Training network to advance integrated computational simulations in translational medicine, applied to intervertebral disc degeneration

Informations projet

Disc4All

N° de convention de subvention: 955735

DOI

10.3030/955735

Projet clôturé

Date de signature de la CE 31 Août 2020

Date de début 1 Novembre 2020

Date de fin 31 Mai 2025

Financé au titre de

• EXCELLENT SCIENCE - Marie Skłodowska-Curie Actions

Coût total

€ 3 996 776,52

Contribution de l’UE

€ 3 996 776,52

Coordonné par

UNIVERSIDAD POMPEU FABRA
Spain

CORDIS fournit des liens vers les livrables publics et les publications des projets HORIZON.

Les liens vers les livrables et les publications des projets du 7e PC, ainsi que les liens vers certains types de résultats spécifiques tels que les jeux de données et les logiciels, sont récupérés dynamiquement sur OpenAIRE .

Livrables

Documents, reports (6)

Potential inputs for policy feedback
Annual Winter & Summer Schools and Advanced Training Event Public Reports

These deliverable will be updated in the following months: 12, 18, 24, 39, 48

Deployable platform backend design
Final conference Public Report
Design & capacity of the agnostic platform, with integrated cloud services & remote access

Design capacity of the agnostic platform with integrated cloud services remote access

Science-based & Transferable skills Public Report

Demonstrators, pilots, prototypes (2)

AB-FE Multiscale mechanistic modelling software
Phenotype-gene biomarker-comorbidities association tool

Open Research Data Pilot (2)

Primary data interoperability & secondary data
Data governance framework

Other (2)

ESRs Recruitment published
Supervisory Board of the network

Websites, patent fillings, videos etc. (2)

Project Website with Social Media & Annual Public Progress Reports

This deliverable will be updated in the following months: 1, 12, 24, 39, 48

Dissemination & Outreach Reports

This deliverable will be upadated in the following months: 24, 55

Publications

Peer reviewed articles (26)

A systematic review of intervertebral disc degeneration clinical trial protocols

Auteurs: Francis Chemorion, Jerome Noailly, Marc-Antonio Bisotti
Publié dans: Open Research Europe, Numéro 5, 2025, Page(s) 284, ISSN 2732-5121
Éditeur: F1000 Research Ltd
DOI: 10.12688/openreseurope.21091.1

Immuno-Modulatory Effects of Intervertebral Disc Cells

Auteurs: Bermudez-Lekerika P, Crump KB, Tseranidou S, Nüesch A, Kanelis E, Alminnawi A, Baumgartner L, Muñoz-Moya E, Compte R, Gualdi F, Alexopoulos LG, Geris L, Wuertz-Kozak K, Le Maitre CL, Noailly J, Gantenbein B
Publié dans: Frontiers in Cell and Developmental Biology, Numéro 10, 2022, ISSN 2296-634X
Éditeur: frontiers
DOI: 10.3389/fcell.2022.924692

TNF induces catabolism in human cartilaginous endplate cells in 3D agarose culture under dynamic compression

Auteurs: Katherine B. Crump, Exarchos Kanelis, Maria Segarra-Queralt, Andreu Pascuet-Fontanet, Paola Bermudez-Lekerika, Ahmad Alminnawi, Liesbet Geris, Leonidas G. Alexopoulos, Jérôme Noailly, Benjamin Gantenbein
Publié dans: Scientific Reports, Numéro 15, 2025, ISSN 2045-2322
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41598-025-00538-w

Sulfated Hydrogels in Intervertebral Disc and Cartilage Research

Auteurs: Lazarus E, Bermudez-Lekerika P, Farchione D, Schofield T, Howard S, Mambetkadyrov I, Lamoca M, Rivero IV, Gantenbein B, Lewis CL, Wuertz-Kozak K
Publié dans: Cells, 2021, ISSN 2073-4409
Éditeur: MDPI
DOI: 10.3390/cells10123568

In-silico proteomic analysis of the role of IL-4 and IL-10 in IVD degeneration: Protein-protein interaction networks for candidate prioritisation

Auteurs: Paola Bermudez-Lekerika, Francesco Gualdi, Christine L. Le Maitre, Janet Piñero, Baldomero Oliva, Benjamin Gantenbein
Publié dans: Computational and Structural Biotechnology Journal, Numéro 27, 2025, Page(s) 1600-1613, ISSN 2001-0370
Éditeur: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.csbj.2025.04.015

