ALgorithms for PAngenome Computational Analysis

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Leistungen

Data Management Plan

Compilation of a data management plan.

Communications and public engagement report

Compilation of a report on communications and public engagement (WP5).

Final scientific advances report on WP1

Compilation of a report on the scientific advances of WP1 (Primary CPG)

Final scientific advances report on WP2

Compilation of a report on the scientific advances of WP2 (Evolutionary/Comparative CPG).

Final scientific advances report on WP3

Compilation of a report on the scientific advances of WP3 (Translational CPG).

Collective scientific advances report 3

Joint report of WP1-3 on their scientific advances

Report on training activities and career fair

Compilation of a report on training activities and career fair (WP4).

Scientific publications report

Compilation of a report on scientific publications (WP5).

Collective scientific advances report 1

Joint report of WP13 on their scientific advances

Collective scientific advances report 2

Joint report of WP1-3 on their scientific advances

Summer school 2

Title: Pan-genome applicationsPreliminary course topics: (i) Building and comparing recombination networks (P.Bonizzoni UNIMIB, 1 ECTS); (ii) Advanced Linear Programming (L.Stougie NWO-I, 1 ECTS); (iii) Cancer evolution (G.Della Vedova UNIMIB, 0.5 ECTS); (iv) Probabilistic and machine learning methods (T.Vinař UKBA, 0.5 ECTS); (v) Reproducible research (J.Köster, 0.5 ECTS); (vi) Innovation, entrepreneurship, and commercial exploitation (F.Perraudeau PENDULUM, 0.5 ECTS). The school will include a multi-session hackathon where groups of participants will analyze pan-genomic data sets provided by non-academic partners (analysis leaders Z.Iqbal EMBL, F.Perraudeau PENDULUM, P.Bonizzoni UNIMIB).

Summer school 1

Title: Algorithmic techniques in pan-genomicsPreliminary course topics: (i) Data structures for genomic variants (R.Durbin UCAM, T.Marschall UDUS, 0.5 ECTS), (ii) Pan-genome storage and search (J.Stoye UNIBI, 1 ECTS); (iii) Alignments of pan-genome graphs (V.Mäkinen UHEL, 1 ECTS); (iv) Research dissemination, open science and open access (T.Marschall UDUS, 0.5 ECTS); (v) Project management (J.Budiš GENETON, 0.5 ECTS); (vi) Scientific writing and research dissemination (A.Schönhuth UNIBI, 0.5 ECTS). The school will include a multi-session hackathon where groups of participants will analyze pan-genomic data sets provided by non- academic partners (analysis leaders B.Brejová UK BA, J.Budiš GENETON, T.Marschall UDUS)

Winter wet lab

Title: Collaborating with wet-lab biologistsThe winter school will give participants hands-on laboratory experience, allowing them to better understand wet-lab possibilities and limitations and become more effective collaborators with wet-lab biologists. Preliminary topics include: (i) Basic laboratory techniques, DNA extraction (UK BA, 0.5 ECTS); (ii) Sequencing with Oxford Nanopore devices: from DNA sample to sequences (XXX ONT, 1 ECTS), (iii) Illumina sequencing for clinical diagnostics (J.Budiš GENETON, 1 ECTS), (iv) Data analysis challenges (T.Vinař UK BA, 0.5 ECTS), (v) Soft-skills: Efficient interdisciplinary communication (Z.Iqbal EMBL, 0.5 ECTS), (vi) Soft-skills: Intellectual Property: Management and issues (W.Pirovano BC, 0.5 ECTS).

Annual workshop 2

Title: Pan-genome sequencing and analysisThree half-days will be dedicated to scientific courses, one half-day to the soft-skills course. Other activities will include business meeting (afternoon of day 1), hackathon (afternoon of day 3), and problem sessions (evenings). The preliminary topics of the courses: (i) Metagenome assembly and analysis (R.Chikhi IP, 1 ECTS); (ii) Latest pan-genome research trends (seminars by advisory board members, 0.5 ECTS); (iii) Soft-skills: Improving research impact with social media presence (P. Peterlongo INRIA, 0.5 ECTS), (iv) Peer Community in bioinformatics: a new approach to reviewing and publishing (C. Scornavacca, CNRS, 0.5).

Supervisory Board of the network

Appoint a supervisory board of the ITN

Annual workshop 3

Title: Large-scale pan-genomicsThree half-days will be dedicated to scientific courses, one half-day to the soft-skills course. Other activities will include business meeting (afternoon of day 1), hackathon (afternoon of day 3), and problem sessions (evenings). The preliminary topics of the courses: (i) Pan-genome data structure based AI/Machine Learning. (A.Schönhuth UNIBI, 1 ECTS); (ii) Distributed processing of large genomic data (K.Heljanko UHEL, 0.5 ECTS); (iii) Soft-skills: Communication techniques for research dissemination (L.Stougie NWO-I, 0.5 ECTS).

Annual Workshop 1

Title Challenges of computational pangenomicsThree halfdays will be dedicated to scientific courses one halfday to the softskills course Other activities will include business meeting afternoon of day 1 hackathon afternoon of day 3 and problem sessions evenings The preliminary topics of the coursesi Overview of existing methods and tools for pangenomics SPissis NWOI E Rivals CNRS JStoye UNIBI 1 ECTS ii Overview of open challenges for pangenomics ASchonhuth UNIBI RDurbin UCAM TMarschall UDUS 05 ECTS iii Softskills Ethics in research research integrity Gender and Diversity Issues NPisanti UNIPI PBonizzoni UNIMIB 05 ECTS

Veröffentlichungen

Substring Complexity in Sublinear Space

Autoren: Giulia Bernardini, Gabriele Fici, Paweł Gawrychowski, and Solon P. Pissis
Veröffentlicht in: Leibniz International Proceedings in Informatics (LIPIcs), Ausgabe 283, 2023, Seite(n) 12:1-12:19, ISBN 978-3-95977-289-1
Herausgeber: Schloss Dagstuhl – Leibniz-Zentrum für Informatik
DOI: 10.4230/lipics.isaac.2023.12

Periodicity of Degenerate Strings

Autoren: Estéban Gabory and Eric Rivals and Michelle Sweering and Hilde Verbeek and Pengfei Wang
Veröffentlicht in: Proceedings of the Prague Stringology Conference 2023, 2023, Seite(n) 42-56, ISBN 978-80-01-07206-6
Herausgeber: Prague Stringology Club

Pattern Masking for Dictionary Matching

Autoren: Panagiotis Charalampopoulos and Huiping Chen and Peter Christen and Grigorios Loukides and Nadia Pisanti and Solon P. Pissis and Jakub Radoszewski
Veröffentlicht in: 32nd International Symposium on Algorithms and Computation (ISAAC 2021), Ausgabe 212, 2021, Seite(n) 65:1--65:19, ISSN 1868-8969
Herausgeber: Schloss Dagstuhl -- Leibniz-Zentrum für Informatik
DOI: 10.4230/lipics.isaac.2021.65

A Linear Time Algorithm for Constructing Hierarchical Overlap Graphs

Autoren: Park, Sangsoo; Park, Sung Gwan; Cazaux, Bastien; Park, Kunsoo; Rivals, Eric
Veröffentlicht in: 32nd Annual Symposium on Combinatorial Pattern Matching (CPM 2021), Ausgabe 191, 2021, Seite(n) 22:1--22:9, ISBN 978-3-95977-186-3
Herausgeber: Schloss Dagstuhl -- Leibniz-Zentrum für Informatik
DOI: 10.4230/lipics.cpm.2021.22

