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Livrables
Compilation of a data management plan.
Compilation of a report on communications and public engagement (WP5).
Final scientific advances report on WP1 (s’ouvre dans une nouvelle fenêtre)Compilation of a report on the scientific advances of WP1 (Primary CPG)
Final scientific advances report on WP2 (s’ouvre dans une nouvelle fenêtre)Compilation of a report on the scientific advances of WP2 (Evolutionary/Comparative CPG).
Final scientific advances report on WP3 (s’ouvre dans une nouvelle fenêtre)Compilation of a report on the scientific advances of WP3 (Translational CPG).
Collective scientific advances report 3 (s’ouvre dans une nouvelle fenêtre)Joint report of WP1-3 on their scientific advances
Report on training activities and career fair (s’ouvre dans une nouvelle fenêtre)Compilation of a report on training activities and career fair (WP4).
Scientific publications report (s’ouvre dans une nouvelle fenêtre)Compilation of a report on scientific publications (WP5).
Collective scientific advances report 1 (s’ouvre dans une nouvelle fenêtre)Joint report of WP13 on their scientific advances
Collective scientific advances report 2 (s’ouvre dans une nouvelle fenêtre)Joint report of WP1-3 on their scientific advances
Title: Pan-genome applicationsPreliminary course topics: (i) Building and comparing recombination networks (P.Bonizzoni UNIMIB, 1 ECTS); (ii) Advanced Linear Programming (L.Stougie NWO-I, 1 ECTS); (iii) Cancer evolution (G.Della Vedova UNIMIB, 0.5 ECTS); (iv) Probabilistic and machine learning methods (T.Vinař UKBA, 0.5 ECTS); (v) Reproducible research (J.Köster, 0.5 ECTS); (vi) Innovation, entrepreneurship, and commercial exploitation (F.Perraudeau PENDULUM, 0.5 ECTS). The school will include a multi-session hackathon where groups of participants will analyze pan-genomic data sets provided by non-academic partners (analysis leaders Z.Iqbal EMBL, F.Perraudeau PENDULUM, P.Bonizzoni UNIMIB).
Summer school 1 (s’ouvre dans une nouvelle fenêtre)Title: Algorithmic techniques in pan-genomicsPreliminary course topics: (i) Data structures for genomic variants (R.Durbin UCAM, T.Marschall UDUS, 0.5 ECTS), (ii) Pan-genome storage and search (J.Stoye UNIBI, 1 ECTS); (iii) Alignments of pan-genome graphs (V.Mäkinen UHEL, 1 ECTS); (iv) Research dissemination, open science and open access (T.Marschall UDUS, 0.5 ECTS); (v) Project management (J.Budiš GENETON, 0.5 ECTS); (vi) Scientific writing and research dissemination (A.Schönhuth UNIBI, 0.5 ECTS). The school will include a multi-session hackathon where groups of participants will analyze pan-genomic data sets provided by non- academic partners (analysis leaders B.Brejová UK BA, J.Budiš GENETON, T.Marschall UDUS)
Winter wet lab (s’ouvre dans une nouvelle fenêtre)Title: Collaborating with wet-lab biologistsThe winter school will give participants hands-on laboratory experience, allowing them to better understand wet-lab possibilities and limitations and become more effective collaborators with wet-lab biologists. Preliminary topics include: (i) Basic laboratory techniques, DNA extraction (UK BA, 0.5 ECTS); (ii) Sequencing with Oxford Nanopore devices: from DNA sample to sequences (XXX ONT, 1 ECTS), (iii) Illumina sequencing for clinical diagnostics (J.Budiš GENETON, 1 ECTS), (iv) Data analysis challenges (T.Vinař UK BA, 0.5 ECTS), (v) Soft-skills: Efficient interdisciplinary communication (Z.Iqbal EMBL, 0.5 ECTS), (vi) Soft-skills: Intellectual Property: Management and issues (W.Pirovano BC, 0.5 ECTS).
Annual workshop 2 (s’ouvre dans une nouvelle fenêtre)Title: Pan-genome sequencing and analysisThree half-days will be dedicated to scientific courses, one half-day to the soft-skills course. Other activities will include business meeting (afternoon of day 1), hackathon (afternoon of day 3), and problem sessions (evenings). The preliminary topics of the courses: (i) Metagenome assembly and analysis (R.Chikhi IP, 1 ECTS); (ii) Latest pan-genome research trends (seminars by advisory board members, 0.5 ECTS); (iii) Soft-skills: Improving research impact with social media presence (P. Peterlongo INRIA, 0.5 ECTS), (iv) Peer Community in bioinformatics: a new approach to reviewing and publishing (C. Scornavacca, CNRS, 0.5).
Supervisory Board of the network (s’ouvre dans une nouvelle fenêtre)Appoint a supervisory board of the ITN
Annual workshop 3 (s’ouvre dans une nouvelle fenêtre)Title: Large-scale pan-genomicsThree half-days will be dedicated to scientific courses, one half-day to the soft-skills course. Other activities will include business meeting (afternoon of day 1), hackathon (afternoon of day 3), and problem sessions (evenings). The preliminary topics of the courses: (i) Pan-genome data structure based AI/Machine Learning. (A.Schönhuth UNIBI, 1 ECTS); (ii) Distributed processing of large genomic data (K.Heljanko UHEL, 0.5 ECTS); (iii) Soft-skills: Communication techniques for research dissemination (L.Stougie NWO-I, 0.5 ECTS).
