Quantifier les nucléoporines humaines
Le complexe des pores nucléaires s'étend tout au long de l'enveloppe nucléaire, formant ainsi un portail de régulation et d'échange des molécules entre le noyau et le cytoplasme. Le CPN est formé d'environ trente éléments constitutifs appelés les nucléoporines. Les données précises de la composition du CPN qui permettraient de générer des modèles structuraux de ce complexe à l'échelle atomique ne sont pas encore disponibles. Le projet NPCQUANT (Investigation of human nucleoporins stoichiometry and intracellular distribution by quantitative mass spectrometry), financé par l'UE, a été initié pour justement déterminer la stœchiométrie (proportions) du complexe CPN dans les cellules humaines. Les partenaires du projet ont développé des essais protéomiques ciblés afin de quantifier les 32 nucléoporines de manière fiable et reproductible. En isolant les noyaux intacts et l'enveloppe nucléaire de différentes cellules, les chercheurs ont pu mesurer la stœchiométrie du complexe dans sa totalité in situ. Ils ont également déterminé sa structure par cryo-microscopie électronique. Les chercheurs ont comparé la composition du complexe CPN de plusieurs lignées cellulaires cancéreuses. Ils ont ainsi montré que le complexe était modifié dans les différentes lignées cellulaires par des modifications stœchiométriques de ses composants périphériques. Ils ont également généré des lignées cellulaires stables exprimant des microARN inductibles ciblant différentes nucléoporines. Ces lignées cellulaires serviront d'outils précieux dans l'analyse structurelle/fonctionnelle de chaque composant du complexe des pores nucléaires. Ces travaux ont permis de révéler la structure de la matrice des CPN, un objectif visé depuis longtemps par la biologie structurelle. De plus, ils ont permis de développer des essais protéomiques ciblés et des lignées cellulaires qui seront fort utiles pour la caractérisation du rôle fonctionnel de chaque nucléoporine dans le processus de transport moléculaire noyau/cytoplasme.
Mots‑clés
Nucléoporines, complexe des pores nucléaires, protéomique, essai, microscopie électronique