On Strings Having the Same Length- k Substrings

Autoren: Bernardini, Giulia and Conte, Alessio and Gabory, Esteban and Grossi, Roberto and Loukides, Grigorios and Pissis, Solon P. and Punzi, Giulia and Sweering, Michelle
Veröffentlicht in: 33rd Annual Symposium on Combinatorial Pattern Matching (CPM 2022), Ausgabe 223, 2022, Seite(n) 16:1--16:17, ISSN 1868-8969
Herausgeber: Schloss Dagstuhl -- Leibniz-Zentrum für Informatik
DOI: 10.4230/lipics.cpm.2022.16

Approximate Suffix-Prefix Dictionary Queries

Autoren: Wiktor Zuba and Grigorios Loukides and Solon P. Pissis and Sharma V. Thankachan
Veröffentlicht in: 49th International Symposium on Mathematical Foundations of Computer Science (MFCS 2024), Ausgabe Vol 306, 2024, Seite(n) 85:1–85:18
Herausgeber: Schloss Dagstuhl – Leibniz-Zentrum für Informatik
DOI: 10.4230/lipics.mfcs.2024.85

Space-Efficient Indexes for Uncertain Strings

Autoren: Esteban Gabory, Chang Liu, Grigorios Loukides, Solon P. Pissis, Wiktor Zuba
Veröffentlicht in: 2024 IEEE 40th International Conference on Data Engineering (ICDE), 2024, Seite(n) 4828-4842
Herausgeber: IEEE
DOI: 10.1109/icde60146.2024.00367

Linear Time Construction of Indexable Elastic Founder Graphs

Autoren: Nicola Rizzo and Veli Mäkinen
Veröffentlicht in: International Workshop on Combinatorial Algorithms: Combinatorial Algorithms, Ausgabe 13270, 2022, Seite(n) 480--493, ISBN 978-3-031-06678-8
Herausgeber: Springer International Publishing
DOI: 10.1007/978-3-031-06678-8_35

Sparse Suffix and LCP Array: Simple, Direct, Small, and Fast

Autoren: Lorraine A. K. Ayad, Grigorios Loukides, Solon P. Pissis, Hilde Verbeek
Veröffentlicht in: Lecture Notes in Computer Science, LATIN 2024: Theoretical Informatics, 2024, Seite(n) 162-177
Herausgeber: Springer Nature Switzerland
DOI: 10.1007/978-3-031-55598-5_11

Utility-Oriented String Mining

Autoren: Giulia Bernardini, Huiping Chen, Alessio Conte, Roberto Grossi, Veronica Guerrini, Grigorios Loukides, Nadia Pisanti, Solon P. Pissis
Veröffentlicht in: Proceedings of the 2024 SIAM International Conference on Data Mining (SDM), 2024, Seite(n) 190-198
Herausgeber: Society for Industrial and Applied Mathematics
DOI: 10.1137/1.9781611978032.22

Faster Algorithms for Longest Common Substring

Autoren: Panagiotis Charalampopoulos and Tomasz Kociumaka and Solon P. Pissis and Jakub Radoszewski
Veröffentlicht in: 29th Annual European Symposium on Algorithms (ESA 2021), Ausgabe 204, 2021, Seite(n) 30:1--30:17, ISSN 1868-8969
Herausgeber: Schloss Dagstuhl -- Leibniz-Zentrum für Informatik
DOI: 10.4230/lipics.esa.2021.30

Beyond the BEST Theorem: Fast assessment of Eulerian Trails

Autoren: Conte, Alessio; Grossi, Roberto; Loukides, Grigorios; Pisanti, Nadia; Pissis, Solon P.; Punzi, Giulia; Bampis, Evripidis; Pagourtzis, Aris
Veröffentlicht in: Fundamentals of Computation Theory, 23rd International Symposium (FCT), Ausgabe 12867, 2021, Seite(n) 162--175, ISBN 978-3-030-86593-1
Herausgeber: Springer International Publishing
DOI: 10.1007/978-3-030-86593-1_11

Indexable Elastic Founder Graphs of Minimum Height

Autoren: Nicola Rizzo and Veli Mäkinen
Veröffentlicht in: 33rd Annual Symposium on Combinatorial Pattern Matching (CPM 2022), Ausgabe 223, 2022, Seite(n) 480--493, ISBN 978-3-031-06678-8
Herausgeber: Springer International Publishing
DOI: 10.4230/lipics.cpm.2022.19

Size-Constrained Weighted Ancestors with Applications

Autoren: Philip Bille and Yakov Nekrich and Solon P. Pissis
Veröffentlicht in: 19th Scandinavian Symposium and Workshops on Algorithm Theory (SWAT 2024), Ausgabe Vol 294, 2024, Seite(n) 14:1–14:12
Herausgeber: Schloss Dagstuhl – Leibniz-Zentrum für Informatik
DOI: 10.4230/lipics.swat.2024.14

Longest Palindromic Substring in Sublinear Time

Autoren: Charalampopoulos, Panagiotis; Pissis, Solon P.; Radoszewski, Jakub; Bannai, Hideo; Holub, Jan
Veröffentlicht in: 33rd Annual Symposium on Combinatorial Pattern Matching (CPM 2022), Ausgabe 223, 2022, Seite(n) 20:1--20:9, ISSN 1868-8969
Herausgeber: Schloss Dagstuhl -- Leibniz-Zentrum für Informatik
DOI: 10.4230/lipics.cpm.2022.20

A new string sampling mechanism

Autoren: Loukides, Grigorios; Pissis, Solon P.; Mutzel, Petra; Pagh, Rasmus; Herman, Grzegorz
Veröffentlicht in: 29th Annual European Symposium on Algorithms (ESA 2021) . , 64 , Leibniz International Proceedings in Informatics, LIPIcs , vol. 204 , Schloss Dagstuhl- Leibniz-Zentrum fur Informatik GmbH, Dagstuhl Publishing , pp. 1-21 , 29th Annual European Symposium on Algorithms, ESA 2021 , Vitual, Lisbon , Portugal , 6/09/21 . https://doi.org/10.4230/LIPIcs.ESA.2021.64, Ausgabe 204, 2021, Seite(n) 64:1--64:21, ISSN 1868-8969
Herausgeber: Schloss Dagstuhl -- Leibniz-Zentrum für Informatik
DOI: 10.4230/lipics.esa.2021.64

Convergence of the Number of Period Sets in Strings

Autoren: Eric Rivals, Michelle Sweering, and Pengfei Wang
Veröffentlicht in: Leibniz International Proceedings in Informatics (LIPIcs), Ausgabe 261, 2023, Seite(n) 100:1--100:14, ISBN 978-3-95977-278-5
Herausgeber: Schloss Dagstuhl –- Leibniz-Zentrum für Informatik
DOI: 10.4230/lipics.icalp.2023.100

Optimal Sequence Alignment to ED-Strings

Autoren: Njagi Moses Mwaniki and Nadia Pisanti
Veröffentlicht in: ISBRA 2022: Bioinformatics Research and Applications, Ausgabe 13760, 2023, Seite(n) 204–216, ISSN 0302-9743
Herausgeber: Springer Verlag
DOI: 10.1007/978-3-031-23198-8_19

A BWT-Based Algorithm for Random de Bruijn Sequence Construction

Autoren: Zsuzsanna Lipták, Luca Parmigiani
Veröffentlicht in: Lecture Notes in Computer Science, LATIN 2024: Theoretical Informatics, 2024, Seite(n) 130-145
Herausgeber: Springer Nature Switzerland
DOI: 10.1007/978-3-031-55598-5_9

