Analiza ilościowa ludzkich nukleoporyn
NPC rozciąga się na całą błonę jądrową, tworząc bramę regulującą wymianę molekularną między jądrem a cytoplazmą. NPC składa się z około 30 cegiełek budulcowych zwanych nukleoporynami. Brak obecnie dokładnych danych dotyczących budowy NPC do generowania modeli strukturalnych o rozdzielczości atomowej. Finansowany przez UE projekt NPCQUANT (Investigation of human nucleoporins stoichiometry and intracellular distribution by quantitative mass spectrometry) ma na celu określenie stechiometrii NPC w komórkach ludzkich. Uczestnicy projektu stworzyli celowane próby proteomiczne do analizy ilościowej wszystkich 32 nukleoporyn z dużą dokładnością i powtarzalnością. Poprzez izolację nienaruszonego jądra i błony jądrowej z kilku komórek, naukowcy określili stechiometrię w pełni złożonego NPC in situ. Jego strukturę określano również przy pomocy mikroskopii krioelektronowej. Naukowcy porównali skład NPC kilku linii nowotworowych. Odkryli, że różni się on między poszczególnymi liniami komórek nowotworowych wskutek zmian stechiometrycznych w elementach peryferyjnych. Uczestnicy projektu wygenerowali stabilne linie komórkowe dokonujące ekspresji indukowalnych mikroRNA, nakierowanych na różne nukleoporyny. Te linie komórkowe stanowią przydatne narzędzia do strukturalnych/funkcjonalnych badań pojedynczych składników NPC. Projekt NPCQUANT umożliwił odkrycie struktury rusztowania NPC, rozwiązując wieloletnią zagadkę biologii strukturalnej. W dodatku stworzono celowane próby proteomiczne i linie komórkowe przydatne w charakteryzowaniu funkcji poszczególnych nukleoporyn w transporcie jądrowym i cytoplazmatycznym.
Słowa kluczowe
Nukleoporyna, jądrowy kompleks porowy, proteomika, próba, mikroskopia elektronowa
