Training experts in antigen processing to deliver new drug prototypes for cancer and autoimmune diseases

Informations projet

CAPSTONE

N° de convention de subvention: 954992

DOI

10.3030/954992

Projet clôturé

Date de signature de la CE 3 Septembre 2020

Date de début 1 Janvier 2021

Date de fin 30 Juin 2025

Financé au titre de

• EXCELLENT SCIENCE - Marie Skłodowska-Curie Actions

Coût total

€ 3 968 730,62

Contribution de l’UE

€ 3 968 730,62

Coordonné par

UNIVERSITE DE LILLE
France

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Les liens vers les livrables et les publications des projets du 7e PC, ainsi que les liens vers certains types de résultats spécifiques tels que les jeux de données et les logiciels, sont récupérés dynamiquement sur OpenAIRE .

Livrables

Websites, patent fillings, videos etc. (1)

ETN CAPSTONE website

Publications

Peer reviewed articles (17)

ERAP Inhibitors in Autoimmunity and Immuno-Oncology: Medicinal Chemistry Insights

Auteurs: Vasileios Fougiaxis, Ben He, Tuhina Khan, Rodolphe Vatinel, Nikoletta M. Koutroumpa, Antreas Afantitis, Laetitia Lesire, Pierre Sierocki, Benoit Deprez, Rebecca Deprez-Poulain
Publié dans: Journal of Medicinal Chemistry, Numéro 67, 2024, Page(s) 11597-11621, ISSN 0022-2623
Éditeur: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acs.jmedchem.4c00840

Immunogenic Cell Death Inducers in Cancer Immunotherapy to Turn Cold Tumors into Hot Tumors

Auteurs: Valeria Lucarini, Ombretta Melaiu, Paula Gragera, Kamila Król, Valentina Scaldaferri, Verena Damiani, Adele De Ninno, Daniela Nardozi, Luca Businaro, Laura Masuelli, Roberto Bei, Loredana Cifaldi, Doriana Fruci
Publié dans: International Journal of Molecular Sciences, Numéro 26, 2025, Page(s) 1613, ISSN 1422-0067
Éditeur: Multidisciplinary Digital Publishing Institute (MDPI)
DOI: 10.3390/ijms26041613

Polymorphic positions 349 and 725 of the autoimmunity-protective allotype 10 of ER aminopeptidase 1 are key in determining its unique enzymatic properties

Auteurs: Galateia Georgaki, Anastasia Mpakali, Myrto Trakada, Athanasios Papakyriakou, Efstratios Stratikos
Publié dans: Frontiers in Immunology, Numéro 15, 2024, ISSN 1664-3224
Éditeur: Frontiers Media SA
DOI: 10.3389/fimmu.2024.1415964

Combining ERAP1 silencing and entinostat therapy to overcome resistance to cancer immunotherapy in neuroblastoma

Auteurs: Patrizia Tempora, Silvia D’Amico, Paula Gragera, Verena Damiani, Kamila Krol, Valentina Scaldaferri, Kirti Pandey, Shanzou Chung, Valeria Lucarini, Ezio Giorda, Marco Scarsella, Gabriele Volpe, Marco Pezzullo, Cristiano De Stefanis, Valentina D’Oria, Lorenzo De Angelis, Roberto Giovannoni, Maria Antonietta De Ioris, Ombretta Melaiu, Anthony W. Purcell, Franco Locatelli, Doriana Fruci
Publié dans: Journal of Experimental & Clinical Cancer Research, Numéro 43, 2024, ISSN 1756-9966
Éditeur: Springer Science and Business Media LLC
DOI: 10.1186/s13046-024-03180-y

First fragment-based screening identifies new chemotypes inhibiting ERAP1-metalloprotease

Auteurs: Vasileios Fougiaxis, Valentina Barcherini, Milena M. Petrovic, Pierre Sierocki, Sandrine Warenghem, Florence Leroux, Nour Bou Karroum, Fabien Petit-Cancelier, Vincent Rodeschini, Didier Roche, Benoit Deprez, Rebecca Deprez-Poulain
Publié dans: European Journal of Medicinal Chemistry, Numéro 280, 2024, Page(s) 116926, ISSN 0223-5234
Éditeur: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.ejmech.2024.116926

Two bullets in the gun: combining immunotherapy with chemotherapy to defeat neuroblastoma by targeting adrenergic-mesenchymal plasticity

Auteurs: Silvia D’Amico, Patrizia Tempora, Paula Gragera, Kamila Król, Ombretta Melaiu, Maria Antonietta De Ioris, Franco Locatelli, Doriana Fruci
Publié dans: Frontiers in Immunology, Numéro 14, 2023, ISSN 1664-3224
Éditeur: Frontiers Media S.A.
DOI: 10.3389/fimmu.2023.1268645

Discovery of New Nanomolar Selective IRAP Inhibitors

Auteurs: Ben He, Nour Bou Karroum, Ronan Gealageas, François-Xavier Mauvais, Sandrine Warenghem, Matthieu Roignant, Nicolas Kraupner, Bao Vy Lam, Nathalie Azaroual, Vincent Ultré, Alexandre Rech, Laetitia Lesire, Cyril Couturier, Florence Leroux, Peter van Endert, Benoit Deprez, Rebecca Deprez-Poulain
Publié dans: Journal of Medicinal Chemistry, Numéro 68, 2025, Page(s) 4168-4195, ISSN 0022-2623
Éditeur: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acs.jmedchem.4c01744

A Systematic Review of Deep Learning Methodologies Used in the Drug Discovery Process with Emphasis on In Vivo Validation