Making de Bruijn Graphs Eulerian

Autoren: Bernardini, Giulia; Chen, Huiping; Loukides, Grigorios; Pissis, Solon P.; Stougie, Leen; Sweering, Michelle; Bannai, Hideo; Holub, Jan
Veröffentlicht in: 33rd Annual Symposium on Combinatorial Pattern Matching (CPM 2022), Ausgabe 223, 2022, Seite(n) 12:1-12:18, ISBN 978-3-95977-234-1
Herausgeber: Schloss Dagstuhl - Leibniz-Zentrum für Informatik
DOI: 10.4230/lipics.cpm.2022.12

Suffix-prefix queries on a dictionary

Autoren: Grigorios Loukides and Solon P. Pissis and Sharma V. Thankachan and Wiktor Zuba
Veröffentlicht in: 34th Annual Symposium on Combinatorial Pattern Matching (CPM 2023), Ausgabe Vol 259, 2023, Seite(n) 21:1--21:20, ISBN 978-3-95977-276-1
Herausgeber: Schloss Dagstuhl - Leibniz-Zentrum für Informatik
DOI: 10.4230/lipics.cpm.2023.21

Wheeler Maps

Autoren: Andrej Baláž, Travis Gagie, Adrián Goga, Simon Heumos, Gonzalo Navarro, Alessia Petescia, Jouni Sirén
Veröffentlicht in: Lecture Notes in Computer Science, LATIN 2024: Theoretical Informatics, 2024, Seite(n) 178-192
Herausgeber: Springer Nature Switzerland
DOI: 10.1007/978-3-031-55598-5_12

Faster Maximal Exact Matches with Lazy LCP Evaluation

Autoren: Adrián Goga, Lore Depuydt, Nathaniel K. Brown, Jan Fostier, Travis Gagie, Gonzalo Navarro
Veröffentlicht in: 2024 Data Compression Conference (DCC), 2024, Seite(n) 123-132
Herausgeber: IEEE
DOI: 10.1109/dcc58796.2024.00020

Fast Exact String to D-Texts Alignments

Autoren: Njagi Mwaniki, Erik Garrison, Nadia Pisanti
Veröffentlicht in: Proceedings of the 16th International Joint Conference on Biomedical Engineering Systems and Technologies, 2024, Seite(n) 70-79
Herausgeber: SCITEPRESS - Science and Technology Publications
DOI: 10.5220/0011666900003414

Elastic-Degenerate String Matching with 1 Error

Autoren: Giulia Bernardini; Esteban Gabory; Solon P. Pissis; Leen Stougie; Michelle Sweering; Wiktor Zuba
Veröffentlicht in: Latin American Symposium on Theoretical Informatics, Ausgabe 13568, 2022, Seite(n) 20–37, ISBN 978-3-031-20624-5
Herausgeber: Springer International Publishing
DOI: 10.48550/arxiv.2209.01095

On-Line Pattern Matching on D-Texts

Autoren: Nadia Pisanti
Veröffentlicht in: 32nd Annual Symposium on Combinatorial Pattern Matching (CPM 2021), Ausgabe 191, 2021, Seite(n) 3:1--3:2, ISSN 1868-8969
Herausgeber: Schloss Dagstuhl -- Leibniz-Zentrum für Informatik
DOI: 10.4230/lipics.cpm.2021.3

Gapped String Indexing in Subquadratic Space and Sublinear Query Time

Autoren: Philip Bille and Inge Li Gørtz and Moshe Lewenstein and Solon P. Pissis and Eva Rotenberg and Teresa Anna Steiner
Veröffentlicht in: 41st International Symposium on Theoretical Aspects of Computer Science (STACS 2024), Ausgabe Vol 289, 2024, Seite(n) 16:1–16:21
Herausgeber: Schloss Dagstuhl – Leibniz-Zentrum für Informatik
DOI: 10.4230/lipics.stacs.2024.16

Approximate Circular Pattern Matching

Autoren: Panagiotis Charalampopoulos and Tomasz Kociumaka and Jakub Radoszewski and Solon P. Pissis and Wojciech Rytter and Tomasz Waleń and Wiktor Zuba
Veröffentlicht in: 30th Annual European Symposium on Algorithms (ESA 2022), Ausgabe 244, 2022, Seite(n) 35:1--35:19, ISSN 1868-8969
Herausgeber: Schloss Dagstuhl -- Leibniz-Zentrum für Informatik
DOI: 10.4230/lipics.esa.2022.35

Probabilistic Models of k-mer Frequencies (Extended Abstract)

Autoren: Askar Gafurov, Tomáš Vinař, Broňa Brejová
Veröffentlicht in: Lecture Notes in Computer Science, Connecting with Computability, 2021, Seite(n) 227-236
Herausgeber: Springer International Publishing
DOI: 10.1007/978-3-030-80049-9_21

Prefix-free graphs and suffix array construction in sublinear space

Autoren: Baláž, Andrej; Petescia, Alessia
Veröffentlicht in: the 23rd Conference Information Technologies – Applications and Theory (ITAT 2023), vol 3498, Ausgabe 1, 2023, Seite(n) 232-241
Herausgeber: CEUR Workshop Proceedings
DOI: 10.48550/arxiv.2306.14689

Chaining of Maximal Exact Matches in Graphs

Autoren: Nicola Rizzo, Manuel Cáceres, Veli Mäkinen
Veröffentlicht in: Lecture Notes in Computer Science, String Processing and Information Retrieval, 2023, Seite(n) 353-366
Herausgeber: Springer Nature Switzerland
DOI: 10.1007/978-3-031-43980-3_29

Comparing elastic-degenerate strings: Algorithms, lower bounds, and applications

Autoren: Esteban Gabory and Moses Njagi Mwaniki and Nadia Pisanti and Solon P. Pissis and Jakub Radoszewski and Michelle Sweering and Wiktor Zuba
Veröffentlicht in: 34th Annual Symposium on Combinatorial Pattern Matching (CPM 2023), Ausgabe Vol 259, 2023, Seite(n) 11:1--11:20, ISBN 978-3-95977-276-1
Herausgeber: Schloss Dagstuhl - Leibniz-Zentrum für Informatik
DOI: 10.4230/lipics.cpm.2023.11

Constructing Founder Sets Under Allelic and Non-Allelic Homologous Recombination

Autoren: Konstantinn Bonnet and Tobias Marschall and Daniel Doerr
Veröffentlicht in: 22nd International Workshop on Algorithms in Bioinformatics (WABI 2022), Ausgabe 242, 2022, Seite(n) 6:1--6:23, ISSN 1868-8969
Herausgeber: Schloss Dagstuhl -- Leibniz-Zentrum für Informatik
DOI: 10.4230/lipics.wabi.2022.6

Prefix-free parsing for building large tunnelled Wheeler graphs

Autoren: Adrián Goga and Andrej Baláž
Veröffentlicht in: 22nd International Workshop on Algorithms in Bioinformatics (WABI 2022), Ausgabe Vol 242, 2022, Seite(n) 18:1--18:12, ISBN 978-3-95977-243-3
Herausgeber: Schloss Dagstuhl - Leibniz-Zentrum für Informatik
DOI: 10.4230/lipics.wabi.2022.18

A Unifying Taxonomy of Pattern Matching in Degenerate Strings and Founder Graphs

Autoren: Rocco Ascone and Giulia Bernardini and Alessio Conte and Massimo Equi and Esteban Gabory and Roberto Grossi and Nadia Pisanti
Veröffentlicht in: 24th International Workshop on Algorithms in Bioinformatics (WABI 2024), Ausgabe Vol 312, 2024, Seite(n) 14:1–14:21
Herausgeber: Schloss Dagstuhl – Leibniz-Zentrum für Informatik
DOI: 10.4230/lipics.wabi.2024.14

