Poznaliśmy genom prehistorycznych koni
Dysponujemy bogatym zapisem kopalnym dotyczącym koni, dzięki czemu możemy lepiej zrozumieć procesy genetyczne związane z udomowieniem, a także powstawaniem nowych dzikich gatunków. Dane paleogenetyczne mogą pomóc w ochronie konia Przewalskiego, ostatniego żyjącego podgatunku dzikiego konia, obecnie zagrożonego wyginięciem. Obecnie na wolności żyje około 250 osobników. W projekcie NGP (Deciphering the domestication and speciation of horses through next-generation paleogenomics using Pleistocene specimens, modern breeds and the domesticated donkey) wykorzystano najnowsze techniki masywnego sekwencjonowania równoległego. Przy pomocy sekwencjonowania trzeciej generacji przeanalizowano genom nie tylko konia sprzed 700 tys. lat (środkowy plejstocen), ale także sześciu współczesnych koni, w tym konia Przewalskiego, pięciu ras domowych i współczesnego osła. Autentyczność genomów potwierdzono przy pomocy danych pochodzących z chromosomu autosomalnego i chromosomu Y, a także z mitochondrialnego DNA. Narzędzie mapDamage opisano w artykule badawczym opublikowanym w ramach projektu. System potrafi rozpoznawać prehistoryczne DNA zawarte w materiale kopalnym oraz materiale genetycznym z mikroorganizmów, a także nukleotydy z uszkodzonej tkanki pośmiertnej. Analiza DNA ze środkowego plejstocenu pozwoliła na dokładniejsze określenie czasu, w którym żył ostatni wspólny przodek konia i osła. Było to od około czterech do czterech i pół miliona lat temu, czyli dwa razy dawniej, niż dotąd powszechnie przyjmowano. Analiza genomu konia Przewalskiego dowiodła, że oddzielił się on od koni domowych aż 72 tysiące lat temu, a ponadto nie stwierdzono oznak niedawnych krzyżówek ze współczesnymi odpowiednikami. Ten jedyny żyjący dziki koń cechuje się różnorodnością genetyczną porównywalną z rasami udomowionymi. Większość z 1500 koni Przewalskiego żyje w niewoli, a omawiane dane pomogą w jego ochronie i reintrodukcji. Projekt NGP dowodzi, że analiza danych paleogenetycznych pochodzących z epoki tak odległej jak środkowy plejstocen jest możliwa. Zastosowanie nowoczesnych metod sekwencjonowania umożliwi uzyskanie nowych paleogenomów. Badania te będą miały istotne implikacje dla poznania tajemnic biologii ewolucyjnej.
