Au-delà des changements de l'ADN dans l'évolution des primates
Financé par l'UE, le projet PRIMATE_REG_EVOL (A comparative genomic study of the contribution of epigenetic mechanisms to regulatory evolution in primates) s'est concentré sur le rôle de l'épigénétique en matière d'évolution des primates. Mettant en jeu des réactions chimiques qui ne résultent pas des changements au niveau de l'ADN, les chercheurs ont étudié les changements épigénétiques dans cinq tissus provenant d'êtres humains, de chimpanzés et des macaques rhésus. Les mécanismes régulateurs résultant de la méthylation de l'ADN conduisent à différents systèmes régulateurs. Au terme du projet, les chercheurs espèrent avoir un ensemble complet de données de l'expression génique provenant des cinq tissus chez les trois primates. Le résultat permettra d'explorer les différences conservées ainsi que les gènes et les voies modifiés suite à la sélection naturelle. Afin de surveiller le statut de la méthylation des quatre tissus (cardiaque, rénal, hépatique et pulmonaire) chez les trois primates, les scientifiques ont utilisé la conversion au bisulfite du génome entier. Le processus convertit la cytosine de base en uracile mais laisse intacte la cytosine méthylée. Un séquençage haut débit chez les trois primates a ensuite été analysé pour révéler les différences entre les espèces. Grâce au séquençage de l'ARN, le projet a également collecté des profils d'expression génique pour examiner les gènes et les cascades biochimiques qui ont changé au fil de l'évolution. L'intégration et l'analyse des ensembles de données ont révélé des caractéristiques du génome où les changements en matière de méthylation sont associés aux changements d'expression. Les chercheurs ont mis au point un modèle statistique, capable de calculer la partie de la variation des taux d'expression génique pour les divers tissus et les espèces qui peut être expliquée par des modifications de la méthylation. Les données rassemblées et analysées lors du projet PRIMATE_REG_EVOL ont déterminé les mécanismes moléculaires qui expliquent en partie les différences régulatrices entre les espèces. Cela a amélioré la compréhension de l'évolution sur la base des changements de régulation géniques. Dans l'ensemble, la recherche devrait servir de plateforme pour étudier l'évolution au niveau moléculaire en général.