The interplay between biochemical mediators and mechanotransduction in chondrocytes: Unravelling the differential responses in primary knee osteoarthritis

Auteurs: Maria Segarra-Queralt, Katherine Crump, Andreu Pascuet-Fontanet, Benjamin Gantenbein, Jérôme Noailly
Publié dans: Physics of Life Reviews, Numéro 48, 2025, Page(s) 205-221, ISSN 1571-0645
Éditeur: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.plrev.2024.02.003

Inhibition of the extracellular signal-regulated kinase pathway reduces the inflammatory component in nucleus pulposus cells

Auteurs: Tekari A, Marazza A, Crump K, Bermudez-Lekerika P, Gantenbein B
Publié dans: J Orthop Res, 2022, ISSN 1554-527X
Éditeur: Wiley
DOI: 10.1002/jor.25273

Nucleus pulposus cell network modelling in the intervertebral disc

Auteurs: Sofia Tseranidou, Maria Segarra-Queralt, Francis Kiptengwer Chemorion, Christine Lyn Le Maitre, Janet Piñero, Jérôme Noailly
Publié dans: npj Systems Biology and Applications, Numéro 11, 2025, ISSN 2056-7189
Éditeur: Springer Science and Business Media LLC
DOI: 10.1038/s41540-024-00479-6

Are current machine learning applications comparable to radiologist classification of degenerate and herniated discs and Modic change? A systematic review and meta-analysis

Auteurs: Roger Compte, Isabelle Granville Smith, Amanda Isaac, Nathan Danckert, Terence McSweeney, Panagiotis Liantis, Frances M. K. Williams
Publié dans: European Spine Journal, Numéro 32, 2023, Page(s) 3764-3787, ISSN 0940-6719
Éditeur: Springer Verlag
DOI: 10.1007/s00586-023-07718-0

Modic change is associated with increased BMI but not autoimmune diseases in TwinsUK

Auteurs: Francesco Gualdi, Isabelle Granville Smith, Roger Compte Boixader, Frances M. K. Williams
Publié dans: European Spine Journal, Numéro 32, 2023, Page(s) 3379-3386, ISSN 0940-6719
Éditeur: Springer Verlag
DOI: 10.1007/s00586-023-07870-7

A porohyperelastic scheme targeted at High-Performance Computing frameworks for the simulation of the intervertebral disc

Auteurs: Dimitrios Lialios, Beatriz Eguzkitza, Guillaume Houzeaux, Eva Casoni, Laura Baumgartner, Jérôme Noailly, Estefano Muñoz-Moya, Benjamin Gantenbein, Mariano Vázquez
Publié dans: Computer Methods and Programs in Biomedicine, Numéro 259, 2024, Page(s) 108493, ISSN 0169-2607
Éditeur: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.cmpb.2024.108493

Unveiling interactions between intervertebral disc morphologies and mechanical behavior through personalized finite element modeling

Auteurs: Estefano Muñoz-Moya, Morteza Rasouligandomani, Carlos Ruiz Wills, Francis Kiptengwer Chemorion, Gemma Piella, Jérôme Noailly
Publié dans: Frontiers in Bioengineering and Biotechnology, Numéro 12, 2024, ISSN 2296-4185
Éditeur: Frontiers Media SA
DOI: 10.3389/fbioe.2024.1384599

No evidence of association between either Modic change or disc degeneration and five circulating inflammatory proteins

Auteurs: Roger Compte, Maxim B. Freidin, Isabelle Granville Smith, Christine L. Le Maitre, Dovile Vaitkute, Ayrun Nessa, Genevieve Lachance, Frances M. K. Williams
Publié dans: JOR SPINE, Numéro 7, 2024, ISSN 2572-1143
Éditeur: Wiley
DOI: 10.1002/jsp2.1323

Ex Vivo and In Vitro Proteomic Approach to Elucidate the Relevance of IL-4 and IL-10 in Intervertebral Disc Pathophysiology

