Objetivo
DNA, the carrier of genetic information, is very susceptible to damage. This is because of the inherent instability of the DNA itself and the presence of certain cellular metabolites such as activated oxygen which are important sources of lesions. In addition, damage to DNA can result from external sources, such as (man-made) chemicals, ionising radiation and ultra-violet light. UV-damage may arise from (over)-exposure to sunlight (sunbathing) resulting in an elevated susceptibility to skin cancer.
DNA damage is hence a direct threat to the integrity of the genetic information. Because of its ability to remove a wide variety of structurally different lesions, excision repair of DNA is by far the most important repair mechanism to be found in prokaryotes and eukaryotes. Even in a relatively simple organism as the gut bacterium Escherichia coli the excision repair process is quite complex and involves multi-subunit complexes. The core of the reaction, which involves damage recognition, formation of the pre-incision complex, and dual incision of the damaged DNA is performed by three factors, UvrA, UvrB and UvrC. The gap in the DNA duplex is then filled by UvrD, DNA Polymerase I with the nick being closed by DNA Ligase. To date the E. coli UvrABC endonuclease is the best biochemically characterised repair mechanism. There is an overall understanding of the mechanism of DNA excision repair, but on a molecular, truly mechanistic level, not much is known.
The main objective of this proposal is to understand the broad substrate specificity and the molecular mechanism of DNA excision repair. We are focusing specifically on the UvrABC endonuclease, because of the relative simplicity of the system; the understanding of the enzymology; the possibility of isolating specific reaction intermediates; and the availability of ultra-pure protein preparations in sufficient quantities to allow a biophysical approach. In the future we shall also be working on higher eukaryotic systems. We shall be using a multi-disciplinary approach to study the structure of the subunits and the reaction intermediates by engaging expertise in molecular genetics, biochemistry (Prof. Pieter van de Putte's group, Dept. of Molecular Genetics, University of Leiden, NL); X-ray crystallography by using both convential "in-house" X-ray crystal structure solution using Multiple Isomporphous Relacement MIR phasing (Dr. Mark Sanderson's group, The Randall Institute, King's College London, GB) and Multiple Anomalous Dispersion MAD phasing using multi-wave-length synchrotron radiation from the ESRF (Dr. Juan Fontecilla-Camps' group, Institut de Biologie Structurale Jean-Pierre Ebel, Grenoble, FR); nucleic acid organic chemistry to synthesise defined DNA lesions (Prof. Jacques van Boom's group, Dept. of Organic Chemistry, University of Leiden, The Netherlands) and computational chemistry (Prof. Modesto Orozco's group, Dept. of Chemistry, University of Barcelona, ES). This programme will also generate a variety of DNA substrates containing site-specific lesions, so that the structures of these DNAs may be studied on their own by X-ray diffraction (Dr. Mark Sanderson's group, King's College London) and by Nuclear Magnetic Resonance spectroscopy (Prof. Jacques van Boom's group and Dr. Mark Sanderson's group). These studies will help to assess the structural changes induced by protein binding and will provide more information on the way a lesion is recognized. Computational studies will provide a full understanding of the energetics, electrostatics and dynamics of the relevant protein-DNA interactions. This programme should make a significant contribution to the understanding of DNA excision repair.
Ámbito científico (EuroSciVoc)
- ciencias naturales ciencias biológicas biología molecular genética molecular
- ciencias naturales ciencias biológicas bioquímica biomoléculas ácido nucleico
- ciencias naturales ciencias químicas química orgánica
- ciencias naturales ciencias biológicas genética ADN
- ciencias naturales ciencias de la tierra y ciencias ambientales conexas geología mineralogía cristalografía
Programa(s)
Programas de financiación plurianuales que definen las prioridades de la UE en materia de investigación e innovación.
Programas de financiación plurianuales que definen las prioridades de la UE en materia de investigación e innovación.
Tema(s)
Las convocatorias de propuestas se dividen en temas. Un tema define una materia o área específica para la que los solicitantes pueden presentar propuestas. La descripción de un tema comprende su alcance específico y la repercusión prevista del proyecto financiado.
Las convocatorias de propuestas se dividen en temas. Un tema define una materia o área específica para la que los solicitantes pueden presentar propuestas. La descripción de un tema comprende su alcance específico y la repercusión prevista del proyecto financiado.
Convocatoria de propuestas
Procedimiento para invitar a los solicitantes a presentar propuestas de proyectos con el objetivo de obtener financiación de la UE.
Datos no disponibles
Procedimiento para invitar a los solicitantes a presentar propuestas de proyectos con el objetivo de obtener financiación de la UE.
Régimen de financiación
Régimen de financiación (o «Tipo de acción») dentro de un programa con características comunes. Especifica: el alcance de lo que se financia; el porcentaje de reembolso; los criterios específicos de evaluación para optar a la financiación; y el uso de formas simplificadas de costes como los importes a tanto alzado.
Régimen de financiación (o «Tipo de acción») dentro de un programa con características comunes. Especifica: el alcance de lo que se financia; el porcentaje de reembolso; los criterios específicos de evaluación para optar a la financiación; y el uso de formas simplificadas de costes como los importes a tanto alzado.
Coordinador
WC2B 5RL London
Reino Unido
Los costes totales en que ha incurrido esta organización para participar en el proyecto, incluidos los costes directos e indirectos. Este importe es un subconjunto del presupuesto total del proyecto.