Objectif
AVAILABILITY OF A TOOL FOR THE SOLUTION OF PRACTICAL PROTEIN DESIGN PROBLEMS IN MOLECULAR BIOLOGY, MOLECULAR MEDICINE AND BIOTECHNOLOGY, WITH LONG TERM ECONOMIC BENEFITS IN THESE FIELDS.
Data on known protein structures and amino acid sequences have proven to be very useful for deriving empirical rules for protein folding and design. With the growing volume of these data, more sophisticated systems for storing and handlingknowledge on macromolecular structures are urgently needed. Progress should be made by improving ways to exploit sequence homology to infer structural information from the more than 10000 proteins for which only sequence data are available.
Research was carried out in order to develop a database of protein knowledge containing structure and sequence information and extend the database to include information on inferred 3-dimensional structures of proteins for which only sequence data are available.
SESAM, a performing relational database for protein structure and sequence capable of containing data from public and private sources, was developed; it features powerful procedures for validating and cleaning up input data, and rapid data retrieval. It has been interfaced with a graphics package, BRUGEL, and specialized user friendly interfaces have been implemented. The database on known protein structures was extended to include inferred 3-dimensional structures, grouped into structural families, by exploiting the correlations between structural homology and sequence similarity above a certain threshold of the latter. A limited number of short sequence patterns characterising with high accuracy local structure motifs in proteins can be found. This does not improve protein structure prediction methods, due to the limited size of the structural database and to the influence of spatial interactions between distant residues in the sequence. Object oriented methods and logic programming (Prolog) yield important benefits in terms of speeding up the design, development and debugging stages.
DEVELOPMENT OF A SYSTEM FOR PROTEIN STRUCTURE PREDICTION, MERGING STATISTICAL AND INFORMATION ANALYSIS TECHNIQUES WITH ADVANCED TOOLS FROM COMPUTER SCIENCE (A.I.) AS WELL AS EXISTING METHODS IN MOLECULAR MODELLING.
IN THIS COLLABORATIVE EFFORT, THE SPECIFIC ROLE OF THIS PART OF THE PROJECT CONSISTS IN THE DEVELOPMENT OF THE REQUIRED COMPUTER TOOLS. DEFINITION AND IMPLEMENTATION OF LOGIC BASED REPRESENTATION SCHEMES (IN COLLABORATION WITH THE GROUPS A - C) OF RESOURCE EFFICIENT META-INTERPRETERS AND USER INTERFACES.
Champ scientifique (EuroSciVoc)
CORDIS classe les projets avec EuroSciVoc, une taxonomie multilingue des domaines scientifiques, grâce à un processus semi-automatique basé sur des techniques TLN. Voir: Le vocabulaire scientifique européen.
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- sciences naturelles informatique et science de l'information intelligence artificielle
- sciences naturelles sciences biologiques biochimie biomolécule protéines repliement protéique
- sciences naturelles sciences chimiques chimie organique amines
- sciences naturelles informatique et science de l'information bases de données base de données relationnelle
- sciences naturelles sciences biologiques biologie moléculaire
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Programme(s)
Programmes de financement pluriannuels qui définissent les priorités de l’UE en matière de recherche et d’innovation.
Programmes de financement pluriannuels qui définissent les priorités de l’UE en matière de recherche et d’innovation.
Thème(s)
Les appels à propositions sont divisés en thèmes. Un thème définit un sujet ou un domaine spécifique dans le cadre duquel les candidats peuvent soumettre des propositions. La description d’un thème comprend sa portée spécifique et l’impact attendu du projet financé.
Données non disponibles
Les appels à propositions sont divisés en thèmes. Un thème définit un sujet ou un domaine spécifique dans le cadre duquel les candidats peuvent soumettre des propositions. La description d’un thème comprend sa portée spécifique et l’impact attendu du projet financé.
Appel à propositions
Procédure par laquelle les candidats sont invités à soumettre des propositions de projet en vue de bénéficier d’un financement de l’UE.
Données non disponibles
Procédure par laquelle les candidats sont invités à soumettre des propositions de projet en vue de bénéficier d’un financement de l’UE.
Régime de financement
Régime de financement (ou «type d’action») à l’intérieur d’un programme présentant des caractéristiques communes. Le régime de financement précise le champ d’application de ce qui est financé, le taux de remboursement, les critères d’évaluation spécifiques pour bénéficier du financement et les formes simplifiées de couverture des coûts, telles que les montants forfaitaires.
Régime de financement (ou «type d’action») à l’intérieur d’un programme présentant des caractéristiques communes. Le régime de financement précise le champ d’application de ce qui est financé, le taux de remboursement, les critères d’évaluation spécifiques pour bénéficier du financement et les formes simplifiées de couverture des coûts, telles que les montants forfaitaires.
Coordinateur
3078 EVERBERG
Belgique
Les coûts totaux encourus par l’organisation concernée pour participer au projet, y compris les coûts directs et indirects. Ce montant est un sous-ensemble du budget global du projet.