Auteurs: Bermudez-Lekerika P, Tseranidou S, Kanelis E, Nüesch A, Crump KB, Alexopoulos LG, Wuertz-Kozak K, Noailly J, Le Maitre CL, Gantenbein B
Publié dans: JOR Spine, Numéro 8(1), 2025, Page(s) e70048, ISSN 2572-1143
Éditeur: Wiley & sons
DOI: 10.1002/jsp2.70048

External Validation of SpineNet, an Open-Source Deep Learning Model for Grading Lumbar Disk Degeneration MRI Features, Using the Northern Finland Birth Cohort 1966

Auteurs: Terence P. McSweeney, Aleksei Tiulpin, Simo Saarakkala, Jaakko Niinimäki, Rhydian Windsor, Amir Jamaludin, Timor Kadir, Jaro Karppinen, Juhani Määttä
Publié dans: Spine, Numéro 48, 2025, Page(s) 484-491, ISSN 0362-2436
Éditeur: Lippincott Williams & Wilkins Ltd.
DOI: 10.1097/brs.0000000000004572

Exploring Mechanotransduction and Inflammation in Human Cartilaginous Endplate Cells in Blended Collagen–Agarose Hydrogels Under Cyclic Compression

Auteurs: Katherine B. Crump, Chloé Chapallaz, Ahmad Alminnawi, Paola Bermudez-Lekerika, Liesbet Geris, Jérôme Noailly, Benjamin Gantenbein
Publié dans: Gels, Numéro 11, 2025, Page(s) 736, ISSN 2310-2861
Éditeur: MDPI AG
DOI: 10.3390/gels11090736

Predicting gene disease associations with knowledge graph embeddings for diseases with curtailed information

Auteurs: Francesco Gualdi, Baldomero Oliva, Janet Piñero
Publié dans: NAR Genomics and Bioinformatics, Numéro 6, 2024, ISSN 2631-9268
Éditeur: Oxford University Press (OUP)
DOI: 10.1093/nargab/lqae049

Influence of disc height and strain-dependent solute diffusivity on metabolic transport in patient-personalized intervertebral disc models

Auteurs: Zerihun G. Workineh, Estefano Muñoz-Moya, Carlos Ruiz Wills, Dimitrios Lialios, Jérôme Noailly
Publié dans: Frontiers in Bioengineering and Biotechnology, Numéro 13, 2025, ISSN 2296-4185
Éditeur: Frontiers Media SA
DOI: 10.3389/fbioe.2025.1651786

EGR2, IGF1 and IL6 Expression Are Elevated in the Intervertebral Disc of Patients Suffering from Diffuse Idiopathic Skeletal Hyperostosis (DISH) Compared to Degenerative or Trauma Discs

Auteurs: Benjamin Gantenbein; Rahel Deborah May; Paola Bermudez-Lekerika; Katharina A. C. Oswald; Lorin Michael Benneker; Christoph E. Albers
Publié dans: Applied Sciences, Numéro 2, 2021, Page(s) 4072, ISSN 2076-3417
Éditeur: MDPI
DOI: 10.48350/156197

The Bone Morphogenetic Protein 2 Analogue L51P Enhances Spinal Fusion in Combination with BMP2 in an In Vivo Rat Tail Model

Auteurs: Gantenbein B, Oswald KA, Erbach GF, Croft AS, Bermudez-Lekerika P, Strunz F, Bigdon SF, Albers CE
Publié dans: Acta Biomaterialia, 2024, ISSN 1742-7061
Éditeur: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.actbio.2024.01.039

Dataset of Finite Element Models of Normal and Deformed Thoracolumbar Spine

Auteurs: Morteza Rasouligandomani, Alejandro del Arco, Francis Kiptengwer Chemorion, Marc-Antonio Bisotti, Fabio Galbusera, Jérôme Noailly, Miguel A. González Ballester
Publié dans: Scientific Data, Numéro 11, 2024, ISSN 2052-4463
Éditeur: Springer Science and Business Media LLC
DOI: 10.1038/s41597-024-03351-8

Sulfated Hydrogels as Primary Intervertebral Disc Cell Culture Systems

Auteurs: Paola Bermudez-Lekerika, Katherine B. Crump, Karin Wuertz-Kozak, Christine L. Le Maitre, Benjamin Gantenbein
Publié dans: Gels, Numéro 10, 2025, Page(s) 330, ISSN 2310-2861
Éditeur: MDPI AG
DOI: 10.3390/gels10050330

