Objectif
The objectives of the proposed project are to develop and provide tools for the interpretation of genomic DNA sequences with special emphasis on regulatory regions.
Sequencing whole genomes will yield a huge amount of data in near future. Systematic functional analysis of these sequences with the standard experimental methods is far beyond existing laboratory research capacities. Thus, we have to rely on in silico approaches at least for planning of targeted experiments. The assessment of the biological meaning of a gene depends not only on methods to predict the structure and function of its gene product, but also on the ability to derive its regulatory expression pattern from the base sequence. Gene control regions pose particular difficulties to in silico function prediction approaches which may partly explain the modes of success of current algorithms addressing this problem. The elementary sequence signals are typically short (in the range of 5 to 30 base pairs) and highly variable, reflecting the biochemistry of the decoding mechanism. As a consequence of these properties, the physiological significance of an individual control module can only be assessed by a comprehensive search involving context analysis within the (putative) regulatory region combined with gene identification methods based on coding region prediction. The technical approaches suggested in this proposal particularly address the recognized difficulties outlined above.
Thus, there is an obvious need for programs that enable molecular biologists to efficiently annotate newly unravelled sequence data with tentative functional features.
To achieve this, we propose the following programme:
1. Databases that collect experimental relevant data such as TRANSFAC and EPD provide the basis for sequence analysis. They will be appropriately adapted and integrated.
2. The next step will be to develop algorithms that permit the identification of individual functional elements as precise as possible.
3. The third step is a comprehensive context analysis of potential cisregulatory sequence elements within promoters, enhancers or LCRs and in conjunction with coding regions / open reading frames.
4. Finally, all algorithms to be developed have to be continuously verified in close collaboration with experimental researchers using appropriate model genomes.
Champ scientifique (EuroSciVoc)
CORDIS classe les projets avec EuroSciVoc, une taxonomie multilingue des domaines scientifiques, grâce à un processus semi-automatique basé sur des techniques TLN. Voir: Le vocabulaire scientifique européen.
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- sciences naturelles sciences biologiques biochimie
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Programme(s)
Programmes de financement pluriannuels qui définissent les priorités de l’UE en matière de recherche et d’innovation.
Programmes de financement pluriannuels qui définissent les priorités de l’UE en matière de recherche et d’innovation.
Thème(s)
Les appels à propositions sont divisés en thèmes. Un thème définit un sujet ou un domaine spécifique dans le cadre duquel les candidats peuvent soumettre des propositions. La description d’un thème comprend sa portée spécifique et l’impact attendu du projet financé.
Les appels à propositions sont divisés en thèmes. Un thème définit un sujet ou un domaine spécifique dans le cadre duquel les candidats peuvent soumettre des propositions. La description d’un thème comprend sa portée spécifique et l’impact attendu du projet financé.
Appel à propositions
Procédure par laquelle les candidats sont invités à soumettre des propositions de projet en vue de bénéficier d’un financement de l’UE.
Données non disponibles
Procédure par laquelle les candidats sont invités à soumettre des propositions de projet en vue de bénéficier d’un financement de l’UE.
Régime de financement
Régime de financement (ou «type d’action») à l’intérieur d’un programme présentant des caractéristiques communes. Le régime de financement précise le champ d’application de ce qui est financé, le taux de remboursement, les critères d’évaluation spécifiques pour bénéficier du financement et les formes simplifiées de couverture des coûts, telles que les montants forfaitaires.
Régime de financement (ou «type d’action») à l’intérieur d’un programme présentant des caractéristiques communes. Le régime de financement précise le champ d’application de ce qui est financé, le taux de remboursement, les critères d’évaluation spécifiques pour bénéficier du financement et les formes simplifiées de couverture des coûts, telles que les montants forfaitaires.
Coordinateur
38124 BRAUNSCHWEIG
Allemagne
Les coûts totaux encourus par l’organisation concernée pour participer au projet, y compris les coûts directs et indirects. Ce montant est un sous-ensemble du budget global du projet.