Objectif
An avalanche of data has been gathered by the various genome mapping and sequencing projects. This data combined with the biological information in databases has an inestimable potential value. The realization of that potential is heavily dependent on investments in the development of tools to make use of the underlying data in databases and to make this knowledge available to the scientific community.
Protein sequence databases form a key computational resource for modern molecular biology. Searches against such a database frequently allow transfer of important functional information to a new sequence. However, transferring information from pairwise hits to other sequences is prone to error, particularly when this must be done on a large scale, for instance when annotating predicted genes from genome projects at the genome centres or when annotating sequences for inclusion in databases like SWISS-PROT + TREMBL. In recognition of these limitations, it is now essential to extend search strategies to include a range of "secondary" databases when analysing novel protein sequences. Databases on functional sites and domains like PROSITE, PRINTS, PFAM, PRODOM, BLOCKS, etc., have become vital resources for identifying distant relationships in novel sequences, and hence for predicting protein function and structure.
Unfortunately, these secondary databases do not share the same formats and nomenclature, which makes the use of all of them in an automated way difficult. In response to this the partners in this proposal (EBI, University of Geneva, ISREC, UCL, Sanger Centre, INRIA, CNRS/INRA, Compugen, LION, Pfizer and University of Bergen) want to address these problems by establishing an Integrated resource of Protein domains and functional sites (InterPro), and to apply this resource to accelerate protein functional analysis. This will create the pre-eminent world-wide secondary database for protein annotation.
The main objectives and goals of this proposal are:
- Creation of InterPro, allowing users to access a wider, complementary range of site and domain recognition methods in a single package.
- Establishment of WWW servers which allow the scientific community to useInterPro in protein sequence analysis.
- Incorporation of InterPro in the computer-generation of annotation in TREMBL,the protein database supplementing SWISS-PROT.
- Use of InterPro in the annotation of predicted genes from genome projects.
Champ scientifique (EuroSciVoc)
CORDIS classe les projets avec EuroSciVoc, une taxonomie multilingue des domaines scientifiques, grâce à un processus semi-automatique basé sur des techniques TLN. Voir: Le vocabulaire scientifique européen.
CORDIS classe les projets avec EuroSciVoc, une taxonomie multilingue des domaines scientifiques, grâce à un processus semi-automatique basé sur des techniques TLN. Voir: Le vocabulaire scientifique européen.
- sciences naturelles informatique et science de l'information bases de données
- sciences naturelles sciences biologiques biochimie biomolécule protéines
- sciences naturelles mathématiques mathématiques pures analyse mathématique analyse fonctionnelle
- sciences naturelles sciences biologiques génétique génome
- sciences naturelles sciences biologiques biologie moléculaire
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Programme(s)
Programmes de financement pluriannuels qui définissent les priorités de l’UE en matière de recherche et d’innovation.
Programmes de financement pluriannuels qui définissent les priorités de l’UE en matière de recherche et d’innovation.
Thème(s)
Les appels à propositions sont divisés en thèmes. Un thème définit un sujet ou un domaine spécifique dans le cadre duquel les candidats peuvent soumettre des propositions. La description d’un thème comprend sa portée spécifique et l’impact attendu du projet financé.
Les appels à propositions sont divisés en thèmes. Un thème définit un sujet ou un domaine spécifique dans le cadre duquel les candidats peuvent soumettre des propositions. La description d’un thème comprend sa portée spécifique et l’impact attendu du projet financé.
Appel à propositions
Procédure par laquelle les candidats sont invités à soumettre des propositions de projet en vue de bénéficier d’un financement de l’UE.
Données non disponibles
Procédure par laquelle les candidats sont invités à soumettre des propositions de projet en vue de bénéficier d’un financement de l’UE.
Régime de financement
Régime de financement (ou «type d’action») à l’intérieur d’un programme présentant des caractéristiques communes. Le régime de financement précise le champ d’application de ce qui est financé, le taux de remboursement, les critères d’évaluation spécifiques pour bénéficier du financement et les formes simplifiées de couverture des coûts, telles que les montants forfaitaires.
Régime de financement (ou «type d’action») à l’intérieur d’un programme présentant des caractéristiques communes. Le régime de financement précise le champ d’application de ce qui est financé, le taux de remboursement, les critères d’évaluation spécifiques pour bénéficier du financement et les formes simplifiées de couverture des coûts, telles que les montants forfaitaires.
Coordinateur
CB10 1SD SAFFRON WALDEN
Royaume-Uni
Les coûts totaux encourus par l’organisation concernée pour participer au projet, y compris les coûts directs et indirects. Ce montant est un sous-ensemble du budget global du projet.