Objetivo
Nucleotide excision repair (NER) is involved in preserving genomic integrity by removing a number of diverse lesions, including those formed by UV-light, various environmental mutagens and certain anti-tumour agents from DNA. NER fulfils an important role in protecting humans from cancer. NER is a complex process that involves the concerted action of over 30 polypeptides and involves the following steps: damage recognition, opening of the DNA around the lesion, dual incision of the damaged strand, repair synthesis and ligation. We will pursue an interdisciplinary project to study mammalian NER in vitro and in vivo. We will design and synthesize photoreactive and fluorescent NER substrates and investigate how they interact with NER factors. The novelty of this project involves design of NER substrates containing bulky photoreactive damages and their application to study mammalian NER system. Photocrosslinking studies using photoreactive probes as damages and in proximity to the damage will provide a picture of how NER factors (XPC-HR23B,TFIIH, XPA, RPA, DDB1/2 and others) and their subunits are connected with NER damages or to the undamaged strand in the process of damage verification and processing. Using RPA mutants will allow us to determine subunits and domains of RPA critical for functioning of NER machinery. The advantage of this approach consists in the possibility to identify unstable (transient) NER complexes and to define their architecture and hand-off of damage DNA from one protein to another in NER processing. Novel fluorescent, photoreactive or both NER substrates will be used to determine the intermolecular distances between the individual proteins and damaged sites using fluorescence resonance energy transfer (FRET) and fluorescence cross-correlation spectroscopy (FCCS) in live cells. FRET and FCCS studies will be performed by introducing fluorescent NER substrates into cells that already express GFP-tagged NER factors. The kinetics of NER factor assembly and their possible dynamic exchange on locally inflicted lesions will be determined by ultra-fast time-lapse imaging of GFP-tagged factors. While in vitro data should provide a detailed picture of damage recognition, complex assembly and incision during NER, in vivo studies will provide information on the dynamics of the assembly process in the cell. We expect that our studies will provide more insight into the NER mechanism and will contribute to close the gap between in vitro and in vivo studies. Our studies will provide more detailed insight into the assembly and architecture of the NER machinery at various stages of the reaction and in more general terms, provide knowledge into how an intricate protein complex assembles and performs its enzymatic activity in mammalian cells. The data resulted from this project will have a high impact to counteract consequences related to human diseases linked to the NER system and may help to design drugs to combat cancer and aging.
Ámbito científico (EuroSciVoc)
CORDIS clasifica los proyectos con EuroSciVoc, una taxonomía plurilingüe de ámbitos científicos, mediante un proceso semiautomático basado en técnicas de procesamiento del lenguaje natural. Véas: El vocabulario científico europeo..
CORDIS clasifica los proyectos con EuroSciVoc, una taxonomía plurilingüe de ámbitos científicos, mediante un proceso semiautomático basado en técnicas de procesamiento del lenguaje natural. Véas: El vocabulario científico europeo..
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Palabras clave
Palabras clave del proyecto indicadas por el coordinador del proyecto. No confundir con la taxonomía EuroSciVoc (Ámbito científico).
Palabras clave del proyecto indicadas por el coordinador del proyecto. No confundir con la taxonomía EuroSciVoc (Ámbito científico).
Programa(s)
Programas de financiación plurianuales que definen las prioridades de la UE en materia de investigación e innovación.
Programas de financiación plurianuales que definen las prioridades de la UE en materia de investigación e innovación.
Tema(s)
Las convocatorias de propuestas se dividen en temas. Un tema define una materia o área específica para la que los solicitantes pueden presentar propuestas. La descripción de un tema comprende su alcance específico y la repercusión prevista del proyecto financiado.
Datos no disponibles
Las convocatorias de propuestas se dividen en temas. Un tema define una materia o área específica para la que los solicitantes pueden presentar propuestas. La descripción de un tema comprende su alcance específico y la repercusión prevista del proyecto financiado.
Convocatoria de propuestas
Procedimiento para invitar a los solicitantes a presentar propuestas de proyectos con el objetivo de obtener financiación de la UE.
Datos no disponibles
Procedimiento para invitar a los solicitantes a presentar propuestas de proyectos con el objetivo de obtener financiación de la UE.
Régimen de financiación
Régimen de financiación (o «Tipo de acción») dentro de un programa con características comunes. Especifica: el alcance de lo que se financia; el porcentaje de reembolso; los criterios específicos de evaluación para optar a la financiación; y el uso de formas simplificadas de costes como los importes a tanto alzado.
Régimen de financiación (o «Tipo de acción») dentro de un programa con características comunes. Especifica: el alcance de lo que se financia; el porcentaje de reembolso; los criterios específicos de evaluación para optar a la financiación; y el uso de formas simplificadas de costes como los importes a tanto alzado.
Datos no disponibles
Coordinador
ROTTERDAM
Países Bajos
Los costes totales en que ha incurrido esta organización para participar en el proyecto, incluidos los costes directos e indirectos. Este importe es un subconjunto del presupuesto total del proyecto.