Annual Workshop 1 (s’ouvre dans une nouvelle fenêtre)Title Challenges of computational pangenomicsThree halfdays will be dedicated to scientific courses one halfday to the softskills course Other activities will include business meeting afternoon of day 1 hackathon afternoon of day 3 and problem sessions evenings The preliminary topics of the coursesi Overview of existing methods and tools for pangenomics SPissis NWOI E Rivals CNRS JStoye UNIBI 1 ECTS ii Overview of open challenges for pangenomics ASchonhuth UNIBI RDurbin UCAM TMarschall UDUS 05 ECTS iii Softskills Ethics in research research integrity Gender and Diversity Issues NPisanti UNIPI PBonizzoni UNIMIB 05 ECTS
Publications
Auteurs:
Giulia Bernardini, Gabriele Fici, Paweł Gawrychowski, and Solon P. Pissis
Publié dans:
Leibniz International Proceedings in Informatics (LIPIcs), Numéro 283, 2023, Page(s) 12:1-12:19, ISBN 978-3-95977-289-1
Éditeur:
Schloss Dagstuhl – Leibniz-Zentrum für Informatik
DOI:
10.4230/lipics.isaac.2023.12
Auteurs:
Estéban Gabory and Eric Rivals and Michelle Sweering and Hilde Verbeek and Pengfei Wang
Publié dans:
Proceedings of the Prague Stringology Conference 2023, 2023, Page(s) 42-56, ISBN 978-80-01-07206-6
Éditeur:
Prague Stringology Club
Auteurs:
Panagiotis Charalampopoulos and Huiping Chen and Peter Christen and Grigorios Loukides and Nadia Pisanti and Solon P. Pissis and Jakub Radoszewski
Publié dans:
32nd International Symposium on Algorithms and Computation (ISAAC 2021), Numéro 212, 2021, Page(s) 65:1--65:19, ISSN 1868-8969
Éditeur:
Schloss Dagstuhl -- Leibniz-Zentrum für Informatik
DOI:
10.4230/lipics.isaac.2021.65
Auteurs:
Park, Sangsoo; Park, Sung Gwan; Cazaux, Bastien; Park, Kunsoo; Rivals, Eric
Publié dans:
32nd Annual Symposium on Combinatorial Pattern Matching (CPM 2021), Numéro 191, 2021, Page(s) 22:1--22:9, ISBN 978-3-95977-186-3
Éditeur:
Schloss Dagstuhl -- Leibniz-Zentrum für Informatik
DOI:
10.4230/lipics.cpm.2021.22
Auteurs:
Bernardini, Giulia and Conte, Alessio and Gabory, Esteban and Grossi, Roberto and Loukides, Grigorios and Pissis, Solon P. and Punzi, Giulia and Sweering, Michelle
Publié dans:
33rd Annual Symposium on Combinatorial Pattern Matching (CPM 2022), Numéro 223, 2022, Page(s) 16:1--16:17, ISSN 1868-8969
Éditeur:
Schloss Dagstuhl -- Leibniz-Zentrum für Informatik
DOI:
10.4230/lipics.cpm.2022.16
Auteurs:
Wiktor Zuba and Grigorios Loukides and Solon P. Pissis and Sharma V. Thankachan
Publié dans:
49th International Symposium on Mathematical Foundations of Computer Science (MFCS 2024), Numéro Vol 306, 2024, Page(s) 85:1–85:18
Éditeur:
Schloss Dagstuhl – Leibniz-Zentrum für Informatik
DOI:
10.4230/lipics.mfcs.2024.85
Auteurs:
Esteban Gabory, Chang Liu, Grigorios Loukides, Solon P. Pissis, Wiktor Zuba
Publié dans:
2024 IEEE 40th International Conference on Data Engineering (ICDE), 2024, Page(s) 4828-4842
Éditeur:
IEEE
DOI:
10.1109/icde60146.2024.00367
Auteurs:
Nicola Rizzo and Veli Mäkinen
Publié dans:
International Workshop on Combinatorial Algorithms: Combinatorial Algorithms, Numéro 13270, 2022, Page(s) 480--493, ISBN 978-3-031-06678-8
Éditeur:
Springer International Publishing
DOI:
10.1007/978-3-031-06678-8_35
Auteurs:
Lorraine A. K. Ayad, Grigorios Loukides, Solon P. Pissis, Hilde Verbeek
Publié dans:
Lecture Notes in Computer Science, LATIN 2024: Theoretical Informatics, 2024, Page(s) 162-177
Éditeur:
Springer Nature Switzerland
DOI:
10.1007/978-3-031-55598-5_11
Auteurs:
Giulia Bernardini, Huiping Chen, Alessio Conte, Roberto Grossi, Veronica Guerrini, Grigorios Loukides, Nadia Pisanti, Solon P. Pissis
Publié dans:
Proceedings of the 2024 SIAM International Conference on Data Mining (SDM), 2024, Page(s) 190-198
Éditeur:
Society for Industrial and Applied Mathematics
DOI:
10.1137/1.9781611978032.22
Auteurs:
Panagiotis Charalampopoulos and Tomasz Kociumaka and Solon P. Pissis and Jakub Radoszewski
Publié dans:
29th Annual European Symposium on Algorithms (ESA 2021), Numéro 204, 2021, Page(s) 30:1--30:17, ISSN 1868-8969
Éditeur:
Schloss Dagstuhl -- Leibniz-Zentrum für Informatik
DOI:
10.4230/lipics.esa.2021.30
Auteurs:
Conte, Alessio; Grossi, Roberto; Loukides, Grigorios; Pisanti, Nadia; Pissis, Solon P.; Punzi, Giulia; Bampis, Evripidis; Pagourtzis, Aris
Publié dans:
Fundamentals of Computation Theory, 23rd International Symposium (FCT), Numéro 12867, 2021, Page(s) 162--175, ISBN 978-3-030-86593-1
Éditeur:
Springer International Publishing
DOI:
10.1007/978-3-030-86593-1_11
Auteurs:
Nicola Rizzo and Veli Mäkinen
Publié dans:
33rd Annual Symposium on Combinatorial Pattern Matching (CPM 2022), Numéro 223, 2022, Page(s) 480--493, ISBN 978-3-031-06678-8
Éditeur:
Springer International Publishing
DOI:
10.4230/lipics.cpm.2022.19
Auteurs:
Philip Bille and Yakov Nekrich and Solon P. Pissis
Publié dans:
