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Entretien

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Un entrepôt de données de toxicité accessible au public

La pression croissante du public pour mettre fin aux expérimentations animales, notamment dans l'industrie des cosmétiques, signifie que les avancées scientifiques isolées ne sont pas suffisantes. Les chercheurs ont besoin d'un outil pour accéder à toutes les données disponibles et partager leurs propres résultats, ce qui est exactement ce que propose TOXBANK.

Dans le cadre du programme SEURAT-1, l'initiative TOXBANK (Supporting Integrated Data Analysis and Servicing of Alternative Testing Methods in Toxicology) a développé une série d'outils pour la communauté scientifique qui devrait l'aider à remplacer les tests de toxicité systémique à dose répétée traditionnellement effectués sur des animaux. Les nouveaux outils en ligne, qui sont publiquement disponibles, tournent autour d'un entrepôt dédié pour la gestion et la modélisation des données de toxicité dans lequel sont collectés les résultats des projets SEURAT-1 et des données d'autres sources, notamment des bases de données publiques. Ils incluent également une base de données de composés de «référence absolue» et un référentiel de composés de test sélectionnés, ainsi qu'une source de références pour les cellules, les lignées de cellules et les tissus pertinents pour la recherche en toxicité systémique in vitro conduite dans le cadre de SEURAT-1. Le Dr Emilio Benfenati, responsable du laboratoire de chimie environnementale et de toxicologie de l'institut Mario Negri en Italie et coordinateur du projet, explique comment cela réduira finalement le besoin de tests in vivo, ce que les parties prenantes peuvent attendre d'ici la fin du projet et après, et comment certains secteurs, qui utilisent encore des données in vivo, en bénéficieront. Où en êtes-vous concernant le développement de l'entrepôt de données TOXBANK et les objectifs généraux du projet ? Une version de production de l'entrepôt de données TOXBANK a été mise en œuvre et fournit un accès aux données traitées et protocoles issus des expériences, ainsi qu'à des informations intéressantes pour le public. Cela inclut le développement et/ou la personnalisation d'interfaces basées sur le web pour associer et télécharger des données, notamment des données brutes, traitées et des résultats de modèles. Chaque étape des expériences est liée à des protocoles décrivant les procédures. Une interface utilisateur web pour chercher, parcourir et filtrer les résultats a été mise en œuvre pour fournir un accès à tous les protocoles et toutes les données en tenant compte des restrictions d’accès liées à la propriété intellectuelle. Le système a été mis en œuvre sous forme de série de services web basés sur REST qui permettent une interopérabilité avec d'autres systèmes du programme général, ainsi qu'avec des ressources externes. L'entrepôt de données TOXBANK est publiquement accessible depuis l'automne 2014. Nous intégrons désormais les données publiques sur les composés de référence dans l'entrepôt, qui supporte les méta-analyses et les évaluations de risque effectuées dans les études de cas SEURAT-1. Ainsi, le «moteur» est prêt et il est désormais alimenté avec des données en provenance de différents projets SEURAT-1, ainsi qu'avec des données externes, telles que des données de ToxCast. Quel sera, selon vous, l'impact de votre travail sur la recherche dans ce domaine ? Le projet TOXBANK met en place une infrastructure et des fonctions de service essentielles pour tous les projets SEURAT-1, fournissant un ensemble centralisé et standardisé de ressources de données, de composés et d'échantillons biologiques, accompagné de procédures de fonctionnement standardisées et de conseils. La mise à disposition de sources de qualité en matière de composés, cellules et tissus pour la recherche permettra de promouvoir de nouveaux essais basés sur des cellules humaines qui permettront une évaluation plus précise de la toxicité. Ces ressources permettront de garantir que les essais in vitro alternatifs développés par les chercheurs SEURAT-1 sont guidés et soutenus dès les premières phases de leur conception de sorte à optimiser leurs chances d'atteindre la phase de pré-validation telle qu'elle est définie par ECVAM avant de recevoir la validation et l'acceptation réglementaire requises dans le cadre de REACH. Ainsi, les agences de régulation sont les bénéficiaires cibles de cette infrastructure. Le système REACH impose également des exigences significatives aux entreprises travaillant sur le marché européen dans le domaine de l'import et de la fabrication de biens comportant des produits chimiques. Partout où c'est possible, les entreprises sont tenues de satisfaire aux principes des «3R», ainsi que d'évaluer et éventuellement utiliser et rendre compte sur les alternatives. Ainsi, l'industrie est une autre cible majeure pour notre infrastructure, étant donné que des installations ressources standard pour l'industrie telles que TOXBANK sont nécessaires pour les activités d'évaluation de la sécurité. REACH représente un défi notamment pour les PME car elles n'ont généralement pas les outils