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Broadening the Bioinformatics Infrastructure to unicellular, animal, and plant science

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De nouvelles perspectives pour les instruments de génomique humaine

La communauté de la recherche mondiale a consacré énormément de fonds et de temps à déchiffrer le génome humain. Un projet financé par l'UE a appliqué les connaissances et les instruments et appareils développés dans le cadre de cet effort aux sciences de la vie pour explorer plus que l'Homo sapiens.

Santé

Malheureusement, l'étude du génome humain n'a pas produit les résultats «miracles» attendus par beaucoup, comme le traitement de maladies incurables. Néanmoins, un important corpus d'informations, d'outils logiciels et de savoir-faire a été généré. La bioinformatique, l'application de l'informatique aux données biologiques, un domaine qui se développe rapidement, implique plusieurs filières d'analyses de données dynamiques. Il convient donc de développer des filières bioinformatiques flexibles et adaptables. Les filières développées seraient également utiles pour étudier les génomes non humains, par exemple. Le projet ALLBIO (Broadening the bioinformatics infrastructure to unicellular, animal, and plant science), financé par l'UE, a élargi l'étude des données génomiques à la faune et la flore ainsi qu'aux organismes unicellulaires. Les résultats de la recherche serviront à coordonner les efforts afin d'appliquer les technologies liées au génome humain dans les domaines de la bioinformatique des microbes, des plantes et du bétail. Cela serait énormément intéressant dans les domaines émergents comme l'agriculture, tous les types de biotechnologies et les industries pharmaceutiques non humaines et biochimiques. Le projet s'inscrivait dans l'initiative plus large qu'est ELIXIR (European life science infrastructure for biological information), qui tente d'établir une infrastructure électronique qui offrira aux biologistes un meilleur accès aux données et instruments et appareils pertinents. ALLBIO a ajusté les filières pour les études non humaines et une partie importante concernait la formation de toutes les parties impliquées dans le processus. Ils ont rassemblé près de 20 communautés de chercheurs et de bioinformaticiens dans différents domaines associés à la génomique non humaine, qui ont présenté 14 cas de test réels à ALLBIO dans le cadre de plusieurs hackathons. Les hackathons sont des évènements où les programmeurs travaillent sur des projets logiciels dans l'objectif de produire de nouveaux outils et services en ligne. Quatre hackathons ont été organisés où les participants ont utilisé les études de cas comme point de départ pour développer des procédures de travail de génomique non humaine. Indirectement, les hackathons ont également permis d'instaurer des activités de collaboration et de partage de connaissances entre différents groupes de scientifiques, comme notamment la collaboration entre des laboratoires de mathématiques appliquées ou de modélisation informatique et les laboratoires d'analyse par voie humide. Trois suites logicielles ont également été développées grâce à ces évènements. Dans l'ensemble, les partenaires d'ALLBIO ont organisé 53 évènements, dont des ateliers, des séminaires, des stages de formation et didacticiels rassemblant près de 2 000 participants originaires de 36 pays. Treize articles sont en cours d'impression et un AllBioCatalogue contenant plus de 4 000 entrées associées aux instruments et services est désormais disponible dans le domaine des sciences de la vie.

Mots‑clés

Génome humain, sciences de la vie, filières de bioinformatique, études non humanitaires, hackathon

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