19th Scandinavian Symposium and Workshops on Algorithm Theory (SWAT 2024), Numéro Vol 294, 2024, Page(s) 14:1–14:12
Éditeur:
Schloss Dagstuhl – Leibniz-Zentrum für Informatik
DOI:
10.4230/lipics.swat.2024.14
Auteurs:
Charalampopoulos, Panagiotis; Pissis, Solon P.; Radoszewski, Jakub; Bannai, Hideo; Holub, Jan
Publié dans:
33rd Annual Symposium on Combinatorial Pattern Matching (CPM 2022), Numéro 223, 2022, Page(s) 20:1--20:9, ISSN 1868-8969
Éditeur:
Schloss Dagstuhl -- Leibniz-Zentrum für Informatik
DOI:
10.4230/lipics.cpm.2022.20
Auteurs:
Loukides, Grigorios; Pissis, Solon P.; Mutzel, Petra; Pagh, Rasmus; Herman, Grzegorz
Publié dans:
29th Annual European Symposium on Algorithms (ESA 2021) . , 64 , Leibniz International Proceedings in Informatics, LIPIcs , vol. 204 , Schloss Dagstuhl- Leibniz-Zentrum fur Informatik GmbH, Dagstuhl Publishing , pp. 1-21 , 29th Annual European Symposium on Algorithms, ESA 2021 , Vitual, Lisbon , Portugal , 6/09/21 . https://doi.org/10.4230/LIPIcs.ESA.2021.64, Numéro 204, 2021, Page(s) 64:1--64:21, ISSN 1868-8969
Éditeur:
Schloss Dagstuhl -- Leibniz-Zentrum für Informatik
DOI:
10.4230/lipics.esa.2021.64
Auteurs:
Eric Rivals, Michelle Sweering, and Pengfei Wang
Publié dans:
Leibniz International Proceedings in Informatics (LIPIcs), Numéro 261, 2023, Page(s) 100:1--100:14, ISBN 978-3-95977-278-5
Éditeur:
Schloss Dagstuhl –- Leibniz-Zentrum für Informatik
DOI:
10.4230/lipics.icalp.2023.100
Auteurs:
Njagi Moses Mwaniki and Nadia Pisanti
Publié dans:
ISBRA 2022: Bioinformatics Research and Applications, Numéro 13760, 2023, Page(s) 204–216, ISSN 0302-9743
Éditeur:
Springer Verlag
DOI:
10.1007/978-3-031-23198-8_19
Auteurs:
Zsuzsanna Lipták, Luca Parmigiani
Publié dans:
Lecture Notes in Computer Science, LATIN 2024: Theoretical Informatics, 2024, Page(s) 130-145
Éditeur:
Springer Nature Switzerland
DOI:
10.1007/978-3-031-55598-5_9
Auteurs:
Bernardini, Giulia; Chen, Huiping; Loukides, Grigorios; Pissis, Solon P.; Stougie, Leen; Sweering, Michelle; Bannai, Hideo; Holub, Jan
Publié dans:
33rd Annual Symposium on Combinatorial Pattern Matching (CPM 2022), Numéro 223, 2022, Page(s) 12:1-12:18, ISBN 978-3-95977-234-1
Éditeur:
Schloss Dagstuhl - Leibniz-Zentrum für Informatik
DOI:
10.4230/lipics.cpm.2022.12
Auteurs:
Grigorios Loukides and Solon P. Pissis and Sharma V. Thankachan and Wiktor Zuba
Publié dans:
34th Annual Symposium on Combinatorial Pattern Matching (CPM 2023), Numéro Vol 259, 2023, Page(s) 21:1--21:20, ISBN 978-3-95977-276-1
Éditeur:
Schloss Dagstuhl - Leibniz-Zentrum für Informatik
DOI:
10.4230/lipics.cpm.2023.21
Auteurs:
Andrej Baláž, Travis Gagie, Adrián Goga, Simon Heumos, Gonzalo Navarro, Alessia Petescia, Jouni Sirén
Publié dans:
Lecture Notes in Computer Science, LATIN 2024: Theoretical Informatics, 2024, Page(s) 178-192
Éditeur:
Springer Nature Switzerland
DOI:
10.1007/978-3-031-55598-5_12
Auteurs:
Adrián Goga, Lore Depuydt, Nathaniel K. Brown, Jan Fostier, Travis Gagie, Gonzalo Navarro
Publié dans:
2024 Data Compression Conference (DCC), 2024, Page(s) 123-132
Éditeur:
IEEE
DOI:
10.1109/dcc58796.2024.00020
Auteurs:
Njagi Mwaniki, Erik Garrison, Nadia Pisanti
Publié dans:
Proceedings of the 16th International Joint Conference on Biomedical Engineering Systems and Technologies, 2024, Page(s) 70-79
Éditeur:
SCITEPRESS - Science and Technology Publications
DOI:
10.5220/0011666900003414
Auteurs:
Giulia Bernardini; Esteban Gabory; Solon P. Pissis; Leen Stougie; Michelle Sweering; Wiktor Zuba
Publié dans:
Latin American Symposium on Theoretical Informatics, Numéro 13568, 2022, Page(s) 20–37, ISBN 978-3-031-20624-5
Éditeur:
Springer International Publishing
DOI:
10.48550/arxiv.2209.01095
Auteurs:
Nadia Pisanti
Publié dans:
32nd Annual Symposium on Combinatorial Pattern Matching (CPM 2021), Numéro 191, 2021, Page(s) 3:1--3:2, ISSN 1868-8969
Éditeur:
Schloss Dagstuhl -- Leibniz-Zentrum für Informatik
DOI:
10.4230/lipics.cpm.2021.3
Auteurs:
Philip Bille and Inge Li Gørtz and Moshe Lewenstein and Solon P. Pissis and Eva Rotenberg and Teresa Anna Steiner
Publié dans:
41st International Symposium on Theoretical Aspects of Computer Science (STACS 2024), Numéro Vol 289, 2024, Page(s) 16:1–16:21
Éditeur:
Schloss Dagstuhl – Leibniz-Zentrum für Informatik
DOI:
10.4230/lipics.stacs.2024.16
Auteurs:
Panagiotis Charalampopoulos and Tomasz Kociumaka and Jakub Radoszewski and Solon P. Pissis and Wojciech Rytter and Tomasz Waleń and Wiktor Zuba
Publié dans:
30th Annual European Symposium on Algorithms (ESA 2022), Numéro 244, 2022, Page(s) 35:1--35:19, ISSN 1868-8969
Éditeur:
Schloss Dagstuhl -- Leibniz-Zentrum für Informatik
DOI:
10.4230/lipics.esa.2022.35
Auteurs:
Askar Gafurov, Tomáš Vinař, Broňa Brejová
Publié dans:
Lecture Notes in Computer Science, Connecting with Computability, 2021, Page(s) 227-236
Éditeur:
