Le saumon nous aide à mieux appréhender l'évolution
Les populations de saumon de l'Atlantique nous fournissent de nombreux services écosystémiques, ils passent pourtant leur vie dans deux habitats très vulnérables aux changements anthropiques: les eaux de rivière et l'océan. Certains saumons mâles peuvent atteindre leur maturité avant de migrer des eaux douces vers les eaux salées de l'océan, c'est ce que l'on appelle la maturation du jeune saumon mâle (EMPM, pour early male parr maturation). Même si cette maturation précoce a des origines génétiques, elle est particulièrement fréquente au sein des populations de saumon situées le plus au Sud, indiquant ainsi l'action d'un composant environnemental supplémentaire pour que ce trait comportemental de la reproduction des saumons apparaisse. Le projet GENEARLY (Genetic determination of early male parr maturation in Atlantic salmon natural populations) a donc exploré la croissance des saumons et leur maturation sexuelle dans un environnement parfaitement contrôlé afin de pouvoir déterminer les facteurs responsables de ce phénomène de maturation précoce du jeune mâle. Les partenaires du projet ont associé différentes approches, tant celle de l'écologie comportementale que de la génétique quantitative ou de la génomique des populations. Cette stratégie s'est appuyée sur les technologies de séquençage les plus pointues afin de faire la lumière sur le déterminisme génétique et l'architecture génomique du phénotype de l'EPMP au sein des populations naturelles de saumons. Les chercheurs ont réalisé des expériences sur le terrain pour identifier des facteurs environnementaux et génétiques liés à la maturation du jeune mâle. Lors de ces expériences, ils ont pu évaluer les facteurs environnementaux lors de l'élevage des alevins dans un cadre semi-naturel et les différents facteurs génétiques en effectuant des croisements dirigés. Les chercheurs ont montré qu'une partie de cette maturation avait un fort composant génétique. Ils ont ensuite déterminé les régions génomiques et les marqueurs génétiques pouvant être liés à ce phénomène. Tous ces marqueurs génétiques potentiels ont ensuite été utilisés pour créer une matrice de génotypage composés de SNP (polymorphisme de nucléotide simple) pour compléter les données génotypiques. Cette matrice a permis l'analyse des loci de caractère quantitatif (QTL, pour quantitative locus trait) sur la population de cartographie et l'analyse génomique de la population naturelle intégrant les deux polymorphismes neutres et fonctionnels. L'approche intégrée du projet a permis d'obtenir une meilleure perception du rôle de l'environnement sur les saumons et plus particulièrement sur la maturation des jeunes saumons mâles. Cette connaissance de l'évolution du comportement reproducteur des saumons de l'Atlantique nous permettra d'élaborer de meilleures pratiques de conservation face aux changements mondiaux qui s'annoncent.
Mots‑clés
Saumon de l'Atlantique, génétique, maturation du jeune saumon mâle, GENEARLY, phénotype, polymorphisme de nucléotide simple, locus de caractère quantitatif
