Obiettivo
The objective is to determine, before the end of 1997, the entire genome sequence of Bacillus subtilis which is both of industrial importance and a model organism for Gram-positive bacteria. An international agreement has been reached allowing the allocation of regions of the chromosome among the groups of the European and Japanese Bacillus subtilis genome sequencing networks. This international project currently includes 17 European and 7 Japanese laboratories, together with 2 biotechnology companies (Genencor International and Novo Nordisk) and 1 Korean laboratory.
The European sequencing groups have obtained support from the European Commission (this contract and contract BIO2 CT-930272). The initial objective of this project (contract BIO2 CT-942011) was to determine the DNA sequence of about 10 % of the Bacillus subtilis genome (0.45 Mbp). To match this deadline, three high throughput sequencing groups have recently been integrated in this contract as subcontractors (see below).
A cloning strategy for the construction of gene banks representative of the entire B.acillus subtilis chromosome is not available. This is, at least in part, due to the generally high level of expression of Bacillus subtilis genes observed in Escherichia coli, leading to toxic effects in this commonly used cloning host. However, participating groups have employed a variety of strategies to overcome this limitation. They include: (1) cloning into a range of plasmid, lambda and YAC vectors; (2) the use of an Escherichia coli strain that lowers the copy number of ColE1-based plasmids and which correspondingly reduces the potential toxic effects of cloned genes; (3) the use of integrative plasmids and marker rescue in genome walking experiments; (4) in vitro amplification using standard, long-range (LR PCR) and inverse PCR techniques.
MAJOR SCIENTIFIC BREAKTHROUGHS AND INDUSTRIAL APPLICATIONS:
During this contract 0.74 Mbp of Bacillus subtilis DNA has been sequenced. The European sequencing network has presently deposited a total of 1.9 Mbp of new B. subtilis DNA sequence at the database maintained by the Institut Pasteur, confirming the leader position of the EU in the systematic sequencing of this genome. In the current EU framework, a relational database containing 3.6 Mbp of non redundant B. subtilis DNA sequences, representing 86 % of the total genome, has been constructed at the Institut Pasteur.
An industrial platform has been set up to facilitate contacts between project participants and European biotechnology companies. The following companies have agreed to this mode of cooperation: DuPont de Nemours (France), Genencor (Finland, USA), F. Hoffmann-La Roche AG (Switzerland), Novo Nordisk (Denmark), Puratos (Belgium), Roussel Uclaf (France), SmithKline Beecham Pharmaceuticals (United Kingdom). Moreover, a confidential document containing a list of similarities of B. subtilis proteins with known gene products is forwarded by the coordinator, at regular intervals, to the companies mentioned above.
Campo scientifico (EuroSciVoc)
CORDIS classifica i progetti con EuroSciVoc, una tassonomia multilingue dei campi scientifici, attraverso un processo semi-automatico basato su tecniche NLP. Cfr.: Il Vocabolario Scientifico Europeo.
CORDIS classifica i progetti con EuroSciVoc, una tassonomia multilingue dei campi scientifici, attraverso un processo semi-automatico basato su tecniche NLP. Cfr.: Il Vocabolario Scientifico Europeo.
- scienze mediche e della salute medicina di base farmacologia e farmacia farmaci
- scienze naturali scienze biologiche genetica DNA
- scienze naturali scienze biologiche genetica cromosomi
- scienze naturali scienze biologiche genetica genomi
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Programma(i)
Programmi di finanziamento pluriennali che definiscono le priorità dell’UE in materia di ricerca e innovazione.
Programmi di finanziamento pluriennali che definiscono le priorità dell’UE in materia di ricerca e innovazione.
Argomento(i)
Gli inviti a presentare proposte sono suddivisi per argomenti. Un argomento definisce un’area o un tema specifico per il quale i candidati possono presentare proposte. La descrizione di un argomento comprende il suo ambito specifico e l’impatto previsto del progetto finanziato.
Dati non disponibili
Gli inviti a presentare proposte sono suddivisi per argomenti. Un argomento definisce un’area o un tema specifico per il quale i candidati possono presentare proposte. La descrizione di un argomento comprende il suo ambito specifico e l’impatto previsto del progetto finanziato.
Invito a presentare proposte
Procedura per invitare i candidati a presentare proposte di progetti, con l’obiettivo di ricevere finanziamenti dall’UE.
Dati non disponibili
Procedura per invitare i candidati a presentare proposte di progetti, con l’obiettivo di ricevere finanziamenti dall’UE.
Meccanismo di finanziamento
Meccanismo di finanziamento (o «Tipo di azione») all’interno di un programma con caratteristiche comuni. Specifica: l’ambito di ciò che viene finanziato; il tasso di rimborso; i criteri di valutazione specifici per qualificarsi per il finanziamento; l’uso di forme semplificate di costi come gli importi forfettari.
Meccanismo di finanziamento (o «Tipo di azione») all’interno di un programma con caratteristiche comuni. Specifica: l’ambito di ciò che viene finanziato; il tasso di rimborso; i criteri di valutazione specifici per qualificarsi per il finanziamento; l’uso di forme semplificate di costi come gli importi forfettari.
Coordinatore
75724 PARIS
Francia
I costi totali sostenuti dall’organizzazione per partecipare al progetto, compresi i costi diretti e indiretti. Questo importo è un sottoinsieme del bilancio complessivo del progetto.