Identifying Clusters in Graph Representations of Genomes

Autoren: Eva Herencsárová, Broňa Brejová
Veröffentlicht in: the 23rd Conference Information Technologies – Applications and Theory (ITAT 2023), vol 3498, Ausgabe 1, 2023, Seite(n) 232-241
Herausgeber: CEUR Workshop Proceedings
DOI: 10.1101/2023.07.20.549917v1

Approximate Circular Pattern Matching Under Edit Distance

Autoren: Panagiotis Charalampopoulos and Solon P. Pissis and Jakub Radoszewski and Wojciech Rytter and Tomasz Waleń and Wiktor Zuba
Veröffentlicht in: 41st International Symposium on Theoretical Aspects of Computer Science (STACS 2024), Ausgabe Vol 289, 2024, Seite(n) 24:1–24:22
Herausgeber: Schloss Dagstuhl – Leibniz-Zentrum für Informatik
DOI: 10.4230/lipics.stacs.2024.24

Minimizing the Minimizers via Alphabet Reordering

Autoren: Verbeek, Hilde and Ayad, Lorraine A.K. and Loukides, Grigorios and Pissis, Solon P.
Veröffentlicht in: 35th Annual Symposium on Combinatorial Pattern Matching (CPM 2024), Ausgabe Vol 296, 2024, Seite(n) 28:1--28:13
Herausgeber: Schloss Dagstuhl -- Leibniz-Zentrum für Informatik
DOI: 10.4230/lipics.cpm.2024.28

Finding Maximal Exact Matches in Graphs

Autoren: Nicola Rizzo, Manuel Cáceres, and Veli Mäkinen
Veröffentlicht in: Leibniz International Proceedings in Informatics (LIPIcs), Ausgabe 273, 2023, Seite(n) 10:1--10:17, ISBN 978-3-95977-294-5
Herausgeber: Schloss Dagstuhl – Leibniz-Zentrum für Informatik
DOI: 10.4230/lipics.wabi.2023.10

Connecting de Bruijn Graphs

Autoren: Giulia Bernardini and Huiping Chen and Inge Li Gørtz and Christoffer Krogh and Grigorios Loukides and Solon P. Pissis and Leen Stougie and Michelle Sweering
Veröffentlicht in: 35th Annual Symposium on Combinatorial Pattern Matching (CPM 2024), Ausgabe Vol 296, 2024, Seite(n) 6:1–6:16
Herausgeber: Schloss Dagstuhl – Leibniz-Zentrum für Informatik
DOI: 10.4230/lipics.cpm.2024.6

Text Indexing for Long Patterns: Anchors are All you Need

Autoren: Lorraine A. K. Ayad, Grigorios Loukides, Solon P. Pissis
Veröffentlicht in: Proceedings of the VLDB Endowment, Ausgabe 16, 2023, Seite(n) 2117-2131, ISSN 2150-8097
Herausgeber: Proceedings VLDB Endowment
DOI: 10.14778/3598581.3598586

Enhancing Long-Read-Based Strain-Aware Metagenome Assembly

Autoren: Xiao Luo, Xiongbin Kang, Alexander Schönhuth
Veröffentlicht in: Frontiers in Genetics, Ausgabe 13, 2022, ISSN 1664-8021
Herausgeber: Frontiers Media
DOI: 10.3389/fgene.2022.868280

Identification of transposable element families from pangenome polymorphisms

Autoren: Pío Sierra, Richard Durbin
Veröffentlicht in: Mobile DNA, Ausgabe 15, 2024, ISSN 1759-8753
Herausgeber: BioMed Central
DOI: 10.1186/s13100-024-00323-y

Understanding genetic variability: exploring large-scale copy number variants through non-invasive prenatal testing in European populations

Autoren: Zuzana Holesova, Ondrej Pös, Juraj Gazdarica, Marcel Kucharik, Jaroslav Budis, Michaela Hyblova, Gabriel Minarik, Tomas Szemes
Veröffentlicht in: BMC Genomics, Ausgabe 25, 2024, ISSN 1471-2164
Herausgeber: BioMed Central
DOI: 10.1186/s12864-024-10267-5

Panacus: fast and exact pangenome growth and core size estimation

Autoren: Luca Parmigiani, Erik Garrison, Jens Stoye, Tobias Marschall, Daniel Doerr
Veröffentlicht in: Bioinformatics, Ausgabe 40, 2024, ISSN 1367-4811
Herausgeber: Bioinformatics
DOI: 10.1093/bioinformatics/btae720

EPIK: precise and scalable evolutionary placement with informativek-mers

Autoren: Nikolai Romashchenko, Benjamin Linard, Fabio Pardi, Eric Rivals
Veröffentlicht in: Bioinformatics, Ausgabe 39, 2024, ISSN 1367-4811
Herausgeber: Oxford University Press
DOI: 10.1093/bioinformatics/btad692

Palidis: fast discovery of novel insertion sequences

Autoren: Victoria R. Carr, Solon P. Pissis, Peter Mullany, Saeed Shoaie, David Gomez-Cabrero, David L. Moyes
Veröffentlicht in: Microbial Genomics, Ausgabe 9, 2023, ISSN 2057-5858
Herausgeber: Microbial Genomics
DOI: 10.1099/mgen.0.000917

Computing linkage disequilibrium aware genome embeddings using autoencoders

Autoren: Gizem Taş, Timo Westerdijk, Eric Postma, null null, Wouter van Rheenen, Mark K Bakker, Kristel R van Eijk, Maarten Kooyman, Ahmad Al Khleifat, Alfredo Iacoangeli, Nicola Ticozzi, Johnathan Cooper-Knock, Marta Gromicho, Siddharthan Chandran, Karen E Morrison, Pamela J Shaw, John Hardy, Michael Sendtner, Thomas Meyer, Nazli Başak, Isabella Fogh, Adriano Chiò, Andrea Calvo, Elisabetta Pupillo, Gia
Veröffentlicht in: Bioinformatics, Ausgabe 40, 2024, ISSN 1367-4811
Herausgeber: Bioinformatics
DOI: 10.1093/bioinformatics/btae326

PangeBlocks: customized construction of pangenome graphs via maximal blocks

Autoren: Jorge Avila Cartes, Paola Bonizzoni, Simone Ciccolella, Gianluca Della Vedova, Luca Denti
Veröffentlicht in: BMC Bioinformatics, Ausgabe 25, 2024, ISSN 1471-2105
Herausgeber: BioMed Central
DOI: 10.1186/s12859-024-05958-5

kmtricks: efficient and flexible construction of Bloom filters for large sequencing data collections

Autoren: Téo Lemane, Paul Medvedev, Rayan Chikhi, Pierre Peterlongo
Veröffentlicht in: Bioinformatics Advances, Ausgabe 2, 2022, ISSN 2635-0041
Herausgeber: Oxford University Press
DOI: 10.1093/bioadv/vbac029

Efficient computation of sequence mappability

Autoren: Panagiotis Charalampopoulos; Costas S. Iliopoulos; Tomasz Kociumaka; Solon P. Pissis; Jakub Radoszewski; Juliusz Straszyński
Veröffentlicht in: Algorithmica, Ausgabe 84, 2022, Seite(n) 1418–1440, ISSN 1432-0541
Herausgeber: Springer Science
DOI: 10.48550/arxiv.1807.11702

Bidirectional String Anchors for Improved Text Indexing and Top-$K$ Similarity Search

