Obiettivo
An avalanche of data has been gathered by the various genome mapping and sequencing projects. This data combined with the biological information in databases has an inestimable potential value. The realization of that potential is heavily dependent on investments in the development of tools to make use of the underlying data in databases and to make this knowledge available to the scientific community.
Protein sequence databases form a key computational resource for modern molecular biology. Searches against such a database frequently allow transfer of important functional information to a new sequence. However, transferring information from pairwise hits to other sequences is prone to error, particularly when this must be done on a large scale, for instance when annotating predicted genes from genome projects at the genome centres or when annotating sequences for inclusion in databases like SWISS-PROT + TREMBL. In recognition of these limitations, it is now essential to extend search strategies to include a range of "secondary" databases when analysing novel protein sequences. Databases on functional sites and domains like PROSITE, PRINTS, PFAM, PRODOM, BLOCKS, etc., have become vital resources for identifying distant relationships in novel sequences, and hence for predicting protein function and structure.
Unfortunately, these secondary databases do not share the same formats and nomenclature, which makes the use of all of them in an automated way difficult. In response to this the partners in this proposal (EBI, University of Geneva, ISREC, UCL, Sanger Centre, INRIA, CNRS/INRA, Compugen, LION, Pfizer and University of Bergen) want to address these problems by establishing an Integrated resource of Protein domains and functional sites (InterPro), and to apply this resource to accelerate protein functional analysis. This will create the pre-eminent world-wide secondary database for protein annotation.
The main objectives and goals of this proposal are:
- Creation of InterPro, allowing users to access a wider, complementary range of site and domain recognition methods in a single package.
- Establishment of WWW servers which allow the scientific community to useInterPro in protein sequence analysis.
- Incorporation of InterPro in the computer-generation of annotation in TREMBL,the protein database supplementing SWISS-PROT.
- Use of InterPro in the annotation of predicted genes from genome projects.
Campo scientifico (EuroSciVoc)
CORDIS classifica i progetti con EuroSciVoc, una tassonomia multilingue dei campi scientifici, attraverso un processo semi-automatico basato su tecniche NLP. Cfr.: Il Vocabolario Scientifico Europeo.
CORDIS classifica i progetti con EuroSciVoc, una tassonomia multilingue dei campi scientifici, attraverso un processo semi-automatico basato su tecniche NLP. Cfr.: Il Vocabolario Scientifico Europeo.
- scienze naturali informatica e scienze dell'informazione basi di dati
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Programma(i)
Programmi di finanziamento pluriennali che definiscono le priorità dell’UE in materia di ricerca e innovazione.
Programmi di finanziamento pluriennali che definiscono le priorità dell’UE in materia di ricerca e innovazione.
Argomento(i)
Gli inviti a presentare proposte sono suddivisi per argomenti. Un argomento definisce un’area o un tema specifico per il quale i candidati possono presentare proposte. La descrizione di un argomento comprende il suo ambito specifico e l’impatto previsto del progetto finanziato.
Gli inviti a presentare proposte sono suddivisi per argomenti. Un argomento definisce un’area o un tema specifico per il quale i candidati possono presentare proposte. La descrizione di un argomento comprende il suo ambito specifico e l’impatto previsto del progetto finanziato.
Invito a presentare proposte
Procedura per invitare i candidati a presentare proposte di progetti, con l’obiettivo di ricevere finanziamenti dall’UE.
Dati non disponibili
Procedura per invitare i candidati a presentare proposte di progetti, con l’obiettivo di ricevere finanziamenti dall’UE.
Meccanismo di finanziamento
Meccanismo di finanziamento (o «Tipo di azione») all’interno di un programma con caratteristiche comuni. Specifica: l’ambito di ciò che viene finanziato; il tasso di rimborso; i criteri di valutazione specifici per qualificarsi per il finanziamento; l’uso di forme semplificate di costi come gli importi forfettari.
Meccanismo di finanziamento (o «Tipo di azione») all’interno di un programma con caratteristiche comuni. Specifica: l’ambito di ciò che viene finanziato; il tasso di rimborso; i criteri di valutazione specifici per qualificarsi per il finanziamento; l’uso di forme semplificate di costi come gli importi forfettari.
Coordinatore
CB10 1SD SAFFRON WALDEN
Regno Unito
I costi totali sostenuti dall’organizzazione per partecipare al progetto, compresi i costi diretti e indiretti. Questo importo è un sottoinsieme del bilancio complessivo del progetto.