Objetivo
The objectives of the proposed project are to develop and provide tools for the interpretation of genomic DNA sequences with special emphasis on regulatory regions.
Sequencing whole genomes will yield a huge amount of data in near future. Systematic functional analysis of these sequences with the standard experimental methods is far beyond existing laboratory research capacities. Thus, we have to rely on in silico approaches at least for planning of targeted experiments. The assessment of the biological meaning of a gene depends not only on methods to predict the structure and function of its gene product, but also on the ability to derive its regulatory expression pattern from the base sequence. Gene control regions pose particular difficulties to in silico function prediction approaches which may partly explain the modes of success of current algorithms addressing this problem. The elementary sequence signals are typically short (in the range of 5 to 30 base pairs) and highly variable, reflecting the biochemistry of the decoding mechanism. As a consequence of these properties, the physiological significance of an individual control module can only be assessed by a comprehensive search involving context analysis within the (putative) regulatory region combined with gene identification methods based on coding region prediction. The technical approaches suggested in this proposal particularly address the recognized difficulties outlined above.
Thus, there is an obvious need for programs that enable molecular biologists to efficiently annotate newly unravelled sequence data with tentative functional features.
To achieve this, we propose the following programme:
1. Databases that collect experimental relevant data such as TRANSFAC and EPD provide the basis for sequence analysis. They will be appropriately adapted and integrated.
2. The next step will be to develop algorithms that permit the identification of individual functional elements as precise as possible.
3. The third step is a comprehensive context analysis of potential cisregulatory sequence elements within promoters, enhancers or LCRs and in conjunction with coding regions / open reading frames.
4. Finally, all algorithms to be developed have to be continuously verified in close collaboration with experimental researchers using appropriate model genomes.
Ámbito científico (EuroSciVoc)
CORDIS clasifica los proyectos con EuroSciVoc, una taxonomía plurilingüe de ámbitos científicos, mediante un proceso semiautomático basado en técnicas de procesamiento del lenguaje natural. Véas: El vocabulario científico europeo..
CORDIS clasifica los proyectos con EuroSciVoc, una taxonomía plurilingüe de ámbitos científicos, mediante un proceso semiautomático basado en técnicas de procesamiento del lenguaje natural. Véas: El vocabulario científico europeo..
- ciencias naturales ciencias biológicas bioquímica
- ciencias naturales informática y ciencias de la información base de datos
- ciencias naturales ciencias biológicas genética ADN
- ciencias naturales matemáticas matemáticas puras análisis matemático análisis funcional
- ciencias naturales ciencias biológicas genética genoma
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Programa(s)
Programas de financiación plurianuales que definen las prioridades de la UE en materia de investigación e innovación.
Programas de financiación plurianuales que definen las prioridades de la UE en materia de investigación e innovación.
Tema(s)
Las convocatorias de propuestas se dividen en temas. Un tema define una materia o área específica para la que los solicitantes pueden presentar propuestas. La descripción de un tema comprende su alcance específico y la repercusión prevista del proyecto financiado.
Las convocatorias de propuestas se dividen en temas. Un tema define una materia o área específica para la que los solicitantes pueden presentar propuestas. La descripción de un tema comprende su alcance específico y la repercusión prevista del proyecto financiado.
Convocatoria de propuestas
Procedimiento para invitar a los solicitantes a presentar propuestas de proyectos con el objetivo de obtener financiación de la UE.
Datos no disponibles
Procedimiento para invitar a los solicitantes a presentar propuestas de proyectos con el objetivo de obtener financiación de la UE.
Régimen de financiación
Régimen de financiación (o «Tipo de acción») dentro de un programa con características comunes. Especifica: el alcance de lo que se financia; el porcentaje de reembolso; los criterios específicos de evaluación para optar a la financiación; y el uso de formas simplificadas de costes como los importes a tanto alzado.
Régimen de financiación (o «Tipo de acción») dentro de un programa con características comunes. Especifica: el alcance de lo que se financia; el porcentaje de reembolso; los criterios específicos de evaluación para optar a la financiación; y el uso de formas simplificadas de costes como los importes a tanto alzado.
Coordinador
38124 BRAUNSCHWEIG
Alemania
Los costes totales en que ha incurrido esta organización para participar en el proyecto, incluidos los costes directos e indirectos. Este importe es un subconjunto del presupuesto total del proyecto.