Autoren: Grigorios Loukides, Solon P. Pissis, Michelle Sweering
Veröffentlicht in: IEEE Transactions on Knowledge and Data Engineering, Ausgabe 35, 2023, Seite(n) 11093-11111, ISSN 1041-4347
Herausgeber: Institute of Electrical and Electronics Engineers
DOI: 10.1109/tkde.2022.3231780

Internal shortest absent word queries in constant time and linear space

Autoren: Golnaz Badkobeh and Panagiotis Charalampopoulos and Dmitry Kosolobov and Solon P. Pissis
Veröffentlicht in: Theoretical Computer Science, Ausgabe 922, 2022, Seite(n) 271-282, ISSN 0304-3975
Herausgeber: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.tcs.2022.04.029

High-quality metagenome assembly from long accurate reads with metaMDBG

Autoren: Gaëtan Benoit, Sébastien Raguideau, Robert James, Adam M. Phillippy, Rayan Chikhi, Christopher Quince
Veröffentlicht in: Nature Biotechnology, Ausgabe 42, 2024, Seite(n) 1378-1383, ISSN 1087-0156
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41587-023-01983-6

FT-GPI, a highly sensitive and accurate predictor of GPI-anchored proteins, reveals the composition and evolution of the GPI proteome in Plasmodium species

Autoren: Sauer, Lena,; Cánovas, Rodrigo; Roche, Daniel,; Shams-Eldin, Hosam; Ravel, Patrice; Colinge, Jacques; Schwarz, Ralph T.; Mamoun, Choukri Ben; Rivals, Eric; Cornillot, Emmanuel
Veröffentlicht in: Malaria Journal, Ausgabe 22, 2023, Seite(n) 27-46, ISSN 1475-2875
Herausgeber: BioMed Central
DOI: 10.1186/s12936-022-04430-0

Maximal degenerate palindromes with gaps and mismatches

Autoren: Mai Alzamel, Christopher Hampson, Costas S. Iliopoulos, Zara Lim, Solon Pissis, Dimitrios Vlachakis, Steven Watts
Veröffentlicht in: Theoretical Computer Science, Ausgabe 978, 2023, Seite(n) 114182, ISSN 0304-3975
Herausgeber: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.tcs.2023.114182

WarpSTR: determining tandem repeat lengths using raw nanopore signals

Autoren: Jozef Sitarčík, Tomáš Vinař, Broňa Brejová, Werner Krampl, Jaroslav Budiš, Ján Radvánszky, Mária Lucká
Veröffentlicht in: Bioinformatics, Ausgabe 39, 2023, ISSN 1367-4811
Herausgeber: Oxford University Press
DOI: 10.1093/bioinformatics/btad388

Efficient mapping of accurate long reads in minimizer space with mapquik

Autoren: Bariş Ekim, Kristoffer Sahlin, Paul Medvedev, Bonnie Berger, Rayan Chikhi
Veröffentlicht in: Genome Research, 2023, ISSN 1088-9051
Herausgeber: Cold Spring Harbor Laboratory Press
DOI: 10.1101/gr.277679.123

Hybrids of RNA viruses and viroid-like elements replicate in fungi

Autoren: Marco Forgia, Beatriz Navarro, Stefania Daghino, Amelia Cervera, Andreas Gisel, Silvia Perotto, Dilzara N. Aghayeva, Mary F. Akinyuwa, Emanuela Gobbi, Ivan N. Zheludev, Robert C. Edgar, Rayan Chikhi, Massimo Turina, Artem Babaian, Francesco Di Serio, Marcos de la Peña
Veröffentlicht in: Nature Communications, Ausgabe 14, 2023, ISSN 2041-1723
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-023-38301-2

Revisiting pangenome openness with k-mers

Autoren: Luca Parmigiani, Roland Wittler, Jens Stoye
Veröffentlicht in: Peer Community Journal, Ausgabe 4, 2024, ISSN 2804-3871
Herausgeber: Peer Community Journal
DOI: 10.24072/pcjournal.415

Comparing methods for constructing and representing human pangenome graphs

Autoren: Francesco Andreace, Pierre Lechat, Yoann Dufresne, Rayan Chikhi
Veröffentlicht in: Genome Biology, Ausgabe 24, 2023, ISSN 1474-760X
Herausgeber: BioMed Central
DOI: 10.1186/s13059-023-03098-2

A tutorial on data structures and their applications

Autoren: Baaijens, Jasmijn A.; Bonizzoni, Paola; Boucher, Christina; Della Vedova, Gianluca; Pirola, Yuri; Rizzi, Raffaella; Sirén, Jouni
Veröffentlicht in: Natural Computing, Ausgabe 21, 2022, Seite(n) 81--108, ISSN 1572-9796
Herausgeber: Springer Nature
DOI: 10.1007/s11047-022-09882-6

Pattern Masking for Dictionary Matching: Theory and Practice

Autoren: Panagiotis Charalampopoulos, Huiping Chen, Peter Christen, Grigorios Loukides, Nadia Pisanti, Solon P. Pissis, Jakub Radoszewski
Veröffentlicht in: Algorithmica, Ausgabe 86, 2024, Seite(n) 1948-1978, ISSN 0178-4617
Herausgeber: Springer Verlag
DOI: 10.1007/s00453-024-01213-8

RettDb: the Rett syndrome omics database to navigate the Rett syndrome genomic landscape

Autoren: Nico Cillari, Giuseppe Neri, Nadia Pisanti, Paolo Milazzo, Ugo Borello
Veröffentlicht in: Database, Ausgabe 2024, 2025, ISSN 1758-0463
Herausgeber: Oxford University Press
DOI: 10.1093/database/baae109

Comparative genome analysis using sample-specific string detection in accurate long reads

Autoren: Parsoa Khorsand, Luca Denti, null null, Paola Bonizzoni, Rayan Chikhi, Fereydoun Hormozdiari
Veröffentlicht in: Bioinformatics Advances, Ausgabe 1, 2022, ISSN 2635-0041
Herausgeber: Oxford University Press
DOI: 10.1093/bioadv/vbab005

Maximum-scoring path sets on pangenome graphs of constant treewidth

Autoren: Broňa Brejová, Travis Gagie, Eva Herencsárová, Tomáš Vinař
Veröffentlicht in: Frontiers in Bioinformatics, Ausgabe 4, 2024, ISSN 2673-7647
Herausgeber: Frontiers in Bioinformatics
DOI: 10.3389/fbinf.2024.1391086

μ- PBWT: a lightweight r-indexing of the PBWT for storing and querying UK Biobank data

Autoren: Davide Cozzi, Massimiliano Rossi, Simone Rubinacci, Travis Gagie, Dominik Köppl, Christina Boucher, Paola Bonizzoni
Veröffentlicht in: Bioinformatics, Ausgabe 39, 2023, ISSN 1367-4811
Herausgeber: Oxford University Press
DOI: 10.1093/bioinformatics/btad552

Autoren: Camila Duitama González, Riccardo Vicedomini, Téo Lemane, Nicolas Rascovan, Hugues Richard, Rayan Chikhi
Veröffentlicht in: Microbiome Vol 11, Ausgabe 1, 2023, Seite(n) 243, ISSN 2049-2618
Herausgeber: BioMed Central
DOI: 10.1101/2023.01.26.525439

Elastic founder graphs improved and enhanced

Autoren: Nicola Rizzo, Massimo Equi, Tuukka Norri, Veli Mäkinen
Veröffentlicht in: Theoretical Computer Science, Ausgabe 982, 2023, Seite(n) 114269, ISSN 0304-3975
Herausgeber: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.tcs.2023.114269

kmdiff, large-scale and user-friendly differential k-mer analyses

Autoren: Téo Lemane; Rayan Chikhi; Pierre Peterlongo
Veröffentlicht in: Bioinformatics, Ausgabe 38, 2022, Seite(n) 5443–5445, ISSN 1367-4803
Herausgeber: Oxford University Press
DOI: 10.1093/bioinformatics/btac689

