Objectif
* to identify P. falciparum centromere sequences
* to analyze spatial and temporal chromatin changes and their effect on transcriptional activity in P. falciparum
* to develop an in vitro plasmodial telomerase assay
* to identify and clone the P. falciparum telomerase including its RNA subunit
* to characterize subtelomeric domains in P. vivax
* to identify and clone non-histone nuclear proteins
* to identify origins of replication
Expected Outcome
* The study aims at characterizing those structural aspects of plasmodial chromatin that are relevant to the multiple functions in which chromatin is involved, such as transcription, replication, segregation, chromosomal stability versus (possibly programmed) rearrangements.
* The study will aid in identifying new targets for rational drug design.
* Development of an in vitro P. falciparum telomerase assay. An in vitro assay for plasmodial telomerase activity will be established. Different oligonucleotides will be tested for function as templates for the plasmodial telomerase. The effect of inhibitors on in vitro telomerase activity and in vivo parasite viability will be tested.
* Cloning of the plasmodial telomerase. The gene encoding the protein subunit of the plasmodial telomerase will be cloned a) using a structural approach, based on conserved telomerase sequences, b) by screening a P. falciparum expression library with antibodies to the Tetrahymena telomerase. The RNA subunit of the plasmodial telomerase will be cloned by screening a genomic P. falciparum libraries with oligonucleotide complementary to plasmodial telomeres.
* Studies on plasmodial replication. Electron-microscopic studies will be conducted using decondensed chromatin to determine areas where replication had initiated. In addition, two-dimensional gel electrophoresis as described by Brewer and Fangman will be used to visualize replication intermediates.
* Identification of functional centromere sequences. Centromeric sequences will be identified using a functional, transfection based approach. A wild-type P. falciparum strain will be transfected with a P. falciparum library cloned in a vector, which contains a selectable marker. Repeated rounds of selection and plasmid recovery, followed by re-transformation, will be employed to enrich for sequences containing a plasmodial centromere. Centromeres will be further dissected by deletion analysis. Protein binding motifs will be tested in gel retardation assays, using nuclear proteins.
* Spatial and temporal changes of plasmodial chromatin. The chromatin structure of telomeric repeat sequences, subtelomeric regions, internal chromosome domains and the transition between these different domains will be investigated. The possible effect of chromatin changes on the transcriptional activity of developmentally expressed genes will be investigated.
* Characterizing protein components of plasmodial chromatin. Monoclonal antibodies against NAP (Nucleosome Assembly Protein) will be used in immunofluorescence studies to examine the association of this protein with the nuclear material. In vitro reconstitution experiments are planned to test the activity of the NAP protein in chromatin assembly.
Champ scientifique (EuroSciVoc)
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- sciences médicales et de la santé médecine fondamentale chimie médicinale
- sciences naturelles sciences biologiques biochimie biomolécule protéines
- sciences naturelles sciences biologiques génétique ARN
- sciences naturelles sciences chimiques électrochimie électrophorèse
- sciences naturelles sciences biologiques génétique chromosome
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Programme(s)
Programmes de financement pluriannuels qui définissent les priorités de l’UE en matière de recherche et d’innovation.
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Thème(s)
Les appels à propositions sont divisés en thèmes. Un thème définit un sujet ou un domaine spécifique dans le cadre duquel les candidats peuvent soumettre des propositions. La description d’un thème comprend sa portée spécifique et l’impact attendu du projet financé.
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Appel à propositions
Procédure par laquelle les candidats sont invités à soumettre des propositions de projet en vue de bénéficier d’un financement de l’UE.
Données non disponibles
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Régime de financement
Régime de financement (ou «type d’action») à l’intérieur d’un programme présentant des caractéristiques communes. Le régime de financement précise le champ d’application de ce qui est financé, le taux de remboursement, les critères d’évaluation spécifiques pour bénéficier du financement et les formes simplifiées de couverture des coûts, telles que les montants forfaitaires.
Régime de financement (ou «type d’action») à l’intérieur d’un programme présentant des caractéristiques communes. Le régime de financement précise le champ d’application de ce qui est financé, le taux de remboursement, les critères d’évaluation spécifiques pour bénéficier du financement et les formes simplifiées de couverture des coûts, telles que les montants forfaitaires.
Coordinateur
97070 Würzburg
Allemagne
Les coûts totaux encourus par l’organisation concernée pour participer au projet, y compris les coûts directs et indirects. Ce montant est un sous-ensemble du budget global du projet.