Springer International Publishing
DOI:
10.1007/978-3-030-80049-9_21
Auteurs:
Baláž, Andrej; Petescia, Alessia
Publié dans:
the 23rd Conference Information Technologies – Applications and Theory (ITAT 2023), vol 3498, Numéro 1, 2023, Page(s) 232-241
Éditeur:
CEUR Workshop Proceedings
DOI:
10.48550/arxiv.2306.14689
Auteurs:
Nicola Rizzo, Manuel Cáceres, Veli Mäkinen
Publié dans:
Lecture Notes in Computer Science, String Processing and Information Retrieval, 2023, Page(s) 353-366
Éditeur:
Springer Nature Switzerland
DOI:
10.1007/978-3-031-43980-3_29
Auteurs:
Esteban Gabory and Moses Njagi Mwaniki and Nadia Pisanti and Solon P. Pissis and Jakub Radoszewski and Michelle Sweering and Wiktor Zuba
Publié dans:
34th Annual Symposium on Combinatorial Pattern Matching (CPM 2023), Numéro Vol 259, 2023, Page(s) 11:1--11:20, ISBN 978-3-95977-276-1
Éditeur:
Schloss Dagstuhl - Leibniz-Zentrum für Informatik
DOI:
10.4230/lipics.cpm.2023.11
Auteurs:
Konstantinn Bonnet and Tobias Marschall and Daniel Doerr
Publié dans:
22nd International Workshop on Algorithms in Bioinformatics (WABI 2022), Numéro 242, 2022, Page(s) 6:1--6:23, ISSN 1868-8969
Éditeur:
Schloss Dagstuhl -- Leibniz-Zentrum für Informatik
DOI:
10.4230/lipics.wabi.2022.6
Auteurs:
Adrián Goga and Andrej Baláž
Publié dans:
22nd International Workshop on Algorithms in Bioinformatics (WABI 2022), Numéro Vol 242, 2022, Page(s) 18:1--18:12, ISBN 978-3-95977-243-3
Éditeur:
Schloss Dagstuhl - Leibniz-Zentrum für Informatik
DOI:
10.4230/lipics.wabi.2022.18
Auteurs:
Rocco Ascone and Giulia Bernardini and Alessio Conte and Massimo Equi and Esteban Gabory and Roberto Grossi and Nadia Pisanti
Publié dans:
24th International Workshop on Algorithms in Bioinformatics (WABI 2024), Numéro Vol 312, 2024, Page(s) 14:1–14:21
Éditeur:
Schloss Dagstuhl – Leibniz-Zentrum für Informatik
DOI:
10.4230/lipics.wabi.2024.14
Auteurs:
Eva Herencsárová, Broňa Brejová
Publié dans:
the 23rd Conference Information Technologies – Applications and Theory (ITAT 2023), vol 3498, Numéro 1, 2023, Page(s) 232-241
Éditeur:
CEUR Workshop Proceedings
DOI:
10.1101/2023.07.20.549917v1
Auteurs:
Panagiotis Charalampopoulos and Solon P. Pissis and Jakub Radoszewski and Wojciech Rytter and Tomasz Waleń and Wiktor Zuba
Publié dans:
41st International Symposium on Theoretical Aspects of Computer Science (STACS 2024), Numéro Vol 289, 2024, Page(s) 24:1–24:22
Éditeur:
Schloss Dagstuhl – Leibniz-Zentrum für Informatik
DOI:
10.4230/lipics.stacs.2024.24
Auteurs:
Verbeek, Hilde and Ayad, Lorraine A.K. and Loukides, Grigorios and Pissis, Solon P.
Publié dans:
35th Annual Symposium on Combinatorial Pattern Matching (CPM 2024), Numéro Vol 296, 2024, Page(s) 28:1--28:13
Éditeur:
Schloss Dagstuhl -- Leibniz-Zentrum für Informatik
DOI:
10.4230/lipics.cpm.2024.28
Auteurs:
Nicola Rizzo, Manuel Cáceres, and Veli Mäkinen
Publié dans:
Leibniz International Proceedings in Informatics (LIPIcs), Numéro 273, 2023, Page(s) 10:1--10:17, ISBN 978-3-95977-294-5
Éditeur:
Schloss Dagstuhl – Leibniz-Zentrum für Informatik
DOI:
10.4230/lipics.wabi.2023.10
Auteurs:
Giulia Bernardini and Huiping Chen and Inge Li Gørtz and Christoffer Krogh and Grigorios Loukides and Solon P. Pissis and Leen Stougie and Michelle Sweering
Publié dans:
35th Annual Symposium on Combinatorial Pattern Matching (CPM 2024), Numéro Vol 296, 2024, Page(s) 6:1–6:16
Éditeur:
Schloss Dagstuhl – Leibniz-Zentrum für Informatik
DOI:
10.4230/lipics.cpm.2024.6
Auteurs:
Lorraine A. K. Ayad, Grigorios Loukides, Solon P. Pissis
Publié dans:
Proceedings of the VLDB Endowment, Numéro 16, 2023, Page(s) 2117-2131, ISSN 2150-8097
Éditeur:
Proceedings VLDB Endowment
DOI:
10.14778/3598581.3598586
Auteurs:
Xiao Luo, Xiongbin Kang, Alexander Schönhuth
Publié dans:
Frontiers in Genetics, Numéro 13, 2022, ISSN 1664-8021
Éditeur:
Frontiers Media
DOI:
10.3389/fgene.2022.868280
Auteurs:
Pío Sierra, Richard Durbin
Publié dans:
Mobile DNA, Numéro 15, 2024, ISSN 1759-8753
Éditeur:
BioMed Central
DOI:
10.1186/s13100-024-00323-y
Auteurs:
Zuzana Holesova, Ondrej Pös, Juraj Gazdarica, Marcel Kucharik, Jaroslav Budis, Michaela Hyblova, Gabriel Minarik, Tomas Szemes
Publié dans:
BMC Genomics, Numéro 25, 2024, ISSN 1471-2164
Éditeur:
BioMed Central
DOI:
10.1186/s12864-024-10267-5
Auteurs:
Luca Parmigiani, Erik Garrison, Jens Stoye, Tobias Marschall, Daniel Doerr
Publié dans:
Bioinformatics, Numéro 40, 2024, ISSN 1367-4811
Éditeur:
Bioinformatics
DOI:
10.1093/bioinformatics/btae720
Auteurs:
Nikolai Romashchenko, Benjamin Linard, Fabio Pardi, Eric Rivals
Publié dans:
Bioinformatics, Numéro 39, 2024, ISSN 1367-4811
Éditeur:
Oxford University Press
DOI:
10.1093/bioinformatics/btad692
Auteurs:
Victoria R. Carr, Solon P. Pissis, Peter Mullany, Saeed Shoaie, David Gomez-Cabrero, David L. Moyes
Publié dans:
Microbial Genomics, Numéro 9, 2023, ISSN 2057-5858