Critical Assessment of Metagenome Interpretation: the second round of challenges

Autoren: Fernando Meyer, Adrian Fritz, Zhi-Luo Deng, David Koslicki, Till Robin Lesker, Alexey Gurevich, Gary Robertson, Mohammed Alser, Dmitry Antipov, Francesco Beghini, Denis Bertrand, Jaqueline J. Brito, C. Titus Brown, Jan Buchmann, Aydin Buluç, Bo Chen, Rayan Chikhi, Philip T. L. C. Clausen, Alexandru Cristian, Piotr Wojciech Dabrowski, Aaron E. Darling, Rob Egan, Eleazar Eskin, Evangelos Georganas,
Veröffentlicht in: Nature Methods, Ausgabe 19, 2022, Seite(n) 429-440, ISSN 1548-7091
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41592-022-01431-4

Draft genome of the lowland anoa (Bubalus depressicornis) and comparison with buffalo genome assemblies (Bovidae, Bubalina)

Autoren: Stefano Porrelli, Michèle Gerbault-Seureau, Roberto Rozzi, Rayan Chikhi, Manon Curaudeau, Anne Ropiquet, Alexandre Hassanin
Veröffentlicht in: G3 Genes|Genomes|Genetics, Ausgabe 12, 2022, ISSN 2160-1836
Herausgeber: Genetics Society of America
DOI: 10.1093/g3journal/jkac234

Automated prediction of the clinical impact of structural copy number variations

Autoren: M. Gažiová and T. Sládeček and O. Pös and M. Števko and W. Krampl and Z. Pös and R. Hekel and M. Hlavačka and M. Kucharík and J. Radvánszky and J. Budiš and T. Szemes
Veröffentlicht in: Scientific Reports, Ausgabe 12 (1), 2022, Seite(n) 555, ISSN 2045-2322
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41598-021-04505-z

Applying rearrangement distances to enable plasmid epidemiology with pling

Autoren: Daria Frolova, Leandro Lima, Leah Wendy Roberts, Leonard Bohnenkämper, Roland Wittler, Jens Stoye, Zamin Iqbal
Veröffentlicht in: Microbial Genomics, Ausgabe 10, 2024, ISSN 2057-5858
Herausgeber: Schloss Dagstuhl – Leibniz-Zentrum für Informatik
DOI: 10.1099/mgen.0.001300

Predicting the prevalence of complex genetic diseases from individual genotype profiles using capsule networks

Autoren: Xiao Luo, Xiongbin Kang, Alexander Schönhuth
Veröffentlicht in: Nature Machine Intelligence, Ausgabe 5, 2024, Seite(n) 114-125, ISSN 2522-5839
Herausgeber: Springer Science and Business Media LLC
DOI: 10.1038/s42256-022-00604-2

Defining TCRγδlymphoproliferative disorders by combined immunophenotypic and molecular evaluation

Autoren: Antonella Teramo and Andrea Binatti and Elena Ciabatti and Gianluca Schiavoni and Giulia Tarrini and Gregorio Baril`a and Giulia Calabretto and Cristina Vicenzetto and Vanessa Rebecca Gasparini and Monica Facco and Iacopo Petrini and Roberto Grossi and Nadia Pisanti and Stefania Bortoluzzi and Brunangelo Falini and Enrico Tiacci and Sara Galimberti and Gianpietro Semenzato and Renato Zambello
Veröffentlicht in: Nature Communications, Ausgabe 13 (1), 2022, Seite(n) 3298, ISSN 2041-1723
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-022-31015-x

HyLight: Strain aware assembly of low coverage metagenomes

Autoren: Xiongbin Kang, Wenhai Zhang, Yichen Li, Xiao Luo, Alexander Schönhuth
Veröffentlicht in: Nature Communications, Ausgabe 15, 2024, ISSN 2041-1723
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-024-52907-0

StrainXpress: strain aware metagenome assembly from short reads

Autoren: Xiongbin Kang and Xiao Luo and Alexander Schönhuth
Veröffentlicht in: Nucleic Acids Research, Ausgabe 50 (17), 2022, Seite(n) e101, ISSN 1362-4962
Herausgeber: Oxford University Press
DOI: 10.1093/nar/gkac543

The K-mer File Format: a standardized and compact disk representation of sets of k-mers.

Autoren: Yoann Dufresne; Teo Lemane; Pierre Marijon; Pierre Peterlongo; Amatur Rahman; Marek Kokot; Paul Medvedev; Sebastian Deorowicz; Rayan Chikhi
Veröffentlicht in: Bioinformatics, Ausgabe 38, 2022, Seite(n) 4423–4425, ISSN 1367-4803
Herausgeber: Oxford University Press
DOI: 10.1093/bioinformatics/btac528

Combination of expert guidelines-based and machine learning-based approaches leads to superior accuracy of automated prediction of clinical effect of copy number variations

Autoren: Tomáš Sládeček, Michaela Gažiová, Marcel Kucharík, Andrea Zaťková, Zuzana Pös, Ondrej Pös, Werner Krampl, Erika Tomková, Michaela Hýblová, Gabriel Minárik, Ján Radvánszky, Jaroslav Budiš, Tomáš Szemes
Veröffentlicht in: Scientific Reports, Ausgabe 13, 2023, ISSN 2045-2322
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41598-023-37352-1

VeChat: correcting errors in long reads using variation graphs

Autoren: Xiao Luo and Xiongbin Kang and Alexander Schönhuth
Veröffentlicht in: Nature Communications, Ausgabe 13, 2022, Seite(n) 6657, ISSN 2041-1723
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-022-34381-8

Finding maximal exact matches in graphs

Autoren: Nicola Rizzo, Manuel Cáceres, Veli Mäkinen
Veröffentlicht in: Algorithms for Molecular Biology, Ausgabe 19, 2024, ISSN 1748-7188
Herausgeber: BioMed Central
DOI: 10.1186/s13015-024-00255-5

aKmerBroom: Ancient oral DNA decontamination using Bloom filters on k-mer sets

Autoren: Camila Duitama González, Samarth Rangavittal, Riccardo Vicedomini, Rayan Chikhi, Hugues Richard
Veröffentlicht in: iScience, Ausgabe 26, 2024, Seite(n) 108057, ISSN 2589-0042
Herausgeber: Elsevier
DOI: 10.1016/j.isci.2023.108057

Gaps and complex structurally variant loci in phased genome assemblies

Autoren: David Porubsky, Mitchell R. Vollger, William T. Harvey, Allison N. Rozanski, Peter Ebert, Glenn Hickey, Patrick Hasenfeld, Ashley D. Sanders, Catherine Stober, null null, Jan O. Korbel, Benedict Paten, Tobias Marschall, Evan E. Eichler
Veröffentlicht in: Genome Research, Ausgabe 33, 2023, Seite(n) 496-510, ISSN 1088-9051
Herausgeber: Cold Spring Harbor Laboratory Press
DOI: 10.1101/gr.277334.122

Accurate and Fast Clade Assignment via Deep Learning and Frequency Chaos Game Representation

Autoren: Jorge Avila Cartes; Santosh Anand; Simone Ciccolella; Paola Bonizzoni; Gianluca Della Vedova
Veröffentlicht in: GigaScience, Ausgabe 12, 2022, ISSN 2047-217X
Herausgeber: Oxford University Press
DOI: 10.1101/2022.06.13.495912

