Obiettivo
Nucleotide excision repair (NER) is involved in preserving genomic integrity by removing a number of diverse lesions, including those formed by UV-light, various environmental mutagens and certain anti-tumour agents from DNA. NER fulfils an important role in protecting humans from cancer. NER is a complex process that involves the concerted action of over 30 polypeptides and involves the following steps: damage recognition, opening of the DNA around the lesion, dual incision of the damaged strand, repair synthesis and ligation. We will pursue an interdisciplinary project to study mammalian NER in vitro and in vivo. We will design and synthesize photoreactive and fluorescent NER substrates and investigate how they interact with NER factors. The novelty of this project involves design of NER substrates containing bulky photoreactive damages and their application to study mammalian NER system. Photocrosslinking studies using photoreactive probes as damages and in proximity to the damage will provide a picture of how NER factors (XPC-HR23B,TFIIH, XPA, RPA, DDB1/2 and others) and their subunits are connected with NER damages or to the undamaged strand in the process of damage verification and processing. Using RPA mutants will allow us to determine subunits and domains of RPA critical for functioning of NER machinery. The advantage of this approach consists in the possibility to identify unstable (transient) NER complexes and to define their architecture and hand-off of damage DNA from one protein to another in NER processing. Novel fluorescent, photoreactive or both NER substrates will be used to determine the intermolecular distances between the individual proteins and damaged sites using fluorescence resonance energy transfer (FRET) and fluorescence cross-correlation spectroscopy (FCCS) in live cells. FRET and FCCS studies will be performed by introducing fluorescent NER substrates into cells that already express GFP-tagged NER factors. The kinetics of NER factor assembly and their possible dynamic exchange on locally inflicted lesions will be determined by ultra-fast time-lapse imaging of GFP-tagged factors. While in vitro data should provide a detailed picture of damage recognition, complex assembly and incision during NER, in vivo studies will provide information on the dynamics of the assembly process in the cell. We expect that our studies will provide more insight into the NER mechanism and will contribute to close the gap between in vitro and in vivo studies. Our studies will provide more detailed insight into the assembly and architecture of the NER machinery at various stages of the reaction and in more general terms, provide knowledge into how an intricate protein complex assembles and performs its enzymatic activity in mammalian cells. The data resulted from this project will have a high impact to counteract consequences related to human diseases linked to the NER system and may help to design drugs to combat cancer and aging.
Campo scientifico (EuroSciVoc)
CORDIS classifica i progetti con EuroSciVoc, una tassonomia multilingue dei campi scientifici, attraverso un processo semi-automatico basato su tecniche NLP. Cfr.: Il Vocabolario Scientifico Europeo.
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Parole chiave
Parole chiave del progetto, indicate dal coordinatore del progetto. Da non confondere con la tassonomia EuroSciVoc (campo scientifico).
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Programma(i)
Programmi di finanziamento pluriennali che definiscono le priorità dell’UE in materia di ricerca e innovazione.
Programmi di finanziamento pluriennali che definiscono le priorità dell’UE in materia di ricerca e innovazione.
Argomento(i)
Gli inviti a presentare proposte sono suddivisi per argomenti. Un argomento definisce un’area o un tema specifico per il quale i candidati possono presentare proposte. La descrizione di un argomento comprende il suo ambito specifico e l’impatto previsto del progetto finanziato.
Dati non disponibili
Gli inviti a presentare proposte sono suddivisi per argomenti. Un argomento definisce un’area o un tema specifico per il quale i candidati possono presentare proposte. La descrizione di un argomento comprende il suo ambito specifico e l’impatto previsto del progetto finanziato.
Invito a presentare proposte
Procedura per invitare i candidati a presentare proposte di progetti, con l’obiettivo di ricevere finanziamenti dall’UE.
Dati non disponibili
Procedura per invitare i candidati a presentare proposte di progetti, con l’obiettivo di ricevere finanziamenti dall’UE.
Meccanismo di finanziamento
Meccanismo di finanziamento (o «Tipo di azione») all’interno di un programma con caratteristiche comuni. Specifica: l’ambito di ciò che viene finanziato; il tasso di rimborso; i criteri di valutazione specifici per qualificarsi per il finanziamento; l’uso di forme semplificate di costi come gli importi forfettari.
Meccanismo di finanziamento (o «Tipo di azione») all’interno di un programma con caratteristiche comuni. Specifica: l’ambito di ciò che viene finanziato; il tasso di rimborso; i criteri di valutazione specifici per qualificarsi per il finanziamento; l’uso di forme semplificate di costi come gli importi forfettari.
Dati non disponibili
Coordinatore
ROTTERDAM
Paesi Bassi
I costi totali sostenuti dall’organizzazione per partecipare al progetto, compresi i costi diretti e indiretti. Questo importo è un sottoinsieme del bilancio complessivo del progetto.