Le génome d'un cheval primitif révélé
Les chevaux présentent des chroniques de fossiles et offrent une opportunité utile pour comprendre les processus génétiques à l'origine de la domestication ainsi que la formation des nouvelles espèces sauvages. Les informations paléogénétiques pourraient ouvrir la voie à la préservation des chevaux de Przewalski, la dernière sous-espèce survivante du cheval sauvage, désormais menacé d'extinction. À l'heure actuelle, il existe près de 250 chevaux en liberté. Le projet NGP (Deciphering the domestication and speciation of horses through next-generation paleogenomics using Pleistocene specimens, modern breeds and the domesticated donkey) a utilisé les dernières technologies de séquençage massif parallèle disponibles. Le séquençage de troisième génération a analysé le génome d'un cheval vieux de 700 000 années datant de la moitié du Pléistocène ainsi que six autres de cheval moderne dont le cheval de Przewalski, cinq espèces domestiques et un âge moderne. L'authenticité des génomes a été confirmée en utilisant des données provenant des chromosomes Y et autosomiques ainsi que de l'ADN mitochondrial. Un outil, mapDamage, était le thème d'un article à comité de lecture publié par le projet. Le système distingue l'ADN primitif dans le matériel fossile et génétique à partir de microbes ainsi que de nucléotides provenant de lésions post-mortem. L'analyse de l'ADN datant du mi-Pléistocène a permis aux chercheurs de recalibrer le temps où l'ancêtre commun du cheval et de l'âne parcourait les plaines. En réalité, cette période s'étendrait à il y a 4 à 4,5 millions d'années, soit le double de ce que l'on pensait auparavant. Le génome du cheval de Przewalski a démontré qu'il a divergé des chevaux domestiques il y a au moins 72 000 ans et qu'il n'y avait aucun signe récent de croissement avec les espèces modernes. Ainsi ce cheval sauvage présente une diversité génétique comparable aux espèces domestiques. La majorité des 1500 cheveux de Przewalski vivent en captivité et ces données justifient les efforts de préservation et de ré-introduction dans le monde sauvage. Le projet NGP a montré que l'accès aux paléogénomes datant de l'ère du Pléistocène est possible. L'application de méthodes de séquençage de pointe poussera à la prochaine génération de paléogénomes jusqu'à présent inaccessibles. Cela a d'importantes implications pour déchiffrer les mystères de la biologie évolutive.
Mots‑clés
Génome, cheval primitif, cheval de Przewalski, mi-Pléistocène, conservation