All-pairs suffix/prefix in optimal time using Aho-Corasick space

Autoren: Solon Pissis; Grigorios Loukides
Veröffentlicht in: Information Processing Letters, Ausgabe 178, 2022, Seite(n) 106275, ISSN 0020-0190
Herausgeber: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.ipl.2022.106275

Constructing founder sets under allelic and non-allelic homologous recombination

Autoren: Konstantinn Bonnet, Tobias Marschall, Daniel Doerr
Veröffentlicht in: Algorithms for Molecular Biology, Ausgabe 18, 2024, ISSN 1748-7188
Herausgeber: BioMed Central
DOI: 10.1186/s13015-023-00241-3

Strainline: full-length de novo viral haplotype reconstruction from noisy long reads

Autoren: Luo, Xiao; Kang, Xiongbin; Schönhuth, Alexander
Veröffentlicht in: Genome Biology, Ausgabe 23, 2022, Seite(n) 1--27, ISSN 1474-760X
Herausgeber: BioMed Central (BMC)
DOI: 10.1186/s13059-021-02587-6

Hide and Mine in Strings: Hardness, Algorithms, and Experiments

Autoren: Giulia Bernardini, Alessio Conte, Garance Gourdel, Roberto Grossi, Grigorios Loukides, Nadia Pisanti, Solon Pissis, Giulia Punzi, Leen Stougie, Michelle Sweering
Veröffentlicht in: IEEE Transactions on Knowledge and Data Engineering, 2023, Seite(n) 1-1, ISSN 1041-4347
Herausgeber: Institute of Electrical and Electronics Engineers
DOI: 10.1109/tkde.2022.3158063

Clustering sequence graphs

Autoren: Haodi Zhong; Grigorios Loukides; Solon P. Pissis
Veröffentlicht in: Data & Knowledge Engineering, Ausgabe 138, 2022, Seite(n) 101981.1-101981.21, ISSN 0169-023X
Herausgeber: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.datak.2022.101981

Considerations in the search for epistasis

Autoren: Marleen Balvert, Johnathan Cooper-Knock, Julian Stamp, Ross P. Byrne, Soufiane Mourragui, Juami van Gils, Stefania Benonisdottir, Johannes Schlüter, Kevin Kenna, Sanne Abeln, Alfredo Iacoangeli, Joséphine T. Daub, Brian L. Browning, Gizem Taş, Jiajing Hu, Yan Wang, Elham Alhathli, Calum Harvey, Luna Pianesi, Sara C. Schulte, Jorge González-Domínguez, Erik Garrisson, null null, Ammar Al-Chalab
Veröffentlicht in: Genome Biology, Ausgabe 25, 2025, ISSN 1474-760X
Herausgeber: Genome Biology
DOI: 10.1186/s13059-024-03427-z

A draft human pangenome reference

Autoren: Wen-Wei Liao, Mobin Asri, Jana Ebler, Daniel Doerr, Marina Haukness, Glenn Hickey, Shuangjia Lu, Julian K. Lucas, Jean Monlong, Haley J. Abel, Silvia Buonaiuto, Xian H. Chang, Haoyu Cheng, Justin Chu, Vincenza Colonna, Jordan M. Eizenga, Xiaowen Feng, Christian Fischer, Robert S. Fulton, Shilpa Garg, Cristian Groza, Andrea Guarracino, William T. Harvey, Simon Heumos, Kerstin Howe, Miten Jain, Tsun
Veröffentlicht in: Nature, Ausgabe 617, 2023, Seite(n) 312-324, ISSN 0028-0836
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41586-023-05896-x

The genomics and evolution of inter-sexual mimicry and female-limited polymorphisms in damselflies

Autoren: Beatriz Willink, Kalle Tunström, Sofie Nilén, Rayan Chikhi, Téo Lemane, Michihiko Takahashi, Yuma Takahashi, Erik I. Svensson, Christopher West Wheat
Veröffentlicht in: Nature Ecology & Evolution, Ausgabe 8, 2024, Seite(n) 83-97, ISSN 2397-334X
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41559-023-02243-1

RecGraph: recombination-aware alignment of sequences to variation graphs

Autoren: Jorge Avila Cartes, Paola Bonizzoni, Simone Ciccolella, Gianluca Della Vedova, Luca Denti, Xavier Didelot, Davide Cesare Monti, Yuri Pirola
Veröffentlicht in: Bioinformatics, Ausgabe 40, 2024, ISSN 1367-4811
Herausgeber: Oxford University Press (OUP)
DOI: 10.1093/bioinformatics/btae292

Computing Phylo-k-Mers

Autoren: Nikolai Romashchenko, Benjamin Linard, Eric Rivals, Fabio Pardi
Veröffentlicht in: IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics, Ausgabe 20, 2024, Seite(n) 2889-2897, ISSN 1545-5963
Herausgeber: IEEE Computer Society
DOI: 10.1109/tcbb.2023.3278049

Seedability: optimizing alignment parameters for sensitive sequence comparison

Autoren: Lorraine A K Ayad, Rayan Chikhi, Solon P Pissis
Veröffentlicht in: Bioinformatics Advances, Ausgabe 3, 2023, ISSN 2635-0041
Herausgeber: Oxford University Press
DOI: 10.1093/bioadv/vbad108

SVDSS: structural variation discovery in hard-to-call genomic regions using sample-specific strings from accurate long reads

Autoren: Luca Denti, Parsoa Khorsand, Paola Bonizzoni, Fereydoun Hormozdiari, Rayan Chikhi
Veröffentlicht in: Nature Methods, Ausgabe 20, 2023, Seite(n) 550-558, ISSN 1548-7091
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41592-022-01674-1

Hybrid-hybrid correction of errors in long reads with HERO

Autoren: Xiongbin Kang, Jialu Xu, Xiao Luo, Alexander Schönhuth
Veröffentlicht in: Genome Biology, Ausgabe 24, 2023, ISSN 1474-760X
Herausgeber: BioMed Central
DOI: 10.1186/s13059-023-03112-7

phasebook: haplotype-aware de novo assembly of diploid genomes from long reads

Autoren: Xiao Luo, Xiongbin Kang, Alexander Schönhuth
Veröffentlicht in: Genome Biology, Ausgabe 22, 2021, Seite(n) 1--26, ISSN 1474-760X
Herausgeber: BioMed Central (BMC)
DOI: 10.1186/s13059-021-02512-x

dipwmsearch: a Python package for searching di-PWM motifs

Autoren: Marie Mille, Julie Ripoll, Bastien Cazaux, Eric Rivals
Veröffentlicht in: Bioinformatics, Ausgabe 39, 2023, ISSN 1367-4811
Herausgeber: Bioinformatics
DOI: 10.1093/bioinformatics/btad141

Pangenome comparison via ED strings

Autoren: Esteban Gabory, Moses Njagi Mwaniki, Nadia Pisanti, Solon P. Pissis, Jakub Radoszewski, Michelle Sweering, Wiktor Zuba
Veröffentlicht in: Frontiers in Bioinformatics, Ausgabe 4, 2024, ISSN 2673-7647
Herausgeber: Frontiers in Bioinformatics
DOI: 10.3389/fbinf.2024.1397036

Indexing and real-time user-friendly queries in terabyte-sized complex genomic datasets with kmindex and ORA

Autoren: Téo Lemane, Nolan Lezzoche, Julien Lecubin, Eric Pelletier, Magali Lescot, Rayan Chikhi, Pierre Peterlongo
Veröffentlicht in: Nature Computational Science, Ausgabe 4, 2024, Seite(n) 104-109, ISSN 2662-8457
Herausgeber: Nature Computational Science
DOI: 10.1038/s43588-024-00596-6