Auteurs: Nikoletta-Maria Koutroumpa, Konstantinos D. Papavasileiou, Anastasios G. Papadiamantis, Georgia Melagraki, Antreas Afantitis
Publié dans: International Journal of Molecular Sciences, Numéro 24, 2023, Page(s) 6573, ISSN 1422-0067
Éditeur: Multidisciplinary Digital Publishing Institute (MDPI)
DOI: 10.3390/ijms24076573

Stabilization of the open conformation οf insulin‐regulated aminopeptidase by a novel substrate‐selective small‐molecule inhibitor

Auteurs: Anastasia Mpakali, Galateia Georgaki, Alberto Buson, Alison D. Findlay, Jonathan S. Foot, Francois‐Xavier Mauvais, Peter van Endert, Petros Giastas, Dieter W. Hamprecht, Efstratios Stratikos
Publié dans: Protein Science, Numéro 33, 2024, ISSN 0961-8368
Éditeur: Cold Spring Harbor Laboratory Press
DOI: 10.1002/pro.5151

Evolutionary immuno-genetics of endoplasmic reticulum aminopeptidase II (ERAP2)

Auteurs: Aroosha Raja, Jonas J. W. Kuiper
Publié dans: Genes & Immunity, Numéro 24, 2023, Page(s) 295-302, ISSN 1476-5470
Éditeur: Nature
DOI: 10.1038/s41435-023-00225-8

Discovery of Novel Allosteric Inhibitor Hits for Insulin-Regulated Aminopeptidase Provides Insights on Enzymatic Mechanism

Auteurs: Galateia Georgaki, Nikoletta-Maria Koutroumpa, Panagiotis Lagarias, Antreas Afantitis, Athanasios Papakyriakou, Efstratios Stratikos
Publié dans: ACS Omega, Numéro 10, 2025, Page(s) 17960-17972, ISSN 2470-1343
Éditeur: American Chemical Society (ACS)
DOI: 10.1021/acsomega.5c01169

ERAP1 Activity Modulates the Immunopeptidome but Also Affects the Proteome, Metabolism, and Stress Responses in Cancer Cells

Auteurs: Martha Nikopaschou, Martina Samiotaki, Elli-Anna Stylianaki, Kamila Król, Paula Gragera, Aroosha Raja, Vassilis Aidinis, Angeliki Chroni, Doriana Fruci, George Panayotou, Efstratios Stratikos
Publié dans: Molecular & Cellular Proteomics, Numéro 24, 2025, Page(s) 100964, ISSN 1535-9476
Éditeur: American Society for Biochemistry and Molecular Biology Inc.
DOI: 10.1016/j.mcpro.2025.100964

Titania: an integrated tool for in silico molecular property prediction and NAM-based modeling

Auteurs: Nikoletta-Maria Koutroumpa, Maria Antoniou, Dimitra-Danai Varsou, Konstantinos D. Papavasileiou, Nikolaos K. Sidiropoulos, Christoforos Kyprianou, Andreas Tsoumanis, Haralambos Sarimveis, Iseult Lynch, Georgia Melagraki, Antreas Afantitis
Publié dans: Molecular Diversity, 2025, ISSN 1381-1991
Éditeur: Kluwer Academic Publishers
DOI: 10.1007/s11030-025-11196-5

A genome-wide shRNA screen uncovers a novel potential ligand for NK cell activating receptors

Auteurs: Paolo Romania, Loredana Cifaldi, Paula Gragera, Valerio D’Alicandro, Matteo Caforio, Valentina Folgiero, Valeria Lucarini, Ombretta Melaiu, Roberto Bei, Franco Locatelli, Doriana Fruci
Publié dans: Frontiers in Immunology, Numéro 16, 2025, ISSN 1664-3224
Éditeur: Frontiers Media SA
DOI: 10.3389/fimmu.2025.1537876

Prediction of blood–brain barrier and Caco-2 permeability through the Enalos Cloud Platform: combining contrastive learning and atom-attention message passing neural networks

Auteurs: Nikoletta-Maria Koutroumpa, Andreas Tsoumanis, Haralambos Sarimveis, Iseult Lynch, Georgia Melagraki, Antreas Afantitis
Publié dans: Journal of Cheminformatics, Numéro 17, 2025, ISSN 1758-2946
Éditeur: Chemistry Central
DOI: 10.1186/s13321-025-01007-2

An untargeted metabolomic study using MALDI-mass spectrometry imaging reveals region-specific biomarkers associated with bowel inflammation

Auteurs: Adele Ponzoni, Silvia Speca, Matthew Hartle, Amandine Gerstenberg, Aurore Tomezyk, Victor Senechal, Shane Karnik, Laurent Dubuquoy, David Launay, Rebecca Deprez-Poulain, Mathieu Gaudin, Corinne Ramos, Benoit Deprez
Publié dans: Metabolomics, Numéro 21, 2025, ISSN 1573-3890
Éditeur: Springer Science and Business Media LLC
DOI: 10.1007/s11306-024-02200-4

Distinct modulation of cellular immunopeptidome by the allosteric regulatory site of ER aminopeptidase 1

Auteurs: Ioannis Temponeras, Martina Samiotaki, Despoina Koumantou, Martha Nikopaschou, Jonas J.W. Kuiper, George Panayotou, Efstratios Stratikos
Publié dans: European Journal of Immunology, Numéro 53, 2023, ISSN 0014-2980
Éditeur: John Wiley & Sons Ltd.
DOI: 10.1002/eji.202350449

Other (1)

ERAP1 allotypes 2 and 10 differentially regulate the immunopeptidome of melanocytes

Auteurs: Martha Nikopaschou, Martina Samiotaki, Anna Kanavou, Nikos Angelis, Ourania Tsitsilonis, George Panayotou, Efstratios Stratikos
Publié dans: bioRxiv - The preprint server for biology, 2025
Éditeur: Cold Spring Harbor Laboratory
DOI: 10.1101/2025.05.08.652898