Globalna baza danych dotyczących fenotypów służy botanikom
Wygląd rośliny — jej fenotyp — może dostarczyć informacji o tym, jaki wpływ na rośliny mają czynniki środowiskowe i genetyka. Dekodowanie fenotypów decydujących o rozwoju rośliny jest podstawą działań ochronnych, jednak analiza fenotypu jest nauką dość skomplikowaną. Aby przezwyciężyć te trudności, uczestnicy projektu PHIDIAS (PHIDIAS: Phenotyping with a high-throughput, intelligent, distributed, and interactive analysis system) postanowili opracować sprzętowe i programowe systemy obrazowania oraz interaktywny system przetwarzania danych, z których mogliby korzystać uczeni pracujących w dowolnym miejscu na świecie. Na potrzeby zbierania danych uczeni opracowali metody detekcji wykorzystujące oprogramowanie open source oraz łatwo dostępną komercyjną technologię kamer. Dzięki temu powstał niedrogi system zapisu obrazu zdolny do wygenerowania wysokorozdzielczych obrazów kompozytowych niezbędnych do badań nad fenotypem. Uczeni przesłali i opisali setki zdjęć pochodzących z laboratoriów badających fenotypy roślin, które pomogą systemowi w rozpoznawaniu konkretnych cech fenotypowych. Inna część prac dotyczyła sposobu kompresji plików obrazów w celu zmniejszenia ich wielkości. W połączeniu z niskostratnymi urządzeniami i oprogramowaniem open source system PHIDIAS będzie wszechstronny i łatwy w adaptacji do indywidualnych potrzeb. Rozwiązania powstałe w ramach projektu PHIDIAS umożliwią naukowcom z całego świata udział w budowie międzynarodowej bazy danych oraz dostęp do zaawansowanych narzędzi analitycznych. W pracach tych będą mogli uczestniczyć także uczeni z krajów biedniejszych i dysponujących mniej rozwiniętą technologią.
Słowa kluczowe
Baza danych dotyczących fenotypów, rośliny, botanicy, PHIDIAS, detekcja, oprogramowanie open source
