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HPC/Exascale Centre of Excellence in Personalised Medicine - PerMedCoE

Descrizione del progetto

Calcolo ad alte prestazioni per il trattamento delle malattie a livello individuale

L’adattamento del trattamento del paziente, in modo che sia individualizzato come la malattia, è al centro della medicina personalizzata, che coniuga informazioni cliniche e omiche. Ma c’è ancora molta strada da fare prima che la medicina personalizzata prosperi davvero. Ad esempio, l’attuale software di simulazione non è sufficiente per affrontare problemi medici come l’evoluzione di un tumore o trattamenti specifici per il paziente. Il progetto PerMedCoE, finanziato dall’UE, fornirà un punto di accesso efficiente e sostenibile ai nuovi sistemi di calcolo ad alte prestazioni (HPC) e ai sistemi di elaborazione su scala exa europei, al fine di tradurre le analisi omiche in modelli utilizzabili. L’obiettivo principale del progetto è ottimizzare quattro applicazioni per simulazioni a livello di cellula. Offrirà inoltre accesso al software HPC/su scala exa adattato e ottimizzato al fine di integrare PerMed nel nuovo ecosistema HPC/su scala exa europeo.

Obiettivo

Personalised Medicine (PerMed) opens unexplored frontiers to treat diseases at the individual level combining clinical and omics information. However, the performances of the current simulation software are still insufficient to tackle medical problems such as tumour evolution or patient-specific treatments. The challenge is to develop a sustainable roadmap to scale-up the essential software for the cell-level simulation to the new European HPC/Exascale systems. Simulation of cellular mechanistic models are essential for the translation of omic data to medical relevant actions and these should be accessible to the end-users in the appropriate environment of the PerMed-specific big confidential data.

The goal of the HPC/Exascale Centre of Excellence in Personalised Medicine (PerMedCoE) is to provide an efficient and sustainable entry point to the HPC/Exascale-upgraded methodology to translate omics analyses into actionable models of cellular functions of medical relevance. It will accomplish so by 1) optimising four core applications for cell-level simulations to the new pre-exascale platforms; 2) integrating PerMed into the new European HPC/Exascale ecosystem, by offering access to HPC/Exascale-adapted and optimised software; 3) running a comprehensive set of PerMed use cases; & 4) building the basis for the sustainability of the PerMedCoE by coordinating PerMed and HPC communities, and reaching out to industrial and academic end-users, with use cases, training, expertise, and best practices.

The PerMedCoE cell-level simulations will fill the gap between the molecular- and organ-level simulations from the CompBioMed and BioExcel CoEs with which this proposal is aligned at different levels. It will connect methods’ developers with HPC, HTC and HPDA experts (at POP and HiDALGO CoEs). Finally, the PerMedCoE will work with biomedical consortia (i.e. ELIXIR, LifeTime initiative) and pre-exascale infrastructures (BSC and CSC), including a substantial co-design effort.

Invito a presentare proposte

H2020-INFRAEDI-2018-2020

Vedi altri progetti per questo bando

Bando secondario

H2020-INFRAEDI-2019-1

Meccanismo di finanziamento

RIA - Research and Innovation action

Coordinatore

BARCELONA SUPERCOMPUTING CENTER CENTRO NACIONAL DE SUPERCOMPUTACION
Contribution nette de l'UE
€ 1 146 273,84
Indirizzo
CALLE JORDI GIRONA 31
08034 Barcelona
Spagna

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Regione
Este Cataluña Barcelona
Tipo di attività
Research Organisations
Collegamenti
Costo totale
€ 1 188 773,84

Partecipanti (13)