Éditeur:
Microbial Genomics
DOI:
10.1099/mgen.0.000917
Auteurs:
Gizem Taş, Timo Westerdijk, Eric Postma, null null, Wouter van Rheenen, Mark K Bakker, Kristel R van Eijk, Maarten Kooyman, Ahmad Al Khleifat, Alfredo Iacoangeli, Nicola Ticozzi, Johnathan Cooper-Knock, Marta Gromicho, Siddharthan Chandran, Karen E Morrison, Pamela J Shaw, John Hardy, Michael Sendtner, Thomas Meyer, Nazli Başak, Isabella Fogh, Adriano Chiò, Andrea Calvo, Elisabetta Pupillo, Gia
Publié dans:
Bioinformatics, Numéro 40, 2024, ISSN 1367-4811
Éditeur:
Bioinformatics
DOI:
10.1093/bioinformatics/btae326
Auteurs:
Jorge Avila Cartes, Paola Bonizzoni, Simone Ciccolella, Gianluca Della Vedova, Luca Denti
Publié dans:
BMC Bioinformatics, Numéro 25, 2024, ISSN 1471-2105
Éditeur:
BioMed Central
DOI:
10.1186/s12859-024-05958-5
Auteurs:
Téo Lemane, Paul Medvedev, Rayan Chikhi, Pierre Peterlongo
Publié dans:
Bioinformatics Advances, Numéro 2, 2022, ISSN 2635-0041
Éditeur:
Oxford University Press
DOI:
10.1093/bioadv/vbac029
Auteurs:
Panagiotis Charalampopoulos; Costas S. Iliopoulos; Tomasz Kociumaka; Solon P. Pissis; Jakub Radoszewski; Juliusz Straszyński
Publié dans:
Algorithmica, Numéro 84, 2022, Page(s) 1418–1440, ISSN 1432-0541
Éditeur:
Springer Science
DOI:
10.48550/arxiv.1807.11702
Auteurs:
Grigorios Loukides, Solon P. Pissis, Michelle Sweering
Publié dans:
IEEE Transactions on Knowledge and Data Engineering, Numéro 35, 2023, Page(s) 11093-11111, ISSN 1041-4347
Éditeur:
Institute of Electrical and Electronics Engineers
DOI:
10.1109/tkde.2022.3231780
Auteurs:
Golnaz Badkobeh and Panagiotis Charalampopoulos and Dmitry Kosolobov and Solon P. Pissis
Publié dans:
Theoretical Computer Science, Numéro 922, 2022, Page(s) 271-282, ISSN 0304-3975
Éditeur:
Elsevier BV
DOI:
10.1016/j.tcs.2022.04.029
Auteurs:
Gaëtan Benoit, Sébastien Raguideau, Robert James, Adam M. Phillippy, Rayan Chikhi, Christopher Quince
Publié dans:
Nature Biotechnology, Numéro 42, 2024, Page(s) 1378-1383, ISSN 1087-0156
Éditeur:
Nature Publishing Group
DOI:
10.1038/s41587-023-01983-6
Auteurs:
Sauer, Lena,; Cánovas, Rodrigo; Roche, Daniel,; Shams-Eldin, Hosam; Ravel, Patrice; Colinge, Jacques; Schwarz, Ralph T.; Mamoun, Choukri Ben; Rivals, Eric; Cornillot, Emmanuel
Publié dans:
Malaria Journal, Numéro 22, 2023, Page(s) 27-46, ISSN 1475-2875
Éditeur:
BioMed Central
DOI:
10.1186/s12936-022-04430-0
Auteurs:
Mai Alzamel, Christopher Hampson, Costas S. Iliopoulos, Zara Lim, Solon Pissis, Dimitrios Vlachakis, Steven Watts
Publié dans:
Theoretical Computer Science, Numéro 978, 2023, Page(s) 114182, ISSN 0304-3975
Éditeur:
Elsevier BV
DOI:
10.1016/j.tcs.2023.114182
Auteurs:
Jozef Sitarčík, Tomáš Vinař, Broňa Brejová, Werner Krampl, Jaroslav Budiš, Ján Radvánszky, Mária Lucká
Publié dans:
Bioinformatics, Numéro 39, 2023, ISSN 1367-4811
Éditeur:
Oxford University Press
DOI:
10.1093/bioinformatics/btad388
Auteurs:
Bariş Ekim, Kristoffer Sahlin, Paul Medvedev, Bonnie Berger, Rayan Chikhi
Publié dans:
Genome Research, 2023, ISSN 1088-9051
Éditeur:
Cold Spring Harbor Laboratory Press
DOI:
10.1101/gr.277679.123
Auteurs:
Marco Forgia, Beatriz Navarro, Stefania Daghino, Amelia Cervera, Andreas Gisel, Silvia Perotto, Dilzara N. Aghayeva, Mary F. Akinyuwa, Emanuela Gobbi, Ivan N. Zheludev, Robert C. Edgar, Rayan Chikhi, Massimo Turina, Artem Babaian, Francesco Di Serio, Marcos de la Peña
Publié dans:
Nature Communications, Numéro 14, 2023, ISSN 2041-1723
Éditeur:
Nature Publishing Group
DOI:
10.1038/s41467-023-38301-2
Auteurs:
Luca Parmigiani, Roland Wittler, Jens Stoye
Publié dans:
Peer Community Journal, Numéro 4, 2024, ISSN 2804-3871
Éditeur:
Peer Community Journal
DOI:
10.24072/pcjournal.415
Auteurs:
Francesco Andreace, Pierre Lechat, Yoann Dufresne, Rayan Chikhi
Publié dans:
Genome Biology, Numéro 24, 2023, ISSN 1474-760X
Éditeur:
BioMed Central
DOI:
10.1186/s13059-023-03098-2
Auteurs:
Baaijens, Jasmijn A.; Bonizzoni, Paola; Boucher, Christina; Della Vedova, Gianluca; Pirola, Yuri; Rizzi, Raffaella; Sirén, Jouni
Publié dans:
Natural Computing, Numéro 21, 2022, Page(s) 81--108, ISSN 1572-9796
Éditeur:
Springer Nature
DOI:
10.1007/s11047-022-09882-6
Auteurs:
Panagiotis Charalampopoulos, Huiping Chen, Peter Christen, Grigorios Loukides, Nadia Pisanti, Solon P. Pissis, Jakub Radoszewski
Publié dans:
Algorithmica, Numéro 86, 2024, Page(s) 1948-1978, ISSN 0178-4617
Éditeur:
Springer Verlag
DOI:
10.1007/s00453-024-01213-8
Auteurs:
Nico Cillari, Giuseppe Neri, Nadia Pisanti, Paolo Milazzo, Ugo Borello
Publié dans:
Database, Numéro 2024, 2025, ISSN 1758-0463
Éditeur:
Oxford University Press
DOI:
10.1093/database/baae109
Auteurs:
Parsoa Khorsand, Luca Denti, null null, Paola Bonizzoni, Rayan Chikhi, Fereydoun Hormozdiari
Publié dans:
Bioinformatics Advances, Numéro 1, 2022, ISSN 2635-0041