et les connaissances nécessaires en interne pour effectuer ce travail d'évaluation. Nous devrions également avoir un impact bénéfique sur Cosmetics Europe et d'autres organisations concernées par la directive sur les cosmétiques, qui impose des réglementations 3R strictes sur les entreprises de produits de consommation, exigeant depuis 2013 que toutes les expériences de toxicité systémique sur les animaux soient éliminées. Enfin, nous pensons provoquer un effet boule de neige par lequel toutes les données deviendront progressivement disponibles, avec la possibilité d'étudier de multiples associations entre différents ensembles de données. Nous pensons que l'impact sera accru par le fait que les résultats de TOXBANK sont facilement accessibles à partir d'un simple ordinateur. Pouvez-vous nous dire quand la plateforme sera-t-elle opérationnelle ? TOXBANK peut déjà être utilisé. À ce jour, 61 protocoles et les données de 39 essais ont été chargés dans l’entrepôt de données, et 8 études sont actuellement en cours de préparation. TOXBANK a également converti au format ISA-Tab les fichiers et les bases de données mises à disposition par l'Agence de protection de l'environnement des États-Unis, afin de les intégrer dans notre entrepôt de données. Le projet doit s'achever en décembre 2015 et nous attendons ainsi que nos partenaires SEURAT-1 collectent d'autres données au cours des derniers mois. Quels sont les retours des chercheurs à ce jour ? TOXBANK a été présenté lors de plusieurs conférences et évènements divers. L'intérêt porte essentiellement sur deux aspects. Premièrement, une question pratique: L'accès aux données qui sont généralement masquées dans les rapports issus d'expériences individuelles. TOXBANK permet aux parties prenantes d'avoir une vue «panoramique» des données, qui peut être utilisée pour limiter l'utilisation d'animaux. L'industrie des cosmétiques est bien sûr très intéressée par la perspective du poids de la preuve pour évaluer la sécurité des ingrédients cosmétiques. Pour ce secteur industriel, il est vital d'optimiser l'utilisation de toutes les données. Le deuxième motif d'intérêt est d'ordre théorique, avec la possibilité d'exploiter pleinement les données de manière générale. Cela n'intéresse pas seulement l'industrie des cosmétiques. Les régulateurs impliqués dans le programme REACH s'intéressent également aux résultats de TOXBANK et SEURAT-1. L'Autorité européenne de sécurité des aliments (EFSA) travaille également de manière active sur l'utilisation de toutes les données et sur des méthodes de production d'informations à partir d'une perspective du poids de la preuve. De manière encore plus générale, les chercheurs sont intéressés par une extension de l'accès et de l'utilisation des données. Cela est essentiel dans le domaine de la toxicologie. Vous allez organiser le forum public TOXBANK en octobre: que peuvent attendre les parties prenantes de cet évènement ? L'évènement est destiné en particulier aux acteurs du secteur industriel. L'industrie des cosmétiques est obligée d'étudier toutes les voies possibles pour apporter la preuve de la sécurité des ingrédients cosmétiques, sans avoir recours à des tests sur les animaux. Pour ce secteur industriel, il est essentiel d'obtenir des preuves suffisantes de la sécurité de leurs ingrédients dès que possible. Le projet TOXBANK sera utile en permettant d'étudier les données disponibles sur les substances de manière transparente et efficace, intégrant des informations de sources multiples qui seraient difficiles à fusionner autrement. TOXBANK propose une puissante plateforme avancée. Mais cet évènement sera également une opportunité d'entrer en contact avec les parties prenantes et aussi de solliciter des interactions à l'avenir. Pensez-vous que l'UE est sur la bonne voie pour atteindre son objectif d'éliminer les tests sur les animaux ? L'UE est une entité complexe, avec de nombreux États membres différents et de nombreuses réglementations. L'UE s'est en effet fixé l'objectif d'éliminer les tests sur les animaux, mais elle a d'autres objectifs tels que la sécurité humaine et la protection de l'environnement, qui peuvent parfois entrer en conflit avec la suppression progressive des tests sur les animaux. L'UE est certainement proche de l'élimination des tests des ingrédients cosmétiques sur les animaux, mais d'autres réglementations vont dans une direction différente. Pour éliminer les tests sur les animaux tout en assurant la protection de la santé humaine et de l'environnement, nous avons besoin d'un changement semblable à celui qui a par exemple eu lieu aux États-Unis, avec une stratégie unifiée couvrant différentes agences de régulation et une vision commune. Qu'est-il prévu après la fin du projet ? Avec l'initiative H2020, l'UE prévoit de continuer à soutenir la recherche sur les alternatives aux tests sur les animaux. Un nouveau projet appelé EUTOXRISK21 continuera sur cette voie avec des dizaines de laboratoires. Certains partenaires de TOXBANK participeront à ce nouveau projet qui doit démarrer en janvier 2016, et l'expérience et les ressources de TOXBANK seront certainement utiles. Pour plus d'informations, veuillez consulter: Site web du projet TOXBANK

Pays

Italie