Mapping-friendly sequence reductions: Going beyond homopolymer compression

Autoren: Luc Blassel and Paul Medvedev and Rayan Chikhi
Veröffentlicht in: iScience, Ausgabe 25 (11), 2022, Seite(n) 105305, ISSN 2589-0042
Herausgeber: Cell Press
DOI: 10.1016/j.isci.2022.105305

Elastic-Degenerate String Matching with 1 Error or Mismatch

Autoren: Giulia Bernardini, Esteban Gabory, Solon P. Pissis, Leen Stougie, Michelle Sweering, Wiktor Zuba
Veröffentlicht in: Theory of Computing Systems, Ausgabe 68, 2024, Seite(n) 1442-1467, ISSN 1432-4350
Herausgeber: Springer Verlag
DOI: 10.1007/s00224-024-10194-8

Elastic-Degenerate String Matching via Fast Matrix Multiplication

Autoren: Giulia Bernardini and Paweł Gawrychowski and Nadia Pisanti and Solon P. Pissis and Giovanna Rosone
Veröffentlicht in: SIAM Journal on Computing, Ausgabe 51 (3), 2022, Seite(n) 549--576, ISSN 1095-7111
Herausgeber: Society for Industrial & Applied Mathematics (SIAM)
DOI: 10.1137/20m1368033

Constructing phylogenetic networks via cherry picking and machine learning

Autoren: Giulia Bernardini, Leo van Iersel, Esther Julien, Leen Stougie
Veröffentlicht in: Algorithms for Molecular Biology, Ausgabe 18, 2024, ISSN 1748-7188
Herausgeber: BioMed Central
DOI: 10.1186/s13015-023-00233-3

Generating Synthetic Genotypes using Diffusion Models

Autoren: Philip Kenneweg, Raghuram Dandinasivara, Xiao Luo, Barbara Hammer, Alexander Schönhuth
Veröffentlicht in: 2025
Herausgeber: Cornell University
DOI: 10.48550/arxiv.2412.03278

PanTax: Strain-level taxonomic classification of metagenomic data using pangenome graphs

Autoren: Wenhai Zhang, Yuansheng Liu, Jialu Xu, Enlian Chen, Alexander Schönhuth, Xiao Luo
Veröffentlicht in: 2024
Herausgeber: Cold Spring Harbor Laboratory
DOI: 10.1101/2024.11.15.623887

Efficient and Robust Search of Microbial Genomes via Phylogenetic Compression

Autoren: Karel Břinda, Leandro Lima, Simone Pignotti, Natalia Quinones-Olvera, Kamil Salikhov, Rayan Chikhi, Gregory Kucherov, Zamin Iqbal, Michael Baym
Veröffentlicht in: 2024
Herausgeber: Cold Spring Harbor Laboratory
DOI: 10.1101/2023.04.15.536996

On-Line Pattern Matching on D-Texts (Invited Talk)

Autoren: Pisanti, Nadia
Veröffentlicht in: Leibniz International Proceedings in Informatics (LIPIcs), vol 191, Ausgabe 1, 2021, Seite(n) 3:1--3:2, ISBN 978-3-95977-186-3
Herausgeber: Schloss Dagstuhl – Leibniz-Zentrum für Informatik

MCHelper automatically curates transposable element libraries across eukaryotic species

Autoren: Simon Orozco-Arias, Pío Sierra, Richard Durbin, Josefa González
Veröffentlicht in: 2024
Herausgeber: Cold Spring Harbor Laboratory
DOI: 10.1101/2023.10.17.562682

Incremental computation of the set of period sets

Autoren: Eric Rivals
Veröffentlicht in: 2024
Herausgeber: Cornell University
DOI: 10.48550/arxiv.2410.12077

ChoruMM: a versatile multi-components mixed model for bacterial-GWAS

Autoren: Arthur Frouin, Fabien Laporte, Lukas Hafner, Mylene Maury, Zachary R. McCaw, Hanna Julienne, Léo Henches, Rayan Chikhi, Marc Lecuit, Hugues Aschard
Veröffentlicht in: 2023
Herausgeber: Cold Spring Harbor Laboratory
DOI: 10.1101/2023.03.28.534531

Dynamic co-evolution of transposable elements and the piRNA pathway in African cichlid fishes

Autoren: Miguel Vasconcelos Almeida, Moritz Blumer, Chengwei Ulrika Yuan, Pío Sierra, Jonathan L. Price, Fu Xiang Quah, Aleksandr Friman, Alexandra Dallaire, Grégoire Vernaz, Audrey L. K. Putman, Alan M. Smith, Domino A. Joyce, Falk Butter, Astrid D. Haase, Richard Durbin, M. Emília Santos, Eric A. Miska
Veröffentlicht in: 2024
Herausgeber: Cold Spring Harbor Laboratory
DOI: 10.1101/2024.04.01.587621

DiVerG: Scalable Distance Index for Validation of Paired-End Alignments in Sequence Graphs

Autoren: Ali Ghaffaari, Alexander Schönhuth, Tobias Marschall
Veröffentlicht in: 2025
Herausgeber: Cold Spring Harbor Laboratory
DOI: 10.1101/2025.02.12.637964

Cdbgtricks: Strategies to update a compacted de Bruijn graph

Autoren: Khodor Hannoush, Camille Marchet, Pierre Peterlongo
Veröffentlicht in: 2024
Herausgeber: Cold Spring Harbor Laboratory
DOI: 10.1101/2024.05.24.595676

Counting overlapping pairs of strings

Autoren: Eric Rivals, Pengfei Wang
Veröffentlicht in: 2024
Herausgeber: Cornell University
DOI: 10.48550/arxiv.2405.09393

kmindex and ORA: indexing and real-time user-friendly queries in terabyte-sized complex genomic datasets

Autoren: Téo Lemane, Nolan Lezzoche, Julien Lecubin, Eric Pelletier, Magali Lescot, Rayan Chikhi, Pierre Peterlongo
Veröffentlicht in: 2024
Herausgeber: Cold Spring Harbor Laboratory
DOI: 10.1101/2023.05.31.543043

Unlocking the microblogging potential for science and medicine

Autoren: Aditya Sarkar, Augustin Giros, Louis Mockly, Jaden Moore, Andrew Moore, Anish Nagareddy, Boyang Fu, Andrada Fiscutean, Karishma Chhugani, Nicholas Darci-Maher, Yesha M. Patel, Varuni Sarwal, Yutong Chang, Srishti Ginjala, Lana X. Garmire, Riyue Bao, Sriram Sankararaman, Rayan Chikhi, Serghei Mangul
Veröffentlicht in: 2022
Herausgeber: Cold Spring Harbor Laboratory
DOI: 10.1101/2022.04.22.488804

Petascale Homology Search for Structure Prediction

Autoren: Sewon Lee, Gyuri Kim, Eli Levy Karin, Milot Mirdita, Sukhwan Park, Rayan Chikhi, Artem Babaian, Andriy Kryshtafovych, Martin Steinegger
Veröffentlicht in: 2023
Herausgeber: Cold Spring Harbor Laboratory
DOI: 10.1101/2023.07.10.548308

Methods for Pangenomic Core Detection

Autoren: Tizian Schulz, Luca Parmigiani, Andreas Rempel, Jens Stoye
Veröffentlicht in: Methods in Molecular Biology, Comparative Genomics, 2024, Seite(n) 73-106
Herausgeber: Springer US
DOI: 10.1007/978-1-0716-3838-5_4

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