Ziel
AVAILABILITY OF A TOOL FOR THE SOLUTION OF PRACTICAL PROTEIN DESIGN PROBLEMS IN MOLECULAR BIOLOGY, MOLECULAR MEDICINE AND BIOTECHNOLOGY, WITH LONG TERM ECONOMIC BENEFITS IN THESE FIELDS.
Data on known protein structures and amino acid sequences have proven to be very useful for deriving empirical rules for protein folding and design. With the growing volume of these data, more sophisticated systems for storing and handlingknowledge on macromolecular structures are urgently needed. Progress should be made by improving ways to exploit sequence homology to infer structural information from the more than 10000 proteins for which only sequence data are available.
Research was carried out in order to develop a database of protein knowledge containing structure and sequence information and extend the database to include information on inferred 3-dimensional structures of proteins for which only sequence data are available.
SESAM, a performing relational database for protein structure and sequence capable of containing data from public and private sources, was developed; it features powerful procedures for validating and cleaning up input data, and rapid data retrieval. It has been interfaced with a graphics package, BRUGEL, and specialized user friendly interfaces have been implemented. The database on known protein structures was extended to include inferred 3-dimensional structures, grouped into structural families, by exploiting the correlations between structural homology and sequence similarity above a certain threshold of the latter. A limited number of short sequence patterns characterising with high accuracy local structure motifs in proteins can be found. This does not improve protein structure prediction methods, due to the limited size of the structural database and to the influence of spatial interactions between distant residues in the sequence. Object oriented methods and logic programming (Prolog) yield important benefits in terms of speeding up the design, development and debugging stages.
DEVELOPMENT OF A SYSTEM FOR PROTEIN STRUCTURE PREDICTION, MERGING STATISTICAL AND INFORMATION ANALYSIS TECHNIQUES WITH ADVANCED TOOLS FROM COMPUTER SCIENCE (A.I.) AS WELL AS EXISTING METHODS IN MOLECULAR MODELLING.
IN THIS COLLABORATIVE EFFORT, THE SPECIFIC ROLE OF THIS PART OF THE PROJECT CONSISTS IN THE DEVELOPMENT OF THE REQUIRED COMPUTER TOOLS. DEFINITION AND IMPLEMENTATION OF LOGIC BASED REPRESENTATION SCHEMES (IN COLLABORATION WITH THE GROUPS A - C) OF RESOURCE EFFICIENT META-INTERPRETERS AND USER INTERFACES.
Wissenschaftliches Gebiet (EuroSciVoc)
CORDIS klassifiziert Projekte mit EuroSciVoc, einer mehrsprachigen Taxonomie der Wissenschaftsbereiche, durch einen halbautomatischen Prozess, der auf Verfahren der Verarbeitung natürlicher Sprache beruht. Siehe: Das European Science Vocabulary.
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- Naturwissenschaften Informatik und Informationswissenschaften künstliche Intelligenz
- Naturwissenschaften Biowissenschaften Biochemie Biomoleküle Proteine Proteinfaltung
- Naturwissenschaften Chemiewissenschaften organische Chemie Amine
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- Naturwissenschaften Biowissenschaften Molekularbiologie
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Programm/Programme
Mehrjährige Finanzierungsprogramme, in denen die Prioritäten der EU für Forschung und Innovation festgelegt sind.
Mehrjährige Finanzierungsprogramme, in denen die Prioritäten der EU für Forschung und Innovation festgelegt sind.
Thema/Themen
Aufforderungen zur Einreichung von Vorschlägen sind nach Themen gegliedert. Ein Thema definiert einen bestimmten Bereich oder ein Gebiet, zu dem Vorschläge eingereicht werden können. Die Beschreibung eines Themas umfasst seinen spezifischen Umfang und die erwarteten Auswirkungen des finanzierten Projekts.
Daten nicht verfügbar
Aufforderungen zur Einreichung von Vorschlägen sind nach Themen gegliedert. Ein Thema definiert einen bestimmten Bereich oder ein Gebiet, zu dem Vorschläge eingereicht werden können. Die Beschreibung eines Themas umfasst seinen spezifischen Umfang und die erwarteten Auswirkungen des finanzierten Projekts.
Aufforderung zur Vorschlagseinreichung
Verfahren zur Aufforderung zur Einreichung von Projektvorschlägen mit dem Ziel, eine EU-Finanzierung zu erhalten.
Daten nicht verfügbar
Verfahren zur Aufforderung zur Einreichung von Projektvorschlägen mit dem Ziel, eine EU-Finanzierung zu erhalten.
Finanzierungsplan
Finanzierungsregelung (oder „Art der Maßnahme“) innerhalb eines Programms mit gemeinsamen Merkmalen. Sieht folgendes vor: den Umfang der finanzierten Maßnahmen, den Erstattungssatz, spezifische Bewertungskriterien für die Finanzierung und die Verwendung vereinfachter Kostenformen wie Pauschalbeträge.
Finanzierungsregelung (oder „Art der Maßnahme“) innerhalb eines Programms mit gemeinsamen Merkmalen. Sieht folgendes vor: den Umfang der finanzierten Maßnahmen, den Erstattungssatz, spezifische Bewertungskriterien für die Finanzierung und die Verwendung vereinfachter Kostenformen wie Pauschalbeträge.
Koordinator
3078 EVERBERG
Belgien
Die Gesamtkosten, die dieser Organisation durch die Beteiligung am Projekt entstanden sind, einschließlich der direkten und indirekten Kosten. Dieser Betrag ist Teil des Gesamtbudgets des Projekts.