Comprendre les mécanismes des maladies
Les peptides sont de minuscules morceaux de protéines. Une recherche récente a identifié de nombreux peptides qui constituent des biomarqueurs de maladies affectant les reins, les systèmes cardiovasculaire et auto-immunitaires ou sont associés à des maladies infectieuses ou au cancer. Nombre d'entre eux sont présents dans les liquides corporels comme le liquide céphalorachidien, le sérum et l'urine. Le projet innovant PROTEASIX(s’ouvre dans une nouvelle fenêtre) («A novel bioinformatics' platform to identify key proteasic pathways involved in kidney diseases») a cherché à relier des peptides à leurs protéases (ou enzymes protéolytiques) sur la base de leurs sites de clivage. La connaissance des protéases impliquées dans les maladies offrira de potentielles cibles thérapeutiques supplémentaires. Il existe actuellement de nombreuses bases de données reliant les protéases à leurs sites de clivage. Néanmoins, les informations sont dispersées, les formats différents et les méthodes de recherche inefficaces. L'outil à accès libre PROTEASIX peut être utilisé dans une recherche automatisée à grande échelle qui prédit les protéases potentiellement impliquées dans la génération d'une séquence peptidique donnée. Le génome humain encode plus de 500 protéases. La base de données PROTEASIX contient 3 500 entrées concernant des combinaisons de sites de clivage et de protéases humaines. Les scientifiques ont testé le fonctionnement de l'outil en comparant l'analyse de 1 388 peptides retrouvés dans des échantillons d'urine humaine face à 1 003 sites de clivage générés de manière aléatoire. L'outil a obtenu pratiquement aucun résultat pour les sites aléatoires mais a identifié l'activité de métalloprotéase comme étant impliquée de manière prédominante dans la génération de peptides d'urine. Alors que des expériences sont nécessaires pour pouvoir confirmer les prévisions in silico, l'outil offre une bonne méthode pour comprendre les mécanismes possibles de nombreux processus de maladies par les biomarqueurs peptidiques associés. PROTEASIX apportera une importante contribution à la compréhension du rôle des réseaux de protéases dans la santé et la pathologie. L'exploitation devrait permettre d'identifier de nouveaux biomarqueurs et d'orienter le développement pharmacologique pour les troubles cardiovasculaires, inflammatoires et fibrotiques ou neurologiques ainsi que de nombreux types de cancer.
