a sustainable roadmap to scale-up the essential software for the cell-level simulation to the new European HPC/Exascale systems. Simulation of cellular mechanistic models are essential for the translation of omic data to medical relevant actions and these should be accessible to the end-users in the appropriate environment of the PerMed-specific big confidential data.

The goal of the HPC/Exascale Centre of Excellence in Personalised Medicine (PerMedCoE) is to provide an efficient and sustainable entry point to the HPC/Exascale-upgraded methodology to translate omics analyses into actionable models of cellular functions of medical relevance. It will accomplish so by 1) optimising four core applications for cell-level simulations to the new pre-exascale platforms; 2) integrating PerMed into the new European HPC/Exascale ecosystem, by offering access to HPC/Exascale-adapted and optimised software; 3) running a comprehensive set of PerMed use cases; & 4) building the basis for the sustainability of the PerMedCoE by coordinating PerMed and HPC communities, and reaching out to industrial and academic end-users, with use cases, training, expertise, and best practices.

The PerMedCoE cell-level simulations will fill the gap between the molecular- and organ-level simulations from the CompBioMed and BioExcel CoEs with which this proposal is aligned at different levels. It will connect methods’ developers with HPC, HTC and HPDA experts (at POP and HiDALGO CoEs). Finally, the PerMedCoE will work with biomedical consortia (i.e. ELIXIR, LifeTime initiative) and pre-exascale infrastructures (BSC and CSC), including a substantial co-design effort.

Aufforderung zur Vorschlagseinreichung

H2020-INFRAEDI-2018-2020

Andere Projekte für diesen Aufruf anzeigen

Unterauftrag

H2020-INFRAEDI-2019-1

Koordinator

BARCELONA SUPERCOMPUTING CENTER CENTRO NACIONAL DE SUPERCOMPUTACION
Netto-EU-Beitrag
€ 1 146 273,84
Adresse
CALLE JORDI GIRONA 31
08034 Barcelona
Spanien

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Region
Este Cataluña Barcelona
Aktivitätstyp
Research Organisations
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Gesamtkosten
€ 1 188 773,84

Beteiligte (13)