Semiautomatic Assessment of Facet Tropism From Lumbar Spine MRI Using Deep Learning

Auteurs: Narasimharao Kowlagi, Antti Kemppainen, Egor Panfilov, Terence McSweeney, Simo Saarakkala, Mika Nevalainen, Jaakko Niinimäki, Jaro Karppinen, Aleksei Tiulpin
Publié dans: Spine, Numéro 49, 2025, Page(s) 630-639, ISSN 0362-2436
Éditeur: Lippincott Williams & Wilkins Ltd.
DOI: 10.1097/brs.0000000000004909

Cartilaginous endplates: A comprehensive review on a neglected structure in intervertebral disc research

Auteurs: Crump KB, Alminnawi A, Bermudez-Lekerika P, Compte R, Gualdi F, McSweeney T, Muñoz-Moya E, Nüesch A, Geris L, Dudli S, Karppinen J, Noailly J, Le Maitre C, Gantenbein B
Publié dans: JOR Spine, Numéro [epub, 2023, Page(s) e1294, ISSN 2572-1143
Éditeur: Wiley
DOI: 10.1002/jsp2.1294

New Frontiers towards Regeneration of the Intervertebral Disc: On Progenitor Cells, Growth Factors and Biomaterials

Auteurs: Gantenbein, Benjamin
Publié dans: Regeneration of the Intervertebral Disc, Applied sciences special issue, Numéro 5, 2021, ISSN 2076-3417
Éditeur: MDPI
DOI: 10.3390/app112411913

Application and Validation of Semiautomatic Quantification of Immunohistochemically Stained Sections for Low Cellular Tissue <scp>Such as Intervertebral Disc</scp> Using <scp>QuPath</scp>

Auteurs: Andrea Nüesch, Maria Paola Ferri, Christine L. Le Maitre
Publié dans: JOR SPINE, Numéro 8, 2025, ISSN 2572-1143
Éditeur: Wiley
DOI: 10.1002/jsp2.70054

Conference proceedings (3)

Society of Back Pain Research Travel Fellowship 2021, price €2180

Auteurs: Terence McSweeney
Publié dans: 2022
Éditeur: Terence McSweeney

VPHI BEST POSTER AWARD 2022 WON BY MARIE SKLODOWSKA-CURIE PHD FELLOW SOFIA TSERANIDOU

Auteurs: Virtual Physiological Human Institute for Integrative Biomedical Research
Publié dans: 2022
Éditeur: Virtual Physiological Human Institute for Integrative Biomedical Research

Suomalainen Selkätutkimusseura Ry (Finnish Spine Society) early career researcher abstract prize 2022, €1000

Auteurs: Terence McSweeney
Publié dans: 2022
Éditeur: @TerMcS (Twitter)

Non-peer reviewed articles (1)

SPIRIT-based prediction of clinical trial completion in intervertebral disc degeneration

Auteurs: Francis Chemorion, Jerome Noailly, Marc-Antonio Bisotti
Publié dans: Open Research Europe, Numéro 5, 2025, Page(s) 285, ISSN 2732-5121
Éditeur: F1000 Research Ltd
DOI: 10.12688/openreseurope.21092.1

Other (1)

Editorial: Immunological imbalance: What is its role in intervertebral disc degeneration?

Auteurs: Gantenbein B, Sun Z, Liu Z, Samartzis D
Publié dans: Frontiers in Cell and Developmental Biology, Numéro 11, 2023, Page(s) 2, ISSN 2296-634X
Éditeur: frontiers
DOI: 10.3389/fcell.2023.1196377

Book chapters (1)

Pixel2Mechanics: Automated Biomechanical Simulations of High-Resolution Intervertebral Discs from Anisotropic MRIs

Auteurs: Sai Natarajan, Estefano Muñoz-Moya, Carlos Ruiz Wills, Gemma Piella, Jérôme Noailly, Ludovic Humbert, Miguel A. González Ballester
Publié dans: Lecture Notes in Computer Science, Medical Image Computing and Computer Assisted Intervention – MICCAI 2024, 2024, Page(s) 572-582
Éditeur: Springer Nature Switzerland
DOI: 10.1007/978-3-031-72104-5_55