Svelare le vie di segnalazione delle malattie
I peptidi sono piccoli pezzi delle proteine. La ricerca recente ha identificato numerosi peptidi che sono biomarcatori di malattie che colpiscono i sistemi renale, cardiovascolare e autoimmune, o associati a malattie infettive o al cancro. Molti di questi sono facilmente accessibili nei fluidi corporei come liquido cerebrospinale, siero e urine. L'innovativo studio PROTEASIX ("A novel bioinformatics' platform to identify key proteasic pathways involved in kidney diseases"), finanziato dall'UE, ha cercato di collegare i peptidi alle loro proteasi sulla base dei siti di clivaggio. La conoscenza delle proteasi coinvolte nelle malattie fornirà ulteriori potenziali bersagli per le terapie. Attualmente ci sono una serie di database che collegano le proteasi e i loro siti di clivaggio. Ma le informazioni sono frammentarie, i formati differiscono e i metodi di ricerca sono inefficienti. Lo strumento open source PROTEASIX può essere utilizzato in una ricerca automatica su larga scala, che prevede le proteasi potenzialmente coinvolte nella generazione di una determinata sequenza di peptidi. Il genoma umano codifica oltre 500 proteasi. Il database PROTEASIX contiene 3 500 voci sulle combinazioni di proteasi umane e siti di clivaggio. Gli scienziati hanno testato il funzionamento dello strumento confrontando l'analisi di 1 388 peptidi rilevati in campioni di urine umane con 1 003 siti di clivaggio generati in modo casuale. Lo strumento non ha praticamente fornito risultati per i siti casuali, ma ha identificato l'attività delle metalloproteasi come coinvolta in modo predominante nella generazione dei peptidi urinari. Mentre gli esperimenti devono confermare le previsioni in silico, lo strumento fornisce un potente mezzo per arrivare, attraverso i peptidi biomarcatori associati, ai possibili meccanismi dei processi di molte malattie. PROTEASIX fornirà un importante contributo alla comprensione del ruolo dei network di proteasi in salute e in patologia. Ci si aspetta che il suo sfruttamento porti a nuovi biomarcatori e allo sviluppo di farmaci per disturbi cardiovascolari, infiammatori, fibrotici e neurologici, oltre che per molti tipi di cancro.
Parole chiave
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