Une base de données mondiale des phénotypes, à l'intention des botanistes
L'aspect d'une plante (son phénotype), peut apporter des informations pour déterminer comment elle est influencée par sa génétique et les facteurs de l'environnement. La préservation des plantes nécessite donc de décoder leur développement, lequel conduit à leur phénotype, mais l'analyse du phénotype n'est pas chose aisée. Le projet PHIDIAS (PHIDIAS: Phenotyping with a high-throughput, intelligent, distributed, and interactive analysis system), financé par l'UE, visait à mettre au point le logiciel et le matériel de systèmes d'imagerie, ainsi qu'un système de traitement interactif des données auquel pourraient contribuer des chercheurs du monde entier. Pour la collecte des données, PHIDIAS a mis au point des méthodes utilisant un logiciel open source et des caméras disponibles dans le commerce. Ceci a conduit à un système d'imagerie abordable, capable de produire les images composites et haute résolution requises pour l'étude des phénotypes. Les chercheurs ont envoyé et annoté des centaines d'images depuis des laboratoires de phénotypage végétal, aidant le système à reconnaître des caractéristiques spécifiques. Une autre partie du projet a cherché à compresser les images vers des tailles plus faciles à gérer. L'association de cette compression avec l'équipement économique et le logiciel open source rendent le système PHIDIAS facile à utiliser et à personnaliser. Les solutions de PHIDIAS permettront aux chercheurs du monde entier de contribuer à une base de données internationale vivante, et d'accéder à des outils analytiques sophistiqués. En outre, elles permettront à des chercheurs dans des régions limitées financièrement et techniquement de participer à cette initiative mondiale.
Mots‑clés
Base de données de phénotypes, plantes, botanistes, PHIDIAS, détection, logiciel open source
