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Computational Proteomics Training European Innovative Network

CORDIS fournit des liens vers les livrables publics et les publications des projets HORIZON.

Les liens vers les livrables et les publications des projets du 7e PC, ainsi que les liens vers certains types de résultats spécifiques tels que les jeux de données et les logiciels, sont récupérés dynamiquement sur OpenAIRE .

Livrables

Publications

Oktoberfest: Open‐source spectral library generation and rescoring pipeline based on Prosit (s’ouvre dans une nouvelle fenêtre)

Auteurs: Mario Picciani, Wassim Gabriel, Victor‐George Giurcoiu, Omar Shouman, Firas Hamood, Ludwig Lautenbacher, Cecilia Bang Jensen, Julian Müller, Mostafa Kalhor, Armin Soleymaniniya, Bernhard Kuster, Matthew The, Mathias Wilhelm
Publié dans: PROTEOMICS, Numéro 24, 2024, ISSN 1615-9853
Éditeur: John Wiley & Sons Ltd.
DOI: 10.1002/pmic.202300112

Proteomic Profiling Towards a Better Understanding of Genetic Based Muscular Diseases: The Current Picture and a Look to the Future (s’ouvre dans une nouvelle fenêtre)

Auteurs: Marc Pauper, Andreas Hentschel, Malte Tiburcy, Sergi Beltran, Tobias Ruck, Ulrike Schara-Schmidt, Andreas Roos
Publié dans: Biomolecules, Numéro 15, 2025, Page(s) 130, ISSN 2218-273X
Éditeur: MDPI
DOI: 10.3390/biom15010130

Assessment and Prediction of Human Proteotypic Peptide Stability for Proteomics Quantification (s’ouvre dans une nouvelle fenêtre)

Auteurs: Cristina Chiva, Zahra Elhamraoui, Amanda Solé, Marc Serret, Mathias Wilhelm, Eduard Sabidó
Publié dans: Analytical Chemistry, Numéro 95, 2023, Page(s) 13746-13749, ISSN 0003-2700
Éditeur: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acs.analchem.3c02269

OpenMS WebApps: Building User-Friendly Solutions for MS Analysis (s’ouvre dans une nouvelle fenêtre)

Auteurs: Tom David Müller, Arslan Siraj, Axel Walter, Jihyung Kim, Samuel Wein, Johannes von Kleist, Ayesha Feroz, Matteo Pilz, Kyowon Jeong, Justin Cyril Sing, Joshua Charkow, Hannes Luc Röst, Timo Sachsenberg
Publié dans: Journal of Proteome Research, Numéro 24, 2025, Page(s) 940-948, ISSN 1535-3893
Éditeur: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acs.jproteome.4c00872

Intensity and retention time prediction improves the rescoring of protein‐nucleic acid cross‐links (s’ouvre dans une nouvelle fenêtre)

Auteurs: Arslan Siraj, Robbin Bouwmeester, Arthur Declercq, Luisa Welp, Aleksandar Chernev, Alexander Wulf, Henning Urlaub, Lennart Martens, Sven Degroeve, Oliver Kohlbacher, Timo Sachsenberg
Publié dans: PROTEOMICS, Numéro 24, 2024, ISSN 1615-9853
Éditeur: John Wiley & Sons Ltd.
DOI: 10.1002/pmic.202300144

OpenMS 3 enables reproducible analysis of large-scale mass spectrometry data (s’ouvre dans une nouvelle fenêtre)

Auteurs: Julianus Pfeuffer, Chris Bielow, Samuel Wein, Kyowon Jeong, Eugen Netz, Axel Walter, Oliver Alka, Lars Nilse, Pasquale Domenico Colaianni, Douglas McCloskey, Jihyung Kim, George Rosenberger, Leon Bichmann, Mathias Walzer, Johannes Veit, Bertrand Boudaud, Matthias Bernt, Nikolaos Patikas, Matteo Pilz, Michał Piotr Startek, Svetlana Kutuzova, Lukas Heumos, Joshua Charkow, Justin Cyril Sing, Ayesha
Publié dans: Nature Methods, Numéro 21, 2024, Page(s) 365-367, ISSN 1548-7091
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41592-024-02197-7

MS²Rescore 3.0 is a modular, flexible, and user-friendly platform to boost peptide identifications, as showcased with MS Amanda 3.0 (s’ouvre dans une nouvelle fenêtre)

Auteurs: Louise Marie Buur, Arthur Declercq, Marina Strobl, Robbin Bouwmeester, Sven Degroeve, Lennart Martens, Viktoria Dorfer, Ralf Gabriels
Publié dans: Journal of Proteome Research, 2024, ISSN 1535-3893
Éditeur: American Chemical Society
DOI: 10.26434/chemrxiv-2023-rvr9n

Rescoring Peptide Spectrum Matches: Boosting Proteomics Performance by Integrating Peptide Property Predictors Into Peptide Identification (s’ouvre dans une nouvelle fenêtre)

Auteurs: Mostafa Kalhor, Joel Lapin, Mario Picciani, Mathias Wilhelm
Publié dans: Molecular & Cellular Proteomics, Numéro 23, 2024, Page(s) 100798, ISSN 1535-9476
Éditeur: American Society for Biochemistry and Molecular Biology Inc.
DOI: 10.1016/j.mcpro.2024.100798

Theoretical Assessment of Indistinguishable Peptides in Mass Spectrometry-Based Proteomics (s’ouvre dans une nouvelle fenêtre)

Auteurs: Zahra Elhamraoui, Eva Borràs, Mathias Wilhelm, Eduard Sabidó
Publié dans: Analytical Chemistry, Numéro 96, 2024, Page(s) 15829-15833, ISSN 0003-2700
Éditeur: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acs.analchem.4c02803

How to deal with internal fragment ions? (s’ouvre dans une nouvelle fenêtre)

Auteurs: Arthur Grimaud, Masa Babovic, Frederik Haugaard Holck, Ole N. Jensen, Veit Schwämmle
Publié dans: Molecular & Cellular Proteomics, 2025, Page(s) 100896, ISSN 1535-9476
Éditeur: American Society for Biochemistry and Molecular Biology Inc.
DOI: 10.1016/j.mcpro.2024.100896

WOMBAT-P: Benchmarking Label-Free Proteomics Data Analysis Workflows (s’ouvre dans une nouvelle fenêtre)

Auteurs: David Bouyssié, Pınar Altıner, Salvador Capella-Gutierrez, José M. Fernández, Yanick Paco Hagemeijer, Peter Horvatovich, Martin Hubálek, Fredrik Levander, Pierluigi Mauri, Magnus Palmblad, Wolfgang Raffelsberger, Laura Rodríguez-Navas, Dario Di Silvestre, Balázs Tibor Kunkli, Julian Uszkoreit, Yves Vandenbrouck, Juan Antonio Vizcaíno, Dirk Winkelhardt, Veit Schwämmle
Publié dans: Journal of Proteome Research, Numéro 23, 2024, Page(s) 418-429, ISSN 1535-3893
Éditeur: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acs.jproteome.3c00636

Extended Reality for Public Understanding of Science: A Systematic Literature Review (s’ouvre dans une nouvelle fenêtre)

Auteurs: Prajwal DSouza, Nikoletta-Zampeta Legaki, Daniel Fernández Galeote, Juho Hamari
Publié dans: Proceedings of the 27th International Academic Mindtrek Conference, 2024, Page(s) 168-175
Éditeur: ACM
DOI: 10.1145/3681716.3681734

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