Éditeur:
Oxford University Press
DOI:
10.1093/bioadv/vbab005
Auteurs:
Broňa Brejová, Travis Gagie, Eva Herencsárová, Tomáš Vinař
Publié dans:
Frontiers in Bioinformatics, Numéro 4, 2024, ISSN 2673-7647
Éditeur:
Frontiers in Bioinformatics
DOI:
10.3389/fbinf.2024.1391086
Auteurs:
Davide Cozzi, Massimiliano Rossi, Simone Rubinacci, Travis Gagie, Dominik Köppl, Christina Boucher, Paola Bonizzoni
Publié dans:
Bioinformatics, Numéro 39, 2023, ISSN 1367-4811
Éditeur:
Oxford University Press
DOI:
10.1093/bioinformatics/btad552
Auteurs:
Camila Duitama González, Riccardo Vicedomini, Téo Lemane, Nicolas Rascovan, Hugues Richard, Rayan Chikhi
Publié dans:
Microbiome Vol 11, Numéro 1, 2023, Page(s) 243, ISSN 2049-2618
Éditeur:
BioMed Central
DOI:
10.1101/2023.01.26.525439
Auteurs:
Nicola Rizzo, Massimo Equi, Tuukka Norri, Veli Mäkinen
Publié dans:
Theoretical Computer Science, Numéro 982, 2023, Page(s) 114269, ISSN 0304-3975
Éditeur:
Elsevier BV
DOI:
10.1016/j.tcs.2023.114269
Auteurs:
Téo Lemane; Rayan Chikhi; Pierre Peterlongo
Publié dans:
Bioinformatics, Numéro 38, 2022, Page(s) 5443–5445, ISSN 1367-4803
Éditeur:
Oxford University Press
DOI:
10.1093/bioinformatics/btac689
Auteurs:
Fernando Meyer, Adrian Fritz, Zhi-Luo Deng, David Koslicki, Till Robin Lesker, Alexey Gurevich, Gary Robertson, Mohammed Alser, Dmitry Antipov, Francesco Beghini, Denis Bertrand, Jaqueline J. Brito, C. Titus Brown, Jan Buchmann, Aydin Buluç, Bo Chen, Rayan Chikhi, Philip T. L. C. Clausen, Alexandru Cristian, Piotr Wojciech Dabrowski, Aaron E. Darling, Rob Egan, Eleazar Eskin, Evangelos Georganas,
Publié dans:
Nature Methods, Numéro 19, 2022, Page(s) 429-440, ISSN 1548-7091
Éditeur:
Nature Publishing Group
DOI:
10.1038/s41592-022-01431-4
Auteurs:
Stefano Porrelli, Michèle Gerbault-Seureau, Roberto Rozzi, Rayan Chikhi, Manon Curaudeau, Anne Ropiquet, Alexandre Hassanin
Publié dans:
G3 Genes|Genomes|Genetics, Numéro 12, 2022, ISSN 2160-1836
Éditeur:
Genetics Society of America
DOI:
10.1093/g3journal/jkac234
Auteurs:
M. Gažiová and T. Sládeček and O. Pös and M. Števko and W. Krampl and Z. Pös and R. Hekel and M. Hlavačka and M. Kucharík and J. Radvánszky and J. Budiš and T. Szemes
Publié dans:
Scientific Reports, Numéro 12 (1), 2022, Page(s) 555, ISSN 2045-2322
Éditeur:
Nature Publishing Group
DOI:
10.1038/s41598-021-04505-z
Auteurs:
Daria Frolova, Leandro Lima, Leah Wendy Roberts, Leonard Bohnenkämper, Roland Wittler, Jens Stoye, Zamin Iqbal
Publié dans:
Microbial Genomics, Numéro 10, 2024, ISSN 2057-5858
Éditeur:
Schloss Dagstuhl – Leibniz-Zentrum für Informatik
DOI:
10.1099/mgen.0.001300
Auteurs:
Xiao Luo, Xiongbin Kang, Alexander Schönhuth
Publié dans:
Nature Machine Intelligence, Numéro 5, 2024, Page(s) 114-125, ISSN 2522-5839
Éditeur:
Springer Science and Business Media LLC
DOI:
10.1038/s42256-022-00604-2
Auteurs:
Antonella Teramo and Andrea Binatti and Elena Ciabatti and Gianluca Schiavoni and Giulia Tarrini and Gregorio Baril`a and Giulia Calabretto and Cristina Vicenzetto and Vanessa Rebecca Gasparini and Monica Facco and Iacopo Petrini and Roberto Grossi and Nadia Pisanti and Stefania Bortoluzzi and Brunangelo Falini and Enrico Tiacci and Sara Galimberti and Gianpietro Semenzato and Renato Zambello
Publié dans:
Nature Communications, Numéro 13 (1), 2022, Page(s) 3298, ISSN 2041-1723
Éditeur:
Nature Publishing Group
DOI:
10.1038/s41467-022-31015-x
Auteurs:
Xiongbin Kang, Wenhai Zhang, Yichen Li, Xiao Luo, Alexander Schönhuth
Publié dans:
Nature Communications, Numéro 15, 2024, ISSN 2041-1723
Éditeur:
Nature Publishing Group
DOI:
10.1038/s41467-024-52907-0
Auteurs:
Xiongbin Kang and Xiao Luo and Alexander Schönhuth
Publié dans:
Nucleic Acids Research, Numéro 50 (17), 2022, Page(s) e101, ISSN 1362-4962
Éditeur:
Oxford University Press
DOI:
10.1093/nar/gkac543
Auteurs:
Yoann Dufresne; Teo Lemane; Pierre Marijon; Pierre Peterlongo; Amatur Rahman; Marek Kokot; Paul Medvedev; Sebastian Deorowicz; Rayan Chikhi
Publié dans:
Bioinformatics, Numéro 38, 2022, Page(s) 4423–4425, ISSN 1367-4803
Éditeur:
Oxford University Press
DOI:
10.1093/bioinformatics/btac528
Auteurs:
Tomáš Sládeček, Michaela Gažiová, Marcel Kucharík, Andrea Zaťková, Zuzana Pös, Ondrej Pös, Werner Krampl, Erika Tomková, Michaela Hýblová, Gabriel Minárik, Ján Radvánszky, Jaroslav Budiš, Tomáš Szemes
Publié dans:
Scientific Reports, Numéro 13, 2023, ISSN 2045-2322
Éditeur:
Nature Publishing Group
DOI:
10.1038/s41598-023-37352-1
Auteurs:
Xiao Luo and Xiongbin Kang and Alexander Schönhuth
Publié dans:
Nature Communications, Numéro 13, 2022, Page(s) 6657, ISSN 2041-1723
Éditeur:
Nature Publishing Group
DOI:
10.1038/s41467-022-34381-8
Auteurs:
Nicola Rizzo, Manuel Cáceres, Veli Mäkinen
Publié dans:
Algorithms for Molecular Biology, Numéro 19, 2024, ISSN 1748-7188
Éditeur:
BioMed Central
DOI:
10.1186/s13015-024-00255-5
Auteurs:
Camila Duitama González, Samarth Rangavittal, Riccardo Vicedomini, Rayan Chikhi, Hugues Richard
Publié dans:
iScience, Numéro 26, 2024, Page(s) 108057, ISSN 2589-0042
Éditeur:
Elsevier
DOI:
10.1016/j.isci.2023.108057
Auteurs:
David Porubsky, Mitchell R. Vollger, William T. Harvey, Allison N. Rozanski, Peter Ebert, Glenn Hickey, Patrick Hasenfeld, Ashley D. Sanders, Catherine Stober, null null, Jan O. Korbel, Benedict Paten, Tobias Marschall, Evan E. Eichler
Publié dans:
Genome Research, Numéro 33, 2023, Page(s) 496-510, ISSN 1088-9051
Éditeur:
Cold Spring Harbor Laboratory Press
DOI:
10.1101/gr.277334.122
Auteurs:
Jorge Avila Cartes; Santosh Anand; Simone Ciccolella; Paola Bonizzoni; Gianluca Della Vedova
Publié dans:
GigaScience, Numéro 12, 2022, ISSN 2047-217X
Éditeur:
Oxford University Press
DOI:
10.1101/2022.06.13.495912
Auteurs:
Solon Pissis; Grigorios Loukides
Publié dans:
Information Processing Letters, Numéro 178, 2022, Page(s) 106275, ISSN 0020-0190
Éditeur:
Elsevier BV
DOI:
10.1016/j.ipl.2022.106275
Auteurs:
Konstantinn Bonnet, Tobias Marschall, Daniel Doerr
Publié dans:
Algorithms for Molecular Biology, Numéro 18, 2024, ISSN 1748-7188
Éditeur:
BioMed Central
DOI:
10.1186/s13015-023-00241-3
Auteurs:
Luo, Xiao; Kang, Xiongbin; Schönhuth, Alexander
Publié dans:
Genome Biology, Numéro 23, 2022, Page(s) 1--27, ISSN 1474-760X
Éditeur:
BioMed Central (BMC)
DOI:
10.1186/s13059-021-02587-6
Auteurs:
Giulia Bernardini, Alessio Conte, Garance Gourdel, Roberto Grossi, Grigorios Loukides, Nadia Pisanti, Solon Pissis, Giulia Punzi, Leen Stougie, Michelle Sweering
Publié dans:
IEEE Transactions on Knowledge and Data Engineering, 2023, Page(s) 1-1, ISSN 1041-4347
Éditeur:
Institute of Electrical and Electronics Engineers
DOI:
10.1109/tkde.2022.3158063
Auteurs:
Haodi Zhong; Grigorios Loukides; Solon P. Pissis
Publié dans:
Data & Knowledge Engineering, Numéro 138, 2022, Page(s) 101981.1-101981.21, ISSN 0169-023X
Éditeur:
Elsevier BV
DOI:
10.1016/j.datak.2022.101981
Auteurs:
Marleen Balvert, Johnathan Cooper-Knock, Julian Stamp, Ross P. Byrne, Soufiane Mourragui, Juami van Gils, Stefania Benonisdottir, Johannes Schlüter, Kevin Kenna, Sanne Abeln, Alfredo Iacoangeli, Joséphine T. Daub, Brian L. Browning, Gizem Taş, Jiajing Hu, Yan Wang, Elham Alhathli, Calum Harvey, Luna Pianesi, Sara C. Schulte, Jorge González-Domínguez, Erik Garrisson, null null, Ammar Al-Chalab
Publié dans:
Genome Biology, Numéro 25, 2025, ISSN 1474-760X
Éditeur:
Genome Biology
DOI:
10.1186/s13059-024-03427-z
Auteurs:
Wen-Wei Liao, Mobin Asri, Jana Ebler, Daniel Doerr, Marina Haukness, Glenn Hickey, Shuangjia Lu, Julian K. Lucas, Jean Monlong, Haley J. Abel, Silvia Buonaiuto, Xian H. Chang, Haoyu Cheng, Justin Chu, Vincenza Colonna, Jordan M. Eizenga, Xiaowen Feng, Christian Fischer, Robert S. Fulton, Shilpa Garg, Cristian Groza, Andrea Guarracino, William T. Harvey, Simon Heumos, Kerstin Howe, Miten Jain, Tsun
Publié dans:
Nature, Numéro 617, 2023, Page(s) 312-324, ISSN 0028-0836
Éditeur:
Nature Publishing Group
DOI:
10.1038/s41586-023-05896-x
Auteurs:
Beatriz Willink, Kalle Tunström, Sofie Nilén, Rayan Chikhi, Téo Lemane, Michihiko Takahashi, Yuma Takahashi, Erik I. Svensson, Christopher West Wheat
Publié dans:
Nature Ecology & Evolution, Numéro 8, 2024, Page(s) 83-97, ISSN 2397-334X
Éditeur:
Nature Publishing Group
DOI:
10.1038/s41559-023-02243-1
Auteurs:
Jorge Avila Cartes, Paola Bonizzoni, Simone Ciccolella, Gianluca Della Vedova, Luca Denti, Xavier Didelot, Davide Cesare Monti, Yuri Pirola
Publié dans:
Bioinformatics, Numéro 40, 2024, ISSN 1367-4811
Éditeur:
Oxford University Press (OUP)
DOI:
10.1093/bioinformatics/btae292
Auteurs:
Nikolai Romashchenko, Benjamin Linard, Eric Rivals, Fabio Pardi
Publié dans:
IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics, Numéro 20, 2024, Page(s) 2889-2897, ISSN 1545-5963
Éditeur:
IEEE Computer Society
DOI:
10.1109/tcbb.2023.3278049
Auteurs:
Lorraine A K Ayad, Rayan Chikhi, Solon P Pissis
Publié dans:
Bioinformatics Advances, Numéro 3, 2023, ISSN 2635-0041
Éditeur:
Oxford University Press
DOI:
10.1093/bioadv/vbad108
Auteurs:
Luca Denti, Parsoa Khorsand, Paola Bonizzoni, Fereydoun Hormozdiari, Rayan Chikhi
Publié dans:
Nature Methods, Numéro 20, 2023, Page(s) 550-558, ISSN 1548-7091
Éditeur:
Nature Publishing Group
DOI:
10.1038/s41592-022-01674-1
Auteurs:
Xiongbin Kang, Jialu Xu, Xiao Luo, Alexander Schönhuth
Publié dans:
Genome Biology, Numéro 24, 2023, ISSN 1474-760X
Éditeur:
BioMed Central
DOI:
10.1186/s13059-023-03112-7
Auteurs:
Xiao Luo, Xiongbin Kang, Alexander Schönhuth
Publié dans:
Genome Biology, Numéro 22, 2021, Page(s) 1--26, ISSN 1474-760X
Éditeur:
BioMed Central (BMC)
DOI:
10.1186/s13059-021-02512-x
Auteurs:
Marie Mille, Julie Ripoll, Bastien Cazaux, Eric Rivals
Publié dans:
Bioinformatics, Numéro 39, 2023, ISSN 1367-4811
Éditeur:
Bioinformatics
DOI:
10.1093/bioinformatics/btad141
Auteurs:
Esteban Gabory, Moses Njagi Mwaniki, Nadia Pisanti, Solon P. Pissis, Jakub Radoszewski, Michelle Sweering, Wiktor Zuba
Publié dans:
Frontiers in Bioinformatics, Numéro 4, 2024, ISSN 2673-7647
Éditeur:
Frontiers in Bioinformatics
DOI:
10.3389/fbinf.2024.1397036
Auteurs:
Téo Lemane, Nolan Lezzoche, Julien Lecubin, Eric Pelletier, Magali Lescot, Rayan Chikhi, Pierre Peterlongo
Publié dans:
Nature Computational Science, Numéro 4, 2024, Page(s) 104-109, ISSN 2662-8457
Éditeur:
Nature Computational Science
DOI:
10.1038/s43588-024-00596-6
Auteurs:
Luc Blassel and Paul Medvedev and Rayan Chikhi
Publié dans:
iScience, Numéro 25 (11), 2022, Page(s) 105305, ISSN 2589-0042
Éditeur:
Cell Press
DOI:
10.1016/j.isci.2022.105305
Auteurs:
Giulia Bernardini, Esteban Gabory, Solon P. Pissis, Leen Stougie, Michelle Sweering, Wiktor Zuba
Publié dans:
Theory of Computing Systems, Numéro 68, 2024, Page(s) 1442-1467, ISSN 1432-4350
Éditeur:
Springer Verlag
DOI:
10.1007/s00224-024-10194-8
Auteurs:
Giulia Bernardini and Paweł Gawrychowski and Nadia Pisanti and Solon P. Pissis and Giovanna Rosone
Publié dans:
SIAM Journal on Computing, Numéro 51 (3), 2022, Page(s) 549--576, ISSN 1095-7111
Éditeur:
Society for Industrial & Applied Mathematics (SIAM)
DOI:
10.1137/20m1368033
Auteurs:
Giulia Bernardini, Leo van Iersel, Esther Julien, Leen Stougie
Publié dans:
Algorithms for Molecular Biology, Numéro 18, 2024, ISSN 1748-7188
Éditeur:
BioMed Central
DOI:
10.1186/s13015-023-00233-3
Auteurs:
Philip Kenneweg, Raghuram Dandinasivara, Xiao Luo, Barbara Hammer, Alexander Schönhuth
Publié dans:
2025
Éditeur:
Cornell University
DOI:
10.48550/arxiv.2412.03278
Auteurs:
Wenhai Zhang, Yuansheng Liu, Jialu Xu, Enlian Chen, Alexander Schönhuth, Xiao Luo
Publié dans:
2024
Éditeur:
Cold Spring Harbor Laboratory
DOI:
10.1101/2024.11.15.623887
Auteurs:
Karel Břinda, Leandro Lima, Simone Pignotti, Natalia Quinones-Olvera, Kamil Salikhov, Rayan Chikhi, Gregory Kucherov, Zamin Iqbal, Michael Baym
Publié dans:
2024
Éditeur:
Cold Spring Harbor Laboratory
DOI:
10.1101/2023.04.15.536996
Auteurs:
Pisanti, Nadia
Publié dans:
Leibniz International Proceedings in Informatics (LIPIcs), vol 191, Numéro 1, 2021, Page(s) 3:1--3:2, ISBN 978-3-95977-186-3
Éditeur:
Schloss Dagstuhl – Leibniz-Zentrum für Informatik
Auteurs:
Simon Orozco-Arias, Pío Sierra, Richard Durbin, Josefa González
Publié dans:
2024
Éditeur:
Cold Spring Harbor Laboratory
DOI:
10.1101/2023.10.17.562682
Auteurs:
Eric Rivals
Publié dans:
2024
Éditeur:
Cornell University
DOI:
10.48550/arxiv.2410.12077
Auteurs:
Arthur Frouin, Fabien Laporte, Lukas Hafner, Mylene Maury, Zachary R. McCaw, Hanna Julienne, Léo Henches, Rayan Chikhi, Marc Lecuit, Hugues Aschard
Publié dans:
2023
Éditeur:
Cold Spring Harbor Laboratory
DOI:
10.1101/2023.03.28.534531
Auteurs:
Miguel Vasconcelos Almeida, Moritz Blumer, Chengwei Ulrika Yuan, Pío Sierra, Jonathan L. Price, Fu Xiang Quah, Aleksandr Friman, Alexandra Dallaire, Grégoire Vernaz, Audrey L. K. Putman, Alan M. Smith, Domino A. Joyce, Falk Butter, Astrid D. Haase, Richard Durbin, M. Emília Santos, Eric A. Miska
Publié dans:
2024
Éditeur:
Cold Spring Harbor Laboratory
DOI:
10.1101/2024.04.01.587621
Auteurs:
Ali Ghaffaari, Alexander Schönhuth, Tobias Marschall
Publié dans:
2025
Éditeur:
Cold Spring Harbor Laboratory
DOI:
10.1101/2025.02.12.637964
Auteurs:
Khodor Hannoush, Camille Marchet, Pierre Peterlongo
Publié dans:
2024
Éditeur:
Cold Spring Harbor Laboratory
DOI:
10.1101/2024.05.24.595676
Auteurs:
Eric Rivals, Pengfei Wang
Publié dans:
2024
Éditeur:
Cornell University
DOI:
10.48550/arxiv.2405.09393
Auteurs:
Téo Lemane, Nolan Lezzoche, Julien Lecubin, Eric Pelletier, Magali Lescot, Rayan Chikhi, Pierre Peterlongo
Publié dans:
2024
Éditeur:
Cold Spring Harbor Laboratory
DOI:
10.1101/2023.05.31.543043
Auteurs:
Aditya Sarkar, Augustin Giros, Louis Mockly, Jaden Moore, Andrew Moore, Anish Nagareddy, Boyang Fu, Andrada Fiscutean, Karishma Chhugani, Nicholas Darci-Maher, Yesha M. Patel, Varuni Sarwal, Yutong Chang, Srishti Ginjala, Lana X. Garmire, Riyue Bao, Sriram Sankararaman, Rayan Chikhi, Serghei Mangul
Publié dans:
2022
Éditeur:
Cold Spring Harbor Laboratory
DOI:
10.1101/2022.04.22.488804
Auteurs:
Sewon Lee, Gyuri Kim, Eli Levy Karin, Milot Mirdita, Sukhwan Park, Rayan Chikhi, Artem Babaian, Andriy Kryshtafovych, Martin Steinegger
Publié dans:
2023
Éditeur:
Cold Spring Harbor Laboratory
DOI:
10.1101/2023.07.10.548308
Auteurs:
Tizian Schulz, Luca Parmigiani, Andreas Rempel, Jens Stoye
Publié dans:
Methods in Molecular Biology, Comparative Genomics, 2024, Page(s) 73-106
Éditeur:
Springer US
DOI:
10.1007/978-1-0716-3838-5_4
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