Objectif
Research objectives and content
The aim of the project is to develop a new visualisation tool that allows effective comparative genome sequence analysis. The program will compare multiple sequences from putitatively homologous regions in different species. It shall employ an ACEDB database for storage and retrieval of data. Results from various different existing analysis programs, such as gene prediction, protein homology and regulatory sequence prediction programs shall be visualised and used to find corresponding sequence domains.
The program will function as a stand-alone application and also over the World Wide Web. With this in mind it shall be developed using the Java programming language.
A novel concept of the project is to use available analysis programs relevant to comparative genome sequence analysis, combine the results of these, and graphically present them in an intuitive way, thereby facilitating the analysis of large genomic regions. The availability of this tool will be valuable for comparative genome sequence analysis, and furthermore as an auxillary program to ACEDB it will increase the versatility of this widely used genome database management system. Training content (objective, benefit and expected impact)
The project will provide training in the field of bioinformatics, in particular in analyzing genomic data, and computer programming to create tools for this type of analysis. This is an area of research were there is a great need for people with the appropriate skills, especially in Sweden. This project would provide me with skills and knowledge that would form a basis for a future career in bioinformatics.
Links with industry / industrial relevance (22)
Champ scientifique (EuroSciVoc)
CORDIS classe les projets avec EuroSciVoc, une taxonomie multilingue des domaines scientifiques, grâce à un processus semi-automatique basé sur des techniques TLN. Voir: Le vocabulaire scientifique européen.
CORDIS classe les projets avec EuroSciVoc, une taxonomie multilingue des domaines scientifiques, grâce à un processus semi-automatique basé sur des techniques TLN. Voir: Le vocabulaire scientifique européen.
- sciences naturelles informatique et science de l'information logiciel
- sciences naturelles informatique et science de l'information bases de données
- sciences naturelles sciences biologiques biochimie biomolécule protéines
- sciences naturelles sciences biologiques génétique génome
- sciences naturelles informatique et science de l'information internet world wide web
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Programme(s)
Programmes de financement pluriannuels qui définissent les priorités de l’UE en matière de recherche et d’innovation.
Programmes de financement pluriannuels qui définissent les priorités de l’UE en matière de recherche et d’innovation.
Thème(s)
Les appels à propositions sont divisés en thèmes. Un thème définit un sujet ou un domaine spécifique dans le cadre duquel les candidats peuvent soumettre des propositions. La description d’un thème comprend sa portée spécifique et l’impact attendu du projet financé.
Les appels à propositions sont divisés en thèmes. Un thème définit un sujet ou un domaine spécifique dans le cadre duquel les candidats peuvent soumettre des propositions. La description d’un thème comprend sa portée spécifique et l’impact attendu du projet financé.
Appel à propositions
Procédure par laquelle les candidats sont invités à soumettre des propositions de projet en vue de bénéficier d’un financement de l’UE.
Données non disponibles
Procédure par laquelle les candidats sont invités à soumettre des propositions de projet en vue de bénéficier d’un financement de l’UE.
Régime de financement
Régime de financement (ou «type d’action») à l’intérieur d’un programme présentant des caractéristiques communes. Le régime de financement précise le champ d’application de ce qui est financé, le taux de remboursement, les critères d’évaluation spécifiques pour bénéficier du financement et les formes simplifiées de couverture des coûts, telles que les montants forfaitaires.
Régime de financement (ou «type d’action») à l’intérieur d’un programme présentant des caractéristiques communes. Le régime de financement précise le champ d’application de ce qui est financé, le taux de remboursement, les critères d’évaluation spécifiques pour bénéficier du financement et les formes simplifiées de couverture des coûts, telles que les montants forfaitaires.
Coordinateur
CB10 1SA SAFFRON WALDEN
Royaume-Uni
Les coûts totaux encourus par l’organisation concernée pour participer au projet, y compris les coûts directs et indirects. Ce montant est un sous-ensemble du budget global du projet.